秋瑾女士的就义，使吕碧城也蒙受了一场生命的危难。

那一年，秋瑾和吕碧城在《大公报》馆告别之后，不久便东渡扶桑，开始了她的游学生涯。七月中旬，秋瑾给在天津《大公报》的吕碧城寄来了书籍和稿件。七月二十二日，吕碧城在《大公报》“中外纪事”栏撰文说：

浙江秋璇卿女士，自号鉴湖女侠，慷慨激昂，不减须眉。素悲中国教育之不兴，国权不振，以振兴女学为栽培人才之根本，乃于上月初九日（1904年6月22日），由京起程，游学日本。日前，寄书于其寓津之女友云：“二十日（1904年7月3日）到东京，即进实践女学校。一年后进师范学校。”并云：“彼国妇人无不向学，我国女子教育需材甚急，我同胞能多一留学生，即他日多一师资”云云。志之以为中国女子之劝。

八月中旬，秋瑾又一次给吕碧城寄去自己写的文章，内容是欢迎中国学生赴日留学。八月二十六日，吕碧城以《中外近事·女界之光》为题，在《大公报》撰文：

日昨，秋璇卿女士由日本东京实践女学校来函，致吕碧城女士云：“东京前有共爱会社，嗣又中途废止。今东京女学生，计有三十余人，来者日多。今余与陈撷芬女士重兴共爱会，实行共爱会之宗旨。并设女招待一员，照拂女学生之来东及入学校等事。祈普告同志，倘愿来东留学者，或电达横滨山下町一百五十一番地陈撷芬，或东京中涩谷实践女学校秋瑾。”

自此，吕碧城与秋瑾书信不断，直到秋瑾在绍兴遇害。

一九○五年十二月二十五日，秋瑾结束了一年多的留学生涯，与易本义、姚宏业等人，乘“长江号”客轮从横滨回国，第二年的二月中旬，她从上海回到绍兴。她先是到吴兴的浔溪女学堂当教师，结识了徐自华、徐蕴华姊妹，并介绍她们加入同盟会。后又到上海筹备创办《中国女报》，编辑部设在上海虹口北四川路厚德里九十一号。陈伯平任编辑主任，姚勇忱、张剑崖任编辑，徐蕴华任校对，尹维峻负责发行管理，秋美章任总务，秋瑾任社长兼发行人。这期间秋瑾为创刊事与吕碧城书信往返，并请她为《中国女报》撰写文章。

一九○七年一月十四日，《中国女报》（第一号）创刊，该报为32开本，每期64页，设有论说、演坛、译编、传记、小说、文苑、新闻等栏目，主要撰稿人有秋瑾、陈伯平、吕碧城、陈志群、钝夫、黄公、燕斌等，但大都出自秋瑾之手。创刊号首页署名“鉴湖女侠秋瑾”的《中国女报发刊辞》、《敬告姐妹们》和吕碧城撰写的《女子宜急结团体论》等文章。3月4日，《中国女报》第二号发行。报上刊登了秋瑾身穿和服、手执日本刀的照片，自荐诗《勉女权歌》等文章，以后因经费困难、秋瑾奔走革命而停刊。她在绍兴创办大通学堂，联络各地会党，准备浙皖两省起义。安庆举义失败后，秋瑾拒绝出走，被绍兴府衙门逮捕审讯，这年六月初六（7月15日），英勇就义于轩亭口大街。

清政府在审理“秋案”中，从大量的文稿、信函、电文中得知吕碧城、吴芝瑛等与秋瑾来往密切，认定是她的同党，遂被浙江巡抚衙门禀报京师的法部，要求批捕吕碧城。

法部的前身是刑部，后改为法部。袁克文十七岁那年，给他的父亲袁世凯写信，要出去做官，袁世凯也觉得应该让他历练历练，于是设法在法部给谋了个员外郎的差事。在法部供职，自然要与案件打交道，他看到浙江来的奏报，感到吕碧城是父亲辖区内之事，便立刻告诉了父亲袁世凯，并晓知以利害。

袁世凯得知此事后，也认为吕碧城是自己重用的人，而且是个难得的人才，如果被抓走，不仅有伤面子，也会给政敌以把柄。