据事后日军统计，这次侵台共出动3658人，经多次增兵，总数最多时达到了5990人。就是这5990人，共计有3769人患弛张热，3363人患消化道疾病，1590人患皮肤病，784人患间歇热，773人患脚气病，89人患伤寒热。其中很多人是一人患多病。扣除掉战死、病死的560余人和运回国内的2000余名伤病员，一线兵力其实有限。根据清军的侦查显示，日军后期在台湾的兵力只有3400人，而且其中还有1200人是夫役。军人只有2200人。而清军有当地驻军担任警戒工作，粤勇负责后路守备，装备精良的唐定奎部6500人可以全部作为进攻部队使用。根据沈葆桢的汇报，“淮军甚精锐，勃勃欲试”，“人人有摩拳擦掌，不可遏抑之势”。又说“淮军有灭此朝食之慨”。唐定奎本人也“沈毅勇鹜见乎眉宇，未必肯不战归”。更非日军的集体陷入疾病状态可比。而且，当时双方的武器装备大抵相当，甚至淮军的装备还要略胜日军。

此外，日本的财政也因为这次远征而出现了危机。鉴于军费供给的困难，时任右大臣的岩仓具视希望宫内卿能够暂时将用于皇室建筑的27万元移作军费，可是由于伊藤博文等人的坚决反对而泡汤。最后只好由开拓厅主管黑田清隆挪用10万元的开拓费暂时应急，同时号召公务人员各捐薪水的四分之三以作军费。但无疑这个做法只是杯水车薪。

结果就是，日军对台湾的贸然入侵给近代中国提供了一次最有利的惩罚侵略者的良机。甚至可以说，无需直接交战，只要这样拖下去，就能拖垮日军。所以，连一向主张对外持谨慎立场的李鸿章，这次也主张以强硬姿态对日。可是，随后发生的一切，却谜一样的彻底改变了事件的进程。