在安徽与湖北之中，他认为最重要的又是安庆。他认为：

欲廓清诸路，必先攻破金。全局一振，而后江南大营之兵，可以分剿数省，其饷亦可分润数处。欲攻破金陡，必先驻重兵于滁、和，而后可去江宁之外屏，断芜湖之粮路。欲驻兵滁、和，必先围安庆，以破陈逆老巢，兼捣庐州，以攻陈逆之所必救。

这是非常正确的，抓住了与太平天国战争的战略要点。太平军西征目标之一就是安庆，其次是武昌。武昌失去后，将重兵布置在安庆。其意图就是牢牢控制长江流域，控制金陵的上游。所以，曾国藩将战略重点定位于安庆是非常正确的。但是咸丰却不这样认为，朝廷也不这样认为。

第二，明确了以长江为核心轴，实行中路突破的战略。按照曾国藩的设想，湘军沿着长江由西往东推进。在长江两岸设置重兵，整体东进。这是非常稳固的战略，避免了轻进的危险。曾国藩认为：

诚使大江两岸，各置重兵，水陆三路，鼓行东下，剿皖南则可分金陵之贼势，即可纾浙江之隐忧；剿皖北则可分庐州之贼势，即可纾山东、河南之隐忧。

开始，曾国藩规划三路大军齐头并进，后来与胡林翼等商量后，提出四路进兵的计划。一路由宿松、石碑，以规安庆；一路由太湖、潜山，以取桐城。一由英山、霍山以取舒城；一由商城、六安以规庐州。水路连为一气，皖境连为一体，使整个安徽成为一个有机的作战体系。

第三，制定了分步实施作战计划，组织了几次重要战役。一次是1859年底到1860年正月，以小池驿为中心的太湖、潜山战役，击败了安庆周边的太平军，为四路进兵计划创造了有利条件。一次是1860年到1861年的安庆攻城战，占领了军事要地安庆，控制了整个长江。一次是皖南阻击战，打破了太平军从皖南进入江西的作战计划，也为湘军由江西进入浙江扫除了障碍。

按照这一战略思想， 1862年5月曾国荃率兵一万人，进扎雨花台；李鸿章率领淮军进住上海，开创了东部新战场；左宗棠率领湘军一部由江西进入浙江，从西往东推进，形成了东西南北包围金陵的新格局，然后不断往核心紧缩，李鸿章收复苏州、常州，左宗棠收复杭州，曾国荃收复金陵，取得了对太平天国的最后胜利。