公元1641年9月，正在松锦前线的皇太极忽闻宸妃病危的消息之后便即刻返回，但当他赶回盛京的时候宸妃已然失去，皇太极悲不自胜。自此之后，这位身体一直颇为健壮的大清帝忽而昏迷、忽而减食，经常“圣躬违和”。公元1643年8月9日，劳累一生的皇太极终因病在沈阳清宁宫与世长辞，谥为文皇帝。

皇太极逝世之后，诸王贝勒大臣议定，立皇太极之第九子福临即位，以郑亲王济尔哈朗、睿亲王多尔衮“辅理国政”，改次年为顺治元年。摄政王多尔衮接起来了他未完成的伐明计划，率军与明朝重新展开战事，而此时的大清已经面临着如何入主中原一事。当时大清明确敌人其实已经不再是明朝，而是农民军了。范文程针对当时的局势，立刻提出了“明敌、急进、招抚、吊民、悼明”的多项策略。并在对以往历次与明军交战的经验教训进行总结之后提出：“中原百姓备受苦难，思得明主，以便安居乐业。

以前我军虽曾屡次深入，但都烧杀掠抢之后而归，以致伐明大业至今半途而废。老百姓也以为我们不过是贪图财物人畜，并无大志，因而心怀疑虑，对我们没有信任感。现在应该重新严申纪律，做到秋毫无犯，并去利用有贤的能人智士，体察人民疾苦，以使老百姓明白我们进取中原的决心和善待百姓的诚意。如能这样，黄河以北可传檄而定。”范文程还屡次为当朝仅要敲警钟：“无有好生之德，自古未闻喜好杀戮者能得天下。若只打算统治关东便莫要说起，如果想问鼎中原、一统华夏，则非得爱护百姓不可。“这就是所谓的吊民政策，也就是要收揽民心，以取得官民的支持。而范文程所提出的这些建议，把满洲贵族一贯从事的掠夺性战争转变成为夺取全国最高统治权的统一战争，对清朝开国初期稳定政局起到了重要的作用。

然而正当范文程励精图治、业绩显著的时候，朝中的政局却发生了重大的变化。摄政王多尔衮率清军入主中原以后，权势急剧膨胀，初晋叔父摄政王，再升皇叔父摄政王，顺治五年（公元1648年）竟当上了“皇父摄政王”。其亲弟多铎亦因入关和下南京之功，以及助兄治政，不断高升，初由郡王复封亲王，再晋德豫亲王，顺治四年又进封“辅政叔德豫亲王”，成为仅次于多尔衮的“辅政王”，具体主持日常政务。多尔衮此时不仅压抑正黄、镶黄两旗忠于皇太极、福临与豪格的王公大臣，而且已经大有取代福临帝位之势。范文程曾蒙受皇太极特恩殊宠，竭力效忠朝廷，所以誓死不忘故主。进退两难之际，范文程最终决定托疾家居，此举自然引起多尔衮的不满，范文程逐渐被排除于议政之外。