一心为音乐的江文也满心欢喜而又充满期待地回到故土，迫切地希望这里博大精深的传统文化会给他的音乐之路带来一次新的旅行。但是，眼里只有音乐、全然不懂得辨别政治风向的他，绝对不会料到接下来自己走过的却是如此的半生。

可能直到人生暮年，他最不能释怀的还是这10月牢狱。

抗日战争时期的江文也经历过另一种别样的“辉煌”，这让他被捕入狱10个月，也直接影响了他的后半生。古人云：“祸兮福之所倚，福兮祸之所伏。”江文也的成就来自于他旅居日本时所受的自由民主先进思想文化的熏陶，但是他的错误也正来自于那时受到的极端民族主义思想和所谓的“大东亚共荣”等宣传的影响，尚缺乏社会经验的他，没能从一开始就看清日本侵略中国的本质。

1938年9月，到北平不久的江文也顺从了日伪“新民会”头目缪斌的要求，先后谱曲了《新民会歌》《新民会旗歌》《新民妇女歌》《新民青年歌》《东亚民族进行曲》等，还谱写了舞剧《东亚之歌》、电影音乐《东亚和平之路》等，有些还曾在天安门上指挥演唱过。

抗战胜利后，日本人将台湾归还给了中国，江文也兴奋不已，连夜将自己花费4年心血而写成的《孔庙大晟乐章》总谱重新装订，寄给了李宗仁，转呈蒋介石。但是迎接江文也的却是10个月的牢狱生活，一是因为日伪时期写过的作品，还有就是，有人认为当年被日本人逮捕入狱的著名音乐家老志诚是他告发的。后来虽然老志诚出面作证与他无关，但是因为前者，江文也还是被扣押了，10个月后由于不予起诉被释放。

10个月的牢狱生活中，江文也是苦闷的，他反思过自己的行为，也一直对这些满心愧疚。这期间他又投身于探索一门新的“技术”。

在监狱中，经常有患腰病的狱友被病痛折磨得满脸虚汗，江文也想起自己在日本时曾经买过一些中国失传的推拿医术书。于是请前来探视的妻子（吴韵真，1939年江文也与其结婚）取来书，开始研究推拿以治病，竟然很见效。江文也大受鼓励，开始更专注地研究起推拿，他认为中国的医道和音乐有着千丝万缕的联系，如中医将人的脉以阴阳之分，生病的原因以气血不通来理解，万物以气为本，而中国的音乐也讲究气韵。在狱中的10个月，他大部分时间都用来研究推拿，出狱后，还曾为京津两地的很多病人治疗过，这也成了他后半生“贡献于人类的一件重要工具”。