海德里希似乎赢得了捷克社会各界的高度拥戴，工人劳动热情空前高涨，捷克总工会在五一节发表文章，提醒工人们捷克共和国时代谈论了十几年而未能实现的“社会主义”，海德里希在半年里就实现了。希特勒对海德里希的工作非常满意，他在1942年5月20日的一次讲话里声称：“看来只要给那些捷克人双倍的食物配给，不送他们到东线去打仗，就可以把他们转变为帝国狂热的追随者。然后他们就会在军火生产上投入两倍的努力，并当作自己神圣的责任。”

地下抵抗运动几乎被完全遏制、纳粹军工生产的大幅度增长让盟军对此非常头疼，更让在英国的捷克流亡政府寝食难安，因为如果抵抗运动就此偃旗息鼓，捷克人站到了德国纳粹的一边，流亡政府就没有在反法西斯同盟存在的必要了。英国安全协调局和捷克斯洛伐克抵抗运动委员会决心除掉海德里希。

“布拉格屠夫”死于肉毒杆菌

一个前捷克军情负责人莫拉维奇中校组织策划了暗杀行动，他招募来10名捷克前军人，进行英国军情六处严格的跳伞、侦察、爆破、射击等训练。莫拉维奇明确地告诉刺杀小组成员，这次行动生还的可能性非常渺茫。刺杀行动的代号是“类人猿”。

1941年年底，“类人猿”小组被英国空军陆续空投到捷克，有几人被盖世太保击毙，幸存者迅速躲藏在事先联系好的平民家里，开始秘密跟踪海德里希。1942年5月23日，一个扮成钟表匠的捷克斯洛伐克抵抗运动组织成员打入了海德里希的住所，并得知他5月27日将由乡村别墅去布拉格住所。“类人猿”小组的4名成员决定在海德里希的必经之路上实施刺杀，由库比斯和加布奇克两人“执行”，另外两人负责望风。

1942年5月27日清晨，海德里希告别妻儿，前往总督府，准备当天飞往柏林。本来，纳粹高官都配有装甲轿车，海德里希觉得没人会在捷克刺杀自己，所以乘坐着一辆敞篷奔驰，车头张扬地飘着党卫队和捷克总督的旗帜，车牌号为SS—3（SS为党卫队缩写）。和往常一样，海德里希坐在司机旁边，没有带任何警卫，而他经验丰富的常用司机生病了，今天开车的是个替补。汽车进入市郊前会经过一个异常险要的转弯处。因此，司机不得不减速行驶。

10点32分，在听到望风的同伴一声口哨之后，加布奇克跳了出来，冲到敞篷车面前，平举冲锋枪，向海德里希扣动扳机，但枪居然卡壳了。海德里希犯了一个致命的错误，他以为只有一个刺客，因此命令司机急刹车，而不是加速冲过去。他从副驾驶座位上站起来，准备拔枪还击。库比斯见状，从自己的“早餐袋”里拿出一颗金属炸弹将炸弹投向车里，但没有投准，炸弹在车门上反弹，掉到地上爆炸，海德里希和司机倒了下去。

加布奇克和库比斯分头逃跑，海德里希则冲出车来追赶库比斯，手枪连射，但没跑几步他就停了下来，手按在自己的右臀，那里一团深褐色的血迹正在蔓延，他挣扎着回到座车，靠在门上喘息连连。一个路人认出了海德里希，当街拦住一辆运面粉的卡车，让司机立刻送他去医院。海德里希勉强绕到卡车后面爬进车厢，然后瘫倒在里面。

在医院，布拉格的一流外科医生为海德里希做了手术。海德里希的肺部和下腹部多处遭受弹片而受重伤。汽车座垫的毛料填充物的纤维甚至侵入了脾脏，因此，不得不把海德里希的脾脏拿掉。手术完成，海德里希恢复得不错，不久可以进食，但到6月3日病情忽然恶化，伤口感染，引发坏血症。希特勒将欧洲占领区所有著名的外科医生都空运到布拉格也无济于事。1942年6月4日早晨，海德里希去世，死时38岁。