由于多年积劳成疾，1933年，树德先生患血管硬化症。1937年“七七”事变爆发，北京大学等高校陆续南迁，先生失去教职，从此经济来源断绝，处境凄惨，衣食不完。在日伪统治时期，先生病无医药，生活无着，子女多而幼弱，因而困窘不堪，至病況不断恶化，最终瘫痪。在病中，先生仍笔耕不辍，著成《论语集释》四十卷。这也是先生最后一部重要著作。在序言中，先生写道：“身患舌强痿痺之疾，足不能行、口不能言者七年于兹矣。风烛残年，不惜汗蒸指皲之劳，穷年矻矻以为此者。”为弘扬中华固有文化，以“目难睁不能视，手颤抖不能书”之病弱残躯，自己口述，由亲戚笔录，历时九年，《论语集释》终于在1942年脱稿。其倾心学术、不屈不挠的顽强精神，于此可见一斑。关于撰《论语集释》之缘由，先生曾云：“论语一书的注释，汉、魏诸家有各种注。自何晏论语集解行，而郑玄、王肃各注皆废；自朱子集注行，而集解及皇侃论语义疏、邢昺论语注疏又废。朱子至今又八百余年，其间名儒著述训诂义理，多为前人所未发，惜无荟萃贯串之书。先生本孔子‘述而不作’之旨，将宋以后诸家之说分类采辑，以为斯书之助。在学术上力求不分宗派，苟有心得，概与采录，以供学者研究。内容分十类：考异、音读、考证、集解、唐以前古注、集注、别解、余论、发明、按语。按语则是先父对诸家学说提出自己的见解。所引书目六百八十种，全书共一百四十万言。”此书为研究《论语》之学者提供了自汉至清的详尽资料。又对《论语》之训诂注释有充分考证，用各家学说阐明孔子的思想本质，为译注、研究《论语》的学者批判继承我国古代文化遗产提供了广泛的根据。是一部研究孔子思想，特别是研究孔子教育思想的重要参考书。《论语集释》由于是口述而亲戚代笔而成，错写与遗漏之处较多，且无新式标点。后得再版，由先生哲嗣程俊英女士和学者蒋见元先生重新校勘，并加标点，受到学术界广泛好评。