毛泽东因此掌握了主动，但是在会议上造成一场骚动的，却是林彪。他在会议结束之前，突然指控党的宣传部长陆定一和书记处成员杨尚昆阴谋发动“反革命政变”，并呼吁彻底调查他们的行为。他宣称为了挫败他们的阴谋，他已经征得毛泽东的同意，派遣军队进驻北京的广播电台和“公安单位”。在这次会议的几个月之后，毛泽东在写给江青的信中说，林彪所说的话令他大吃一惊。尽管毛泽东可能真的大吃一惊，却不能使陆定一和杨尚昆免逃几乎立即被捕的命运。

在打败彭真和书记处后，毛泽东似乎应该返回北京了。但他却决定继续留在杭州，让刘少奇和邓小平去发动这场文化大革命！这使刘、邓两人很不愿意，但却又不得不做的一件事。毛泽东究竟是想要给他们一个将功赎罪的机会，或只是丢给他们一条绳子，要他们自缚手脚，这又是另外一个谜，而且可能永远也无法找到答案。即使他们想弥补过失，但他们的做法也错了。他们不是去努力迎合毛的意见，相反，他们计划实施一项政策，其做法几乎是刘少奇在社会主义教育运动中起草的《后十条（修正案）》的翻版。他们派遣了数百个工作组到北京的中学和大学，要求他们建立文化革命委员会，并指导文化革命委员会调查、搜集学校教师和管理人员过去和目前有无修正主义的倾向和证据，但并没想把群众卷进去。

这种做法，从一开始就受到林彪、康生和陈伯达等人的破坏。通过各机构的军宣队，以及学校和大学的军代表，他们三人把由本该党委控制的自上而下的清理工作变成自下而上的对领导和教师的揭发和攻击。他们动员学生示威游行，反对他们的师长，并要求把“牛鬼蛇神”揪出来批判，即使是党的高级干部也不能例外。到了6月初，由“好”的（非资产阶级）阶级背景的学生组成的一队又一队的红卫兵，已经布满整个北京市，并开始和工作小组发生冲突。在幕后，林彪等人也展开积极行动。他们改组北京市委，并且派军宣传队接管了《人民日报》。

刘少奇和邓小平很快就发现，他们所面临的这项动乱，是毛泽东最亲信的人发动的。因此他们前往杭州见毛泽东，请他作指示。但毛泽东只是建议他们，不要太过倚赖工作小组或把他们当作革命工具，其余的事情由他们自行决定。他们既然不能拒绝担负起更进一步的责任（这样做等于违背了党的纪律），只好采取唯一可行的做法，回到北京，向红卫兵宣战。他们下达两项命令，禁止学生与教师秘密集会，并宣布所有的红卫兵组织为非法。这项措施取得了效果，工作小组受到鼓舞，全力反攻，阻止红卫兵走上街头。但对于军方所控制的一切，邓小平和刘少奇却束手无策。

在这种情况下，毛泽东终于回到北京。途中，他在武汉游过将近一里宽的长江。虽然从照片上看起来，他其实是浮在水面上飘过长江，而不是真正游泳，但这对一个已经72岁的老人来说，毕竟是不简单的。在随后而来的宣传中，他被描述为像是超人一般。在陈伯达和其属下宣传人员多年来的不懈努力下，对毛泽东的个人崇拜，在这时候达到最顶峰。他开始被描述成具有神奇力量的人。在美术作品里，他的形象被画得比四周的人都要高大。他成了人民心目中的“最红最红的红太阳”。