作为始作俑者张建旗于1967年8月被逮捕，这些学生都押在K字楼，他们既不是拘留，也不是逮捕，只说是“办学习班”。那时毛主席指示“办学习班是个好办法，很多问题可以在学习班得到解决”。因此张建旗被“抓进”的是“学习班”，当然，“学习班”也就是名声好听些，其实也与监狱差不多。遇罗克的弟弟遇罗文在《我家》中写到张建旗，他说张建旗也在K字楼关押过，后来毛主席倡导办学习班，他们一起被拉到北京北郊的“第一少年管教所”去参加“学习班”：“最让我难忘的是‘5.16’头目张建旗，钢铁学院大学生。在半步桥关押时，据说受尽折磨。关押一年多，始终戴着镣铐，背铐半年，后来转为前铐。到学习班时，已患上肺结核、肝炎、肾炎等多种疾病，瘦弱不堪。为了得到较好的营养和治疗，他假装承认自己做错了，军代表十分高兴，大会上对他进行了表扬。待他身体稍有好转，立刻声明，承认错误是为了活命的权宜之计，坚决不承认以前有什么错。前期学习班释放了张建旗以下的几个‘5.16’头目，军代表又把他们之中的几个人请回来，劝张认错，张把他们痛骂一顿还是不认错。后来虽然他也被释放了，可惜听说不久就因病去世了。”（《我家》） “学习班”结束后，干部子弟绝大部分都释放了。遇罗文认为张建旗放了以后“故去”。此时抓‘5.16’运动已经轰轰烈烈在全国展开，陈伯达是主抓这个运动的小组长，组员包括公安部长谢富治、空军司令吴法宪等。清查和批判‘5.16’已经升格为中央战略部署的全国性的政治运动，张建旗又不肯认错，因此被北京市公安局释放的张建旗又被公安部逮捕送到秦城监狱了。

许多研究文革的文章都说张建旗是1970年被枪毙的，其根据皆是师东兵的《吴法宪访谈录》中的一段话：“五一六就是有个叫张建旗的学生组织的一个反总理的红卫兵组织。他们到处拉关系，和《红旗》杂志的林杰这些人勾结上了，最后发展到了登峰造极的地步。张建旗在一九七○年被枪毙了。后来的抓五一六完全是胡闹了，什么人也挂上了五一六，就和现在的反革命帽子一样。”可是在吴法宪本人写的回忆录中，虽然也谈到了‘5.16’问题，却没有说到张建旗被枪毙这件事。这段故事肯定是师东兵向壁虚构的，张建旗没有死，1976底（或1977年初），他被判20年有期徒刑，送到一监三中队服刑。

张建旗刚到三中队时披着棉大衣，拖着几只大箱子，箱子里装着许多衣服（包括有将校呢军装）与书籍。一看就知道他的家不在北京，家在北京的犯人一般把平常用不着的东西送回家了。后来知道，他确实不是北京人，家在黑龙江哈尔滨，父亲早年去过延安，后来牺牲了，算是革命烈士子弟；他母亲本身也是延安干部，文革前是黑龙江省厅局级干部，丈夫死后又嫁的丈夫、也就是张建旗的继父，是省部级干部。张建旗有点自命不凡，个子很高大，约在一米八以上，身体的宽度、厚度都能与其身高相匹配。他腰板挺直，脸有些黑，四四方方，一副目下无尘的光景，只是脸稍有浮肿、鼻子尖儿有点红，好像被冻得一样，显得有些可笑。他很少与人说话，收了工也是一个人在筒道里背着手走来走去，像电影中千篇一律描写大人物思考重大问题时的情状。后来时间长了，才知道他就是文革中享大名的张建旗，他也逐渐透露出他1967年以后的经历。