此时，一艘大渡船载着朱德和任弼时、傅钟等首长，以及由杨奇清亲自挑选的警卫员们犁波耕浪而来，直向侯马镇驶去。杨奇清在芝川镇“明修栈道”，让朱德一行“暗度陈仓”，登上早已秘密准备好的大渡船渡过黄河。其实，杨奇清在假借检查朱总司令的下榻处时悄然离开芝川镇，乘一艘预先安排的轻舟赶到侯马镇。这时，“骷髅”被生擒、随后被枪决，军统局的行动小组成为惊弓之鸟而掩迹逃遁。

杨奇清长期负责八路军政治保卫工作，对加强部队保卫工作建设，纯洁部队，开展反敌特斗争，巩固抗日根据地做出了贡献。1942年底，日军开展所谓“强化治安”运动，在敌占区加紧了法西斯统治，同时千方百计向我根据地派遣特务，进行渗透和破坏。杨奇清周密防范，打击日、伪的秘密“维持会”，侦破了妄图暗害八路军总部首长的阴谋，保卫了首脑机关和我军首长的安全。

1943年秋，太行根据地也开始了整风运动。因受延安审干做法的影响，抢先进入审干，掀起所谓“坦白运动”，发生了逼供信、扩大化的错误。杨奇清的夫人肖彬回忆说，八路军前方总部野战司令部和野战政治部的许多好同志，特别是从沦陷区和国统区来的青年知识分子和职员被打成特务、奸细、反革命分子，野政锄奸部的一个科长和野司特务团的参谋长因不堪忍受，相继自杀。杨奇清当时在延安中央党校二部参加整风，他领导的野政锄奸部中大多数同志被整成特务或有反革命历史的坏人。

1944年1月，杨奇清的学习还未结束，毛泽东召见杨勇、舒同、杨奇清，要他们回前方纠偏。杨奇清被任命为中共北方局社会部部长，在邓小平、滕代远领导下着手纠正整风运动中的错误。杨奇清一到前总驻地，就有不少同志向他诉说整风中换整的情况，有的甚至痛哭流涕泣不成声。杨奇清废寝忘食，和审干人员一同深入到各个单位开展调查研究，看材料，听汇报，广泛听取群众意见，认真对待本人的申诉，工作做得非常细致，很快查清了绝大部分同志的问题，凡冤假错案一律予以平反。

1945年8月15日，日本宣布无条件投降。9月上党战役发起，杨奇清指挥所属虏获敌大批文件资料。10月，邯郸战役发起，国民党第十一战区副司令长官、新八军军长高树勋率部一万余人起义。杨奇清派人参与起义部队的整训，在军政大学受训的起义军官纷纷要求为人民服务，军大保卫部根据他们的愿望，给他们情报策反任务，派回蒋管区工作。上党战役和平汉战役之后，冀鲁豫、冀南、太行、太岳四个军区部队编为晋冀鲁豫野战军一、二、三、四纵队。其中第四纵队的作战任务由中央军委直接指挥，第四纵队由陈赓任司令员，谢富治任政委，杨奇清任副政委兼政治部主任。