徐阶认识到居正是国家栋梁之才，他舍不得让他做杨继盛、吴时来，甚至也舍不得让他做邹应龙，冒着最后一次危险，他只让居正在幕后活动。严嵩失败以后，居正感觉到无限的高兴，对于自己的政治前途，抱着无限的希望。

嘉靖三十六年的秋天，居正从江陵入京，再投入政治的旋涡。这一次他的出山，多分是因为不甘寂寞。整个政治局面丝毫没有改进，世宗还是一意修玄，严嵩还是大权在握，徐阶还是精心结撰青词，不动声色。新起的政治势力还有严世蕃——严嵩的儿子。严嵩老了，逐日要到西内伺候世宗，一切官员，要和他接洽政务的，他都吩咐和他的“小儿东楼”商量。东楼是世蕃的别号，父亲对人称呼儿子的别号，在当时是一件诧异的事。世蕃从太常卿升工部左侍郎，这是一个名义，事实上，他是严嵩的代表。在当时的政治社会里，严嵩是“大丞相”，世蕃是“小丞相”。

在这个时期里，对外的方面，还是没有办法。俺答不断地向北京外围——古北口、通州、蓟州、大同、宣化进攻，国家的政治中心成为他最后的目标。东南的倭寇也是不断地进犯，他们没有远大的计划，但是全国富庶之区，长时期受到他们的蹂躏。内政方面，当然也谈不上什么地方治安。居正回到翰林院以后，曾经说起：