现在形势迅速发生变化。熙宁三年（1070年）三月、四月，御史被大规模整肃。接着倒霉的是王安石的两个朋友，他们曾经帮他得到权势，王安石也是倚为声援的。高俊、暴躁、健谈的孙觉也是东坡终身的好友，他曾向王安石发动论争。王安石列举公元前12世纪周代曾借钱给人民，利息百分之二十五，孙觉反对此说。王安石还想要他支持，刚好京师附近有人传闻贷款“抑配”给农民，皇帝下令调查，王安石就派他出去。孙觉回来，老实报告有强摊的现象，王安石说他出卖朋友，于是孙觉被免职了。更重要的是“美髯公”吕公著的案件。吕公著是宰相之子，学问渊博，却不爱说话。早年王安石和他同享科名，同被学人所推重。吕公著曾帮助王安石升迁，于是王安石派他担任御史中丞。现在吕公著上书给皇帝，这让王安石很不舒服，信中说：“昔日之所谓贤者，今皆以此举为非，岂昔贤而今皆不肖乎？”王安石亲拟解职令，用字措辞流露出他多变的性格。王安石和他交好的时候，曾经对皇帝说：“吕公著的才华足以担任良相。”如今却把吕公著比为尧舜时代的“四凶”之一。

同月，王安石任命了两个声名狼藉的人物代替他所罢免的御史，使以前崇拜他的人更加不齿。他派李定担任“知谏院”一职，台谏哗然。李定没有考中科举，也没有其他为官资历，还曾隐瞒母亲的死讯，不服母丧。这在中国人眼中，是情同野兽之行为。王安石提升他，只因李定来自乡野，曾说百姓“尽乐”青苗。王安石把他带到皇帝面前，亲自报告，御史们义愤填膺。同时，王安石擢升姻亲谢景温为侍御史。为了升迁，谢景温曾把妹妹嫁给王安石的兄弟。三位监察御史拒颁这两人的任命状，因而都被免职。其他御史提出异议，张戬请求朝廷将三位御史官复原职，罢免李定和支持王安石的吕惠卿。张戬到中书省递表状，发现王安石态度很奇怪。王安石听了张戬的话，一言不发，用扇子遮脸大笑。

张戬说：“我知道你笑我愚蠢。不过你该明白，百姓中笑你的人更多。”

同时倒霉的重要人物是宋代理学名家，“二程”之长程颢。变法初期，程颢曾经和王安石密切合作。现在，他也到中书省对王安石抗议此案。王安石读罢他的折子，怒不可遏。这位理学家意味深长地说：“朋友，我们争的不是私事或家务，是讨论国家大事。我们能不能平心静气谈一谈？”以儒家的标准来看，王安石觉得很丢脸也很难为情。

一个月光景，整肃御史的工作就宣告完成。连同去年被免职的御史，去职的人达到十四个，十一位是御史台的人，三位是宫中的谏官。司马光向皇上痛陈利害，说只有王安石、曾布、吕惠卿拥护新法，整个朝廷都反对他们。“陛下要靠这三个人组织朝廷，治理国家吗？”韩琦与张方平二月去职，司马光拒绝担任枢密副使，当月就被贬官，范镇已愤怒离京。九月，原本犹疑不决、曾偏爱新政的赵抃也决心辞官。他指出“青苗使者于体为小，而禁近耳目之臣用舍为大”。几个月之后，认命、沉着、曾把王安石得势归于“天意”的老臣曾公亮也以老病为由提出辞呈，其实他是被批评者的炮火轰走的。熙宁三年（1070年）十二月，王安石正式拜相（同中书门下平章事），位居群臣之首，地位不可动摇。次年七月，欧阳修辞去一切官职，闲居归隐。

此时，苏东坡写了他那封著名的万言书，打算挂冠而去。他曾和司马光、范镇并肩作战，司马光和范镇都已一怒而去。范镇后来和苏东坡有亲戚关系，曾在前两位皇帝手下任职中书省。他外貌肥胖温和，内心却坚如磐石。他在辞呈中说：“陛下有纳谏之资，大臣进拒谏之计。陛下有爱民之性，大臣用残民之术。”皇帝上朝的时候把范的辞呈拿给王安石看，王安石面孔铁青。当时站在附近的人都看到他手握辞呈，气得发抖。