有一年，毛泽东在武汉准备登黄鹤楼。此前，有人建议清场，把群众疏散开，以保证毛主席的安全。杨奇清知道后，表示不同意，说：“群众要看毛主席没有错，不要把领袖和群众分开。”于是，他去请示毛泽东。毛泽东说：“不要紧，反革命没有准备。”杨奇清和警卫人员研究了具体方案，做了周密布置，现场秩序良好。

1956年至1966年，毛泽东曾多次去武汉视察工作并畅游长江。杨奇清往往分管主席的警卫工作。他根据长江水流动的特点，确定了主席畅游的三层队形：最贴近主席的是中央警卫局的同志，外层是武汉市公安局的警卫人员，指挥和联络中心设在后面的四条小船上。看着主席在江面上，时而侧泳，时而仰面，又时而翻跟斗，“胜似闲庭信步”，站在指挥船上的杨奇清流露出淡定的笑容。

毛泽东的行车路线，杨奇清总要实地考察。针对码头地形的复杂，他特地制定了专门的队形和撤离路线，以防万一。毛泽东住地的每一件家具、摆设，杨奇清都要亲自从里到外检查一遍。

1960年3月18日，北京某饭店发生了一起伪造国家领导人签名从银行支取二十万元现金的大诈骗案。中央领导同志指示公安部门限期破案。北京市公安局在中共北京市委和公安部领导下组成专案组，展开侦查，但由于仅有一纸伪造的领导人批示报告，再无别的线索，进展比较缓慢。周恩来指名由杨奇清来指挥侦破，并亲自与杨奇清谈了话。时任公安部部长谢富治见破案进展缓慢，提出要把饭店提供情况的两个人抓起来。杨奇清认为没有根据，决定不执行抓捕人命令，并对专案组人员说，“上面的工作由我负责去做，你们不必担心”。

杨奇清接手后，要求技术人员发挥现代科技力量，对纸、笔、墨、笔迹作鉴定分析；同时召开电话会议，将案情通报全国各省、市、自治区公安厅（局），要求通力合作，协助破案，把发动群众查找罪犯和加强专案组工作有机地结合起来。他还和专案组一起再次到发案现场勘察，召集有关人员座谈回忆发案时的情况，终于弄清了发案经过和犯罪分子的面貌特征。为了甄别各人回忆的差别之处，座谈后他召集有关人员在现场进行模拟，重现发案当时的情景。

杨奇清和专案组全体办案人员，日夜奋战，终于找到了犯罪分子。直到此时，杨奇清也没有轻易下令捕人。为了做到准确无误，他再次指示办案人员对全部情况反复核对。

这年4月4日，在一切核实确凿无疑的情况下，杨奇清才签署命令，把罪犯逮捕归案。审讯中，该犯供认不讳。办案人员破获了作案用具和绝大部分赃款及一部分焚毁的余烬。事实证明，那两个饭店工作人员和犯罪分子毫不相干。