有远见的李鸿章对李提摩太的方案极表赞同，并将开办大学堂之事交李氏全权负责。不过，并不是人人都有二李如此的远见与胸襟。即便是向李提摩太发出邀请的岑春煊，也认为“目前山西民穷财尽，拿不出那么多的银两用以筹备大学”。后来，由于李提摩太自上海“叠次催促，函电往返”，岑春煊不得不于1901年9月令洋务局提调候补知州周之镶赴上海面议开办事宜。

周之镶抵达上海后提出的四个谈判条件，看似宏大，却与教育实质无关。一、晋省所出五十万两银不称罚款；二、西籍教师在校内不得宣扬耶教；三、学堂不得与教会发生关系；四、西籍教师不得干预学堂行政。岑春煊特别叮嘱周之镶“订课程、聘教习、选学生，均由彼主政，未免侵我教育主权”，因此要“极力磋磨”。李提摩太对罚款称什么并不在乎，但坚持认为，如不让西人主持学校，今所办学堂与昔日之书院有何相异？后来周之镶也赞同了这点，他反过来电复岑春煊，称李提摩太并无侵权之意。若无此条，则学堂不能按西方近代模式办理。若不签署合同，恐有商谈破裂之后果。岑春煊考虑到“彼时和议甫成，时局尚未大定，晋省耶稣教案极巨，若与决裂，必致收束为难”，于是“与司道等再四筹商，佥以宜委曲求全”。最终，同意周、李所订之合同。岑春煊此时的真实思想是“实以迅了巨案为中心，并非真冀收育才之效也”。

当年11月，周之镶代表山西当局，李提摩太代表基督教山西各教会正式在《中西大学堂合同八条》上签字。合同主要内容是：山西筹银五十万两，分期交付李提摩太，开办“中西大学堂”。十年以内学堂课程及延聘教习、考选学生，均由李提摩太主持。十年期满，学堂房屋及一切书籍仪器，概交晋省，并不估价。

合同终于签订了，外国人认为尘埃落定，但在中国人看来，这仅是一张纸而已。

无独有偶，1901年9月14日（光绪二十七年八月二日）清政府颁布“除京师大学堂切实整顿外，各省于省城均设大学堂”的上谕。一直担心外人“侵我教育主权”的岑春煊得到这一令箭，便迅速行动起来。他一边叫周之镶在上海谈判，一边在山西本地加紧改造书院，拟抢先一步创办山西大学堂。山西大学堂与李提摩太要办的中西大学堂，校名虽仅一字之差，但办学模式及教学内容实质差异很大。但山西大学堂的筹备工作进展很快，经皇帝奏准，1902年5月8日（光绪二十八年四月初一）便可正式开学。

山西本地的这些行动，当时远在上海的李提摩太并不知晓。当他1902年4月30日带着中外教习一行抵达太原后，才发觉情况严重。他在回忆录中写道：“到太原后，我们发现有人正在大张旗鼓地筹备一所官立大学，与我负责筹建的大学很相似，并且被置于一位排外的政府官员的控制之下，那人曾千方百计反对建立西式教育的大学。他曾经去欧洲旅游，写了一本游记，对他所看到的一切好的事物极尽诋毁之能事。”

考虑到在同一个城市建立两所竞争性的学校在实践上并不可行，李提摩太与岑春煊交涉。

岑春煊说，两所大学可以成为良性的竞争对手，你们外国人不是提倡公平的竞争吗？李提摩太虽然赞成学堂竞争、传教士竞争，但并不赞成一个城市里的大学间竞争。他认为，如开办两所大学堂，既浪费经费，又将使中外不和，而终止中外不和，正是创办中西大学堂的目的所在。为什么不把两者归并为一所山西大学堂，一部专教中学，一部专教西学呢？ 这种人力的分配更为高效，因为不需要两套教授班子、两套教学设施。