卢沟桥事变爆发后，北大、清华与南开组成长沙临时大学，三校校长同时担任常务委员，共同领导学校。为此，蒋梦麟一方面组织广大师生南下，一方面嘱托不便南下的周作人、孟森、冯祖荀、马裕藻留下来照料北大，这四人被称为“留平四教授”。谙熟中国历史的周作人曾托人给蒋梦麟带话：“请勿视留北诸人为李陵，却当作苏武看为宜。”（《蒋梦麟教育思想研究》第296 页，辽宁教育出版社1996 年版）抗战胜利后，周作人因汉奸罪入狱，曾希望蒋梦麟出庭作证。蒋也有此打算，但是终因种种原因未能实现。蒋梦麟的纯正厚道是大家公认的。叶公超说：“我的朋友中，脾气好的人也不少，但对于仆役等最客气，而且从来不发脾气的，我想只有孟邻一个人。记得我们初到长沙去组织临时大学的时候，我们合用一个宝庆的老兵，因为语言关系，往往词不达意，我是一个性急的人，孟邻先生看见那位宝庆的同胞做错了事，或者是所做的刚好与我们的意愿相反的时候，他的反应总是发笑，我却在着急。纯厚，同情，宽容是他的本性。”

不过，在大是大非上，蒋梦麟却是另外一种模样。叶公超还说，他们到长沙后，南开的张伯苓和清华的梅贻琦还没有到。有人怕三所大学在一起会产生同床异梦的矛盾，有人甚至说：“假使张、梅两位校长不来，我们就拆伙好了。”听到这话，蒋梦麟声色俱厉地说：“你们这种主张要不得，政府决定要办一个临时大学，是要把平津几个重要的学府在后方继续下去。我们既然来了，不管有什么困难，一定要办起来，不能够因为张伯苓先生不来，我们就不办了。这样一点决心没有，还谈什么长期抗战。”（台湾《传记文学》第五卷，第二期第39 页）

不久，长沙临时大学迁往云南，改名为“国立西南联合大学”。在抗日战争中，三所大学长期合作，为中华民族保存了文化学术的火种，谱写了弦歌不绝的佳话。冯友兰在《国立西南联合大学纪念碑碑文》有言：“文人相轻自古而然。昔人所言，今有同慨。三校有不同之历史，各异之学风，八年之久，合作无间。同无妨异，异不害同……以其兼容并包之精神，转移社会一时之风气，内树学术自由之规模，外来民主堡垒之称号，违千夫之诺诺，作一士之谔谔……”（《国立西南联合大学史料》总览卷，第284 页，云南教育出版社1998 年版）这一切，如果没有蒋梦麟的努力和坚持，是不可能的。这也正如叶公超所说：“整个抗战期间，大后方的高等教育没有间断，而能继续为政府培植人才，孟邻先生个人的贡献是不可磨灭的。”