1881年，马相伯赴高丽任国王新政的顾问，他成功说服王妃派少年皇子出国留学以适应新的时代。可是不久后高丽亲日派大臣政变，亲中的王妃被处以极刑，马相伯无功而返。1885年，马相伯协同弟弟马建忠处理招商局事务，此时正值中法战争，法方封锁了所有清廷船只往来公海。马氏兄弟为保证招商局利益，采取把船只抵押给美资商行、事后再赎回的变通之举。这件事让马氏兄弟首次背上了汉奸的骂名。1886年，马相伯奉李鸿章之命赴美借款建设海军，原本计划借款2500万，没想到美国银行趋之若鹜，竟有6亿资金愿意借出。因为数额太大，条件太优惠，李鸿章反被朝廷怀疑，只好作罢。马相伯无计可施，只能偷偷溜走。

1896年，马建忠参与《马关条约》的谈判，全中国的百姓都唾骂他们，认为马氏兄弟是卖国贼，甚至说他们是李鸿章的私生子，或者本来就是外国人，因为他们是天主教徒，而且会说多门外语。他们因此成了千古罪人。

培育人才以强国

1886年赴美借款回国之前他去了一趟欧洲，访问了欧洲几所著名学府。此次欧美之行，“欧美之强盛，我国之厚弱”深深地刺激了他。由此，他认识到，“自强之道，以作育人才为本；求才之道，尤宜以设立学堂为先”。从事中国教育事业，既非马相伯的初衷，亦非他早年的兴趣。他先是接受了长达19年的耶稣会的西方教育，精通拉丁、希腊、英、法、意等多国语言，在30岁那年成为司铎神甫；之后，一方面，他和外来神甫产生冲突，另一方面，兄长马建勋在官场上的发达，使他对献身教会产生了动摇。

从政10年一事无成，反而背上汉奸的骂名，在对政治心灰意冷之际，两件事情像压垮骆驼的最后那根稻草，终于压垮了他。1893年，马相伯的妻子带着大儿子回山东老家探亲，双双死于海难；两年后，他的母亲沈氏去世，临终时尚说“我的儿子是神甫，你既已不是神甫，我亦不认你是我的儿子”。

58岁这一年，马相伯可能真的看破了天命。1897年，他决定重返教会，将尚未成年的一儿一女交给教会抚育，自己则回到徐家汇隐修，并做了一生中最惊人的一件事：将继承自长兄的松江、青浦等地的3000亩田产捐献给耶稣会，作为创办“中西大学堂”的基金，且立下字据，“自献之后，永无反悔”。从某种程度上说，这是重返教会的交换条件，也是他自认命不久矣、亟须完成办学愿望的破釜沉舟之举。他没有料到的是，以后还有40年的时间为教育奉献一切。马相伯的余生似乎就要在幽静的天主堂中，伴随神的密谕度过。此时难以预料，他对中国所负的真正使命竟是在耳顺之年才会到来。

既然是作为重返教会的交换条件，耶稣会就没把办学当成一回事。1898年，参与新政的梁启超邀请马相伯主持建立一个译学馆，选址在上海。但是，计划还没实施，“百日维新”就夭折了。几年后，办学的契机才再次出现。1903年，马相伯已经是一位老人，隐居在耶稣会的一所孤儿院内。时任南洋公学特班总教习的蔡元培找到了马相伯，希望马相伯教他拉丁文。马相伯说，你已人过中年，一个人学没用，不如找些年轻人一起学。于是，蔡元培找了24名学生，跟马相伯一起学拉丁文，教授的科目也从拉丁文扩展到数学、哲学。当时，蔡元培感到马相伯年事已高，上下楼梯很不方便，就请人安装了一个小电梯，从一楼装到三楼，电梯门正对着马相伯的客厅。日后这些学生和他们的老师一样名声赫赫：黄炎培、李叔同、胡敦复（清华学堂首任教务长）、邵力子……

这个小学习班，使马相伯名声远扬，各地青年纷纷前来求学；同时，南洋公学（上海交通大学前身）闹学潮，百余名学生集体退学，无学可上—这样一来，既然有需求，又有了之前捐献给教会的创办“中西大学堂”的基金，办学堂就成了顺水推舟的事。1903年，震旦学院成立，马相伯自任监院（即院长）。