光绪二十八年（1902年）七月，由张元济、高梦旦、庄俞、蒋维乔等11人编写的初小、高小《最新教科书》开始出版发行。七月，由蒋维乔所编《最新国文教科书》捷足先登，至十月，全书16种、教授法10种先后编成面世。此系列教科书一经出版，便势不可当，发行后几日内便被抢购一空，一炮打响。为后来书馆事业大展铺平了道路。当时虽有二三家出版商亦推出似教科书非教科书者数种，然水平较低，不完不备。而商务出版的《最新教科书》，乃依照学部颁发之《学堂章程》，且紧密结合当时社会实际，吸取西方文化有益部分，编出各科目所急需的新式教科书。在毫无成例无现成公式可依的情况下，可谓横空出世，独步神州。是年，由陈独秀所纂《万国地理新编》，亦由商务印书馆出版发行，受到广泛欢迎。

元济十分注重女子教育。其时，新文化风气初开，各学校采取男女儿童分校教授之法。商务印书馆针对这一实际，光绪三十年（1904年），由高梦旦、庄俞、张元济、蒋维乔等六人所编《女子修身教科书》出版发行。根据部定《女学章程》之要求，以符合女生特点为特色，推出《女子修身》、《国文》课本两个系列，其中初小两种、高小三种、教授法四种。同时编写中等师范用书多种。

光绪三十二年（1906年）七月，清廷下诏实行“预备立宪”。元济再次入京，任职学部。宣统三年（1911年）六月，学部奏设中国教育会，以状元公张謇为会长，元济为副会长。七八月间，中国教育会议召开，在元济的主持下，会议讨论议案多达六十五种。虽不久因清廷鼎覆未遑落实，但此番新旧教育观念大交锋之教育盛会对民国初年的教育改革影响之深刻不容低估。