袁崇焕，字元素，东莞人。万历四十七年(1572)，考中进士。被授官邵武知县。为人慷慨而富有胆略，喜欢谈论军事。遇到老军官和退伍的士兵，就同他们谈论边塞上的事情，得以通晓边塞地区的情况，自称有能力镇守边防。
天启二年(1622)正月，在京都朝见天子，御史侯恂请熹宗任用他，于是被提升为兵部职方主事。没有几多时，广宁地方的军队被打败，朝廷决定派他扼守山海关，袁崇焕即单身一人骑马到山海关内外考察。兵部中因袁主事失踪都感到十分惊讶，他的家人也不知道他去了哪里。过后，他回到朝廷，具体讲述了关上的形势。说：“给我兵马钱粮，我一个就足能守住此地。”朝中的大臣更加赞赏他的才能，于是越级提升他为佥事，监管关外的军队；并发给他公用金二十万，让他招募士兵。当时关外的地盘全被哈剌慎的各部士兵占领，袁崇焕于是驻守关内。不多久，各部受到攻击，经略王在晋命令袁崇焕驻守中前所，监督参将周守廉及左辅的游击队，管理前屯卫的事务。不久又命他前往辽地安置失业人员。崇焕当夜率兵从遍布荆棘、虎豹出没的小路上行进，至四更天进城，将士们都称赞他有胆量。王在晋很器重他，在他的旗帜上题名为宁前兵备佥事。然而崇焕轻视王在晋没有长远的谋略，不大遵守他的军令。等到王在晋建议在八里铺修筑双层城墙时，崇焕认为这不是办法。他争王在晋不过，就把这件事记述下来上书给首辅叶向高。
十三山地方有十多万难民，长期被围困不能出来。大学士孙承宗来巡视边防，崇焕请求说：“派五千人驻守宁远，以壮大十三山的威势，另外派猛将前去救援。宁远离十三山有二百里路，如果能占便宜就进军占据锦州，否则就退守宁远，怎能把十万人放在一边不管呢？”承宗与总督王象乾谋划，象乾因关上的军队新近丧失斗志，提出让插部守关的三千人前去。承宗同意他的说法，就把此事告诉了在晋。在晋竟没能阻止，结果全军覆灭，脱险回来的军民只有六千人而已，等承宗驳斥了修筑双重城墙的建议后，聚集将吏讨论把守什么地方。阎鸣泰主张守觉华，崇焕主张守宁远，在晋以及张应吾、邢慎言认为不行，承宗最后支持崇焕的意见。过后，承宗镇守关外更加依靠崇焕，崇焕对内安抚军民，在外面整治边防战备，功绩显著。他曾调查胆怯的队伍，立刻斩了一个军官。承宗愤怒地说：“监军能够一个人决定杀人的事吗？”崇焕叩头请罪，他在执行军法方面就是这么果断。
三年(1623)九月，承宗决定驻守宁远。佥事万有孚、刘诏竭力阻止，承宗不听，命令满桂同崇焕一同前往。当初，承宗命令祖大寿建筑宁远的城墙，大寿考虑朝中官员不能到这边远地方来防守，所以仅仅修筑了十分之一，并且简陋得不合规格。崇焕于是确定了城墙的规格，高三丈二尺，雉堞高六尺，地基宽三丈，上面宽二丈四。大寿与参将高见、贺谦分别监督工程。第二年完工，宁远就成为关外的重要城镇。满桂是优秀的将领，而崇焕勤于职守，发誓与城共存亡，他又能安抚官兵，所以将士都愿意为他尽力。因此此地商旅车马往来，游民、移民成群聚集在此处，远近地方的人民都把这儿看成乐土。后来碰到父亲去世，崇焕仍然不顾孝心私情继续管理军务。四年(1624)九月，他同大将马世龙、王世钦率领水陆马步军共一万二千人，东巡广宁，拜祭北镇祠，经过十三山，抵达右屯，然后从三岔河坐船回来。不久叙论驻守的功劳，升为兵备副使，后来又升为右参政。
崇焕到东面巡视时，请求马上收复锦州、右屯等城池，承宗认为时机未成熟，就停止了。到五年夏天，承宗与崇焕商议，派将领分别驻兵锦州、松山、杏山、右屯以及大、小凌河等地，修缮城郭居住。从这时起宁远就成为内地了，外边又开辟疆土二百里。十月，承宗罢官，由高第接替了他，认为关外一定不能守住，命令全盘撤去锦州、右屯各城的全部守具，把那里的官兵调进关内。督理屯田的通判官金启亻宗上书崇焕说：“锦州、右屯、大凌三城都是前沿的要害之地。如果收兵撤回，已经安居的百姓又要迁移，已得到的疆土再次沦陷，关的内外能容许有几次后撤防守！”崇焕尽力争辩不同意撤兵说：“用兵的方法，只有进没有退的道理。三座城池已恢复，怎能轻易撤回？锦州、右屯动摇，那么宁远、前屯卫就会受到震惊，山海关的大门也就失去了保障。现在只有选择良将把守，不应有其他考虑。”高第决心已定，并且还打算撤退宁远、前屯卫两城的兵力。崇焕说：“我是宁前道，在此做官，即使死在此地，我也不会离开。”高第无语反驳，于是撤退锦州，右屯，大、小凌河以及松山、杏山、塔山的全部守具，把屯田的士兵也一同驱赶进山海关来，放弃粮食十多万担。而且途中人员死亡，哭声响彻四野，百姓不满，军队的士气更加不振。崇焕于是请求回家服丧，没有得到允许。十二月，晋升为按察使，和过去一样管理军事。
我们大清得知经略撤退，六年(1662)正月，就大举用兵，西渡辽河。二十三日抵达宁远。崇焕听说，马上同大将满桂，副将左辅、朱梅，参将祖大寿，守备何可刚等聚集将士在一起，誓死守城。崇焕又写下血书，激励士兵忠义报国，并为之向官兵下拜，所以将士都愿意出死力。于是烧毁城外的全部民房，把守备器械运进城中，等候大清军。命令同知程维木英拷问奸细，通判官金启亻宗管理士兵饮食，并隐蔽路上的行人，传檄前屯守将赵率教、山海守将杨麒，如有将士逃到那里去全部斩首，由此，人心才稳定下来。第二天，大清军开始攻城，戴着盾牌掘洞入城，弓箭和滚石不能打退大清军。崇焕命福建士兵罗立，发放西洋大炮，击伤城外的大清军。第二天，再次进攻，又被击退，于是宁远之围解除了。通判金启亻宗也因为点大炮而战死。
启亻宗起初是一个小官吏，官名叫经历，掌管赏功的事情，勤奋聪明而又有志向。承宗器重他，让他做通判官，核查兵马粮食的数量，监督修城工程，办理军民的诉讼案件，深得民心。死后，追赠为光禄少卿，后代享受世袭锦衣百户的待遇。
起初，朝廷听到边境的警报，兵部尚书王永光召集朝中大臣讨论战守问题，没有什么好策略。经略高第、总兵杨麒在山海关上有大量的部队，却不肯援救，朝廷官员认为宁远必定把守不住。等崇焕奏上捷报，满朝喜气洋洋，马上提升他为右佥都御史，熹宗用加盖玉玺的诏书奖励他，满桂等人也各有晋升。
大清兵刚解围，分兵数万进攻觉华岛，杀死参将金冠等以及军民数万。崇焕刚防卫宁远城，兵力已尽不能救援。高第镇守关门，一反承宗的政策，屈辱将领，使得将领们都离心离德。对待杨麒就如同他的偏裨军官一样，一次杨麒到来，发现高第侮辱他的士兵。到这个时候因为没有发兵援助宁远，高第、杨麒一齐被罢官去职，用王之臣取代高第，赵率教取代了杨麒。
我大清发兵，所到之处没有攻不破的，明朝将领不敢议论战守。讨论战守的事是从袁崇焕开始的。三月朝廷重设辽东巡抚，让崇焕来担任。魏忠贤派遣他的党羽刘应坤、纪用等前往坐镇。崇焕大胆地上疏反对，意见不被采纳。后来给评定功绩，晋升为兵部右侍郎，赏赐他不少银钱，并给他世代享有锦衣千户的封赏。
袁崇焕解围以后，渐渐骄傲起来，同满桂开始不和，请把他调往别处驻兵，朝廷就召满桂回去了。因为王之臣上书挽留满桂，又与王之臣不和，朝廷担心因此坏事，就命令之臣等专管关内的事，关外让崇焕分兵把守。崇焕担心朝中大臣忌妒自己，上书说：“陛下把关内外，分责给两个大臣把守，用辽人防守辽地，又要作战又要防守，又要建城又要屯田。屯田的收入，可以减少海运的需要。关外战略的大要在于以坚壁清野为主体，趁机袭击敌人为功用。这样战虽不足，守则有余；守既有余，战无不足，但是勇猛地攻打敌军，敌军一定仇视我；奋迅立功就有很多人会妒忌。不辞辛劳地干事就必定要蒙受怨恨，身被罪名的人才可能建立功勋。蒙受的怨恨不深，功劳就不显著，罪过不大，那么功勋就不能成就。诽谤我的奏书满箱子都是，诋毁我的话语陛下天天可以听到，自古以来就是这样了，我希望圣明的陛下您和朝廷大臣能有始有终地信任我。”熹宗皇帝用温和的诏书回答并赞扬了他。
这年冬天，崇焕同应坤、纪用、率教巡视锦州，大、小凌河，讨论大规模屯田，慢慢收复了高第以前放弃的领土。忠贤与应坤等一并因此得到世袭锦衣的封赏，崇焕将他们受到荫封的子孙任命为指挥佥事。然后上书说：“辽左的失败，固然是因为人心不稳，但也是因为失了有利的险要地势，不能稳定人心。士兵不利于野战，只有凭借坚固的城墙用大炮这个办法来守卫，现在山海的四城已经修建完毕，应当再修松山等城市，班军四万人，缺一不可。”熹宗皇帝回答说同意。
这以前，八月中旬，清太祖高皇帝逝世，崇焕派遣使节前往吊唁，并且利用这个机会窥测清朝内部的虚实。我清太宗文皇帝派遣使者回访了他，崇焕想议和，就写了一封信让使者带回来，我们大清部队将要讨伐朝鲜，打算用议和阻止他们的军队，以便能专心南下。七年(1627)正月，又派使者回答了他，于是，派兵渡过鸭绿江向南方进攻。朝中认为崇焕与之臣不和，召之臣回来，免除经略不再设置，关内外都交由崇焕监管，同监军的宦官应坤、纪用一起见机行事。崇焕坚决想要收复失地，于是趁大清军外出作战之机，调遣将士修缮锦州、中左、大凌三城，同时又派使者持书前去议和，恰巧朝鲜与毛文龙同时告急，朝廷命崇焕前去救援。崇焕派水军援救文龙，又派遣左辅、赵率教、朱梅等九位将领率九千精兵先后逼进三岔河，来牵制大清势力，而朝鲜已经被征服，各位将领于是返回。
崇焕当初开始议和时，朝廷里不知道。等到奏章送上，熹宗皇帝以赞赏的态度颁发诏书表示同意，后来认为不是好计策，又几次传旨告诫他。崇焕打算借此机会来修整旧疆域，所以坚持要议和。朝鲜及文龙受到大清军进攻，朝中的谏官于是说是因为崇焕议和而造成的。四月，崇焕上书说：“关外的四城虽绵延二百里，北面靠山南面临海，东西宽只四十里罢了。现在屯兵六万，商民数十万之多，可谓地狭人多，从哪里取得粮食呢？锦州、中左、大凌三城的修建一定不能停止。现在我已经迁移了部分商人和农民在那里大规模屯田。如果城墙不坚固而敌军到来，就必须撤回，这样等于放弃了将要成功的事业。所以趁敌人在江东作战之际，姑且以议和来延缓时间。等敌人知道时，三城已修建完毕。或守或战都在关门以外四百里的地方，我朝的边防也就可以固如金汤了。”熹宗以赞赏的口气回答说知道了。
当时率教驻军锦州，监护修筑城墙，朝廷任命尤世禄来取代他，又让左辅担任前锋总兵官，驻守大凌河。世禄没有到，左辅也没有入守大凌，五月十一日，大清军兵直抵锦州，四面围城。率教同宦官纪用环城防守，同时派使者议和，想赢得时间等来援兵，使者往返三次没有效果，大清兵的围困更加紧了。崇焕因为宁远的兵力不可以调动，就选精骑兵四千人，命令世禄、大寿带领，绕到大清军的后面开始决战。另外又派水兵在大清军东面作战，牵制清朝兵力。并且请求发动蓟镇、宣、大的兵力，在东面护守关门。朝廷已经命令驻守山海的满桂移驻前屯，驻守三屯的孙祖寿移驻山海，驻守宣府的黑云龙移驻一片石，蓟辽总督阎鸣泰移驻关城；又派昌平、天津、保定的军队奔赴上关；发书给山西、河南、山东等地的守臣整顿队伍随时听候调遣。世禄等将要出发时，大清已在二十八日分兵开往宁远。崇焕与宦官应坤、副史毕自肃督兵登城拒敌，派兵躲在壕沟内，用大炮击敌。而满桂、世禄、大寿在城外作战，伤亡累累，满桂身中数箭。大清军不久也就引退，派更多兵力攻打锦州，因为天热无法攻下，士兵损伤众多，六月五日也率兵归还，顺势摧毁大、小凌河两座城池。这次战役当时被称为宁锦大捷，满桂、率教立功最多。忠贤于是让他的党羽说崇焕不救锦州是暮年衰弱气象，崇焕于是请求辞职。朝廷内外正争着颂扬忠贤，崇焕没办法，也请求为他建立生祠，最终还是得不到忠贤的欢心。七月朝廷允许他离职，让王之臣接替他做督师兼辽东巡抚，驻兵宁远。等到论功时，文臣武将被晋级荫封者有几百人，忠贤的孙子也封了伯，而崇焕只是升了一级。尚书霍维华不平，上疏请求辞让给自己的荫封，忠贤不允许。
不多久，熹宗逝世，庄烈帝即位，忠贤被诛杀，削了过去冒领军功封赏者的官职。朝廷大臣争着请求召回崇焕，这年十一月，袁崇焕被提升为右都御史，掌管兵部添注左侍郎的事务。崇祯元年(1628)四月，被任命做兵部尚书兼右副都御史，督管蓟、辽两地军队，兼登、莱、天津的军务，上司敦促他走马上任。七月崇焕入都，先上疏陈述军事。庄烈帝在平台召见他，对他深加慰劳，并向他咨询用兵方略。他说：“用兵方略已经全部写在奏章中了。臣受陛下的特别宠信，希望能给我以便宜行事的权力，估计五年内，全辽可以恢复。”庄烈帝说：“你能收复辽地，我决不吝啬封侯之赏。你努力平息天下的动乱，你的子孙也会享你的福的。”崇焕磕头谢恩。庄烈帝退朝稍事休息的时候，给事中许誉卿向崇焕询问五年内收复辽地策略。崇焕说：“皇上为这事心中焦急，我姑且用这话安慰他罢了。”誉卿说：“皇上英明，你怎能随便回话呢？以后按期责取成功，你怎么办？”崇焕茫然不知所云。一会儿，皇帝出朝，崇焕上奏说：“辽东军事本来就不容易成功。陛下既然交由我来办，我怎么敢因难而推辞？只是在五年内，户部转给军饷，工部供给器械，吏部选派官员，兵部调兵遣将必须朝廷内外事事相互照应，才有可能取得成功。”庄烈帝按他所说，发布诏书告诫了四部大臣。
崇焕又说：“依我的能力，制服全辽的疆土有余，可是统一众人的议论力量就不足了。我一出国门，就踏上了万里征途。朝中忌能妒功的，总是不乏其人。就是他们不能以权力牵制我，也能用意见来打乱我的谋略。”庄烈帝站起来侧耳倾听他的话，告诉他说：“您不必为此忧虑，我自有主张。”大学士刘鸿训等请收回之臣、满桂的尚方宝剑，赐给崇焕，并给他便宜行事的权力。庄烈帝都一一答应，并赐崇焕酒馔，然后散朝而去。崇焕因为以前熊廷弼、孙承宗都被人诬陷、排挤，不能实现他们的抱负，上书说：“收复辽地的计策，不外乎以前我用辽人守辽土，用辽土养辽人，守为正招，战为奇招，和为旁招的说法。实施之法在于逐步实行而不能求快，在于实实在在而不能务虚。这是我和守边的大臣们所能做到的。至于负责用人的大臣和任用有作为的官员，都由皇上您掌握其关键。怎样才能任而无贰，信而无疑？大概说来驾驭边臣与朝臣的办法不同，军队中可惊可疑的事特别多，皇上只应当看他成败的大局，没必要抓住边臣一言一行的小过错不放。边臣负担的责任重大，对他们的埋怨实在很多。凡是有利于边疆的举动，对将领自己都不利。何况攻敌紧急，敌人也会从中离间大将，所以当边疆守臣实在很难。陛下爱护我信任我，我何必过多疑虑惧怕呢？只是心中意识到自己有危险，不敢不报告。”庄烈帝以安慰的诏书回答了他，并赐给他蟒玉、银币，他上书辞让蟒玉，没有接受。
这个月，川、湖军队戍守宁远的，因为军饷缺发达四个月之久，起来喧闹，其余的十三个营起来响应他们，把巡抚毕自肃、总兵官朱梅、通判张世荣、推官苏涵淳绑了去，囚禁在城墙上的碉楼里。自肃受重伤，兵备副使郭广刚到，亲自保护自肃，收集抚赏金和不动金二万两用以平息事态，数目不足，又从商人百姓那里借贷五万两给他们，事情才得以解决。自肃上书自行请罪，逃往中左所，自杀而死。崇焕在八月初抵达关防所，听说兵变就骑马前去同郭广密谋，宽恕了带头起事的杨正朝、张思顺，命令逮捕了十五人在街市上杀掉；斩知情不报的中军吴国琦，责问参将彭簪古，罢黜都司左良玉等四人。派正朝、思顺到前线立功赎罪，世荣、涵淳因贪污虐待下属导致事变，也被罢免。只有都司程大乐一营没有跟从兵变，特别为此给予奖励。由此当地才稳定下来。
关外大将四、五人，办起事情往往互相牵制，后来又规定只设二人，由朱梅镇守宁远，大寿仍然驻军锦州。到这个时候朱梅就要卸任了，崇焕请求合宁远、锦州为一镇，大寿仍然驻军锦州，提升中军副将何可刚都督佥事，接替朱梅驻守宁远，改派蓟镇的赵率教驻军关门，关内外只设两员大将。就此事在上疏中极力称赞他们三人的才干，说：“我自许五年内收复，就专靠这三个人了，应当让他们从头到尾辅助我。到时候没有成效，我就亲手杀了他们三个，我自己的命交由司法部门处理吧。”庄烈帝同意了他的意见。崇焕于是留下来镇守宁远。自肃已经死了，崇焕请求停止设巡抚一职。等到登莱巡抚孙国桢免职，崇焕又请求虚其位不再派人。庄烈帝也都回答可以。哈剌慎三十六家过去接受了明朝的安抚和封赏，后来被插汉所逼迫，又因收成不好，有叛改的意向。崇焕召他们在边境上相见，亲自安抚慰问他们，他们都顺服了。二年闰四月评叙春秋两防的战功，崇焕被加封太子太保，赐给蟒衣、银币，并得到荫封子孙锦衣千户的封赏。
崇焕上任一开始，就想杀掉毛文龙，文龙，仁和人。以都司之职率兵援助朝鲜，逗留在辽东一带，辽东失陷后，从海路逃回，乘守备空虚杀死大清镇江的守将，向巡抚王化贞做了报告，没有告诉经略熊廷弼，由此两人开始有了怨恨。当时朝廷里掌权的人正赏识化贞，于是授职文龙为总兵官，逐渐加升到左都督，挂起将军印，赐尚方宝剑，像内地一样在皮岛上设立军镇。皮岛又叫东江，在登、莱沿岸的大海中，全长八十里，不生长草木，远离海岸，靠近北岸，北岸与大清界只相隔八十里的海面，他的东北海就属于朝鲜了。
不过，毛文龙占居的东江，形势虽然足以牵制大清兵，但他本人没有大的谋略，每次征战都失算，每年浪费的军饷无法计算，并且只顾征招商贾，贩卖禁物，名义上在援助朝鲜，实际上是妄出边塞，没有军事的时候就以变卖人参、布匹为职事，有战争，也很少得到过他的功用。工科给事中潘士闻弹劾文龙浪费军饷滥杀俘虏的罪行，尚宝卿董茂忠请求撤了文龙的兵，专门整治山海关、宁远的军队。兵部讨论认为不行。崇焕心里对文龙不高兴，曾上书请求派部臣到文龙处清理粮饷。文龙讨厌有文臣在身边牵制，上书反驳，崇焕很不高兴。等到文龙来拜访时，崇焕按宾客之礼迎接他，文龙又不谦让，崇焕除掉毛文龙的主意更加坚决了。
到了这个时候，崇焕就以阅兵为名，乘船到达双岛，文龙前来会面。崇焕同他设宴饮酒、行乐，每每到半夜才罢，文龙没有觉察崇焕的意思。崇焕同他商量更改营制，设立监司，文龙很不高兴。崇焕用离职返乡劝说他，文龙回答说：“以前有这个意思，但现在只有我了解东部战事，等东部战争完毕，朝鲜衰弱，可以一举而占有。”崇焕更加不高兴，就在六月五日这天邀请文龙来观看将士们射箭，先在山上设了帷帐，命令参将谢尚政等安排身穿铠甲的士兵埋伏在帐外。文龙来后，他手下的士兵不能进帐里来。崇焕说：“我明天出发，海外的事情全寄托在您身上了，请受我一拜。”互相拜见之后，一起登上山来。崇焕问起他随从军官的姓名，多是姓毛的。文龙说：“这些人都是我的孙子。”崇焕笑了，说道：“你们在海外劳苦多日，每月禄米也只有那么一斛，说起来痛心呢，也请受我一拜，大家都为国家尽力。”这些人都叩头道谢。
崇焕就此诘问文龙几桩违令的事情，文龙做了对抗性的辩解。崇焕高声喝斥他，让人扒下他的帽子和袍带，把他捆了起来，文龙仍很倔强。崇焕说：“你有十二条该斩头的大罪，知道吗？按我朝祖宗定下来的制度，大将领兵在外，必须接受文官的监视。你在这边一人专制，军马钱粮都不接受核查，一该杀。大臣的罪没有比欺骗君主更大的，你送上奏章全都蒙骗，杀害投降的士兵和难民，假冒战功，二该杀。大臣没有自己的将领，有则必杀。你上书说在登州驻兵取南京易如反掌，大逆不道，三该杀。每年饷银几十万，不发给士兵，每月只散发三斗半米，侵占军粮，四该杀。擅自在皮岛开设马市，私自和外国人来往，五该杀。部将几千人都冒称是你的同姓，副将以下都随意发给布帛上千匹，走卒、轿夫都穿着品官官服和袍带，六该杀。从宁远返回途中，劫掠商船，自己做了盗贼，七该杀。强娶民间女子，不知法纪，部下效仿，使得百姓不安于家，八该杀。驱使难民远远去帮你盗窃人参，不听从的就被饿死，岛上白骨累累，九该杀。用车送金子到京师，拜魏忠贤为父，并在岛上雕塑他加冕冠的肖像，十该杀。铁山一战败北，丧师不计其数，却掩败为功，十一该杀。设镇八年，不能收复一寸土地，坐地观望，姑息养敌，十二该杀。”宣布完后，文龙丧魂失魄，说不出话来，只是叩头请免他一死。崇焕召他的部将来说：“文龙这样的罪状，该不该杀他？”大家都怕得唯唯诺诺，谁敢反对？中间有称道文龙数年劳苦的，崇焕训斥说：“文龙本是一个平民百姓罢了，官做得最高，全家都得以荫封，足够报他的辛劳了，他怎么就这样悖乱违逆呢！”接着就磕头请求皇帝的旨意说：“我今天杀文龙以整顿军纪。将领中间有和文龙一样的，都要杀了他们。我不能成功的话，请皇上也像杀文龙一样杀了我。”于是取下尚方宝剑在帐前把文龙的头砍了下来。出来告诉他的将士们说：“只杀文龙一个人，其他人都没有罪。”
这时候，文龙麾下凶猛强悍的官兵有数万人，都怕崇焕的威风，没有一个敢乱动的。崇焕命人用棺材埋了文龙。第二天，用肉酒等祭品祭奠他说：“昨天杀你，是朝廷的法律；今天我祭奠你，是出于同僚、友人的感情。”并为他落下了泪。接着分拨文龙的士兵二万八千人为四协，任用文龙的儿子承祚、副将陈继盛、参将徐敷奏、游击刘光祚为首领。收回文龙的敕印、尚方宝剑，令继盛代他掌管。又犒劳军士，传檄安抚各岛人民，全部废除了文龙的苛政。回到镇上以后，把文龙一事上书报告皇帝，末尾说：“文龙作为大将，不是我可以擅自诛杀的，所以我谨席橐待罪。”当时是崇祯二年(1624)五月。庄烈帝突然听到这个消息，大吃一惊，但想到文龙既已死去，当时又靠着崇焕，所以就以赞扬的态度下诏书褒奖他。不久又传旨公开文龙的罪行，用以稳定崇焕的心；文龙埋伏在京城的爪牙，也命令法司加以搜捕。崇焕又上书说：“文龙一介匹夫，不守法竟至于这种程度，是因为海外便于作乱。他的部队连老带幼一起算有四万七千人，假称十万，并且中间有很多百姓，兵还不到两万，擅自设将领千人。现在不便于再设总帅，就以继盛代行其事，这样算来是方便的。”庄烈帝回答可以。
崇焕虽然杀了文龙，怕他的部下发动兵变，所以增加饷钱至十八万两银子。然而岛上的兵失去主帅后，渐渐地散了心，越发不可征用了。以后直至有背叛投敌的。崇焕上书说：“东江一镇，想牵制敌人还必须借助它。今定为两协，马军十营，步军五营，每年需饷银四十二万两，米十三万六千石。”庄烈帝因为兵减少粮饷增加很有点情绪，因为崇焕，就特别地按他的请求办了。
崇焕在辽东，和率教、大寿、可刚等确定兵制，渐渐推行到登、莱、天津，等到确定东江兵制以后，合计四镇兵共十五万三千有余，马匹八万一千有余，每年耗费饷银四百八十余万两，比过去减少了一百二十万。庄烈帝很赞赏他。
文龙死后才三个月，大清兵数十万分路进入龙井关、大安口。崇焕听说了，就督领大寿、可刚等去守卫。于十一月十日抵达蓟州，经过抚宁、永平、迁安、丰润、玉田等城市，都留下队伍防守，庄烈帝听说他到了，很高兴，用温和的诏书赞扬、鼓励他，颁发公款犒赏将士，并命令他统帅各路援军。不久听说率教战死，遵化、三屯营都被攻下，巡抚王元雅、总兵朱国彦自杀，大清兵越过蓟州向西去了。崇焕怕了，火速领兵入关保护北京，在广渠门外扎营。庄烈帝立刻召见他，慰劳了他一番，向他讯问战守策略，赐他御用的食品和貂裘。崇焕由于兵马疲惫，请允许进城中来休息，庄烈帝不同意，崇焕出去与清兵大战，互有杀伤。
当时大清兵所由进入的隘口是蓟辽总理刘策管辖的，崇焕听说事变就不远千里前来解救，所以自认为有功无罪。然而都城的人们突然遭到兵乱，怨言诽谤纷纷而起，说崇焕拥兵纵敌。朝廷大臣因为以前崇焕和大清军有过议和，诬蔑他引来敌人想逼朝廷议和，将要订立城下之盟。庄烈帝听了一些这样的话，心中不能不迷惑。恰好大清军又设了离间计，说崇焕和我们有秘密的和约，让他们所抓获的宦官知道后，又故意让他逃走。那宦官跑去告诉庄烈帝，庄烈帝深信不疑。十二月十五日又一次召崇焕问话时，就把他绑了下到京师的狱里。大寿当时在旁边，浑身哆嗦，不知所措，出来以后就带兵叛逃而去。大寿过去曾经有罪，孙承宗要杀他的时候，爱惜他的才能，就秘密地要崇焕解救他。大寿因此感激崇焕，怕被一齐杀了，就叛逃了。庄烈帝拿崇焕在监狱中亲手写的信，派人前往召大寿回来，他才归顺。
崇焕在朝廷时，曾和大学士钱龙锡谈话中间略略说到想杀毛文龙一事。等崇焕想和大清兵和议时，龙锡曾写信制止他。龙锡过去曾主管确定魏忠贤的逆案，忠贤的残余党羽王永光、高捷、袁弘勋、史翲等人策划制造大案，就以擅自主张议和、独断专杀大帅等事作为他们两个人的罪行，高捷首先上书竭力攻击，史翲、弘勋继之于后，一心想连龙锡一齐杀掉。法司定了崇焕谋叛的罪名，龙锡也定死罪。三年(1630)八月就把崇焕在街市上车裂而死。他的兄弟妻子都被流放三千里，并抄没了他的家。崇焕没有儿子，家中也没有多余的钱财，天下人都以为他死得冤屈。
崇焕被捕入狱后，大寿奔逃大清军去了。武经略满桂因为被催促甚急，与大清兵战斗，终于战死，这时离崇焕下狱才半个月时间。当初崇焕妄自杀了文龙，至此庄烈帝又误杀了崇焕。自从崇焕死后，边疆的战事更加无人可靠了，明朝灭亡的征兆也已决定无疑了。
天启二年(1622)正月，在京都朝见天子，御史侯恂请熹宗任用他，于是被提升为兵部职方主事。没有几多时，广宁地方的军队被打败，朝廷决定派他扼守山海关，袁崇焕即单身一人骑马到山海关内外考察。兵部中因袁主事失踪都感到十分惊讶，他的家人也不知道他去了哪里。过后，他回到朝廷，具体讲述了关上的形势。说：“给我兵马钱粮，我一个就足能守住此地。”朝中的大臣更加赞赏他的才能，于是越级提升他为佥事，监管关外的军队；并发给他公用金二十万，让他招募士兵。当时关外的地盘全被哈剌慎的各部士兵占领，袁崇焕于是驻守关内。不多久，各部受到攻击，经略王在晋命令袁崇焕驻守中前所，监督参将周守廉及左辅的游击队，管理前屯卫的事务。不久又命他前往辽地安置失业人员。崇焕当夜率兵从遍布荆棘、虎豹出没的小路上行进，至四更天进城，将士们都称赞他有胆量。王在晋很器重他，在他的旗帜上题名为宁前兵备佥事。然而崇焕轻视王在晋没有长远的谋略，不大遵守他的军令。等到王在晋建议在八里铺修筑双层城墙时，崇焕认为这不是办法。他争王在晋不过，就把这件事记述下来上书给首辅叶向高。
十三山地方有十多万难民，长期被围困不能出来。大学士孙承宗来巡视边防，崇焕请求说：“派五千人驻守宁远，以壮大十三山的威势，另外派猛将前去救援。宁远离十三山有二百里路，如果能占便宜就进军占据锦州，否则就退守宁远，怎能把十万人放在一边不管呢？”承宗与总督王象乾谋划，象乾因关上的军队新近丧失斗志，提出让插部守关的三千人前去。承宗同意他的说法，就把此事告诉了在晋。在晋竟没能阻止，结果全军覆灭，脱险回来的军民只有六千人而已，等承宗驳斥了修筑双重城墙的建议后，聚集将吏讨论把守什么地方。阎鸣泰主张守觉华，崇焕主张守宁远，在晋以及张应吾、邢慎言认为不行，承宗最后支持崇焕的意见。过后，承宗镇守关外更加依靠崇焕，崇焕对内安抚军民，在外面整治边防战备，功绩显著。他曾调查胆怯的队伍，立刻斩了一个军官。承宗愤怒地说：“监军能够一个人决定杀人的事吗？”崇焕叩头请罪，他在执行军法方面就是这么果断。
三年(1623)九月，承宗决定驻守宁远。佥事万有孚、刘诏竭力阻止，承宗不听，命令满桂同崇焕一同前往。当初，承宗命令祖大寿建筑宁远的城墙，大寿考虑朝中官员不能到这边远地方来防守，所以仅仅修筑了十分之一，并且简陋得不合规格。崇焕于是确定了城墙的规格，高三丈二尺，雉堞高六尺，地基宽三丈，上面宽二丈四。大寿与参将高见、贺谦分别监督工程。第二年完工，宁远就成为关外的重要城镇。满桂是优秀的将领，而崇焕勤于职守，发誓与城共存亡，他又能安抚官兵，所以将士都愿意为他尽力。因此此地商旅车马往来，游民、移民成群聚集在此处，远近地方的人民都把这儿看成乐土。后来碰到父亲去世，崇焕仍然不顾孝心私情继续管理军务。四年(1624)九月，他同大将马世龙、王世钦率领水陆马步军共一万二千人，东巡广宁，拜祭北镇祠，经过十三山，抵达右屯，然后从三岔河坐船回来。不久叙论驻守的功劳，升为兵备副使，后来又升为右参政。
崇焕到东面巡视时，请求马上收复锦州、右屯等城池，承宗认为时机未成熟，就停止了。到五年夏天，承宗与崇焕商议，派将领分别驻兵锦州、松山、杏山、右屯以及大、小凌河等地，修缮城郭居住。从这时起宁远就成为内地了，外边又开辟疆土二百里。十月，承宗罢官，由高第接替了他，认为关外一定不能守住，命令全盘撤去锦州、右屯各城的全部守具，把那里的官兵调进关内。督理屯田的通判官金启亻宗上书崇焕说：“锦州、右屯、大凌三城都是前沿的要害之地。如果收兵撤回，已经安居的百姓又要迁移，已得到的疆土再次沦陷，关的内外能容许有几次后撤防守！”崇焕尽力争辩不同意撤兵说：“用兵的方法，只有进没有退的道理。三座城池已恢复，怎能轻易撤回？锦州、右屯动摇，那么宁远、前屯卫就会受到震惊，山海关的大门也就失去了保障。现在只有选择良将把守，不应有其他考虑。”高第决心已定，并且还打算撤退宁远、前屯卫两城的兵力。崇焕说：“我是宁前道，在此做官，即使死在此地，我也不会离开。”高第无语反驳，于是撤退锦州，右屯，大、小凌河以及松山、杏山、塔山的全部守具，把屯田的士兵也一同驱赶进山海关来，放弃粮食十多万担。而且途中人员死亡，哭声响彻四野，百姓不满，军队的士气更加不振。崇焕于是请求回家服丧，没有得到允许。十二月，晋升为按察使，和过去一样管理军事。
我们大清得知经略撤退，六年(1662)正月，就大举用兵，西渡辽河。二十三日抵达宁远。崇焕听说，马上同大将满桂，副将左辅、朱梅，参将祖大寿，守备何可刚等聚集将士在一起，誓死守城。崇焕又写下血书，激励士兵忠义报国，并为之向官兵下拜，所以将士都愿意出死力。于是烧毁城外的全部民房，把守备器械运进城中，等候大清军。命令同知程维木英拷问奸细，通判官金启亻宗管理士兵饮食，并隐蔽路上的行人，传檄前屯守将赵率教、山海守将杨麒，如有将士逃到那里去全部斩首，由此，人心才稳定下来。第二天，大清军开始攻城，戴着盾牌掘洞入城，弓箭和滚石不能打退大清军。崇焕命福建士兵罗立，发放西洋大炮，击伤城外的大清军。第二天，再次进攻，又被击退，于是宁远之围解除了。通判金启亻宗也因为点大炮而战死。
启亻宗起初是一个小官吏，官名叫经历，掌管赏功的事情，勤奋聪明而又有志向。承宗器重他，让他做通判官，核查兵马粮食的数量，监督修城工程，办理军民的诉讼案件，深得民心。死后，追赠为光禄少卿，后代享受世袭锦衣百户的待遇。
起初，朝廷听到边境的警报，兵部尚书王永光召集朝中大臣讨论战守问题，没有什么好策略。经略高第、总兵杨麒在山海关上有大量的部队，却不肯援救，朝廷官员认为宁远必定把守不住。等崇焕奏上捷报，满朝喜气洋洋，马上提升他为右佥都御史，熹宗用加盖玉玺的诏书奖励他，满桂等人也各有晋升。
大清兵刚解围，分兵数万进攻觉华岛，杀死参将金冠等以及军民数万。崇焕刚防卫宁远城，兵力已尽不能救援。高第镇守关门，一反承宗的政策，屈辱将领，使得将领们都离心离德。对待杨麒就如同他的偏裨军官一样，一次杨麒到来，发现高第侮辱他的士兵。到这个时候因为没有发兵援助宁远，高第、杨麒一齐被罢官去职，用王之臣取代高第，赵率教取代了杨麒。
我大清发兵，所到之处没有攻不破的，明朝将领不敢议论战守。讨论战守的事是从袁崇焕开始的。三月朝廷重设辽东巡抚，让崇焕来担任。魏忠贤派遣他的党羽刘应坤、纪用等前往坐镇。崇焕大胆地上疏反对，意见不被采纳。后来给评定功绩，晋升为兵部右侍郎，赏赐他不少银钱，并给他世代享有锦衣千户的封赏。
袁崇焕解围以后，渐渐骄傲起来，同满桂开始不和，请把他调往别处驻兵，朝廷就召满桂回去了。因为王之臣上书挽留满桂，又与王之臣不和，朝廷担心因此坏事，就命令之臣等专管关内的事，关外让崇焕分兵把守。崇焕担心朝中大臣忌妒自己，上书说：“陛下把关内外，分责给两个大臣把守，用辽人防守辽地，又要作战又要防守，又要建城又要屯田。屯田的收入，可以减少海运的需要。关外战略的大要在于以坚壁清野为主体，趁机袭击敌人为功用。这样战虽不足，守则有余；守既有余，战无不足，但是勇猛地攻打敌军，敌军一定仇视我；奋迅立功就有很多人会妒忌。不辞辛劳地干事就必定要蒙受怨恨，身被罪名的人才可能建立功勋。蒙受的怨恨不深，功劳就不显著，罪过不大，那么功勋就不能成就。诽谤我的奏书满箱子都是，诋毁我的话语陛下天天可以听到，自古以来就是这样了，我希望圣明的陛下您和朝廷大臣能有始有终地信任我。”熹宗皇帝用温和的诏书回答并赞扬了他。
这年冬天，崇焕同应坤、纪用、率教巡视锦州，大、小凌河，讨论大规模屯田，慢慢收复了高第以前放弃的领土。忠贤与应坤等一并因此得到世袭锦衣的封赏，崇焕将他们受到荫封的子孙任命为指挥佥事。然后上书说：“辽左的失败，固然是因为人心不稳，但也是因为失了有利的险要地势，不能稳定人心。士兵不利于野战，只有凭借坚固的城墙用大炮这个办法来守卫，现在山海的四城已经修建完毕，应当再修松山等城市，班军四万人，缺一不可。”熹宗皇帝回答说同意。
这以前，八月中旬，清太祖高皇帝逝世，崇焕派遣使节前往吊唁，并且利用这个机会窥测清朝内部的虚实。我清太宗文皇帝派遣使者回访了他，崇焕想议和，就写了一封信让使者带回来，我们大清部队将要讨伐朝鲜，打算用议和阻止他们的军队，以便能专心南下。七年(1627)正月，又派使者回答了他，于是，派兵渡过鸭绿江向南方进攻。朝中认为崇焕与之臣不和，召之臣回来，免除经略不再设置，关内外都交由崇焕监管，同监军的宦官应坤、纪用一起见机行事。崇焕坚决想要收复失地，于是趁大清军外出作战之机，调遣将士修缮锦州、中左、大凌三城，同时又派使者持书前去议和，恰巧朝鲜与毛文龙同时告急，朝廷命崇焕前去救援。崇焕派水军援救文龙，又派遣左辅、赵率教、朱梅等九位将领率九千精兵先后逼进三岔河，来牵制大清势力，而朝鲜已经被征服，各位将领于是返回。
崇焕当初开始议和时，朝廷里不知道。等到奏章送上，熹宗皇帝以赞赏的态度颁发诏书表示同意，后来认为不是好计策，又几次传旨告诫他。崇焕打算借此机会来修整旧疆域，所以坚持要议和。朝鲜及文龙受到大清军进攻，朝中的谏官于是说是因为崇焕议和而造成的。四月，崇焕上书说：“关外的四城虽绵延二百里，北面靠山南面临海，东西宽只四十里罢了。现在屯兵六万，商民数十万之多，可谓地狭人多，从哪里取得粮食呢？锦州、中左、大凌三城的修建一定不能停止。现在我已经迁移了部分商人和农民在那里大规模屯田。如果城墙不坚固而敌军到来，就必须撤回，这样等于放弃了将要成功的事业。所以趁敌人在江东作战之际，姑且以议和来延缓时间。等敌人知道时，三城已修建完毕。或守或战都在关门以外四百里的地方，我朝的边防也就可以固如金汤了。”熹宗以赞赏的口气回答说知道了。
当时率教驻军锦州，监护修筑城墙，朝廷任命尤世禄来取代他，又让左辅担任前锋总兵官，驻守大凌河。世禄没有到，左辅也没有入守大凌，五月十一日，大清军兵直抵锦州，四面围城。率教同宦官纪用环城防守，同时派使者议和，想赢得时间等来援兵，使者往返三次没有效果，大清兵的围困更加紧了。崇焕因为宁远的兵力不可以调动，就选精骑兵四千人，命令世禄、大寿带领，绕到大清军的后面开始决战。另外又派水兵在大清军东面作战，牵制清朝兵力。并且请求发动蓟镇、宣、大的兵力，在东面护守关门。朝廷已经命令驻守山海的满桂移驻前屯，驻守三屯的孙祖寿移驻山海，驻守宣府的黑云龙移驻一片石，蓟辽总督阎鸣泰移驻关城；又派昌平、天津、保定的军队奔赴上关；发书给山西、河南、山东等地的守臣整顿队伍随时听候调遣。世禄等将要出发时，大清已在二十八日分兵开往宁远。崇焕与宦官应坤、副史毕自肃督兵登城拒敌，派兵躲在壕沟内，用大炮击敌。而满桂、世禄、大寿在城外作战，伤亡累累，满桂身中数箭。大清军不久也就引退，派更多兵力攻打锦州，因为天热无法攻下，士兵损伤众多，六月五日也率兵归还，顺势摧毁大、小凌河两座城池。这次战役当时被称为宁锦大捷，满桂、率教立功最多。忠贤于是让他的党羽说崇焕不救锦州是暮年衰弱气象，崇焕于是请求辞职。朝廷内外正争着颂扬忠贤，崇焕没办法，也请求为他建立生祠，最终还是得不到忠贤的欢心。七月朝廷允许他离职，让王之臣接替他做督师兼辽东巡抚，驻兵宁远。等到论功时，文臣武将被晋级荫封者有几百人，忠贤的孙子也封了伯，而崇焕只是升了一级。尚书霍维华不平，上疏请求辞让给自己的荫封，忠贤不允许。
不多久，熹宗逝世，庄烈帝即位，忠贤被诛杀，削了过去冒领军功封赏者的官职。朝廷大臣争着请求召回崇焕，这年十一月，袁崇焕被提升为右都御史，掌管兵部添注左侍郎的事务。崇祯元年(1628)四月，被任命做兵部尚书兼右副都御史，督管蓟、辽两地军队，兼登、莱、天津的军务，上司敦促他走马上任。七月崇焕入都，先上疏陈述军事。庄烈帝在平台召见他，对他深加慰劳，并向他咨询用兵方略。他说：“用兵方略已经全部写在奏章中了。臣受陛下的特别宠信，希望能给我以便宜行事的权力，估计五年内，全辽可以恢复。”庄烈帝说：“你能收复辽地，我决不吝啬封侯之赏。你努力平息天下的动乱，你的子孙也会享你的福的。”崇焕磕头谢恩。庄烈帝退朝稍事休息的时候，给事中许誉卿向崇焕询问五年内收复辽地策略。崇焕说：“皇上为这事心中焦急，我姑且用这话安慰他罢了。”誉卿说：“皇上英明，你怎能随便回话呢？以后按期责取成功，你怎么办？”崇焕茫然不知所云。一会儿，皇帝出朝，崇焕上奏说：“辽东军事本来就不容易成功。陛下既然交由我来办，我怎么敢因难而推辞？只是在五年内，户部转给军饷，工部供给器械，吏部选派官员，兵部调兵遣将必须朝廷内外事事相互照应，才有可能取得成功。”庄烈帝按他所说，发布诏书告诫了四部大臣。
崇焕又说：“依我的能力，制服全辽的疆土有余，可是统一众人的议论力量就不足了。我一出国门，就踏上了万里征途。朝中忌能妒功的，总是不乏其人。就是他们不能以权力牵制我，也能用意见来打乱我的谋略。”庄烈帝站起来侧耳倾听他的话，告诉他说：“您不必为此忧虑，我自有主张。”大学士刘鸿训等请收回之臣、满桂的尚方宝剑，赐给崇焕，并给他便宜行事的权力。庄烈帝都一一答应，并赐崇焕酒馔，然后散朝而去。崇焕因为以前熊廷弼、孙承宗都被人诬陷、排挤，不能实现他们的抱负，上书说：“收复辽地的计策，不外乎以前我用辽人守辽土，用辽土养辽人，守为正招，战为奇招，和为旁招的说法。实施之法在于逐步实行而不能求快，在于实实在在而不能务虚。这是我和守边的大臣们所能做到的。至于负责用人的大臣和任用有作为的官员，都由皇上您掌握其关键。怎样才能任而无贰，信而无疑？大概说来驾驭边臣与朝臣的办法不同，军队中可惊可疑的事特别多，皇上只应当看他成败的大局，没必要抓住边臣一言一行的小过错不放。边臣负担的责任重大，对他们的埋怨实在很多。凡是有利于边疆的举动，对将领自己都不利。何况攻敌紧急，敌人也会从中离间大将，所以当边疆守臣实在很难。陛下爱护我信任我，我何必过多疑虑惧怕呢？只是心中意识到自己有危险，不敢不报告。”庄烈帝以安慰的诏书回答了他，并赐给他蟒玉、银币，他上书辞让蟒玉，没有接受。
这个月，川、湖军队戍守宁远的，因为军饷缺发达四个月之久，起来喧闹，其余的十三个营起来响应他们，把巡抚毕自肃、总兵官朱梅、通判张世荣、推官苏涵淳绑了去，囚禁在城墙上的碉楼里。自肃受重伤，兵备副使郭广刚到，亲自保护自肃，收集抚赏金和不动金二万两用以平息事态，数目不足，又从商人百姓那里借贷五万两给他们，事情才得以解决。自肃上书自行请罪，逃往中左所，自杀而死。崇焕在八月初抵达关防所，听说兵变就骑马前去同郭广密谋，宽恕了带头起事的杨正朝、张思顺，命令逮捕了十五人在街市上杀掉；斩知情不报的中军吴国琦，责问参将彭簪古，罢黜都司左良玉等四人。派正朝、思顺到前线立功赎罪，世荣、涵淳因贪污虐待下属导致事变，也被罢免。只有都司程大乐一营没有跟从兵变，特别为此给予奖励。由此当地才稳定下来。
关外大将四、五人，办起事情往往互相牵制，后来又规定只设二人，由朱梅镇守宁远，大寿仍然驻军锦州。到这个时候朱梅就要卸任了，崇焕请求合宁远、锦州为一镇，大寿仍然驻军锦州，提升中军副将何可刚都督佥事，接替朱梅驻守宁远，改派蓟镇的赵率教驻军关门，关内外只设两员大将。就此事在上疏中极力称赞他们三人的才干，说：“我自许五年内收复，就专靠这三个人了，应当让他们从头到尾辅助我。到时候没有成效，我就亲手杀了他们三个，我自己的命交由司法部门处理吧。”庄烈帝同意了他的意见。崇焕于是留下来镇守宁远。自肃已经死了，崇焕请求停止设巡抚一职。等到登莱巡抚孙国桢免职，崇焕又请求虚其位不再派人。庄烈帝也都回答可以。哈剌慎三十六家过去接受了明朝的安抚和封赏，后来被插汉所逼迫，又因收成不好，有叛改的意向。崇焕召他们在边境上相见，亲自安抚慰问他们，他们都顺服了。二年闰四月评叙春秋两防的战功，崇焕被加封太子太保，赐给蟒衣、银币，并得到荫封子孙锦衣千户的封赏。
崇焕上任一开始，就想杀掉毛文龙，文龙，仁和人。以都司之职率兵援助朝鲜，逗留在辽东一带，辽东失陷后，从海路逃回，乘守备空虚杀死大清镇江的守将，向巡抚王化贞做了报告，没有告诉经略熊廷弼，由此两人开始有了怨恨。当时朝廷里掌权的人正赏识化贞，于是授职文龙为总兵官，逐渐加升到左都督，挂起将军印，赐尚方宝剑，像内地一样在皮岛上设立军镇。皮岛又叫东江，在登、莱沿岸的大海中，全长八十里，不生长草木，远离海岸，靠近北岸，北岸与大清界只相隔八十里的海面，他的东北海就属于朝鲜了。
不过，毛文龙占居的东江，形势虽然足以牵制大清兵，但他本人没有大的谋略，每次征战都失算，每年浪费的军饷无法计算，并且只顾征招商贾，贩卖禁物，名义上在援助朝鲜，实际上是妄出边塞，没有军事的时候就以变卖人参、布匹为职事，有战争，也很少得到过他的功用。工科给事中潘士闻弹劾文龙浪费军饷滥杀俘虏的罪行，尚宝卿董茂忠请求撤了文龙的兵，专门整治山海关、宁远的军队。兵部讨论认为不行。崇焕心里对文龙不高兴，曾上书请求派部臣到文龙处清理粮饷。文龙讨厌有文臣在身边牵制，上书反驳，崇焕很不高兴。等到文龙来拜访时，崇焕按宾客之礼迎接他，文龙又不谦让，崇焕除掉毛文龙的主意更加坚决了。
到了这个时候，崇焕就以阅兵为名，乘船到达双岛，文龙前来会面。崇焕同他设宴饮酒、行乐，每每到半夜才罢，文龙没有觉察崇焕的意思。崇焕同他商量更改营制，设立监司，文龙很不高兴。崇焕用离职返乡劝说他，文龙回答说：“以前有这个意思，但现在只有我了解东部战事，等东部战争完毕，朝鲜衰弱，可以一举而占有。”崇焕更加不高兴，就在六月五日这天邀请文龙来观看将士们射箭，先在山上设了帷帐，命令参将谢尚政等安排身穿铠甲的士兵埋伏在帐外。文龙来后，他手下的士兵不能进帐里来。崇焕说：“我明天出发，海外的事情全寄托在您身上了，请受我一拜。”互相拜见之后，一起登上山来。崇焕问起他随从军官的姓名，多是姓毛的。文龙说：“这些人都是我的孙子。”崇焕笑了，说道：“你们在海外劳苦多日，每月禄米也只有那么一斛，说起来痛心呢，也请受我一拜，大家都为国家尽力。”这些人都叩头道谢。
崇焕就此诘问文龙几桩违令的事情，文龙做了对抗性的辩解。崇焕高声喝斥他，让人扒下他的帽子和袍带，把他捆了起来，文龙仍很倔强。崇焕说：“你有十二条该斩头的大罪，知道吗？按我朝祖宗定下来的制度，大将领兵在外，必须接受文官的监视。你在这边一人专制，军马钱粮都不接受核查，一该杀。大臣的罪没有比欺骗君主更大的，你送上奏章全都蒙骗，杀害投降的士兵和难民，假冒战功，二该杀。大臣没有自己的将领，有则必杀。你上书说在登州驻兵取南京易如反掌，大逆不道，三该杀。每年饷银几十万，不发给士兵，每月只散发三斗半米，侵占军粮，四该杀。擅自在皮岛开设马市，私自和外国人来往，五该杀。部将几千人都冒称是你的同姓，副将以下都随意发给布帛上千匹，走卒、轿夫都穿着品官官服和袍带，六该杀。从宁远返回途中，劫掠商船，自己做了盗贼，七该杀。强娶民间女子，不知法纪，部下效仿，使得百姓不安于家，八该杀。驱使难民远远去帮你盗窃人参，不听从的就被饿死，岛上白骨累累，九该杀。用车送金子到京师，拜魏忠贤为父，并在岛上雕塑他加冕冠的肖像，十该杀。铁山一战败北，丧师不计其数，却掩败为功，十一该杀。设镇八年，不能收复一寸土地，坐地观望，姑息养敌，十二该杀。”宣布完后，文龙丧魂失魄，说不出话来，只是叩头请免他一死。崇焕召他的部将来说：“文龙这样的罪状，该不该杀他？”大家都怕得唯唯诺诺，谁敢反对？中间有称道文龙数年劳苦的，崇焕训斥说：“文龙本是一个平民百姓罢了，官做得最高，全家都得以荫封，足够报他的辛劳了，他怎么就这样悖乱违逆呢！”接着就磕头请求皇帝的旨意说：“我今天杀文龙以整顿军纪。将领中间有和文龙一样的，都要杀了他们。我不能成功的话，请皇上也像杀文龙一样杀了我。”于是取下尚方宝剑在帐前把文龙的头砍了下来。出来告诉他的将士们说：“只杀文龙一个人，其他人都没有罪。”
这时候，文龙麾下凶猛强悍的官兵有数万人，都怕崇焕的威风，没有一个敢乱动的。崇焕命人用棺材埋了文龙。第二天，用肉酒等祭品祭奠他说：“昨天杀你，是朝廷的法律；今天我祭奠你，是出于同僚、友人的感情。”并为他落下了泪。接着分拨文龙的士兵二万八千人为四协，任用文龙的儿子承祚、副将陈继盛、参将徐敷奏、游击刘光祚为首领。收回文龙的敕印、尚方宝剑，令继盛代他掌管。又犒劳军士，传檄安抚各岛人民，全部废除了文龙的苛政。回到镇上以后，把文龙一事上书报告皇帝，末尾说：“文龙作为大将，不是我可以擅自诛杀的，所以我谨席橐待罪。”当时是崇祯二年(1624)五月。庄烈帝突然听到这个消息，大吃一惊，但想到文龙既已死去，当时又靠着崇焕，所以就以赞扬的态度下诏书褒奖他。不久又传旨公开文龙的罪行，用以稳定崇焕的心；文龙埋伏在京城的爪牙，也命令法司加以搜捕。崇焕又上书说：“文龙一介匹夫，不守法竟至于这种程度，是因为海外便于作乱。他的部队连老带幼一起算有四万七千人，假称十万，并且中间有很多百姓，兵还不到两万，擅自设将领千人。现在不便于再设总帅，就以继盛代行其事，这样算来是方便的。”庄烈帝回答可以。
崇焕虽然杀了文龙，怕他的部下发动兵变，所以增加饷钱至十八万两银子。然而岛上的兵失去主帅后，渐渐地散了心，越发不可征用了。以后直至有背叛投敌的。崇焕上书说：“东江一镇，想牵制敌人还必须借助它。今定为两协，马军十营，步军五营，每年需饷银四十二万两，米十三万六千石。”庄烈帝因为兵减少粮饷增加很有点情绪，因为崇焕，就特别地按他的请求办了。
崇焕在辽东，和率教、大寿、可刚等确定兵制，渐渐推行到登、莱、天津，等到确定东江兵制以后，合计四镇兵共十五万三千有余，马匹八万一千有余，每年耗费饷银四百八十余万两，比过去减少了一百二十万。庄烈帝很赞赏他。
文龙死后才三个月，大清兵数十万分路进入龙井关、大安口。崇焕听说了，就督领大寿、可刚等去守卫。于十一月十日抵达蓟州，经过抚宁、永平、迁安、丰润、玉田等城市，都留下队伍防守，庄烈帝听说他到了，很高兴，用温和的诏书赞扬、鼓励他，颁发公款犒赏将士，并命令他统帅各路援军。不久听说率教战死，遵化、三屯营都被攻下，巡抚王元雅、总兵朱国彦自杀，大清兵越过蓟州向西去了。崇焕怕了，火速领兵入关保护北京，在广渠门外扎营。庄烈帝立刻召见他，慰劳了他一番，向他讯问战守策略，赐他御用的食品和貂裘。崇焕由于兵马疲惫，请允许进城中来休息，庄烈帝不同意，崇焕出去与清兵大战，互有杀伤。
当时大清兵所由进入的隘口是蓟辽总理刘策管辖的，崇焕听说事变就不远千里前来解救，所以自认为有功无罪。然而都城的人们突然遭到兵乱，怨言诽谤纷纷而起，说崇焕拥兵纵敌。朝廷大臣因为以前崇焕和大清军有过议和，诬蔑他引来敌人想逼朝廷议和，将要订立城下之盟。庄烈帝听了一些这样的话，心中不能不迷惑。恰好大清军又设了离间计，说崇焕和我们有秘密的和约，让他们所抓获的宦官知道后，又故意让他逃走。那宦官跑去告诉庄烈帝，庄烈帝深信不疑。十二月十五日又一次召崇焕问话时，就把他绑了下到京师的狱里。大寿当时在旁边，浑身哆嗦，不知所措，出来以后就带兵叛逃而去。大寿过去曾经有罪，孙承宗要杀他的时候，爱惜他的才能，就秘密地要崇焕解救他。大寿因此感激崇焕，怕被一齐杀了，就叛逃了。庄烈帝拿崇焕在监狱中亲手写的信，派人前往召大寿回来，他才归顺。
崇焕在朝廷时，曾和大学士钱龙锡谈话中间略略说到想杀毛文龙一事。等崇焕想和大清兵和议时，龙锡曾写信制止他。龙锡过去曾主管确定魏忠贤的逆案，忠贤的残余党羽王永光、高捷、袁弘勋、史翲等人策划制造大案，就以擅自主张议和、独断专杀大帅等事作为他们两个人的罪行，高捷首先上书竭力攻击，史翲、弘勋继之于后，一心想连龙锡一齐杀掉。法司定了崇焕谋叛的罪名，龙锡也定死罪。三年(1630)八月就把崇焕在街市上车裂而死。他的兄弟妻子都被流放三千里，并抄没了他的家。崇焕没有儿子，家中也没有多余的钱财，天下人都以为他死得冤屈。
崇焕被捕入狱后，大寿奔逃大清军去了。武经略满桂因为被催促甚急，与大清兵战斗，终于战死，这时离崇焕下狱才半个月时间。当初崇焕妄自杀了文龙，至此庄烈帝又误杀了崇焕。自从崇焕死后，边疆的战事更加无人可靠了，明朝灭亡的征兆也已决定无疑了。
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