日本政府明知凶手是谁，但一直守口如瓶，不承认是日本人所为。

中方因证据的原因明知是日本人所为，但无法彻底推翻日本人的抵赖；日本政府很快查明了真凶，但自知在他国土地上谋杀他国国家元首，这在世界历史上恐怕也是绝无仅有的恐怖事件，一旦承认必遭世界谴责。这样，直到第二次世界大战结束，东京国际法庭开审时，当年按动爆炸按钮的东宫隆吉才说出真相，之后，身在中国太原战犯管理所的河本大作才承认“我杀死了张作霖”。

时为二叶会主要成员的河本大作接任了关东军参谋一职，又一次来到中国东北。“来到好久没来的东北，我却不禁大为惊愕。张作霖神气得很，同时因为二十一条问题，整个东北充满着排日的气氛。”奉天排日，“完全出自张作霖的主意，绝非民众之以日本为敌。张作霖的目的是，依靠欧美来赶走日本。”“我认为，只要打倒张作霖一个人”，“把这个头子干掉，他们便会四分五裂，而在没有出现第二个张作霖以前，他们是不知所措的。”“干掉头子。除此而外，没有解决满洲问题的第二条路。只要干掉张作霖就行。”“村岗将军也终于得出这个结论。”于是，有人提出让驻华北日军在华北干掉张作霖。河本大作说：“不要多此一举，万一失败了怎么办？”“不要给军方或国家负任何责任，而由一个人去负一切责任，否则虎视眈眈的列国，一定会乘这个求之不得的机会来胡搞。所以由我来干好了。”“袭击火车？还是用炸药炸毁火车？只有用这两种方法。如果用第一个方法，马上知道是日军干的。如果用第二种方法，或能不留痕迹地达成目的。因而，我选择了第二个方法。”当张作霖的专车开到河本大作预埋炸药的皇姑屯三洞桥时，“与轰隆的炸声之同时，黑烟飞扬两百公尺上空。我以为张作霖的骨头也飞上天空了。”

日本不仅暗杀了张作霖，还隐瞒真相，臼井胜美在《张学良与日本》一书中写道：炸死张作霖事件，尔后经过“九一八”事变、中日战争，成为侵略中国的第一步。值得注意的是，继河本之后出任关东军高级参谋的板垣征四郎，在这个事件三年后的1931年，竟也搞出炸毁列车的阴谋事件（“九一八”事件）……关东军一个参谋的阴谋，产生陆军激进派的第二、第三个阴谋，如此这般，日本终于走上全是泥沼的15年战争道路。