缔结“萨长同盟”，实现江户“无血开城”的功臣

在西乡消沉低迷的时候，大久保利通却决心在真正的实权人物岛津久光身上下功夫，以图扭转不利局面。他发现久光爱下围棋，便苦练棋艺，以便交流。听说久光想看《古史传》，他便设法弄到多达28册的《古史传》分册借给久光，并乘机在书中夹带纸条以让久光明白自己对形势的见解。功夫不负有心人，久光终于逐渐疏远保守派，开始重用大久保利通。1862年，西乡在已握藩中大权的大久保利通帮助下返回萨摩，渐渐开始执掌萨摩藩军权。1864年，幕府和“尊王攘夷”派的长州藩在京都展开大战，西乡遵从久光之命，指挥萨摩军，自侧后一举击溃长州军队。不久后，西乡作为幕府势力组织的讨伐军参谋，他率领36个藩的15万士兵向长州进军。在大军威逼之下，长州亲幕府的保守势力上台，“尊王攘夷”派三个重臣切腹，大批倒幕志士转移。而西乡则获得了极高威望。

作为日本的西南强藩，萨摩和长州在当时的分歧是：前者并不希望废除幕府统治，也不认为极端激进的与西方列强斗争会有作用，后者相反。两藩兵戎相见之后都发生了一些改变，西乡和大久保利通开始认识到幕府的腐朽与没落，转向倒幕；长州倒幕派发动政变，重新掌权，采用了西洋的军制，装备西式武器，不再盲目“攘夷”。1865年4月，当幕府组织第二次讨伐长州行动时，西乡不顾幕府一再下令催促，坚决拒绝出兵。1866年1月，在土佐奇人坂本龙马的奔走搓合下，西乡隆盛和长州倒幕领袖、维新三杰之一的木户孝允秘密会面，两大倒幕势力团结起来，“萨长同盟”成立，成为日本迈向新时代的转折点，此后，这一同盟又加入了土佐和肥前两藩。为了取得英国财政、军事和技术方面的援助，西乡和大久保利通甚至不惜与仇家英国结成了“萨英同盟”。这一点上，电影中的森胜元至死都不用洋枪，和西乡没得比。

1867年，孝明天皇骤然死去，15岁的明治天皇即位。西乡、大久保利通通过开明派公卿做好了以天皇名义发布“讨幕密敕”的准备。然而正当此时，幕府将军德川庆喜却上书要“大政奉还”于天皇。表面上，天皇重新获得了权力，那么“讨幕密敕”还有下达的必要吗？倒幕派为此发生争执，有人竟想向幕府妥协。在西乡看来，统治日本几百年的幕府依旧具有很强的号召力，“大政”不是嘴上说说就能奉还的，日本想要走上维新自强之路，幕府必须废除。关键时刻，他拔出怀中短刀，大喝一声：“能决今日事者，唯此剑耳！”动摇犹豫中的众人不敢再言其它，“讨幕”诏令才得以下达，幕府被废除，新政府成立，西乡、大久保利通等掌握了新政府的实权。

以德川庆喜为代表的幕府势力，自然不甘心退出历史舞台，于1868年发动战争，史称戊辰战争。当年1月，在京都之南的鸟羽、伏见地区，萨长联军与幕府军发生了大规模军事冲突。西乡指挥了这次决战，经过3天的激烈战斗，打败了3倍于己的幕府军队。随即西乡就任讨幕军“大总督府参谋”，实际是总参谋长的位置，讨幕军三路并进，直取江户。1868年3月13和14日，在江户城外，西乡同幕府海军大臣、江户守将胜海舟先后两次举行会谈，德川庆喜不战交出江户城，幕府的特权和部份领地被取消，成为普通诸侯。这就是“江户无血开城”。8月后，西乡又率讨幕军转战关东和东北地方，肃清幕府残余势力，取得节节胜利。凯旋回师后，西乡由于军功卓著受到了奖赏。9月，他以在倒幕维新运动和戊辰国内战争中的功勋，授正三位官职，赏典禄两千石，成为诸藩家臣中官位最高、受封最厚的人。