1918年到1923年，作为胡塞尔的助手，海德格尔除了接受胡塞尔现象学的指导和主持研究班的讨论外，还先后讲授了现象学、对亚里士多德的现象学解释等课程。这一过程不仅使他真正了解了胡塞尔现象学的本质内容和根本缺陷，而且使他获得了未来研究存在问题的现象学方法。

对存在问题的兴趣的不断增长与现象学方法结合，促使海德格尔走上了追问存在的道路，而在此期间人类社会发生的各种重大事件（特别是第一次世界大战）对个体和人类的生存提出的尖锐深刻的疑问，由叔本华和尼采的唯意志论、狄尔泰的生命哲学、克尔凯郭尔的个体存在哲学等构成的现代早期人学大潮的涌动，无形地规定了海德格尔的存在之思必然又是人学之思。

1922年，由于胡塞尔的再次大力推荐支持，海德格尔再次申请马堡大学的副教授职位，马堡大学的那托普和哈特曼认为他关于亚里士多德的讲稿写得有创造性，故也极力推荐他为第一候选人。1923年6月，他当上了马堡大学的副教授。

在马堡大学的五年即1923年至1928年，海德格尔的收获同样十分巨大。马堡大学是新康德主义马堡学派的所在地，海德格尔与那托普、哈特曼等一流哲学家经常进行哲学讨论，大大扩展了他的哲学视野，同时，由于讲授和研究了柏拉图、亚里士多德的哲学以及时间观念的历史，使他对存在与时间的思考逐渐形成了体系。因此，1927年2月，他的《存在与时间》的第一部，作为胡塞尔主编的《哲学与现象学研究年鉴》的特刊公开问世。这使海德格尔名声大振，很快他被认为是德国最伟大的哲学家之一。

1928年至1946年，是海德格尔的思想与生活中一段非同寻常的时期。

1928年，在胡塞尔的推荐下，海德格尔接替年届退休的胡塞尔的教授职位，重返弗莱堡大学。然而也只是在这之后，胡塞尔才认真研读了海德格尔的《存在与时间》，真正明白了他与海德格尔分歧的根本性。1931年，胡塞尔公开表示与海德格尔决裂。

1933年，希特勒纳粹上台执政，弗莱堡校长被迫辞职，作为哲学家的海德格尔似乎第一次交上了“官运”。原校长劝说海德格尔出来竞选校长，结果海德格尔被选上。按理说，哲学家是有着深刻智慧的人，对现实政治应该有清醒的认识，但此时的海德格尔似乎并不清醒。他在以《德国大学的自我主张》为标题的校长就职演说以及其他讲话中，把纳粹的国家社会主义看做是一场彻底的革命，认为它代表着人类的未来希望，说希特勒是德国现在和将来的现实，并且自己也加入了纳粹党。虽然他可能的确没有按照纳粹的要求去迫害犹太人和烧毁犹太人写的著作，虽然他因教育主张与纳粹的教育纲领不同而在1934年2月辞去大学校长的职务，但这段昙花一现的“辉煌”，总是不断招来后人对他的贬低和非难。

可想而知，海德格尔这时的心情是如何复杂，如何不平静。他的思想的动荡和转变也正是在此之后（1935年）开始的。尖锐动荡的社会现实，无法预料的个人前途，使海德格尔的脑海无法不去思考现代人类生存的必然性问题。从形而上学的追根到艺术作品的探源，从对哲学的探索（1936—1938年）到对人本主义的解剖，从对谢林的人类自由理论的分析到对尼采的权力意志理论的研究，从对荷尔德林的诗篇的挖掘到对赫拉克利特逻各斯学说的探讨，从对抽象的哲学理论的反思到对现代人类历史的追问，无一不浸透着他对人类前途的关怀。用他自己的话说，他的心灵激烈震荡了十年之久。

第二次世界大战德国战败后，海德格尔因被认为有“纳粹之嫌”而被法军禁止上课，直到1951年禁令撤销。