《药物化学（第3版）》精简了一些关系不大或适用性不强或与其他课有重复的内容，如火焰光度法、一些基础化学分析方法、体内药物分析、药物的熔点与沸点测定等。药物由原214个减至165个。其中增加了新药青蒿素、头孢氨苄、苯唑西林钠等。教材中将新介绍的分析方法及丰富提高的化学方法编入药物各论中有关部分介绍。为加强技能操作训练，《药物化学（第3版）》增加了制剂分析和医院制剂分析内容，尽可能照顾到多种分析方法和代表处方的分析。从适用性和可行性出发，增加了双相中和法、溴量法、排除干扰的片剂含量测定等内容，去掉了火焰光度法、四苯硼钠法、离子交换法等实验。在仪器分析中鉴于仪器不同，操作有差异，且各仪器均附有使用说明，故在教材中，一般不编入仪器的个体使用操作方法。
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