熊廷弼，字飞百，江夏人。万历二十五年(1594)考中乡试第一名，第二年成进士，初授官为保定推官，继而升为御史。
三十六年(1608)外出巡按辽东。巡抚赵楫与总兵官李成梁放弃宽甸地方的八百里领土，把当地六万老百姓迁移到内地来安家。过后，评定功绩竟然还要受到奖赏，给事中宋一韩上书论列了他们的罪。此事被下发给廷弼重新核查，全部查清了他们放弃领土、驱民迁移的事，廷弼上书弹劾他们两个的罪状，并说到前任巡按大臣何尔健、康丕扬勾结、包庇他们。但他的奏章竟未被下发给大臣讨论。当时诏书要求兴办屯田，廷弼说辽地多有闲地，每年在八万兵额中用三分人力来屯田、耕种，就可以收获粟米一百三十万石。神宗皇帝特地颁布诏书表示赞成，命令在边境各处推行。当时边防将领喜欢搅扰敌营，动辄引发战斗。廷弼说防护边疆以自守为上策，修造城堡，有十五种好处，报告皇帝后就实行起来。那年大旱，廷弼巡行至于金州，就在城隍庙神像祈祷，约七日里下场雨，如若不下雨就拆毁城隍庙。等巡行到广宁，已过了三天，廷弼就用大字写了白牌，封了剑，派使节前去斩杀城隍神，使节还没到，就见风雷大作，暴雨如注。辽地的人以为他为神明。他在辽地几年，杜绝送礼，核查军情，审查大将小吏，绝不姑息养奸，辽地的风尚、纲纪为之大振。
廷弼在南畿为督学，纪律严明，很有声望。后来因为棒打生员致死一事，与巡按御史荆养智相互在奏章中攻击。养智递上奏章弃职而去，廷弼也因听候核查回家乡去了。
四十七年(1619)，杨镐战败丧师以后，朝廷因为廷弼熟悉边防事务，起用他为大理寺丞兼河南道御史，前往安抚河东地带。不久提升为兵部右侍郎兼右佥都御史，代杨镐为经略。他还没有离开京城，开原就失守了，廷弼上书说：“辽左，是京城的肩背，河东，是辽镇的心腹，开原又是河东的根本。想保住辽东的话，开原一定不能放弃。敌军没有打下开原的时候，北关、朝鲜还足以给他们构成腹背之患，现在开原被打下，北关不敢不向敌人屈服，敌方派一个使臣去，朝鲜不敢不附从。敌人没有腹背之忧，一定会联合东西两边的兵力来一起攻打我们，这样辽、沈怎么守得住呢？我请求朝廷赶紧派遣将士，准备粮草，修造器械，不要节制我的费用，不要延误我的时限，不要用一般的规矩来使我沮丧，不要从旁阻挠来掣我的手肘，不要把艰危只给了我一个，大家不关于心，以至于误了我、误了辽，并且误了我朝我国家。”奏章递上去以后，全部得到允准，神宗并赐给尚方宝剑以加大他的权力。廷弼刚刚走出山海关，铁岭又失守了，沈阳和其他城堡的军民一时间全都逃窜了，辽阳一带人心不安。廷弼兼程向前，遇到逃出来的，就劝说他们回去。把逃将刘遇节、王捷、王文鼎斩了头来祭奠死节的将士。把贪污的将领陈伦给宰了，并上书弹劾、罢免了总兵官李如桢，用李怀信替换了他。他督促士兵打造战车，置办火器，开挖战濠，修筑城墙，做御敌守城的准备。他的命令坚决，有法必行，几个月下来，守备大为牢固了。接着他上书皇帝进呈方略，请召集军队十八万人分布在云阳、清河、抚顺、柴河、三岔儿、镇江等战略要地，首尾呼应，小的战事各自拒敌防守，大敌来时则互相接应、援助。另外再挑选精兵悍将组织游击，乘机出动，攻掠敌人的零散兵马，扰乱他们的耕种和放牧，轮番出击，使敌人疲于奔命，然后瞅准机会进兵剿敌。奏章递上后，神宗听从了他的建议。
廷弼刚到辽地时，命令佥事韩原善前往安抚沈阳，韩原善害怕，不肯去。接着派佥事阎鸣泰去，阎鸣泰走到虎皮驿，大哭而返。廷弼于是亲往巡视，从虎皮驿抵达沈阳，又冒雪夜往抚顺。总兵贺世贤用距离敌人太近来阻挠他，廷弼说：“冰雪满地，敌人想不到我会来的。”于是打鼓奏乐进入抚顺城。当时正是兵祸以后，几百里地不见人影，廷弼祭祀了那些为国事死亡的将士，哭了一场。接着在奉集显示了一番军威，察看了当地的地理形势，然后返回。一路上所到之处都招集流民，修整防守战具，分派兵马驻扎，因此当地军民的心重新稳定下来了。
廷弼身高七尺，有胆量，晓军事，擅长左右开弓放箭。自前番为辽地巡按时就主张防守，到这时更加坚决地主张拒敌守城。但是他脾气火，禀性刚直，喜欢骂人，不甘谦恭下人，因而舆论对他不太推许。
第二年五月，我大清兵占领了地花岭。六月，打下了王大人屯。八月进攻蒲河。明朝将士散亡七百多人，不过世贤等将领也有斩敌俘敌的功劳。然而给事中姚宗文却在朝廷里腾舌诽谤，廷弼因此无法再安心职守了。宗文这个人原先任户科给事，因守丧离职回乡。回朝以后想入补做官，而吏部的几次申请递给皇上以后都被放置几年，不予批准，宗文引以为忧。又假借招来西部人民的名义，托执政的大臣推荐自己，荐章上了几次，仍得不到任用。宗文没法可想，就写信给廷弼，让他为自己请求一官。廷弼没有随从他，宗文因此怨恨廷弼。后来他一路巴结，才复职于吏科，到辽东来检阅兵马，与廷弼议事，大多意见不一。辽东人刘国缙原先做过御史，在三年一次的考绩中受到贬职处分。辽地战事起来后，朝廷决定用辽人，于是他才做了兵部主事，参与军务。国缙主张召募辽人为兵，按他的办法召募了一万七千多人，后来有一半以上逃跑了。廷弼把此事报给朝廷知道，国缙也对廷弼产生了怨恨。过去廷弼当御史的时候，与国缙、宗文一起负责进言，相互之间，意气相得，共同以排斥东林、攻击道学为职事。国缙等对廷弼寄以旧望，廷弼却不能和从前一样了，这样他们之间更两相失望了。宗文本出自国缙门下，他们两个从此更加勾结在一起，倾轧廷弼。等到宗文回朝以后，上书陈说辽地疆土日见减少，诋毁廷弼废弃大家的计谋，夸张自己的错误，并且说：“那里的军马也不训练，将领未加部署，人心既不亲附，刑罚有时并无作用，只是军民的劳务没有停止的时候。”又鼓动他那一伙人起来攻击，想非使廷弼去职不可。御史顾忄造首先起来，弹劾廷弼出关一年有余，诸事没有规划；蒲河失守，隐瞒消息不上报；带着兵器的战士不用于作战，只用来挖沟，尚方宝剑在手不求有补国事，只是供自己作威作福。
这个时候，光宗去世，熹宗刚刚登基，朝廷里事情正多，而对边疆大臣的议论也开始了，御史冯三元弹劾廷弼八件没有谋略的表现，三件欺瞒皇上的事，说不把他罢免，辽地终究无法保有。熹宗把冯三元的奏章发给朝臣议论，廷弼恼火了，上书为自己竭力辩解，并且请求罢官回乡。御史张修德又弹劾他破坏辽阳。廷弼更加愤恨，又一次上书自白，说“辽地现已转危为安，为臣却要由生向死了”。于是缴回尚方宝剑，竭力请将自己免职罢官。给事中魏应嘉又弹劾了他，朝廷终于决定准许廷弼去职，用袁应泰接替了他。廷弼于是上书请求派人来调查。三元、应嘉、修德等又连章极论廷弼的过失，廷弼就请派他三个来核实，熹宗听从了他的意见。御史吴应奇、给事中杨涟等坚决认为不可以，于是改派兵科给事中朱童蒙前去。等童蒙回来上奏，全面陈述了廷弼的功绩，最后说：“我进入辽地的时候，士民对他垂泪称道，说几十万生灵都因为廷弼一人才得以保存，他的罪怎么能轻易确定呢？只是廷弼最为陛下所信任，蒲河战役中敌人进攻沈阳，他驱马前往救援，胆量是何等壮大；等看到官兵懦弱，就突然告老还乡去了，这样把皇上对他的大恩置于何处了呢？廷弼功在存辽，些微的成绩虽有可称；但罪在辜负了皇上，根据君臣大义而论，他是无法逃脱罪责的。这就是罪浮于功！”熹宗因为廷弼力保危城，仍打算以后起用他。
天启元年(1621)，沈阳陷落，应泰死去，朝廷里大臣们又想起了廷弼。给事中郭巩尽力诋毁他，并连及阁臣刘一火景。等到辽阳失守，河西军民全都奔逃而去，自塔山到闾阳方圆二百余里，荒无人烟，京城为之大为震惊。一火景说：“假使廷弼在辽，想来不会弄成这样。”御史江秉谦上书追叙廷弼以前防守辽地的功劳，并且把排挤有功之臣说成郭巩的罪过。熹宗于是对过去弹劾廷弼的人加以治罪，三元、修德、应嘉、郭巩各贬三级，除掉了宗文的官籍。御史刘廷宣论救，也被罢免。于是又下达诏书从家里起用廷弼，并且提拔王化贞为巡抚。
化贞是诸城人，万历四十一年(1613)进士。由户部主事转右参议，分兵驻守在广宁。蒙古炒花等部落酋长乘机想要南侵，化贞安抚他们，他们就不敢再动了。朱童蒙到东北调查回来后，极力说化贞得西部人心，不要轻易调动他，以免坏了安抚蒙古的事。化贞也说辽地战事终将失败，只有发放百万帑金，极力款待蒙古人，那么敌人就有所顾忌，不敢深入了。恰好辽阳、沈阳相继失守，朝廷决定起用廷弼，御史方震孺请给化贞晋级，让他便宜行事，与薛国用一同驻守河西。于是提升化贞为右佥都御史，巡抚广宁。广宁城坐落在弯曲的山头上，登上山可以俯瞰城内，倚仗三岔河为险阻，而三岔河的黄泥洼又水浅可涉。广宁只有一千名弱卒，化贞招集散兵流民，得到万余人。他激励士民的斗志，联络西部的蒙古，当地人心才稍稍安定下来。辽阳刚失守时，国内远近震惊，都以为河西一定没法保住了。化贞率领一支弱军，把守孤城，斗志不减，当时他的声望真是赫然有名。朝廷也认为可以依靠他的才能，便把河西的战事全部交由他来办了。
到六月份，廷弼入朝，首先请停止刚才言官的贬谪，熹宗不同意。又提出分三方布置的策略：广宁用马步兵在河上设立壁垒，凭山川形势打击敌人，牵制敌人的全部兵力；天津、登、莱各港口建置水军船队，乘虚打入敌人南方的驻地，动摇他们的军心，这样敌人势必有内顾之忧，辽阳就可以收复了。于是讨论在登、莱设立巡抚，像天津一样，由陶朗先充任；而山海关特设经略一人，管辖一方，统一事权。于是任用廷弼为兵部尚书，兼右副都御史，驻守山海关，经略辽东军务。廷弼借此请尚方宝剑，请调兵二十余万，以兵马、粮草、器械之类责成户、兵、工三部。请为监军道臣高出、胡嘉栋，督饷郎中傅国昭雪，恢复官职，让他们理事。建议启用辽人原赞画主事刘国缙为登莱招练副使，夔州同知佟卜年为登莱监军佥事，原临洮推官洪敷教为职方主事，军前赞画，用以收拢辽人的心，熹宗都予以批准。七月，廷弼启程时，熹宗特地赐给他一身麒麟服，四枚彩币，设宴于郊外，派文武大臣为他陪酒、饯行，这是少有的礼遇。又派用五千名京营选锋护送他赴任。
在此之前，袁应泰死了，由薛国用代为经略，因病不能干事。化贞于是部署将领，沿河设立六所军营，每营设置参将一人，守备一人，各自画地分守。西平、镇武、柳河、盘山等要害地分别设立防哨。此议报上后，廷弼不以为然，上书说：“河面狭窄不可靠，城堡太小难容驻兵，现在只应牢牢地守住广宁。如果分兵在河上驻守，部队分散力量就弱小了。敌人用轻骑兵偷偷渡过河来，专攻一所营房，我军力量必然不支。一营溃败，其他各营就都会败，西平等地的防哨也不能守住。河边只适于设立游击队，轮番出入，使敌人莫知浅深，不该屯聚一处，给敌人乘隙袭击的机会。”奏章交上后，熹宗下诏表扬了他。恰好御史方震孺也说防河有六条不可靠的地方，化贞的建议就此作罢了。而化贞因为自己的计策未被采纳，恨透了，把军事全推托在廷弼身上。廷弼于是请朝廷警告化贞，不得借口有人节制，坐失战机。此前，四方援辽的军队，化贞全改名号为“平辽”，辽人很不愉快。廷弼说：“辽人又没叛乱，请改为‘平东’或‘征东’，以快慰辽人的心。”从此以后化贞与廷弼有了矛盾，经略、巡抚不和睦的风声也就传起来了。
八月初一，廷弼上书说：“三方面布置的战略的实施，必须联络朝鲜。请抓紧时间派钦差使臣去访问朝鲜的君臣，让他们征发八道的全部兵力，在江面上设立连营，助我军的声威。”并举荐监军副使梁之垣，说他在海滨长大，熟知朝鲜的事情，可以充任钦差使臣。熹宗马上就同意了，并且按照行人奉使的惯例，赐给一品官以示宠信。之垣于是上书提出加强他们的事权、确定自己职责等八条要求，熹宗也都同意了。
之垣正在和有关部门商议兵饷的事，化贞所派遣的都司毛文龙已经袭取了镇江，奏上了捷报。满朝为此大喜，立即命令登、莱、天津派出两万水师接应文龙，化贞率四万广宁兵进据河上，和蒙古军一起乘机进取，由廷弼在中间调度。命令下达以后，经略、巡抚所辖兵镇相互观望，最终还是没有出兵。不久，化贞上书详述东西两边的情况说：“敌人放弃辽阳不加守备，河东失陷地区的将士日夜盼望官军开到，就抓了敌将来投降。而西部的虎墩兔、炒花都愿意以兵助我。敌人驻守海州的兵力不过两千人，河上只辽地士兵三千人而已。如果派军队悄悄过去夜袭，势在必克。南防的敌军得知辽阳失守一定北归，我军凭借险要的地势来打击他们惰归的军队，可以一举歼灭。”兵部尚书张鹤鸣认为对，上书说机不可失。御史徐卿伯又促成此事，奏请派廷弼进驻广宁，蓟辽总督王象乾移驻山海。正好化贞又飞章上奏说：“敌人因为官军收复镇江，就驱赶、抢劫周围四卫屯民。屯民现在占据铁山死守，杀伤了敌兵三四千人，敌人把他们围困得更紧了，应该马上前往援救。”于是兵部越发催促进兵。化贞就在这个月里渡过河去。廷弼迫不得已让出山海关，驻兵右屯，而飞章上奏说海州取易守难，不该轻举妄动。化贞终于无功而回。
化贞为人痴傻而且自以为是，平素不学习军事，轻视大敌，好说大话。文武将吏的规劝一点也听不进去，与廷弼尤其抵触得厉害。他妄想投降敌人的李永芳会做他的内应，相信蒙古人的话，说是虎墩兔将派援兵四十万，因此想不战而获全胜。一切事务如兵马、甲仗、粮草、营垒等都放置一边不加过问，一意说大话蒙骗朝廷。尚书鹤鸣很相信他，他有所请无不答应，因此廷弼无法实现自己的心愿。广宁有十四万部队，而廷弼的山海关上却没有一兵一卒，只是有经略这么个虚名而已。从延绥调来的部队不能作战，廷弼请把主帅杜文焕治罪，鹤鸣却让宽恕了他。廷弼奏请任用卜年，鹤鸣递上奏章反对。廷弼奏请派遣之垣去朝鲜，鹤鸣故意扣发他的饷银。于是两人之间相互怨恨，事事争吵。廷弼这个人也器量狭小，刚愎自用，火气一触即发，盛气凌人，朝臣大多都厌恶他。
毛文龙镇江之捷，化贞自以为立了奇功。廷弼说：“三方兵力尚未集合，文龙发动得太早，致使敌人恨辽地的人民，把周围四卫的军民屠戮殆尽，使东山军民灰心，让朝鲜君臣胆寒，令河西军队丧气，扰乱了三方并进的计划，耽误了联络朝鲜的打算，把它看作奇功，实际上是奇祸呢。”送信到京城，竭力批评化贞。朝臣们正把镇江一役看作大捷，听到他的话，心中多有不服。廷弼又明显地攻击鹤鸣说：“我既然担任经略，四方援军应当听我调遣，而鹤鸣径自发动，不让我知道。七月里我向兵部询问军队人数，到现在两个月了，没有回答。我有经略之名，无其实，辽左的战事都是张枢密和王抚臣一起办的。”鹤鸣这下更加恼恨他了。到九月份，化贞还说虎墩兔的四十万部队快来了，请迅速出兵。廷弼说：“抚臣靠着蒙古人，想不虞而收战功。我不敢轻视敌人，不敢说能不战而胜。”后来蒙古军队终于没来，化贞也不敢进兵了。
当时，廷弼主张防御，认为辽地人不可信用，蒙古人不可凭仗，永芳其人不可相信，广宁地方有很多间谍让人担心。化贞则一切相反，绝口不提防御，说我们一渡河，河东人必为内应。并且飞书报告朝廷，说八月里你们就可以高枕酣睡，而收到我的捷报。有见识的人知道他一定坏事，因为疆场事关系重大，没有人敢说他的不好。
到十月份，河上结了冰，广宁人认为大清兵一定渡过河来，纷纷想逃出广宁。化贞于是和震孺商议，分兵把守镇武、西平、闾阳、镇宁等城堡，而以主力驻守广宁。鹤鸣也认为广宁值得担忧，请皇上命令廷弼出关。廷弼于是又出山海关，到达右屯，考虑用重兵内护广宁，外扼镇武、闾阳，于是派刘渠以两万人驻守镇武，祁秉忠以一万人驻守闾阳。又派罗一贯以三千人守西平。又重申他的命令说：“敌人来时，跨出镇武一步的，文武将吏都有杀无赦。敌人到达广宁而镇武、闾阳不出兵夹攻，敌人抢劫右屯饷道而三路兵马不救援的，罪也相同。”
廷弼刚刚布署完毕，化贞又相信间谍的话，突然发兵袭击海州，不久又退了回来。廷弼于是上书说：“抚臣进兵，到现在已经五次了。部队屡进屡退，敌人早看透了我方的伎俩，我的虚名也因轻易出兵而受到损伤。希望陛下明确指示抚臣，对自己的行为慎重些，不要给敌人嘲笑了。”化贞看到他的上书很不高兴，飞章上奏，为自己辩解，并且说：“我请求给我六万兵，我保证把敌人一举荡平。就是不如意，也一定能做到死伤相等，使敌人一蹶不振，管保它不再成为河西之忧！”并请准许他便宜行事。
当时叶向高掌了大权，他是化贞成进士时的主考官，很偏向化贞。等化贞请求把敌人一举荡平时，廷弼上书说：“就请按抚臣约定的办吧，应及早罢掉我的官以便于鼓舞士气。”
这个时候，中外都知道经略、巡抚两人不和，一定会坏了边疆的大事，大臣们的奏章天天讨论此事。而鹤鸣笃信化贞，于是想把廷弼拿掉。二年(1622)正月，员外郎徐大化顺承其意弹劾廷弼大言欺世，嫉能妒功，不罢免他必将有害于辽地战事。他们的奏章一并被发给各部，鹤鸣于是召集大臣们讨论。说把廷弼撤职的有几个人，其余大多主张让二人各尽其职，共谋成功。正好大清兵这时逼近西平，就停止了争议，仍然兼用他们两人，责令他们共同努力，功罪一体。
没过多久，西平之围吃紧。化贞相信中军孙得功的计策，发动了广宁的全部兵力，让得功和祖大寿前往和秉忠会合，然后向前去作战。廷弼也传令刘渠拔营赴援。二十二日在平阳桥遭遇大清部队，刚刚交锋，得功和参将鲍承先等领头逃跑，镇武、闾阳的兵力于是也被打败，刘渠、秉忠在沙岭战死，大寿逃往觉华岛去了。西平守将待援不至，与参将黑云鹤也战死。廷弼当时已离开右屯，驻军闾阳。参议邢慎言劝他紧急救援广宁，却被佥事韩初命阻挠，于是廷弼撤退了回来。当时大清在沙岭停下来不再向前来。化贞平常把得功看作心腹，而得功已偷偷地投降了大清，他想活捉化贞作为自己的功劳，就诈称敌军已到城边。城中一时大乱，人各奔逃，参政高邦佐阻挡也挡不住。化贞正关起门办理军书，毫无所知。参将江朝栋推门闯进来，化贞大声训斥他。朝栋大声喊道：“事情危险了，请你快走！”化贞不知发生了什么事，朝栋就搀扶他出来骑马逃走，后边两个仆人徒步跟着，于是丢了广宁城，仓惶逃命。在大凌河遇上了廷弼，廷弼微笑着说：“六万军队就可以把敌人一举荡平，到头来怎么样呢？”化贞惭愧了，建议驻守宁远和前屯。廷弼说：“口海！已经晚了。现在只有保护老百姓入关去。”于是把自己所领的五千人交由化贞来殿后，把全部积蓄都放火烧了。二十六日廷弼和初命一起护送难民入得关来，化贞、高出、嘉栋也先后入关，只有邦佐自杀而死。得功率领广宁城的叛将把大清兵迎入广宁时，化贞逃跑已有两天时间。大清兵追赶他们追了二百里，因路上没得粮食吃才回去。战败的消息传到朝廷，京城为之震惊。鹤鸣害怕了，自请前往察看军队。
二月逮捕了化贞，罢了廷弼的官，让他听候查考。四月，刑部尚书王纪、左都御史邹元标、大理寺卿周应秋等报上判决书，廷弼、化贞都判了死刑。后来快到行刑时，廷弼让汪文言用四万两金子贿赂内廷请缓期执行，后来却违背了四万金的许诺。魏忠贤大为恼恨，发誓要尽快杀掉熊廷弼。等杨涟等被捕下狱，就诬蔑他曾受过廷弼的贿赂，以此加重廷弼的罪行。过后，巡捕抓到市民蒋应..，说他和廷弼的儿子出入监狱内外，阴谋叵测。忠贤越发想尽早杀掉廷弼，他的党羽门克新、郭兴治、石三畏、卓迈等就迎合他的意思不断催促。恰好冯铨也曾对廷弼失望过，与顾秉谦等在讲筵上侍讲时，就拿出集市上刊印的《辽东传》向熹宗诬陷廷弼说：“这是熊廷弼自己写的，是他想为自己开脱罪名。”熹宗恼了，于是在五年(1625)八月把廷弼杀了，将他的首级在北方的九处军镇辗转示众。后来，御史梁梦环说廷弼侵盗军费十七万两。御史刘徽说廷弼家产值百万两银子，应该没收了充作军费。忠贤便矫诏命令严加追赃，廷弼家全部资财不够，连亲戚、本家都被查抄。东夏知县王尔玉向廷弼的儿子勒索貂裘、珍玩，得不到，就要打人。廷弼的长子兆王圭自杀身亡，兆王圭的母亲喊冤，尔玉就扒掉她两个丫环的衣裳，打了她们四十板。无论远近知道这件事的人无不叹息、愤恨。
崇祯元年(1628)，庄烈帝下诏书停止追赃。那年秋天，工部主事徐尔一上书诉说廷弼的冤屈，说：“当年广宁兵十三万，粮草百万担，全都交由化贞管理。廷弼只有五千名援辽部队，驻守在右屯，距离广宁只四十里。化贞忽然之间同三四百万辽民一下子都败退下来，廷弼只五千人，不一起败退就够了，还能指望他屹然不动，坚壁固守吗？廷弼的罪在哪里呢？我请为他平反昭雪，用以激励有苦劳的大臣！”庄烈帝不同意。第二年五月，大学士韩火广等上书说：“廷弼的尸骨至今不能拿回去安葬，根据国法是从来没有过的。”庄烈帝颁发诏书允许廷弼的儿子拿他的首级回去安葬。
崇祯五年(1632)，王化贞才被处以死刑。
三十六年(1608)外出巡按辽东。巡抚赵楫与总兵官李成梁放弃宽甸地方的八百里领土，把当地六万老百姓迁移到内地来安家。过后，评定功绩竟然还要受到奖赏，给事中宋一韩上书论列了他们的罪。此事被下发给廷弼重新核查，全部查清了他们放弃领土、驱民迁移的事，廷弼上书弹劾他们两个的罪状，并说到前任巡按大臣何尔健、康丕扬勾结、包庇他们。但他的奏章竟未被下发给大臣讨论。当时诏书要求兴办屯田，廷弼说辽地多有闲地，每年在八万兵额中用三分人力来屯田、耕种，就可以收获粟米一百三十万石。神宗皇帝特地颁布诏书表示赞成，命令在边境各处推行。当时边防将领喜欢搅扰敌营，动辄引发战斗。廷弼说防护边疆以自守为上策，修造城堡，有十五种好处，报告皇帝后就实行起来。那年大旱，廷弼巡行至于金州，就在城隍庙神像祈祷，约七日里下场雨，如若不下雨就拆毁城隍庙。等巡行到广宁，已过了三天，廷弼就用大字写了白牌，封了剑，派使节前去斩杀城隍神，使节还没到，就见风雷大作，暴雨如注。辽地的人以为他为神明。他在辽地几年，杜绝送礼，核查军情，审查大将小吏，绝不姑息养奸，辽地的风尚、纲纪为之大振。
廷弼在南畿为督学，纪律严明，很有声望。后来因为棒打生员致死一事，与巡按御史荆养智相互在奏章中攻击。养智递上奏章弃职而去，廷弼也因听候核查回家乡去了。
四十七年(1619)，杨镐战败丧师以后，朝廷因为廷弼熟悉边防事务，起用他为大理寺丞兼河南道御史，前往安抚河东地带。不久提升为兵部右侍郎兼右佥都御史，代杨镐为经略。他还没有离开京城，开原就失守了，廷弼上书说：“辽左，是京城的肩背，河东，是辽镇的心腹，开原又是河东的根本。想保住辽东的话，开原一定不能放弃。敌军没有打下开原的时候，北关、朝鲜还足以给他们构成腹背之患，现在开原被打下，北关不敢不向敌人屈服，敌方派一个使臣去，朝鲜不敢不附从。敌人没有腹背之忧，一定会联合东西两边的兵力来一起攻打我们，这样辽、沈怎么守得住呢？我请求朝廷赶紧派遣将士，准备粮草，修造器械，不要节制我的费用，不要延误我的时限，不要用一般的规矩来使我沮丧，不要从旁阻挠来掣我的手肘，不要把艰危只给了我一个，大家不关于心，以至于误了我、误了辽，并且误了我朝我国家。”奏章递上去以后，全部得到允准，神宗并赐给尚方宝剑以加大他的权力。廷弼刚刚走出山海关，铁岭又失守了，沈阳和其他城堡的军民一时间全都逃窜了，辽阳一带人心不安。廷弼兼程向前，遇到逃出来的，就劝说他们回去。把逃将刘遇节、王捷、王文鼎斩了头来祭奠死节的将士。把贪污的将领陈伦给宰了，并上书弹劾、罢免了总兵官李如桢，用李怀信替换了他。他督促士兵打造战车，置办火器，开挖战濠，修筑城墙，做御敌守城的准备。他的命令坚决，有法必行，几个月下来，守备大为牢固了。接着他上书皇帝进呈方略，请召集军队十八万人分布在云阳、清河、抚顺、柴河、三岔儿、镇江等战略要地，首尾呼应，小的战事各自拒敌防守，大敌来时则互相接应、援助。另外再挑选精兵悍将组织游击，乘机出动，攻掠敌人的零散兵马，扰乱他们的耕种和放牧，轮番出击，使敌人疲于奔命，然后瞅准机会进兵剿敌。奏章递上后，神宗听从了他的建议。
廷弼刚到辽地时，命令佥事韩原善前往安抚沈阳，韩原善害怕，不肯去。接着派佥事阎鸣泰去，阎鸣泰走到虎皮驿，大哭而返。廷弼于是亲往巡视，从虎皮驿抵达沈阳，又冒雪夜往抚顺。总兵贺世贤用距离敌人太近来阻挠他，廷弼说：“冰雪满地，敌人想不到我会来的。”于是打鼓奏乐进入抚顺城。当时正是兵祸以后，几百里地不见人影，廷弼祭祀了那些为国事死亡的将士，哭了一场。接着在奉集显示了一番军威，察看了当地的地理形势，然后返回。一路上所到之处都招集流民，修整防守战具，分派兵马驻扎，因此当地军民的心重新稳定下来了。
廷弼身高七尺，有胆量，晓军事，擅长左右开弓放箭。自前番为辽地巡按时就主张防守，到这时更加坚决地主张拒敌守城。但是他脾气火，禀性刚直，喜欢骂人，不甘谦恭下人，因而舆论对他不太推许。
第二年五月，我大清兵占领了地花岭。六月，打下了王大人屯。八月进攻蒲河。明朝将士散亡七百多人，不过世贤等将领也有斩敌俘敌的功劳。然而给事中姚宗文却在朝廷里腾舌诽谤，廷弼因此无法再安心职守了。宗文这个人原先任户科给事，因守丧离职回乡。回朝以后想入补做官，而吏部的几次申请递给皇上以后都被放置几年，不予批准，宗文引以为忧。又假借招来西部人民的名义，托执政的大臣推荐自己，荐章上了几次，仍得不到任用。宗文没法可想，就写信给廷弼，让他为自己请求一官。廷弼没有随从他，宗文因此怨恨廷弼。后来他一路巴结，才复职于吏科，到辽东来检阅兵马，与廷弼议事，大多意见不一。辽东人刘国缙原先做过御史，在三年一次的考绩中受到贬职处分。辽地战事起来后，朝廷决定用辽人，于是他才做了兵部主事，参与军务。国缙主张召募辽人为兵，按他的办法召募了一万七千多人，后来有一半以上逃跑了。廷弼把此事报给朝廷知道，国缙也对廷弼产生了怨恨。过去廷弼当御史的时候，与国缙、宗文一起负责进言，相互之间，意气相得，共同以排斥东林、攻击道学为职事。国缙等对廷弼寄以旧望，廷弼却不能和从前一样了，这样他们之间更两相失望了。宗文本出自国缙门下，他们两个从此更加勾结在一起，倾轧廷弼。等到宗文回朝以后，上书陈说辽地疆土日见减少，诋毁廷弼废弃大家的计谋，夸张自己的错误，并且说：“那里的军马也不训练，将领未加部署，人心既不亲附，刑罚有时并无作用，只是军民的劳务没有停止的时候。”又鼓动他那一伙人起来攻击，想非使廷弼去职不可。御史顾忄造首先起来，弹劾廷弼出关一年有余，诸事没有规划；蒲河失守，隐瞒消息不上报；带着兵器的战士不用于作战，只用来挖沟，尚方宝剑在手不求有补国事，只是供自己作威作福。
这个时候，光宗去世，熹宗刚刚登基，朝廷里事情正多，而对边疆大臣的议论也开始了，御史冯三元弹劾廷弼八件没有谋略的表现，三件欺瞒皇上的事，说不把他罢免，辽地终究无法保有。熹宗把冯三元的奏章发给朝臣议论，廷弼恼火了，上书为自己竭力辩解，并且请求罢官回乡。御史张修德又弹劾他破坏辽阳。廷弼更加愤恨，又一次上书自白，说“辽地现已转危为安，为臣却要由生向死了”。于是缴回尚方宝剑，竭力请将自己免职罢官。给事中魏应嘉又弹劾了他，朝廷终于决定准许廷弼去职，用袁应泰接替了他。廷弼于是上书请求派人来调查。三元、应嘉、修德等又连章极论廷弼的过失，廷弼就请派他三个来核实，熹宗听从了他的意见。御史吴应奇、给事中杨涟等坚决认为不可以，于是改派兵科给事中朱童蒙前去。等童蒙回来上奏，全面陈述了廷弼的功绩，最后说：“我进入辽地的时候，士民对他垂泪称道，说几十万生灵都因为廷弼一人才得以保存，他的罪怎么能轻易确定呢？只是廷弼最为陛下所信任，蒲河战役中敌人进攻沈阳，他驱马前往救援，胆量是何等壮大；等看到官兵懦弱，就突然告老还乡去了，这样把皇上对他的大恩置于何处了呢？廷弼功在存辽，些微的成绩虽有可称；但罪在辜负了皇上，根据君臣大义而论，他是无法逃脱罪责的。这就是罪浮于功！”熹宗因为廷弼力保危城，仍打算以后起用他。
天启元年(1621)，沈阳陷落，应泰死去，朝廷里大臣们又想起了廷弼。给事中郭巩尽力诋毁他，并连及阁臣刘一火景。等到辽阳失守，河西军民全都奔逃而去，自塔山到闾阳方圆二百余里，荒无人烟，京城为之大为震惊。一火景说：“假使廷弼在辽，想来不会弄成这样。”御史江秉谦上书追叙廷弼以前防守辽地的功劳，并且把排挤有功之臣说成郭巩的罪过。熹宗于是对过去弹劾廷弼的人加以治罪，三元、修德、应嘉、郭巩各贬三级，除掉了宗文的官籍。御史刘廷宣论救，也被罢免。于是又下达诏书从家里起用廷弼，并且提拔王化贞为巡抚。
化贞是诸城人，万历四十一年(1613)进士。由户部主事转右参议，分兵驻守在广宁。蒙古炒花等部落酋长乘机想要南侵，化贞安抚他们，他们就不敢再动了。朱童蒙到东北调查回来后，极力说化贞得西部人心，不要轻易调动他，以免坏了安抚蒙古的事。化贞也说辽地战事终将失败，只有发放百万帑金，极力款待蒙古人，那么敌人就有所顾忌，不敢深入了。恰好辽阳、沈阳相继失守，朝廷决定起用廷弼，御史方震孺请给化贞晋级，让他便宜行事，与薛国用一同驻守河西。于是提升化贞为右佥都御史，巡抚广宁。广宁城坐落在弯曲的山头上，登上山可以俯瞰城内，倚仗三岔河为险阻，而三岔河的黄泥洼又水浅可涉。广宁只有一千名弱卒，化贞招集散兵流民，得到万余人。他激励士民的斗志，联络西部的蒙古，当地人心才稍稍安定下来。辽阳刚失守时，国内远近震惊，都以为河西一定没法保住了。化贞率领一支弱军，把守孤城，斗志不减，当时他的声望真是赫然有名。朝廷也认为可以依靠他的才能，便把河西的战事全部交由他来办了。
到六月份，廷弼入朝，首先请停止刚才言官的贬谪，熹宗不同意。又提出分三方布置的策略：广宁用马步兵在河上设立壁垒，凭山川形势打击敌人，牵制敌人的全部兵力；天津、登、莱各港口建置水军船队，乘虚打入敌人南方的驻地，动摇他们的军心，这样敌人势必有内顾之忧，辽阳就可以收复了。于是讨论在登、莱设立巡抚，像天津一样，由陶朗先充任；而山海关特设经略一人，管辖一方，统一事权。于是任用廷弼为兵部尚书，兼右副都御史，驻守山海关，经略辽东军务。廷弼借此请尚方宝剑，请调兵二十余万，以兵马、粮草、器械之类责成户、兵、工三部。请为监军道臣高出、胡嘉栋，督饷郎中傅国昭雪，恢复官职，让他们理事。建议启用辽人原赞画主事刘国缙为登莱招练副使，夔州同知佟卜年为登莱监军佥事，原临洮推官洪敷教为职方主事，军前赞画，用以收拢辽人的心，熹宗都予以批准。七月，廷弼启程时，熹宗特地赐给他一身麒麟服，四枚彩币，设宴于郊外，派文武大臣为他陪酒、饯行，这是少有的礼遇。又派用五千名京营选锋护送他赴任。
在此之前，袁应泰死了，由薛国用代为经略，因病不能干事。化贞于是部署将领，沿河设立六所军营，每营设置参将一人，守备一人，各自画地分守。西平、镇武、柳河、盘山等要害地分别设立防哨。此议报上后，廷弼不以为然，上书说：“河面狭窄不可靠，城堡太小难容驻兵，现在只应牢牢地守住广宁。如果分兵在河上驻守，部队分散力量就弱小了。敌人用轻骑兵偷偷渡过河来，专攻一所营房，我军力量必然不支。一营溃败，其他各营就都会败，西平等地的防哨也不能守住。河边只适于设立游击队，轮番出入，使敌人莫知浅深，不该屯聚一处，给敌人乘隙袭击的机会。”奏章交上后，熹宗下诏表扬了他。恰好御史方震孺也说防河有六条不可靠的地方，化贞的建议就此作罢了。而化贞因为自己的计策未被采纳，恨透了，把军事全推托在廷弼身上。廷弼于是请朝廷警告化贞，不得借口有人节制，坐失战机。此前，四方援辽的军队，化贞全改名号为“平辽”，辽人很不愉快。廷弼说：“辽人又没叛乱，请改为‘平东’或‘征东’，以快慰辽人的心。”从此以后化贞与廷弼有了矛盾，经略、巡抚不和睦的风声也就传起来了。
八月初一，廷弼上书说：“三方面布置的战略的实施，必须联络朝鲜。请抓紧时间派钦差使臣去访问朝鲜的君臣，让他们征发八道的全部兵力，在江面上设立连营，助我军的声威。”并举荐监军副使梁之垣，说他在海滨长大，熟知朝鲜的事情，可以充任钦差使臣。熹宗马上就同意了，并且按照行人奉使的惯例，赐给一品官以示宠信。之垣于是上书提出加强他们的事权、确定自己职责等八条要求，熹宗也都同意了。
之垣正在和有关部门商议兵饷的事，化贞所派遣的都司毛文龙已经袭取了镇江，奏上了捷报。满朝为此大喜，立即命令登、莱、天津派出两万水师接应文龙，化贞率四万广宁兵进据河上，和蒙古军一起乘机进取，由廷弼在中间调度。命令下达以后，经略、巡抚所辖兵镇相互观望，最终还是没有出兵。不久，化贞上书详述东西两边的情况说：“敌人放弃辽阳不加守备，河东失陷地区的将士日夜盼望官军开到，就抓了敌将来投降。而西部的虎墩兔、炒花都愿意以兵助我。敌人驻守海州的兵力不过两千人，河上只辽地士兵三千人而已。如果派军队悄悄过去夜袭，势在必克。南防的敌军得知辽阳失守一定北归，我军凭借险要的地势来打击他们惰归的军队，可以一举歼灭。”兵部尚书张鹤鸣认为对，上书说机不可失。御史徐卿伯又促成此事，奏请派廷弼进驻广宁，蓟辽总督王象乾移驻山海。正好化贞又飞章上奏说：“敌人因为官军收复镇江，就驱赶、抢劫周围四卫屯民。屯民现在占据铁山死守，杀伤了敌兵三四千人，敌人把他们围困得更紧了，应该马上前往援救。”于是兵部越发催促进兵。化贞就在这个月里渡过河去。廷弼迫不得已让出山海关，驻兵右屯，而飞章上奏说海州取易守难，不该轻举妄动。化贞终于无功而回。
化贞为人痴傻而且自以为是，平素不学习军事，轻视大敌，好说大话。文武将吏的规劝一点也听不进去，与廷弼尤其抵触得厉害。他妄想投降敌人的李永芳会做他的内应，相信蒙古人的话，说是虎墩兔将派援兵四十万，因此想不战而获全胜。一切事务如兵马、甲仗、粮草、营垒等都放置一边不加过问，一意说大话蒙骗朝廷。尚书鹤鸣很相信他，他有所请无不答应，因此廷弼无法实现自己的心愿。广宁有十四万部队，而廷弼的山海关上却没有一兵一卒，只是有经略这么个虚名而已。从延绥调来的部队不能作战，廷弼请把主帅杜文焕治罪，鹤鸣却让宽恕了他。廷弼奏请任用卜年，鹤鸣递上奏章反对。廷弼奏请派遣之垣去朝鲜，鹤鸣故意扣发他的饷银。于是两人之间相互怨恨，事事争吵。廷弼这个人也器量狭小，刚愎自用，火气一触即发，盛气凌人，朝臣大多都厌恶他。
毛文龙镇江之捷，化贞自以为立了奇功。廷弼说：“三方兵力尚未集合，文龙发动得太早，致使敌人恨辽地的人民，把周围四卫的军民屠戮殆尽，使东山军民灰心，让朝鲜君臣胆寒，令河西军队丧气，扰乱了三方并进的计划，耽误了联络朝鲜的打算，把它看作奇功，实际上是奇祸呢。”送信到京城，竭力批评化贞。朝臣们正把镇江一役看作大捷，听到他的话，心中多有不服。廷弼又明显地攻击鹤鸣说：“我既然担任经略，四方援军应当听我调遣，而鹤鸣径自发动，不让我知道。七月里我向兵部询问军队人数，到现在两个月了，没有回答。我有经略之名，无其实，辽左的战事都是张枢密和王抚臣一起办的。”鹤鸣这下更加恼恨他了。到九月份，化贞还说虎墩兔的四十万部队快来了，请迅速出兵。廷弼说：“抚臣靠着蒙古人，想不虞而收战功。我不敢轻视敌人，不敢说能不战而胜。”后来蒙古军队终于没来，化贞也不敢进兵了。
当时，廷弼主张防御，认为辽地人不可信用，蒙古人不可凭仗，永芳其人不可相信，广宁地方有很多间谍让人担心。化贞则一切相反，绝口不提防御，说我们一渡河，河东人必为内应。并且飞书报告朝廷，说八月里你们就可以高枕酣睡，而收到我的捷报。有见识的人知道他一定坏事，因为疆场事关系重大，没有人敢说他的不好。
到十月份，河上结了冰，广宁人认为大清兵一定渡过河来，纷纷想逃出广宁。化贞于是和震孺商议，分兵把守镇武、西平、闾阳、镇宁等城堡，而以主力驻守广宁。鹤鸣也认为广宁值得担忧，请皇上命令廷弼出关。廷弼于是又出山海关，到达右屯，考虑用重兵内护广宁，外扼镇武、闾阳，于是派刘渠以两万人驻守镇武，祁秉忠以一万人驻守闾阳。又派罗一贯以三千人守西平。又重申他的命令说：“敌人来时，跨出镇武一步的，文武将吏都有杀无赦。敌人到达广宁而镇武、闾阳不出兵夹攻，敌人抢劫右屯饷道而三路兵马不救援的，罪也相同。”
廷弼刚刚布署完毕，化贞又相信间谍的话，突然发兵袭击海州，不久又退了回来。廷弼于是上书说：“抚臣进兵，到现在已经五次了。部队屡进屡退，敌人早看透了我方的伎俩，我的虚名也因轻易出兵而受到损伤。希望陛下明确指示抚臣，对自己的行为慎重些，不要给敌人嘲笑了。”化贞看到他的上书很不高兴，飞章上奏，为自己辩解，并且说：“我请求给我六万兵，我保证把敌人一举荡平。就是不如意，也一定能做到死伤相等，使敌人一蹶不振，管保它不再成为河西之忧！”并请准许他便宜行事。
当时叶向高掌了大权，他是化贞成进士时的主考官，很偏向化贞。等化贞请求把敌人一举荡平时，廷弼上书说：“就请按抚臣约定的办吧，应及早罢掉我的官以便于鼓舞士气。”
这个时候，中外都知道经略、巡抚两人不和，一定会坏了边疆的大事，大臣们的奏章天天讨论此事。而鹤鸣笃信化贞，于是想把廷弼拿掉。二年(1622)正月，员外郎徐大化顺承其意弹劾廷弼大言欺世，嫉能妒功，不罢免他必将有害于辽地战事。他们的奏章一并被发给各部，鹤鸣于是召集大臣们讨论。说把廷弼撤职的有几个人，其余大多主张让二人各尽其职，共谋成功。正好大清兵这时逼近西平，就停止了争议，仍然兼用他们两人，责令他们共同努力，功罪一体。
没过多久，西平之围吃紧。化贞相信中军孙得功的计策，发动了广宁的全部兵力，让得功和祖大寿前往和秉忠会合，然后向前去作战。廷弼也传令刘渠拔营赴援。二十二日在平阳桥遭遇大清部队，刚刚交锋，得功和参将鲍承先等领头逃跑，镇武、闾阳的兵力于是也被打败，刘渠、秉忠在沙岭战死，大寿逃往觉华岛去了。西平守将待援不至，与参将黑云鹤也战死。廷弼当时已离开右屯，驻军闾阳。参议邢慎言劝他紧急救援广宁，却被佥事韩初命阻挠，于是廷弼撤退了回来。当时大清在沙岭停下来不再向前来。化贞平常把得功看作心腹，而得功已偷偷地投降了大清，他想活捉化贞作为自己的功劳，就诈称敌军已到城边。城中一时大乱，人各奔逃，参政高邦佐阻挡也挡不住。化贞正关起门办理军书，毫无所知。参将江朝栋推门闯进来，化贞大声训斥他。朝栋大声喊道：“事情危险了，请你快走！”化贞不知发生了什么事，朝栋就搀扶他出来骑马逃走，后边两个仆人徒步跟着，于是丢了广宁城，仓惶逃命。在大凌河遇上了廷弼，廷弼微笑着说：“六万军队就可以把敌人一举荡平，到头来怎么样呢？”化贞惭愧了，建议驻守宁远和前屯。廷弼说：“口海！已经晚了。现在只有保护老百姓入关去。”于是把自己所领的五千人交由化贞来殿后，把全部积蓄都放火烧了。二十六日廷弼和初命一起护送难民入得关来，化贞、高出、嘉栋也先后入关，只有邦佐自杀而死。得功率领广宁城的叛将把大清兵迎入广宁时，化贞逃跑已有两天时间。大清兵追赶他们追了二百里，因路上没得粮食吃才回去。战败的消息传到朝廷，京城为之震惊。鹤鸣害怕了，自请前往察看军队。
二月逮捕了化贞，罢了廷弼的官，让他听候查考。四月，刑部尚书王纪、左都御史邹元标、大理寺卿周应秋等报上判决书，廷弼、化贞都判了死刑。后来快到行刑时，廷弼让汪文言用四万两金子贿赂内廷请缓期执行，后来却违背了四万金的许诺。魏忠贤大为恼恨，发誓要尽快杀掉熊廷弼。等杨涟等被捕下狱，就诬蔑他曾受过廷弼的贿赂，以此加重廷弼的罪行。过后，巡捕抓到市民蒋应..，说他和廷弼的儿子出入监狱内外，阴谋叵测。忠贤越发想尽早杀掉廷弼，他的党羽门克新、郭兴治、石三畏、卓迈等就迎合他的意思不断催促。恰好冯铨也曾对廷弼失望过，与顾秉谦等在讲筵上侍讲时，就拿出集市上刊印的《辽东传》向熹宗诬陷廷弼说：“这是熊廷弼自己写的，是他想为自己开脱罪名。”熹宗恼了，于是在五年(1625)八月把廷弼杀了，将他的首级在北方的九处军镇辗转示众。后来，御史梁梦环说廷弼侵盗军费十七万两。御史刘徽说廷弼家产值百万两银子，应该没收了充作军费。忠贤便矫诏命令严加追赃，廷弼家全部资财不够，连亲戚、本家都被查抄。东夏知县王尔玉向廷弼的儿子勒索貂裘、珍玩，得不到，就要打人。廷弼的长子兆王圭自杀身亡，兆王圭的母亲喊冤，尔玉就扒掉她两个丫环的衣裳，打了她们四十板。无论远近知道这件事的人无不叹息、愤恨。
崇祯元年(1628)，庄烈帝下诏书停止追赃。那年秋天，工部主事徐尔一上书诉说廷弼的冤屈，说：“当年广宁兵十三万，粮草百万担，全都交由化贞管理。廷弼只有五千名援辽部队，驻守在右屯，距离广宁只四十里。化贞忽然之间同三四百万辽民一下子都败退下来，廷弼只五千人，不一起败退就够了，还能指望他屹然不动，坚壁固守吗？廷弼的罪在哪里呢？我请为他平反昭雪，用以激励有苦劳的大臣！”庄烈帝不同意。第二年五月，大学士韩火广等上书说：“廷弼的尸骨至今不能拿回去安葬，根据国法是从来没有过的。”庄烈帝颁发诏书允许廷弼的儿子拿他的首级回去安葬。
崇祯五年(1632)，王化贞才被处以死刑。
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