1927年，对于刚刚起步不久的北京音乐教育界来说，是灾难深重的一年。时北洋军阀被奉系军阀控制，走马上任的教育总长刘哲，本是一个不学无术而又无知妄作的政客。一朝权在手，便把令来行。他以“音乐有伤风化，无益于社会人心”为辞，下令取消音乐教育，解散北京大学音乐传习所、北京艺术专门学院音乐系和北京女子大学音乐专科等机构。在北京政府的暴力强权下，现代专业音乐教育之萌芽遭受严重摧残。学生们被迫停课，眼瞅着正规音乐教育的大门重重关上，内心苦痛。而音乐界人士，畏惧政府的报复，对此敢怒不敢言。作为北京音乐界巨子的杨仲子，置个人安危于度外，挺身而出，他联合音乐界同仁及各方力量奔走呼号，在大家的努力下，北平国立女子文理学院音乐系得以留存。为了抗击北洋政府对音乐教育所采取的这种暴戾恣睢的行为，更为了维护自己一手建立起来的近代音乐教育事业，杨仲子以《质疑》为题，刊文北大“国乐改进社”之《音乐杂志》上，向军阀政府质询问难，为中国音乐教育界请命。全文从音乐的国际到国内、历史到现状、学术到政治、文化到教育等十四个方面，阐明了在中国施行音乐教育的必要性与迫切性，并敦促当局，对取消音乐教育负有解答之责，必须“将其所有正当之理由，一一公布于世”。文章言辞激烈，正气浩然，是一篇维护现代中国音乐教育生存权益的战斗檄文，体现了一个现代专业音乐教育家所应有的崇高品质与开拓精神。

第二年初夏，张作霖的奉系军队被蒋介石国民党军队击败，退居关外。这宣告了北洋军阀政府统治的结束。北平国立各校纷纷张罗复校事宜。北大音乐传习所及艺专音乐系也恢复了旧观。北京音乐界决定借这大好时机，合并北京地区现有的音乐教育机构改设音乐学院。杨仲子、刘天华和赵丽莲三人被推举为代表，向国民政府请愿。杨仲子参照世界各国音乐教育之先例，并斟酌国内具体情形，详尽地拟具了《请并北京大学音乐传习所、艺术专门学校音乐系、女子大学音乐专科，改设国立北平音乐学院计划书》和《拟国立北平音乐学院组织大纲草案》。在《计划书》和《草案》中，杨仲子除阐述建院理由、设备组织经费、院址等具体项目之外，还明确地提出了“介绍世界音乐及改革国乐，而养成音乐专门人才”的中西兼容的办学宗旨。学科建设则按专科和本科分设理论、钢琴、提琴、声乐、国乐五系，并设专攻高级音乐的选科与研究科等等。在这些音乐教育诸项方案中，他突出地将改进国乐、设立国乐系作为办学的重要内容。这些措施体现了他对我国传统民族音乐文化与西方音乐文化历史发展的正确认识，也同时反映了他对我国民族音乐发展的伟大构想。在此期间，他还婉拒了南京中央大学的电请，留守北平，以实现建立南北两个音乐学院的愿望。后来音乐学院虽未成立，但历史已经证明，他对于办学模式的构想是合乎我国专业音乐教育发展规律和学科建设原则的。