初十，戈登带着四百名常胜军和四尊小开花炮重返前线。十一日黎明时分，天空浓云密布，一片昏黑。开字营、新左营介字、魁字等营，早早吃过干粮，出动一半人马，与水师战船配合，架搭浮桥。其他各营都已进入预定的进攻地点。

东方终于露出一线曙色，但大雾笼罩，视野迷茫。程学启率领亲兵和洋枪队，会同戈登的常胜军，从中路直逼城墙根下。讵料，太平军已于半夜潜出城外，在大雾中埋伏了两万多人马，当淮军走近时，伏兵齐出，枪弹密如骤雨，从四面八方泼向淮军。淮军士兵像刈草似的倒下一大片。戈登马上指挥开炮还击，空中硝烟滚滚，与大雾搅在一起，更是什么也看不清楚。

李鸿章记述：“戈登连放开花小炮，击中多贼，该逆大股稍却。程学启挥令各军乘胜进击……该逆奔逃无路，半就擒诛，计共杀毙贼匪万余名，落水死者不计其数，其破贼营二十四座，夺获旗帜、器械三四千件，贼马二十余匹，余匪不及入城，望西鼠窜。” 只见城外尸横遍野，血肉模糊，如同一个屠宰??

然而，更大规模的杀戮却接踵而来。四月十三日清晨，程学启率三营及水师，由大河直抵正义镇。昆山西面是阳澄湖，北面为巴城湖，南面为青阳江，只有一条旱路通往苏州，就是正义镇。李鸿章判断：“我军必先据其后路要隘，使城贼胆落，则破之必矣。且破城后，不致一名漏网。”因此，程学启以重兵夺取这个通道，目的就是要把昆山的太平军一网打尽，赶尽杀绝。

为了把正义镇牢牢掌握，出动了淮军三个营、常胜军两百多人，携带多门火炮，加上水师的多条战船。中开营洋枪队居中策应，各营分路进击。一颗颗炮弹准确地落在太平军营垒上，腾起团团尘土。枪弹横飞，喊声震天。淮军发起一波一波连续的冲锋，终于攻陷太平军的营垒，消灭了两三千守军。常胜军会合水陆各军，衔尾追击，一路又杀了三四百人。

正义镇的失守，令昆山城内的太平军感到绝望，他们集结最后的精锐部队，试图突破重围。城门一开，汹涌而出。李鸿章记叙：“（慕王谭绍光）退无所归，复率三四万贼直扑我营，当督诸军前往抵御，各水师亦开炮夹击，擒斩二三千名，贼乃奔溃，我军乘胜逐北，毙贼尤众，余匪败回昆城。”至此，昆山太平军的士气趋于瓦解，郭松林仅以一支四百人的小队，就俘虏了三千多太平军，并押解到上海。

淮军各路会合，把昆山围得水泄不通。黄昏，太平军组织第二次突围，从小西门冲出。李鸿章以令人惊悚的笔触，描写了战争史上残酷的一幕：

果见慕逆等纠合大股由小西门一路拼死猛扑，意在夺路狂奔。因排列洋枪迎击，我伏兵四起，呼声震天，水师炮船连环轰打，贼不能支，纷纷回窜，自督洋枪突入贼队，郭松林左右冲突，斩杀伤毙者不可数计，两岸积尸数尺，河水为之不流……枪船由水关潜进，刘士奇等各架云梯，蚁附而上，遂于十四日卯刻将昆山、新阳两县克复。其守城各逆无路奔逃，尽行剿灭。计一日一夜生擒悍贼七千余人，轰毙斩毙二三万人，落水死者无算。