蒋经国生命中最重要的女人是他在苏联的“纪念品 ”：蒋方良。这个女人给他生了四个孩子：蒋孝文、蒋孝武、蒋孝勇、蒋孝章。但私下里，蒋仍然做了男人最容易犯的错事。他与自己的秘书章亚若的私情是他对芬娜最大的背叛。这个背叛的结果是他有了两个私生子：蒋孝严、蒋孝慈。在他的公开的情史里，还包括他在苏联时期与冯玉祥之女短暂的第一段婚姻。

他在自己去世（1988年1月13日）前一年，仿佛赶路似的将所有自己以前反对的事，全部开禁 ——开放老兵探亲、开启两岸和解之门、开放报禁、开放党禁、结束“戒严”、自由民主选举。然后，他在台北病逝。

他的遗体与父亲蒋介石一起安放于桃园县大溪镇。所不同的是，《人民日报》上刊载了对这对父子的不同评价。这份报纸在他的父亲去世的时候，用了冷冰冰的字眼：蒋介石死了。蒋经国则得到了它的公正说法：肯定了蒋经国先生坚持一个中国，反对“台湾独立”，主张国家统一，表示要向历史做出交代，并为两岸关系的缓和做出一定的努力这一系列行动。台湾人对于这位给他们留下一个新制度的独裁者给予了较高的分数：迄今为止，在对以往几位台湾领导人的民调中，他仍是最受台湾民众肯定的一位。

蒋经国终年 78岁。蒋家后人零散于世界。从事设计的蒋家第四代蒋友柏曾制作了蒋介石与蒋经国的人偶头像出售。这些人偶头像已成为两岸最抢手的时尚用品。