但是，艾滋病的流行病学和防治对策本身毕竟首先是个科学问题，过分将其政治化是错误的。尤其是姆贝基和新政府的一些官员（典型的是姆贝基任命的卫生部长曼托·查巴拉拉 - 姆西曼博士）后来在这方面越走越远，从忌讳谈论黑人艾滋病高发率，发展到声称艾滋病是一种“西方人带来的种族主义祸害”，从强调艾滋病高发的社会背景，发展到拒绝承认HIV病毒是艾滋病的病原，从主张以反贫困来消除艾滋病流行的社会因素，发展到忽视乃至否认现代科学防治手段的重要性，从抱怨唯利是图的西方生产商提供的ARV(抗逆转录病毒药物)太昂贵，发展到说这种药“有毒而且无效”，并提倡用“非洲人创造的”神奇土方来对付艾滋病。这就导致了灾难性的后果。

新南非刚刚建立的1995年，HIV病毒和艾滋病问题国际会议在南非举行，当时宣布，南非大约85万人，即总人口的2.1％被认为是艾滋病毒呈阳性。新政府也承诺要与国际社会合作认真对付艾滋病。但是姆贝基就任总统后，却改变原来的反艾滋病方针，并附和一些“非主流科学家”的说法，声称艾滋病并非由HIV病毒引起。在2000年7月德班举行的国际艾滋病会议上，姆贝基总统的演讲几乎通篇都在大讲反贫困，却避而不谈防止HIV病毒传染的问题。原定的抗艾滋病国家计划也未能实施。当时国际医疗界推荐新研制的ARV，这类抗逆转录病毒药物不仅有一定疗效，而且重要的是可以防止HIV阳性孕妇感染胎儿，对控制母婴传染这一艾滋病流行渠道意义重大。但是一些南非官员先是抱怨药太贵，后来一些西方国家同意提供技术在南非就地进行廉价生产，南非政府却迟迟不批准。2004年美国总统小布什提出5亿美元援助计划以帮助非洲抵抗艾滋病，包括提供美国药监局1997年批准使用的ARV新药奈韦拉平和其他医疗手段，但是姆贝基却以抗逆转录病毒药物的疗效与其副作用不相称为理由，指责美国想用非洲人做试验新药的“小白鼠”。南非卫生部长查巴拉拉 - 姆西曼大力宣传“我们的秘方”——一种用橄榄油、大蒜、甜菜根和其他一些东西配制的东西——的抗艾神效，声称胜过ARV。而时任副总统的祖马甚至现身说法，说他曾与某位感染艾滋病毒的女性幽会，但事后洗了淋浴，就不会被传染。