戊戌变法后，与维新派沾边的人命运各不相同。张骞去办实业了，蔡元培回老家当老师，张元济逢凶化吉，到上海的南洋公学做译书院院长，也算不错。

到南洋公学任职，得益于李鸿章。李鸿章本就认为张元济是个人才，而变法后张又不再是政治人物，李鸿章认为更加可用，于是他向实业家盛宣怀推荐了张元济。盛宣怀创办的南洋公学正急需人才，而这个工作又符合张元济以西学开启民智的想法，所以对他的吸引力很大。

南洋公学是当时中国难得的设备精良、人才济济的高等学府。张元济到译书院工作了一段时间后，和老朋友严复取得联系，并出版了他翻译的亚当?斯密的《原富》。这本书直到今天，仍然是经济学的经典著作。

译书院的工作要求张元济会编书，并且和出书的人打交道，这样张元济就结识了商务印书馆的夏瑞芳。只是世间很多事难以预料，张元济自己也没想到后来会和商务印书馆有那样深厚的缘分。

历史刚步入20世纪，北方就爆发了义和团运动，清政府岌岌可危。义和团虽然没有波及上海，但上海一些有识之士开始组建自立会，意在武装起义，推翻清廷。和“戊戌变法”时一样，张元济参加了一些外围活动。自立会的正副会长分别是首位带中国幼童到美国留学的容闳和从北方到上海来避难的翻译家严复，秘书长则是湖南人唐才常。唐才常是谭嗣同的好友，谭死后，唐才常一直为起义的事情奔走。自立会第二次开会的时候，容闳提议张元济做会计事，但被张元济婉拒，他仍然不愿意直接参与政治活动。自立会存在时间不长，就因为起义消息泄露而被镇压。唐才常不幸在汉口被张之洞捕获杀害。

张元济这次没有受到牵连。其时，南洋公学的负责人突然病故，总理校务的工作就暂时落到了张元济身上。一直有改革想法的张元济于是开设“特班”，并且请来蔡元培做班主任。所谓“特班”，意在培养中西合璧的人才。“特班”仅仅办了一届，日后却涌现出众多的名流，如李叔同、邵力子、黄炎培、谢无量等，可谓张元济在人才培养方面的一次有益尝试。

如果说此前的张元济认为教育是启蒙思想的最好方式，那么后来他的想法也在一点一点地改变。1902年，张元济辞去南洋公学职务，应夏瑞芳的邀请加入商务印书馆，这让他的很多熟人颇为吃惊。当年的商务印书馆只是夏瑞芳、鲍咸恩等人办的一个手工作坊式的印刷工场，张元济放弃了在南洋公学的显赫地位，到一个弄堂的小厂里，跟一个小业主合作，这样的转身，令人多有猜测和不解。