中午以后，蒋经国没起来吃饭，蒋孝勇还进房间探视了一会儿，看他已入睡，便离开寓所。没想到中午12点左右，据副官翁元说，睡梦中醒来的蒋经国先问了儿女在哪里，又召神志不甚清明的蒋孝文来探视，但也没说什么。12时 50分左右，蒋经国在病榻上作势要吐，接着大口吐出鲜血，连续几次后，蒋经国倒卧床上，没有留下任何一句话，再也没醒过来。

医疗小组虽立刻赶往卧房抢救，注射强心针，但已无法让蒋经国好转。蒋孝勇赶到现场后，跪下来磕了三个头，于下午3时50分决定放弃抢救，由他通知“行政院”院长俞国华、“参谋总长”郝柏村，蒋经国秘书王家骅则通知蒋孝武及秘书长沈昌焕、国民党副秘书长宋楚瑜与“五院”院长等人，党国大佬随后纷纷抵达七海。

蒋孝勇则前往士林官邸迎接宋美龄，约5点多钟抵达七海探视。宋美龄慰问伤心的蒋方良，并接见前来悼问的党政大员后，随即离开七海官邸。至于李登辉，则刚好在外有行程，听闻讯息，随即赶往七海。

由于蒋经国来不及留下遗嘱，蒋孝勇决定如蒋介石先例，临时由秘书王家骅代笔，依蒋经国先前于元月5日的口头交代，写出遗嘱，让“五院”院长签字；虽然沈昌焕反对，但在蒋孝勇强调对民众不能没有交代的状况下，还是把遗嘱写了下来。其用纸也非“总统”用笺，而是一般民间常见的稿纸。

蒋方良也并未如蒋介石逝世的前例，以家属身份在遗嘱上签名，而是仅有李登辉、俞国华、倪文亚、林洋港、孔德成、黄尊秋、蒋孝勇的签名，并由王家骅署名谨记。

根据医疗小组日后公布的病情公报，蒋经国的死因是末期糖尿病引发的肠胃自主神经合并症，导致心脏因大量内出血而停止跳动。经现场人士商议后，当天晚上8时，国民党召开临时中常会，确定并宣布蒋经国遗缺由李登辉继任，并由“司法院”院长林洋港监誓。台湾从此步入了后蒋时代的新纪元。

蒋经国逝世，余波荡漾

蒋经国身后，争议并没有减少，反而因为强人消失，导致各种冲突不断。就家事而言，由于蒋经国卧病多年，始终没有听说曾立遗嘱，因此蒋经国到底有无遗嘱，甚至有无意愿留遗嘱，都成了“罗生门”。尤其遗嘱中家属签名系由蒋孝勇代签，也引发当时人在海外的蒋孝武的不满，回台后甚至与蒋孝勇酿生不悦，质疑蒋经国之死是否因医疗疏失。学界也曾质疑蒋孝勇把蒋经国晚年文件与日记自行保留的做法。

倒是据章孝严转述，早在蒋经国过世后隔天，蒋孝勇驾车载着秦孝仪赴头寮勘察陵寝，秦孝仪在车上告诉蒋孝勇，蒋经国过世前曾嘱咐他与俞国华，希望让章孝严、章孝慈兄弟认祖归宗。因此16日晚间，蒋孝勇即带领章孝严兄弟赴荣总怀恩堂，向蒋经国遗体行大礼，兄弟三人泣不成声，前后长达六分钟。

政事方面，蒋经国故去后，移灵荣总怀远堂，随后则移往忠烈祠供各界瞻仰。他的遗体着黑色长袍马褂，脚穿软底布鞋，放在有亚克力顶盖的灵柩中供民众瞻仰。在他刚过世的 13天里，李登辉每天上班前，都会到他灵前祭拜。毕竟以当时的形势，李登辉虽已继任，但蒋家势力仍在，他难保不是下一个严家淦，攻防关键就在李登辉是否能顺利接任国民党代理主席之职。

七海官邸固然已随蒋经国步下政治舞台，士林官邸却在集结最后一击的努力。据蒋孝勇的说法，当时住在士林官邸的宋美龄，受到宋蔼龄子女等孔家势力影响，主张国民党无须选出代理主席，由中常委轮流主持中常会之集体领导模式即可。

在官邸派鼓吹下， 90岁高龄的宋美龄于 1月 26日通过蒋孝勇写了封专函给国民党秘书长李焕，落款用毛笔写着“蒋宋美龄”。官邸派主张，按党章，中常会无权推举代理主席，应延到当年7月党内十三全会再议。据说蒋孝勇同样向当时的“行政院”院长俞国华转达了相关看法。