《申报》馆印的《聚珍版丛书》，现在已成为稀有之本，藏书家很为重视。那时《申报》馆除发行报纸外，曾仿清乾隆用活字所排的聚珍版，用木质活字刊行《聚珍版丛书》，每种只印一二千本，不像铅质活字，可以随印随拆，且没有纸型，不易再版，所以到现在很少见到了。当时署名缕馨仙史的蔡尔康的书目序，有那么一段，“迩日申江以聚珍版印书问世者，不下四五家，而《申报》馆独为创始，六载以来，日有搜辑，计印成五十余种，皆从未刊行及原版业经毁失者，故问讯之人踵相接也。”蔡尔康便是丛书的主辑者。自一八七二年至一八七七年，所印成绩斐然。一八七九年，尊闻阁主又有续书目的刊行。

丛书以笔记杂录为最多。属于地方性的，如刘世馨的《粤屑》，陈树基的《西湖拾遗》，施可齐的《闽杂记》；有关军政的，如陈昌的《霆军纪略》(霆军指鲍春霆)，尹耕云的《豫军纪略》，秦湘业的《平浙纪略》，望炊的《和约汇钞》，李和叔的《使琉球记》，姚莹的《东槎纪略》，曹晟的《十三日备尝记》，这是揭露清道光间帝国主义侵略上海的一部信史。此外如张德明游历泰西十五国的纪录，名《航海迷奇》，那是明代人的作品。又陈庚的《笑史》，独逸窝退主的《笑笑录》，两种性质是差不多的。王昶的《春融堂杂记》，周寿昌的《思益堂日札》，戴莲芬的《鹂砭轩质言》，王雪香的《孪史》，朱孔阳的《历代陵寝备考》，蔡尔康的《记闻类编》，那是辑录《申报》所刊奏折、论议、时事、杂闻、诗歌等，分为十四类，为新闻记载编印单行本的开始。用小说体裁写的、有江日升的《台湾外记》，张南庄的《何典》，汤世的《东厢记》，这书根据《西厢记》的结束，另作十六出，的确是别开生面。此外，还有张敦复的《笃素堂文集》，王韬的《瓮牖余谈》，黎庶昌的《曾国藩年谱》十二卷。上述各书，十之七八与史料有关，可作学术研究的参考。

《申报》馆还经营上海图书集成局，把《古今图书集成》用活字版印行。当时外国人把这部巨著称为“康熙百科全书”，又因为《申报》是外国人美查创办的，有人也叫这个版本为“美查版”。此外又有《申报丛书》，从一九三三年开始，大都属于国际形势以及世界知识方面的，共四十多种。《申报月刊》，创刊于一九三二年，是为了纪念《申报》六十周年而印行的，由俞颂华主辑，后来又改为周刊，出至四卷十二期止。月刊社同时发行《申报月刊社丛书》，共十一种。如翁照垣的《淞沪血战回忆录》。瞿兑之的《庐所闻录》，以及丁文江、翁文灏、曾世英编制的地图两种。其他出版物，有秦瘦鸥的《御香缥缈录》，王一之的《旅美观察谈》，沈有乾的《成功百诀》，谢介子的《西方格言》，项远邨的《太平洋会议之参考资料》，以及《申报评论选、《西北视察记》、《欧战实录》、《申报上海市民手册》、《申报六十周年征求学生文选》等。