他写下许多片断的文字，附上一个警句：“你过你的日子，不要为我做任何事情。”有一个片断上说：“我们处在浮士德时代，现代的科学家们试图——在魔术的手法和宇宙学的数学之间——即在自身与客体之间争取获得深思熟虑的思维空间。”1918年大战结束，他并没有感到轻松下来。两年后他感到这种距离更加遥不可及了。

1920年，面临图书馆即将向公众开放的前景，瓦尔堡再也无法承受精神上的苦恼。他进了瑞士医生宾斯旺格兄弟（Otto and Ludwig Binswanger）在克罗兹林根（Kreuzlingen）开设的著名医院。三十年前尼采（Friedrich Nietzsche）曾在那里接受治疗。瓦尔堡住院直到1924年。他那时问道：“为什么命运要把有创造性的人放逐到永远不得安宁的地方去呢，由他去吧，管他的知识是在地狱、在炼狱还是在天堂找到的呢？”

他在住院期间康复很慢，他的思想分裂为千万个片断的形象和文句，需要努力加以聚合集中。他喜欢重复：“上帝在细节中。”然而他感到自己无法集中散乱的形象和思想，如当年卢梭所说：“我死于细节。”在宾斯旺格医生的照料下，才渐渐恢复了完整。1923年他询问医院当局，如果他证明自己精神稳定，能否放他出院。他建议给医院病人做学术演讲，4月23日发表了关于北美洲原住民祭祀蛇神仪式的讲话，那是他年轻时亲自观察到的。他在当时的一篇笔记中把自己比为杀死蛇头怪物墨杜萨（Medusa）的英雄柏修斯（Perseus）；为了避开不看怪物的毒眼，柏修斯看自己盾牌上反映的影子，杀死了敌人。瓦尔堡还写道，在中世纪柏修斯从英雄降低为占卜人，到文艺复兴时期才恢复成为英雄的象征。

1924年瓦尔堡出院后，发现萨克斯克已经在家人的同意下，最终把图书室变成了研究中心。尽管他早就预见到这个变化，他仍旧受到很大的震动，感到自己无足轻重了。他在一封信后签名时，就签上了“缩小的瓦尔堡”几个字。然而这个变化又使他充满了“令人敬畏的精力”，他在新情况下又埋头在心爱的书堆里工作起来。

走进瓦尔堡图书室的来访者很清楚，它的基本想法，瓦尔堡所创造的一切都是看得见的。书架排列的形状，架上书名的联结，室内到处挂满了图画，一切都显示出他把思想用具体事物表现出来的关怀。他研究问题的源泉就是形象，书使他思考这些形象，用文字沟通形象彼此间的静默。瓦尔堡词汇中的关键词是“记忆”，它首先意味着对形象的记忆。

瓦尔堡未完成也无法完成的计划，是他称为“摩涅莫绪涅”（记忆女神）的巨大图像系列。这个图像收藏以织锦般的复杂组织形式表现了研究者的多种思路和途径。但是如何展现这些图像呢？如何把这些图像放在他的面前，以便进行系统研究，而这种系统又随时服从他的新想法、新发现加以改变呢？萨克斯尔想出了解决问题的办法。瓦尔堡回到汉堡以后，萨克斯尔让他看了一些大木板，类似直立的黑板，木板上蒙上黑色粗麻布。瓦尔堡的图像可以用针别在布上，只要他愿意可以随时移动位置。这些巨大的展板好像无尽的书页，页码可以变换。瓦尔堡的晚年就以它为中心进行活动。由于他可以任意改变这些木板上的图像，他的思想就可以得到外在的体现，他还可以把流水般的评论和扎记附加在图书室的木板上。他写道：“图像和词语应该成为后人在试图自我反省、抵御本能魔法和解释逻辑之间紧张关系悲剧时的一种帮助。（不可救药的）精神分裂症患者的自白，已写进精神病医生的档案。”事实上，萨克斯尔的木板就是一本页码变化的大书，它在一定程度上恢复了瓦尔堡失去的私人天地。这个私人活动的领域帮助他部分恢复了精神常态。