泉南夏琳元斌纂癸卯、十七年春、正月，招討大將軍世子至自東都。
世子□□內難，祭合先王，調諸將分守各汛；自率周全斌等及其叔世襲回思明州。是年，永曆訃至；世子猶奉其正朔，稱永曆十七年。以審理所正蔡政兼攝思明州事。夏、六月，世子執戶官鄭泰幽之；泰自殺。
泰守金門，貲以百萬計。世子自東都回，得泰與黃昭往來書，疑其有異志；泰不自安，稱病不入謁。世子欲襲之，或勸其□兵見世子自白；泰曰：『吾今救死而已；若稱兵，適重□□也』。又勸其投清；泰曰：『平國公已誤，豈容再誤』。艤舟□命。陳永華謀以世子將歸東都，命泰居守；鑄居守戶官印，遣協理吳慎賫至金門授之。泰猶豫未敢入謝，弟鳴駿力贊其行，遂帶兵船及餉銀十萬赴思明州進見。世子慰勞畢，託更衣以入；永華即榜泰十罪，並出所與黃昭往來之書示泰。泰欲向辨，洪旭曰：『無庸也』！挽至別室館榖之。周全斌率兵併其船，獨蔡璋一船逸出金門。鳴駿倉卒與泰之子纘緒率諸將及眷口下船，入泉港投誠。船凡二百□□、精兵八千人、文武官數百員，全斌等追之不及。泰□之，遂自縊。清封鳴駿為遵義侯、纘緒為慕恩伯，同降文武官，班賞、敘用有差。遣協理刑官蔡政使日本。
先是，宮傅鄭泰有銀巨萬寄日本國。世子遣政往徵以佐餉，倭酋已將原銀付政包封。適泰弟鳴駿亦遣人持勘合至，倭以其有據也，將欲與之；政告倭酋曰：『鄭泰，我國故司農也，糧餉由其掌握；所寄乃我主國帑，於義取之固當』。倭人韙之；乃皆不發，而收貯以待後命。秋、七月，以黃而輝為思明州知州。
而輝，黃廷之子。自鄭鳴駿投誠，鎮營多叛：右武衛楊富、左武衛何義、忠靖伯陳輝、參軍蔡鳴雷等皆後先歸清。八月，前提督黃廷自銅山入見，世子慰諭之。九月，荷蘭紅夷入寇。
紅夷糾集甲板船十六隻、夷兵數千，會靖南王及總督同攻金、廈兩島；約事定之日，築城浯嶼貿易如廣東香山澳例。總督李率泰遂議平島。冬、十月，清靖南王耿繼茂、總督李率泰督滿、漢投誠官軍及紅夷甲板破思明州。
繼茂、率泰調投誠官兵船隻同甲板出泉州，以陸路提督馬得功統之；自引小舟從同安出，海澄公黃梧、水師提督施琅出海澄。世子部分死士，令周全斌逆戰。十九日，遇得功於金門烏沙。時甲板十四隻、泉州戰艦三百餘號；全斌以十三船直衝其■〈舟宗〉，往來攻擊，剽疾如馬，紅夷砲無一中者。清船望見，披靡不敢前；得功殿後，為全斌所破，赴海死，舉船兵眾皆沒。已而，繼茂、率泰、黃梧、施琅各濟師，世子眾寡不敵，遂棄思明及金門，退守銅山。清兵入島，男婦童稚擄掠一空，遺民數十萬靡有孑遺；遂墮城、焚屋、棄其地而回。先是，有「嘉禾斷人種」之讖；至此，果驗。十二月，世子至銅山。
金、廈既破，世子收餘眾至銅山；而兩島之舊將、殘兵、官員、紳士無船可泛海者，或投誠、或逃遁，流離失所，死亡殆盡。甲辰、明朔永曆十八年春、正月，五軍都督周全斌叛歸清。
世于駐銅山，諸軍乏糧，周全斌欲襲忠振伯洪旭而並其船，旭亦防之。值海風大作，船各飄開，全斌遂率所部入漳投誠；清封為承恩伯。而洪旭以杜輝守南澳；輝亦掠旭輜重歸誠。三月，世子棄銅山，退守東都。
世子見眾叛糧乏，難於久駐；偕陳永華、馮錫范等率餘眾歸東都。工官馮澄世別駕一船從行，為其僕所迫，自投海死。
前提督永安伯黃廷歸清。
世子既東歸，洪旭以二十舟邀黃廷同行。廷所部兵將多不願行，欲使其子而輝、婿吳朝宰率眾投誠，而已挈眷與旭東行。適黃梧遣官招安，廷遂降；清封為慕義伯。招討大將軍世子至東都。
世子至東都，以諮議參軍陳永華理國政。改東都為東寧，置天興、萬年二州。分諸將土地，課耕種、徵租賦、稅丁庸、興學校、通魚鹽，安撫土民，貿易外國，儼然別一乾坤。秋、七月，協理刑官蔡政至自泉州。
政出使日本歸，將至廈，值世子兵敗還東寧；政為舟人挾入泉州，清遵義侯鄭鳴駿設館禮待，而防衛甚密。是時，清朝方隆招撫之命，凡投誠部職量與監司；政名素著，督、撫即會鳴駿繕疏具題；命將下，而政以計脫歸東寧。既至，世子大喜，命為協理禮官，寵遇日隆。
乙巳、明朔永曆十九年夏、四月，清加水師提督施琅靖海將軍，統舟師進攻東寧；遭風引還。
總督李率泰上疏：命施琅攻東寧；報可。乃加琅靖海將軍，總率官兵；以周全忠孝，字愧兩；崇禎戊辰進士，清忠貞毅。明室既亡，不避艱險，舉義兵復興化；尋避難入廈門，居曾厝垵。十三年，永曆遣官賫敕陞為兵部左侍郎，忠孝疏辭；永曆復賜敕曰：『王忠孝孤臣亮節，久鑒朕心。新銜未足示■〈酉守〉，尚宜祗受，以資聯絡。俟閩疆克奠，卿即馳赴行畿，用展壯猷』！忠孝感泣，日望恢復。至是，卒。癸丑、明塑永曆二十七年冬、十一月，招討大將軍世子率舟師次澎湖。
初，平南王尚可喜疏請歸老遼東，而留其子安達公之信襲鎮廣州；許之，並令舉家歸旗。於是平西、靖南二王相繼疏請如平南例，俱報可；遣內大臣促行。靖南王耿精忠蓄逆謀，密令黃鏞入東寧，請濟師為聲援；世子許之，率師次澎湖以待。
是月，平西王反於雲南，盡有川、湖、雲、貴之地；耿精忠停其歸旗，復使人辭世子回師。
甲寅、明朔永曆二十八年春、正月，清靖南王耿精忠據福州反，自稱總統兵馬上將軍；馳檄七閩，皆下之。
是時，清以吳三桂反，命直省督撫增修武備，精忠益不自安；乃於十五日傳各官議事，總督范承謨、巡撫劉秉政至，伏甲執之。移檄各府縣，皆望風而降。其檄文略云：『共奉大明之文物，悉還中夏之乾坤。高皇大業，必留隆準之遺；明室中興，斷有舂陵之瑞！誓當推誠翌戴，戮力劻勷。申李、郭再造之功，振晉、鄭相依之業；會周師而反商政，除新法以復漢儀！非惟日月重光，直令河山改色』云云。上將軍耿精忠遣黃鏞入東寧，請濟師。
精忠既反，遣黃鏞往東寧，請世子以舟師由海道取江南，且以戰船相許；曰：『世藩將水、吾將陸，江、浙不足平也』。鏞回言海上船不滿百、兵不滿萬，精忠始輕之。招討大將軍世子遣禮官柯平入福州報聘。
精忠將反，慮下游郡邑不服，故遣黃鏞會師。乃不一月而全閩降附，浙之溫處、江右廣信、粵之潮州亦相繼納款，聲勢大振；及見柯平來報聘，意甚輕之，謾應曰：『世藩來甚善，各分地自戰可也』。由是，兵端遂起。侍衛馮錫範、右武衛劉國軒督兵入思明州；海澄總兵趙得勝以城來歸。
鄭、耿會師有成議矣，世子乃令錫范、國軒率兵先至廈門。時海澄鎮趙得勝降於耿，封為威遠將軍；徵其兵出關，得勝不從，乃以城約降世藩，與錫范深相結。及柯平至自福州，知耿意變，遂將兵進攻同安。侍衛馮錫范克同安。
時張學堯守同安；耿王徵提督王進功入省，調學堯守泉州；以化尚蘭代之。錫范引兵至，尚蘭迎降。學堯聞變趨回，家眷已獲入海矣；不得已，亦降。
夏、五月，招討大將軍延平王世子至思明州，傳檄四方。
世子將濟師，以參軍陳永華為總制，留守東寧；自率兵官陳繩武、吏官洪磊等奉永曆二十八年正朔渡海西來，傳檄直省。其略曰：『洪惟二祖列宗，豐功偉業，澤潤民生；踐土食毛，世承君德。即有亡國之禍，非有失道之主；而煤山龍馭，死守社稷，尤忠臣義士所椎心而感泣者也。今平西倡義於滇南，靖南反正於閩中，秦、黔、楚、蜀莫不騷動；人懷逐鹿之心，家思執箠之逐。予組練數萬、樓船數千，陸戰而兕虎避易，水陣則蛟龍震驚；願與同志之士共崇故主之恩，雪國家之恥，救民生之禍。凡諸官員，不論滿、漢，有能以城邑、兵馬反正來歸者，各照原職加陞委用；其有前係故將、中道離去者，悉赦不究，一本收錄。師之所過，秋毫無犯；非得罪社稷及抗我戎行者，一無所問。嘉與士民，同建匡復之勳，永快昇平之樂』。既至廈門，敘海澄功：以趙得勝為左提督，封興明伯；敘同安功：以張學堯為左先鋒蕩魯將軍、化尚蘭為仁武鎮。鄧麟彩仍知縣事，以鄭省英知思明州。尋遣人至耿王處，議撥船及地方安插兵眾；耿不答。於是，鄭、耿交惡。六月，招討大將軍世子入泉州。
初，提督王進功降於耿，封為平北將軍；徵之福州，留之。遣都尉王進率兵鎮泉州；進至，與城守賴玉深相結，勒進功家眷入省，精忠復遣兵接應；進功之子藩錫懼，議先發以制之，乃誘執賴玉殺之，率兵逐王進，遣官迎世子入城。慰勞藩錫，以為指揮使，命暫理提督事務；道、府、廳縣，各仍其舊。清海澄公黃芳度以漳州降世子，封為德化公。
初，精忠反，海澄公黃梧降精忠，封為平和公；尋病疽死，子芳度襲封。精忠徵其兵，使劉豹守漳州。及世子入泉，芳度懼不免；世子遣人慰諭之，乃襲殺劉豹，具啟請降。其略曰：『某荷恩早世，依蔭今茲；宜負弩以前驅，敢乘塵而後至。緣罪在誅殛，非喪面所得自寬；即量加優容，然捫心安能無愧！既為天壤間無所容之罪，竊比魚鳥之飛潛；自計百十口凡有生之年，總望雷霆之生育！拜遣涓弁，奉奏微虔，祈伏宏開覆載，廣布包荒！退補過而進盡忠，豈僅將於事大之小；生捐軀而死結草，期少圖於贖罪之勳』！啟進，世子封芳度為德化公，授前提督，漳屬錢糧聽其徵給。芳度終不自安，遣人間道賫密疏入京，請援。秋、七月，潮州總兵劉進忠以城來降。
進忠先以潮州降耿，封為寧粵將軍。至是，為安達公尚之信所圍；精忠以泉、漳之變不能援，進忠乃以潮來降。世子遣援勦後鎮金漢臣率舟師援之，以進忠為右提督，封定魯伯。九月，上將軍耿精忠遣都尉王進攻泉州，世子命右武衛劉國軒督諸軍禦之。
王進自泉州奔回，精忠令鎮興化，發兵從上游入漳浦會劉炎協攻泉州。進鼓行至惠安，肆行焚掠；世子乃命劉國軒督軍禦之。冬、十月，右武衛劉國軒破耿都尉王進於塗嶺，追至興化而還。
王進，號老虎，素輕南兵；泉州之役，以眾寡不敵為辭。至是，請攻泉州自效；精忠益以步騎二萬，直抵惠安，兵勢甚盛。劉國軒嚴陣待之，對壘逾旬，進不能前；退屯楓亭，列營二十餘里。國軒率輕騎覘之，猝遇於塗嶺，進引兵出戰；自辰至巳，兩軍殊死穽。進潰走，國軒追至興化郭外，宿三日而還。十一月，周遣禮曹員外周文驥來聘。
平西王吳三桂既舉兵，國號周；遣使賫帛書入東寧會師，世子遣推官陳克岐、副將陳文煥報之。三桂復遣禮曹錢點通問；值鄭、耿搆兵，點回報。三桂乃遣文驥來和解，大意以「同室操戈，貽笑敵國」為言。招討大將軍世子遣興明伯趙得勝、侍衛馮錫範督諸軍復漳浦。
漳州既約降，諸邑皆下，獨劉炎附耿據守漳浦。精忠遣兵援之，至平和，黃芳度守將擊卻之；精忠復遣其親軍都尉徐鴻弼從間道入漳浦。世子令錫范、得勝由海澄攻之，鴻弼、炎會雲霄鎮劉成龍迎戰於羅山嶺。左虎衛何祐揮軍邀擊，鴻弼等大敗，退入城；錫范、得勝督兵環攻，以紅夷衝天砲擊之。劉炎懼，與鴻弼、成龍俱出降。招討大將軍世子設六官。
以洪磊為吏宜、楊英戶官、鄭斌禮官、柯平刑官、楊賢工官，各名曰協理；不設兵官，以陳繩武為贊畫兵部；仍置六科都事、都吏及察言、承宣二司、中書舍人本科等官。初，賜姓雖承制設六官，文書僅稱卑職；至世子中年，文武官具啟始稱臣。軍國事宜，皆主決於贊畫陳繩武、侍衛馮錫范。以鄭省英為宣慰使。
初，世子率師西來，兵餉皆取給於東寧。及得泉、漳，兵將日多，轉運不給；乃議徵餉：百姓年十六歲以上、六十歲以下每人月納銀五分，名曰「毛丁」；船計丈尺納餉，名曰「樑頭」。以省英為宣慰使，總理各郡錢糧；各縣令以齊六科都事為之。又設鹽運司，分管鹽場；以陳廷章為泉州鹽政、馮錫珪為漳州鹽政、李景為潮州鹽政。每石鹽價二錢，徵餉四錢。又設餉司科雜稅，以給兵食。以鄭得瀟為中書科。
得瀟，明諸生；博洽群書，方正澹雅，與陳永華交厚。世子至思明時，永華以書聘得瀟與其姪兵部繩武同計事，以老辭；已而，世子徵為從事，則又辭；乃以為中書科，供筆札、掌箋奏，一時推為文辭巨手。
乙卯、明朔永曆二十九年春、正月，上將軍耿精忠遣少卿張文韜來聘；世子遣禮官鄭斌報之。
精忠以董一奇、王世瑜議和未成，再遣張文韜來賀元旦，且送船五只以踐前約；世子許之，命鄭斌報聘，以楓亭為界，各不侵犯。自是，鄭、耿交好。二月，左虎衛何祐大破粵兵於饒平，清續順公沈瑞降。
沈瑞駐饒平，劉進忠攻之不克。廣兵來援，何祐遇之於百子橋，破走之；瑞出降，世子封為懷安侯。三月，流清經略洪承疇眷屬及前進士楊明琅於狼嶠。
清祀洪承疇於學宮。世子毀祀破主，改祀故相黃道周、忠毅蔡道憲；流其胞姪洪士昌、士倫及家屬於東寧極邊之狼嶠。並責楊明琅「甲申之變過崇禎梓宮不下馬、且斥為真亡國之君」，亦流之於狼嶠。後皆死於竄所。禮送清南安縣知縣劉祐北歸。
先是，將修南安縣志，鄉紳以賜姓與承疇二家為請；劉祐曰：『洪不可太褒、鄭亦不可太貶』！世子聞其語而感之。精忠之變，祐逃匿山谷。至是，世子遣人致聘，將欲官之；辭曰：『吾向者所言，乃公義在人不容泯爾，豈為今日地耶？吾官受之本朝，城破不能死，已有餘罪；何忍苟降以貪生』！世子義之，遣兵護送北歸，禮之甚厚。夏、五月，招討大將軍世子帥師次海澄。
黃芳度雖受封，其志未嘗忘清。饒平之捷，劉進忠請世子南征，許之；乃自泉率師次澄，實欲圖漳。芳度不敢出謁，乃遣鄭斌入漳慰諭：『或率兵從征，或束身入覲』；芳度終不受命。耿精忠移檄召之，亦以疾辭；世子始定計攻之。左虎衛何祐大破安達公尚之信於鱟母山。
劉國軒自塗嶺捷後，率諸鎮入潮，同劉進忠規取屬縣之未附者。安達公尚之信調兵十餘萬盡銳來攻；相持日久，國軒等食盡，退至鱟母山。之信率兵來追，何祐奮勇衝擊直貫，驍騎出其左右；國軒繼之，之信大敗，奔回。是役也，以飢卒數千破勁敵數萬；自是，何祐名振粵東，廣兵望見旗幟皆遁。六月，招討大將軍世子攻漳州。
世子師次萬松關，芳度令其將俱削髮據守；遣其兄芳泰入粵請援。世子進攻不利，乃築長垣圍之；調何祐從潮州先攻平和縣，芳度守將賴陞降，諸屬縣悉下。英圭黎及暹羅國貢方物，乞互市；許之。
先是，廈門為諸洋利藪；癸卯破後，番舶不至。至是，英圭黎、萬丹、暹羅、安南等國貢方物，求互市；島上人煙輻輳如前。
冬、十月，招討大將軍世子克漳州，夷黃芳度家。
自六月圍漳，芳度悉力拒守；世子數攻不下，列營而困之。初六日，芳度標將吳淑獻城降、芳度方登北門巡視，聞變，踉蹌投開元寺井而死。獲其將黃翼、蔡龍、朱武、張濟、戴麟、陳驥、黃琯等，斬之。剖黃梧棺，戮屍，梟芳度首以徇；梧親屬無少長，皆肆諸市：報發塚之仇也。有請欲毀梧祖墳者，世子曰：『罪止其身，與其祖何與』！不許。時芳泰往廣求援，會其兄芳世率廣兵由汀州入，亦以是日破永定縣；聞漳城陷，乃大掠而遁。初，吳淑自海上投誠，撥歸梧標，梧待之厚；將死，呼淑託曰：『吾兒年少，君可善輔之』！及漳圍日久，淑謂弟潛曰：『梧雖待我厚，顧負先藩實深。今世藩恩待芳度有加，反圖逆命；吾其以私恩廢公義也』？遂決計約降；世子封為平魯將軍、後提督，潛為戎旗鎮。招討大將軍世子禮葬清殉難巡海道忠烈陳啟泰。
啟泰，字大來（遼東人）；為政豪敢有威。甲寅之變，會海澄公黃梧疽發背，漳兵亂，啟泰先令闔家二十餘口自縊；親為排列，從容引僚屬入視，皆相顧失色；啟泰談笑自若，乃朝服望闕再拜，自經以死。至是，世子入漳，高其節，以盛禮葬於漳之阪。十一月，遣龔淳取回日本銀。
故戶官鄭泰所寄也。泰先事芝龍，隆武立，加宮傅；賜姓起兵，以為居守戶官。有心計，善理財，積貲至百萬餘；別以四十萬寄日本國，以備不虞。癸卯泰死，弟鳴駿歸清，遣人往取；適世子亦遣刑官蔡政至，力爭之；倭酋居奇，乃兩不聽載還。至是，世子入泉，而泰原委寄銀之人龔淳持獻勘合，乃遣淳往取；倭人混開支銷，僅得二十六萬而回。丙辰、明朔永曆三十年春、正月，世子遣右虎衛許耀、前衝鎮洪羽徇廣東州郡。
世子駐漳，念廣東州郡未下，乃遣許耀、洪羽等率師會在潮諸軍分道進取。二月，右武衛將軍劉國軒入惠州。
平南王尚可喜昏病日久，會周師克肇慶、韶州等府，廣州人人自危。乙卯除夕，駐潮兵燒營遁回，劉國軒、何祐等分道而進。碣石鎮苗之秀軍程鄉，其妻在汛，遣人迎師，之秀不得已，遂降；世子封為滅魯將軍，命仍鎮碣石。國軒圍惠州，分攻博羅，不利；尋下長樂、新安等縣。安達公尚之信勢蹙，遂降周；吳三桂封為輔德公，令退讓惠州與世子。之信檄提督嚴自明撤惠州兵回廣，遣使通好，餽弓馬幣帛。乃以劉國軒鎮惠州。時東莞守將張國勳亦降，封為征鹵將軍。自是，與周分界而守。以中書舍人許明廷提督泉、漳學政。
時考拔武生隨軍，有「考武不考文」之謠；乃命明廷提督泉、漳學政，考校生童。夏、五月，世子遣後提督吳淑襲汀州。
時劉應麟為清副將，守汀州；耿精忠反，封為懷遠將軍。至是檄其出關，應麟不從，密來獻款。世子遣吳淑督兵觀變，馳書精忠：言欲假道汀州以出江右；精忠遣兵防城，應麟懼見圖，率所部掠瑞金、石城。吳淑兵至，見汀州有備，欲回；應麟勸淑攻之，一鼓而下，汀屬邑皆降。報至，世子以應麟為前提督，封奉明伯。秋、九月，總統兵馬上將軍耿精忠降清，遣原提督王進功回泉州。
初，精忠來脩好，實欲以全力出圖江、浙。至是，師老無功，大勢已潰；復聞失汀州，益憂內顧。諸將遂密謀歸清，引康親王入閩。精忠聞變，知為王進等所謀，乃收進並范承謨、蕭震等，皆縊殺之。欲乘船奔海，為都尉徐文耀等所脅，不得出；遣王進功回泉取救兵，密囑曰：『吾忍死以待也』！進功至，世子授為中提督、匡明伯，竟不發兵。清師遂入延、建，精忠勢困，不得已於九月十九日削髮待罪，迎康親王入福州。耿精忠興化守將馬成龍以城來歸。
精忠既投清，馬成龍以興化城來降；世子令許耀率兵赴之，以成龍為援勦左都督，封殄魯伯。冬、十月，右虎衛許耀與清師戰於烏龍江，敗績。
耀入興化，遂督諸軍進取福州，駐師烏龍江；狃於塗嶺之捷，驕縱嬉戲，諸將不服。清兵渡江，或請半渡擊之；不聽。既濟成列，耀倉皇出戰；前鋒少卻，耀即引兵先遁，委棄輜仗不可勝計。世子乃調趙得勝、何祐代守興化，勩耀罪，使將兵自效。奇兵鎮黃應督水師敗耿舟師於定海。
耿精忠檄曾養性等自溫州航海回閩，黃應等邀擊之，獲巨艦數十號；餘船且戰且走，逸入福州。十一月，耿精忠邵武守將楊德以城來歸。
楊德守邵武，精忠所署將軍也。聞耿精忠降清，獻款於世子；時吳淑駐汀，疾馳赴之，遂入其城。十二月，後提督吳淑敗績，棄邵武。
清兵來攻邵武，吳淑督兵禦之；時大雪嚴寒，諸軍涉溪拒戰，皆凍不能支，遂潰。淑棄邵武，退屯汀州。左武衛薛進思棄汀州，奔回。
初，吳淑以汀屬閩、贛要地，請重師彈壓；世子遣進思守之。及清兵復邵武，進至建寧縣，距汀數程；進思聞之，倉皇失措。劉應麟願傾家貲餉軍固守，進思猜疑不從，棄城宵遁。應麟奔潮州，依劉進忠，發憤病死。安達公尚之信遣使報訃，并請其妹回粵；許之。
清平南王尚可喜於九月病故，之信遣使訃聞，并請其妹奔喪（妹即續順公沈瑞叔母也）；世子許之，仍遣使吊喪。時周主吳三桂封之信為輔德親王。
丁巳、明朔永曆三十一年春、正月，清兵入興化，何祐棄城奔泉州；左提督興明伯趙得勝死之。
烏龍江之敗，諸軍銳氣已喪。祐又與得勝不睦，清兵至，縱反間，祐疑得勝貳於清；得勝拔劍指天自誓，祐猶不信。戰之日，祐擁兵坐視，得勝力戰死之；祐奔回泉州。二月，清兵入泉州；世子棄漳州，遁入島。
興化既失，兵心渙散。清師至泉，守將林定無備。初九黎明，清兵攻城，一鼓而下，標將林孟、參宿營謝貴死之；定素與民相安，削髮為僧，脫走。世子駐漳州，報至，倉皇登舟，至海澄，棄而不守，遂遁入廈門，欲回東寧；百姓號泣遮留，角宿營吳桂斂兵拒守，眾賴以安。繼而諸將稍集，調水師防衛，分汛而守，賞逃回各將。祭趙得勝，世子親臨哭之；以女妻其子。世子誅薛進思，杖許耀，釋吳淑、何祐，責令圖功贖罪。
各處失守，進思與耀同系，諸將為之力請圖功贖罪；不許。於是數進思不戰而逃，罪浮於耀，斬之；杖耀百，釋吳淑，溯何祐前功，奪其所佩將軍印，各令戴罪自效。不數日，耀病痢死。論曰；自甲寅渡海而西，奄有泉、漳、惠、潮，連和吳、耿，聲勢豈不赫哉！及襲汀州，兵端一起，北騎隨至。許耀挫衂於峽山，吳淑繼敗於邵武，趙得勝戰死興化，何祐棄城而遁；土崩瓦解，莫可如何！薛進思親信宿將，專制汀郡，曾未一矢相加，踉蹌逃遁；眾心一搖，棄興、泉、漳如敝屣，伊誰之咎歟？使早明許耀之罰，進思未必敢棄汀州；速正進思之典，何祐必不敢棄興化。入島處分，惜哉！至許耀之罪，不死法而死病，人猶以為憾。移北將家眷入東寧；劉炎奔碣石衛。
令王進功、沈瑞、張學堯等各搬眷住東寧，陸續起程；劉炎以母老病，至外洋勒兵劫船，乘風下碣石衛，依苗之秀。三月，分水陸汛守。
時諸將退集廈門，兵餉不給；乃分汛南北地方措餉、召募。布置周密，人始有固志。
夏、六月，右提督定魯伯劉進忠據潮州叛；降清。
進忠素悍，性叵測。乙卯世子破漳，進忠來謁，世子坦率迎之，禮意甚厚；及回，意望甚奢。比各郡失守，輒擁兵觀望。世子遣官至潮徵餉，不應；遣舟買運，又閉糴；遂獻款於吳三桂。至是歸清，封為征逆將軍；後逮入京，殛死。右武衛將軍劉國軒自惠州引還。
國軒，武平人，清漳州千總。甲午漳州破，歸賜姓；累遷至右武衛將軍。入潮，屢有戰功；鎮惠州，粵人畏之。諸郡失守，進忠據潮，尚氏據廣，國軒一軍攝其間，布置安閒，兩家俱不敢逼。未幾，之信、進忠相繼歸清，聲問隔絕；世子遣舟迎之，乃率所部從容航海而歸。
冬、十二月，清和碩康親王遣興化知府卞永譽、泉州知府張仲舉來議撫；世子弗從。
初，慕天顏之入東寧也，議照朝鮮例，稱臣納貢；不成。至是，康親王遣興、泉二府同鄉紳黃至美、吳公鴻等再申前議，世子弗從；亦無報使。
戊午、明朔永曆三十二年春、二月，招討大將軍世子以右武衛劉國軒為中提督，總督諸軍；後提督吳淑副之。率師徇海澄。
自七郡之失，世子頓兵島上。清總督郎廷相、海澄公黃芳世、副都統胡兔按兵漳州，黃藍鎮海澄，分防玉洲、石碼等堡。初十日，國軒督諸軍至海澄，克玉洲、三叉河、福滸；尋取江東橋，守將王重祿、呂韜奔潰。適漳、泉兵至，國軒分兵迎擊。是日，三戰三捷，軍聲大振。廿三夜，取石碼，獲守將劉符、楊朝宗，遂軍於祖山頭，以逼海澄。滿州副都統孟安等自潮來援，國軒退屯石碼，浚濠築垣拒守；遂分兵屯漳州郭外。是役也，國軒部將蘇爵戰卻，立斬以徇，諸將股慄；又能身先士卒，有被傷者輒出己貲賞之，故眾心悅服。三月，周主吳三桂僣號於衡州；遣使來聘。
三桂在衡州，以三月初二日僣稱帝，改元昭武。適世子遣官賫書至，三桂乃遣使來致書，署曰「大周皇帝致書鄭世子殿下」。中提督劉國軒大破清海澄公水師提督黃芳世於水頭。
自江東橋之斷，漳、泉隔絕。清提督段應舉自泉州來，寧海將軍喇哈達自福州來，平南將軍賴塔自潮州來，先後率兵應援。國軒倏水、倏陸，滿、漢兵疲於奔命。初二日，國軒列陣漳郡東赤嶺，清兵背城迎戰，互有勝負。時朱寅率兵扎天寶山，以牽清兵之勢；黃芳世擊走之，乃移屯水頭灣腰樹及鎮門，以斷海兵往來水路。國軒偵知，偽焚營壘、撤兵為遁狀；少頃，舉帆直抵水頭，登岸鏖戰。芳世素不知兵，又以天寶驟勝而驕，與滿將不相下；一戰而潰，驚惶墜馬。奔回漳郡，抱病數月而死。國軒兵勢，由是日盛。中提督劉國軒大破清提督段應舉於祖山頭，遂圍海澄。
應舉及滿州將軍兵數萬列營祖山頭，十八日，國軒兵至，應學揮兵迎戰；何祐少卻，江勝、吳淑等繞出左山之背，國軒督勁卒衝滿州營，滿兵敗走，眾遂潰。又以疑兵截漳州大路，滿、漢兵望見，棄輜仗自相踐踏。應舉等率殘兵奔入海澄，國軒追至城下，連夜鑿塹引江水環城圍之；外又鑿溝數重，沿堤兩岸安銃守之。由是，內外阻絕。別遣昂宿營張雄乘間取平和，副將黃瑞鑣取漳平，皆下之。夏、五月，清兵援海澄，中提督劉國軒擊敗之。
時清總督郎廷相入京，以布政姚啟聖代之；勒巡撫楊熙致仕，以按察使吳興祚代之；尋調江南提督楊捷代段應舉，援兵四集，屯筆架山，以救海澄。劉國軒以山南燈火寨下臨大溪，順流可通海澄，恐清兵據之；問誰敢扼守？吳淑請往，乘夜率兵進寨。初十酉刻，清營發砲攻擊，連夜不絕；淑令軍士穴地藏身，無一傷者。馳報國軒，以為乘夜發炮，意不在寨；當別防之。信至，清滿、漢兵已齊抵祖山岳嶺，破林彪、張鳳二營；鳳戰死，進攻林陞營。適國軒援兵至，發火砲齊擊之，死者無數，滿騎多填於塹；遂退走，海澄援絕。六月，中提督劉國軒破海澄，清提督段應舉死之。
海澄素無蓄積，被圍八十三日，滿甲二千、馬八千餘匹、合各鎮兵計三萬人，至是食盡，屍骸枕藉。劉國軒初十日進攻，眾力不支，城遂破；段應舉從容自縊於敵樓，穆伯希佛自焚死，黃藍戰歿，獲孟安、魏赫、田香五等，滿、漢兵將無一遺者。國軒入城厚殮應舉，付其家人舁還。所獲諸將，世子皆釋之，授銜給俸；滿兵千餘，遷之東寧。
招討大將軍世子晉中提督劉國軒為武平伯征北將軍、吳淑定西伯平北將軍、其餘鎮營各陞賞有差。
世子以恢復海澄，或戮力行間、或著績守禦，水陸諸將咸有功次。既晉正、副總督劉國軒、吳淑，仍升左虎衛何祐為左武衛將軍、前虎衛林升為右武衛將軍，俱授左都督；鎮營各加級有差。朱寅率眾來歸，世子封為蕩魯將軍。
丁巳之敗，漳浦人蔡寅挾左道惑眾，詭稱朱三太子，聚集海上殘兵。於三月十九日夜襲泉州，攀堞而入；率二百餘人從西門至開元寺街，鳴鼓揚旗；守泉兵昏夜出不意，以為海師復至，多驚竄。至雙門前砲發，寅乃抽兵出城；清兵來追，按軍徐退，無一死者。自此，人益以為神，歸附日眾，屢戰皆捷，蔓延於泉、漳屬縣，聚眾至萬人，頭裹白布為號，時人謂之「白頭賊」，海上亦藉壯其聲勢。至是，率眾來歸，世子封為蕩魯將軍，改名蔡明義。歲餘，病死，其黨猶以為屍解云。中提督劉國軒率兵攻泉州，屬縣皆下。
海澄之破，閩省震動。諸援兵皆退守漳州，國軒議乘虛擣泉州；吳淑分兵復長泰縣，國軒自率諸軍取同安。時都統雅大里自浙調援海澄，至同安而澄破；聞國軒至，棄城走保泉州；國軒督水陸並進，遂圍泉州。遣左虎衛江勝攻南安，克之。於是，惠安、安溪、永春、德化諸縣守兵皆相繼棄城遁。秋、八月，清舟師攻定海，樓船中鎮蕭琛敗績，水師五鎮章元勳死之。
泉州圍急，清以林賢、黃鎬等督舟師出閩安鎮，遙為聲援。蕭琛守定海，不及設備，以舟寡且小，欲據上流牽制之；元勳欲先發制人，率所部十舟進戰。林賢等擊之，元勳眾寡不敵，一軍盡沒；蕭琛大潰，退泊海山。召中提督劉國軒旋師，所復諸縣皆棄。
國軒攻泉州，閱兩月不下，援兵四至。七月，清寧海將軍喇哈達間道出安溪，學士李光地練鄉壯為嚮導出同安，巡撫吳興祚由仙遊出永春，提督楊捷由興化下惠安；國軒對壘相持，援兵皆未敢前。會蕭琛失定海，妄報福州水師大至；世子恐廈門有失，檄國軒解圍退守。二十四日，國軒退兵下船，清兵不敢追；越三日，城中兵始敢出。國軒既退，所得諸縣皆失。世子召回蕭琛，斬之；以援勦左鎮陳諒、後鎮陳起明、樓船左鎮朱天貴等督水軍防禦北船。偽周主吳三桂殂，孫世璠立。
三桂病死衡州，其孫世璠立；年甫十二，改元洪化。姪應奇守岳州，驕而貪；清兵攻之，棄城遁回。於是，湖南、雲、貴皆不守，馴至于亡。九月，中提督劉國軒與清師戰於漳州龍虎山，敗績。
國軒自泉州退師，復率諸鎮入漳，軍于溪西。滿、漢兵盡銳來攻，力戰擊敗之；乘勝長驅，衝至耿精忠營。精忠故仇海上，揮兵迎擊；親自督戰，大呼馳驟。諸軍繼進，國軒奔潰，遂棄長泰，出江東，退屯觀音山。冬、十月，清總督姚啟聖遣中書張雄入思明州議和；弗從。
時漳、泉屬邑皆為清所復，獨海澄未下；啟聖等難於復命，乃遣漳州進士張雄賫公書來議和。略云：『昔令先王震動天南，亦不忍父老怨嗟，靜處臺灣；今貴藩誠能體會先志，念井里瘡痍，翻然解甲息兵，天和人順，榮華世世！數月來徒勞士卒，塗炭生靈，亦何益於貴藩哉？即從貴藩下遊者，恐今昔人心不同，事變難測；能不顧念及此！近悉貴藩大有惻隱桑梓之念，故修章佈悃，惟望息心畢論，並遣使偕臨』！世子弗從，禮遣雄歸；復書云：『頃承明教，以生民為念；不佞亦正以生靈塗炭，不忍坐視，故修矛整甲相與周旋，億萬生靈所共亮也。天心厭亂，殺運將回；苟可休息，罔不如命。禮應遣員奉教，但貴使之纜未解，而諸將之戈已揮。彼此差池，未及如願』。雄回，清督、撫復遣泉州鄉紳黃志美賫書來議：終以必得海澄，乃可通好。世子竟不從。十二月，清再遷界。
甲寅之變，閩省居民遷入內地者，悉還故土。丙辰冬，八閩歸清，復議遷界；康親王奏言遷界累民，罷之。至是，督、撫請再遷，報可。值破海澄、圍泉州，事暫停；及泉圍解，遂行遷界之令。上自福寧、下至詔安，沿海築寨、置兵守之；仍築界墻，以截內外。濱海數千里，無復人煙。己未、明朔永曆三十三年春、二月，援勦左鎮陳諒督水師敗清舟師於定海。
自定海失守，世子調樓船左鎮朱天貴守海壇；以陳諒為水師總督，進泊定海。清遣戰船百餘號出五虎門迎戰，朱天貴及陳起明率熕船衝■〈舟宗〉而入，清船望風披靡，擊破十餘舟，獲大鳥船一隻。值大風暴起，清船逃入五虎門，海船收泊海壇。報至，世子加諒、天貴統領；餘各陞賞有差。三月，以李景知思明州。
時軍需浩大，議派殷戶，富民、洋商炤上、中、下派取；以知州李景任其事。令未下，樊門寡婦辛氏先輸銀三百兩；世子嘉其尚義，賜金花、綵緞旌獎。景任事苛刻，島民怨之。中提督劉國軒辭俸自餉其兵。
自丁巳之變，島民月輸米一斗佐軍；久之，多藉力廕免。乃命鑾儀衛陳慶清查漏口，每月加米二斗。國軒請停文武官月俸，自餉轄兵三月；從之。夏、四月，參軍御史陳永華請以世孫克■〈臧上土下〉監國；許之。
甲寅世子西征，留總制陳永華守東寧。至是，以世孫克■〈臧上土下〉長成，請循「君行則守」之例，立為監國；從之，鑄印曰「監國世孫之章」。克■〈臧上土下〉，永華之婿；時年十六。秋、七月，中提督劉國軒築潯尾寨。
潯尾，與廈門高崎咫尺一水，癸卯清兵從此入島。國軒請築寨預防之，一夜而成；同安守將率兵來爭，擊卻之。復築■〈氵丙〉州城。由是，同安八槳船不敢窺伺廈門，西北藉以無虞。清康親王命中書蘇礦來議和，世子遣賓客司傅為霖報之。
前後議和不就，蘇礦致書再申前議；康親王復遣礦至廈門，請遣官修好。世子乃命傅為霖入省，沿途府縣迎送供應，巡撫、布政各遣官至興化接待。至省，見康親王，面議海澄及往來之禮；為霖曰：『區區海澄，議成之後為彼此公所。若親王在閩，藩主並行往來；親王在京，各設官往來』。總督姚啟聖以非出己意，力阻其事；遂止。冬、十月，中提督劉國軒大破清兵於坂尾寨。
時國軒離漳州五里列營，清援漳滿、漢兵共十餘萬，營壘咫尺相望；國軒僅萬餘人，指揮自如，清兵畏之如虎。以果堂扼要重地，就其後坂尾再築一寨。工未就，清提鎮將軍及耿精忠率兵數萬來爭，鋒銳不可當；國軒與吳淑、何祐、林升、江勝等兵不滿二千，奮勇死穽。自午至申，衝擊數次，國軒依寨，且戰且守；每砲發，無不披靡，陣斬章京巴石兔等。清兵死傷數千，始引回。自是氣奪，兵不敢出。國軒恆遣卒數百持鹿銃、鳥槍，渡河衝擊；身登士阜，據胡床張蓋而觀之。滿、漢兵遇之，皆摧破。又善用間諜，敵人情狀纖悉必知。十一月，後提督定西伯吳淑卒於軍。
淑守坂尾寨，清兵築壘環攻，砲聲日夜不絕；淑處之晏如，身被傷，復染病，不以為意。值陰雨，新築壘墻多壞，揮左右避之；自據床而臥，墻崩壓死。舁至廈門，世子親臨哭之；以其子吳天駟為建威右鎮，統其兵。十二月，世子遣右武衛林升督舟師北上。
清督、撫姚啟聖、吳興祚大集舟師攻廈門。世子乃調文武官私船及洋船配兵北上，以右武衛林升為總督、左虎衛江勝、樓船左鎮朱天貴為左右副總督，率諸軍往禦；臨行宴之。禮遣清死節巡海道陳啟泰子汝器北歸。
汝器，故巡海道啟泰子。丁巳夏，自京來運父骸，為東石守將所執；羈於東寧，命水師鎮林亮監之。亮以其忠臣之子，待之甚厚。至是，清督、撫以萬金來贖；世子憫啟泰忠烈，卻其金，禮遣汝器回（汝器至京，授右通政；尋擢安徽巡撫）。庚申、明朔永曆三十四年春、正月，清水師提督萬正色入海壇。
正色督舟師出閩安鎮，巡撫吳興祚率兵沿海援之；林升等退泊泉之崇武，正色入海壇。二月，右武衛林升與清提督萬正色戰於崇武。
正色至圍頭，朱天貴以七舟衝其■〈舟宗〉，所向無前。偶海風大作，正色船收於泉州港；吳興祚督陸師沿海濱放砲，林升等船無所取水，乃退之金門。報至，思明驚皇，以為戰敗；各思逃竄，眾心遂搖。世子召中提督劉國軒退守思明州，遂棄海澄。
二月二十二日，世子聞林升退屯金門，以為戰敗，急馳諭令國軒回；有云：『思明既失，海澄何用』？國軒不知，以為實然，遂棄澄入廈。比至，見林升啟事，嘆曰：『右武衛戰勝，若此驚怖；苟敗，何所逃生！壞誤大事，貽笑千古矣』。招討大將軍世子棄思明州，遁回東寧。
時劉國軒全師引回，猶欲據守廈門；然兵心已變，不可收拾。諸文臣如楊英、洪磊等已先攜眷登舟，諸軍乘間擄掠；國軒禁止不得。世子懼為人所圖，焚演武亭行宮，輜重、寶玩悉毀於火；踉蹌下船，遁回東寧（時為二月二十六日）。廿九次于澎湖，諸文武士民俱接踵而至；總制陳永華啟請回國，許之。清兵入廈門。
世子既遁，海兵乘機劫掠；協理五軍吳桂調兵禁戢，民賴以安。尋渡江請師；廿八日，清總督姚啟聖、巡撫吳興祚、水師提督萬正色率兵入島，秋毫無犯，百姓歡呼。三月，世子至東寧。
世子於十二日至東寧；董太妃召責之曰：『若輩不才，莫如勿往；今觀此舉，徒累梓桑、苦生靈，何益』？夏、五月，東寧雨雹。
東寧地鳴，聲如驢；尋雨雹，大如雞子。清總督姚啟聖招降樓船左鎮正統領朱天貴。
廈門之棄，朱天貴率所部全軍屯南澳；船凡百餘只，軍容甚盛，進退未決。姚啟聖累遣官致書招之，乃進泊銅山，於五月率眾入海澄投誠。總制陳永華辭解勇衛軍，許之。
永華留守東寧，兼領勇衛軍。侍衛馮錫范知思明之棄，眾咸歸咎於己；非握重兵，不足以壓服。及至東寧，察諸鎮兵，惟勇衛軍最驍壯；詭謂永華曰：『自慚護駕西征無效，擬欲辭職』。永華私念曰：『彼武夫也，尚能謙退；吾儕文士，豈可久戀重權』！即具啟乞解兵柄，並辭總制；錫范密贊世子許之，以其軍歸劉國軒，而己仍任侍衛如故。籍民兵自衛。
甲寅耿變，世子頃國西征。至是，棄思明東歸，兵將多叛去，隨回僅有千餘；恐清師乘虛來攻，乃籍文武官田甲與百姓丁壯，每十人抽一名，訓練自衛。秋、七月，諮議參軍右都御史陳永華卒。
永華，字復甫；明諸生，孝廉陳鼎子。鼎為同安教諭，死節；賜姓憐永華為忠臣之後，延與世子伴讀。及世子嗣位，授為參軍，甚見親信。甲寅西征，擢總制，留守東寧；戢兵撫民，供給軍需，具有成規；尤愛惜士類。為政佐以儒雅，東寧賴以又安；為世子文臣第一。至是，卒；而大權盡歸馮錫範矣。
冬、十月，遣右武衛林升率兵墮雞籠城。
雞籠在東寧之北，居淡水上游，其澳堪泊數百舟。先是，呂宋夷竊建此城，與土番貿易；因遠餽不給，棄去。後紅夷及賜姓據臺灣，皆不守其地。癸卯，清總督李率泰約紅夷攻兩島，許併力取東寧歸之，後僅許其就省交易；紅夷知為所紿，于乙巳年重修雞籠城，謀復東寧。丙午年，世子命勇衛黃安督水陸諸軍攻之，親隨鎮林鳳戰死；紅夷無外援，遁還。至是，傳清師欲從此飛渡；恐被其據為老營，乃命林升督兵北巡，並毀其城。世子委政於監國世孫克■〈臧上土下〉。
世子素不親政，在東寧則委於參軍陳永華，西征時則委於贊畫陳繩武、侍衛馮錫範；至是，乃委監國克■〈臧上土下〉。凡文武啟章裁決呈覽，咸稱世子意。其賦性剛方果決，頗有賜姓遺風；諸公子及馮錫範深忌之。
世子□□內難，祭合先王，調諸將分守各汛；自率周全斌等及其叔世襲回思明州。是年，永曆訃至；世子猶奉其正朔，稱永曆十七年。以審理所正蔡政兼攝思明州事。夏、六月，世子執戶官鄭泰幽之；泰自殺。
泰守金門，貲以百萬計。世子自東都回，得泰與黃昭往來書，疑其有異志；泰不自安，稱病不入謁。世子欲襲之，或勸其□兵見世子自白；泰曰：『吾今救死而已；若稱兵，適重□□也』。又勸其投清；泰曰：『平國公已誤，豈容再誤』。艤舟□命。陳永華謀以世子將歸東都，命泰居守；鑄居守戶官印，遣協理吳慎賫至金門授之。泰猶豫未敢入謝，弟鳴駿力贊其行，遂帶兵船及餉銀十萬赴思明州進見。世子慰勞畢，託更衣以入；永華即榜泰十罪，並出所與黃昭往來之書示泰。泰欲向辨，洪旭曰：『無庸也』！挽至別室館榖之。周全斌率兵併其船，獨蔡璋一船逸出金門。鳴駿倉卒與泰之子纘緒率諸將及眷口下船，入泉港投誠。船凡二百□□、精兵八千人、文武官數百員，全斌等追之不及。泰□之，遂自縊。清封鳴駿為遵義侯、纘緒為慕恩伯，同降文武官，班賞、敘用有差。遣協理刑官蔡政使日本。
先是，宮傅鄭泰有銀巨萬寄日本國。世子遣政往徵以佐餉，倭酋已將原銀付政包封。適泰弟鳴駿亦遣人持勘合至，倭以其有據也，將欲與之；政告倭酋曰：『鄭泰，我國故司農也，糧餉由其掌握；所寄乃我主國帑，於義取之固當』。倭人韙之；乃皆不發，而收貯以待後命。秋、七月，以黃而輝為思明州知州。
而輝，黃廷之子。自鄭鳴駿投誠，鎮營多叛：右武衛楊富、左武衛何義、忠靖伯陳輝、參軍蔡鳴雷等皆後先歸清。八月，前提督黃廷自銅山入見，世子慰諭之。九月，荷蘭紅夷入寇。
紅夷糾集甲板船十六隻、夷兵數千，會靖南王及總督同攻金、廈兩島；約事定之日，築城浯嶼貿易如廣東香山澳例。總督李率泰遂議平島。冬、十月，清靖南王耿繼茂、總督李率泰督滿、漢投誠官軍及紅夷甲板破思明州。
繼茂、率泰調投誠官兵船隻同甲板出泉州，以陸路提督馬得功統之；自引小舟從同安出，海澄公黃梧、水師提督施琅出海澄。世子部分死士，令周全斌逆戰。十九日，遇得功於金門烏沙。時甲板十四隻、泉州戰艦三百餘號；全斌以十三船直衝其■〈舟宗〉，往來攻擊，剽疾如馬，紅夷砲無一中者。清船望見，披靡不敢前；得功殿後，為全斌所破，赴海死，舉船兵眾皆沒。已而，繼茂、率泰、黃梧、施琅各濟師，世子眾寡不敵，遂棄思明及金門，退守銅山。清兵入島，男婦童稚擄掠一空，遺民數十萬靡有孑遺；遂墮城、焚屋、棄其地而回。先是，有「嘉禾斷人種」之讖；至此，果驗。十二月，世子至銅山。
金、廈既破，世子收餘眾至銅山；而兩島之舊將、殘兵、官員、紳士無船可泛海者，或投誠、或逃遁，流離失所，死亡殆盡。甲辰、明朔永曆十八年春、正月，五軍都督周全斌叛歸清。
世于駐銅山，諸軍乏糧，周全斌欲襲忠振伯洪旭而並其船，旭亦防之。值海風大作，船各飄開，全斌遂率所部入漳投誠；清封為承恩伯。而洪旭以杜輝守南澳；輝亦掠旭輜重歸誠。三月，世子棄銅山，退守東都。
世子見眾叛糧乏，難於久駐；偕陳永華、馮錫范等率餘眾歸東都。工官馮澄世別駕一船從行，為其僕所迫，自投海死。
前提督永安伯黃廷歸清。
世子既東歸，洪旭以二十舟邀黃廷同行。廷所部兵將多不願行，欲使其子而輝、婿吳朝宰率眾投誠，而已挈眷與旭東行。適黃梧遣官招安，廷遂降；清封為慕義伯。招討大將軍世子至東都。
世子至東都，以諮議參軍陳永華理國政。改東都為東寧，置天興、萬年二州。分諸將土地，課耕種、徵租賦、稅丁庸、興學校、通魚鹽，安撫土民，貿易外國，儼然別一乾坤。秋、七月，協理刑官蔡政至自泉州。
政出使日本歸，將至廈，值世子兵敗還東寧；政為舟人挾入泉州，清遵義侯鄭鳴駿設館禮待，而防衛甚密。是時，清朝方隆招撫之命，凡投誠部職量與監司；政名素著，督、撫即會鳴駿繕疏具題；命將下，而政以計脫歸東寧。既至，世子大喜，命為協理禮官，寵遇日隆。
乙巳、明朔永曆十九年夏、四月，清加水師提督施琅靖海將軍，統舟師進攻東寧；遭風引還。
總督李率泰上疏：命施琅攻東寧；報可。乃加琅靖海將軍，總率官兵；以周全忠孝，字愧兩；崇禎戊辰進士，清忠貞毅。明室既亡，不避艱險，舉義兵復興化；尋避難入廈門，居曾厝垵。十三年，永曆遣官賫敕陞為兵部左侍郎，忠孝疏辭；永曆復賜敕曰：『王忠孝孤臣亮節，久鑒朕心。新銜未足示■〈酉守〉，尚宜祗受，以資聯絡。俟閩疆克奠，卿即馳赴行畿，用展壯猷』！忠孝感泣，日望恢復。至是，卒。癸丑、明塑永曆二十七年冬、十一月，招討大將軍世子率舟師次澎湖。
初，平南王尚可喜疏請歸老遼東，而留其子安達公之信襲鎮廣州；許之，並令舉家歸旗。於是平西、靖南二王相繼疏請如平南例，俱報可；遣內大臣促行。靖南王耿精忠蓄逆謀，密令黃鏞入東寧，請濟師為聲援；世子許之，率師次澎湖以待。
是月，平西王反於雲南，盡有川、湖、雲、貴之地；耿精忠停其歸旗，復使人辭世子回師。
甲寅、明朔永曆二十八年春、正月，清靖南王耿精忠據福州反，自稱總統兵馬上將軍；馳檄七閩，皆下之。
是時，清以吳三桂反，命直省督撫增修武備，精忠益不自安；乃於十五日傳各官議事，總督范承謨、巡撫劉秉政至，伏甲執之。移檄各府縣，皆望風而降。其檄文略云：『共奉大明之文物，悉還中夏之乾坤。高皇大業，必留隆準之遺；明室中興，斷有舂陵之瑞！誓當推誠翌戴，戮力劻勷。申李、郭再造之功，振晉、鄭相依之業；會周師而反商政，除新法以復漢儀！非惟日月重光，直令河山改色』云云。上將軍耿精忠遣黃鏞入東寧，請濟師。
精忠既反，遣黃鏞往東寧，請世子以舟師由海道取江南，且以戰船相許；曰：『世藩將水、吾將陸，江、浙不足平也』。鏞回言海上船不滿百、兵不滿萬，精忠始輕之。招討大將軍世子遣禮官柯平入福州報聘。
精忠將反，慮下游郡邑不服，故遣黃鏞會師。乃不一月而全閩降附，浙之溫處、江右廣信、粵之潮州亦相繼納款，聲勢大振；及見柯平來報聘，意甚輕之，謾應曰：『世藩來甚善，各分地自戰可也』。由是，兵端遂起。侍衛馮錫範、右武衛劉國軒督兵入思明州；海澄總兵趙得勝以城來歸。
鄭、耿會師有成議矣，世子乃令錫范、國軒率兵先至廈門。時海澄鎮趙得勝降於耿，封為威遠將軍；徵其兵出關，得勝不從，乃以城約降世藩，與錫范深相結。及柯平至自福州，知耿意變，遂將兵進攻同安。侍衛馮錫范克同安。
時張學堯守同安；耿王徵提督王進功入省，調學堯守泉州；以化尚蘭代之。錫范引兵至，尚蘭迎降。學堯聞變趨回，家眷已獲入海矣；不得已，亦降。
夏、五月，招討大將軍延平王世子至思明州，傳檄四方。
世子將濟師，以參軍陳永華為總制，留守東寧；自率兵官陳繩武、吏官洪磊等奉永曆二十八年正朔渡海西來，傳檄直省。其略曰：『洪惟二祖列宗，豐功偉業，澤潤民生；踐土食毛，世承君德。即有亡國之禍，非有失道之主；而煤山龍馭，死守社稷，尤忠臣義士所椎心而感泣者也。今平西倡義於滇南，靖南反正於閩中，秦、黔、楚、蜀莫不騷動；人懷逐鹿之心，家思執箠之逐。予組練數萬、樓船數千，陸戰而兕虎避易，水陣則蛟龍震驚；願與同志之士共崇故主之恩，雪國家之恥，救民生之禍。凡諸官員，不論滿、漢，有能以城邑、兵馬反正來歸者，各照原職加陞委用；其有前係故將、中道離去者，悉赦不究，一本收錄。師之所過，秋毫無犯；非得罪社稷及抗我戎行者，一無所問。嘉與士民，同建匡復之勳，永快昇平之樂』。既至廈門，敘海澄功：以趙得勝為左提督，封興明伯；敘同安功：以張學堯為左先鋒蕩魯將軍、化尚蘭為仁武鎮。鄧麟彩仍知縣事，以鄭省英知思明州。尋遣人至耿王處，議撥船及地方安插兵眾；耿不答。於是，鄭、耿交惡。六月，招討大將軍世子入泉州。
初，提督王進功降於耿，封為平北將軍；徵之福州，留之。遣都尉王進率兵鎮泉州；進至，與城守賴玉深相結，勒進功家眷入省，精忠復遣兵接應；進功之子藩錫懼，議先發以制之，乃誘執賴玉殺之，率兵逐王進，遣官迎世子入城。慰勞藩錫，以為指揮使，命暫理提督事務；道、府、廳縣，各仍其舊。清海澄公黃芳度以漳州降世子，封為德化公。
初，精忠反，海澄公黃梧降精忠，封為平和公；尋病疽死，子芳度襲封。精忠徵其兵，使劉豹守漳州。及世子入泉，芳度懼不免；世子遣人慰諭之，乃襲殺劉豹，具啟請降。其略曰：『某荷恩早世，依蔭今茲；宜負弩以前驅，敢乘塵而後至。緣罪在誅殛，非喪面所得自寬；即量加優容，然捫心安能無愧！既為天壤間無所容之罪，竊比魚鳥之飛潛；自計百十口凡有生之年，總望雷霆之生育！拜遣涓弁，奉奏微虔，祈伏宏開覆載，廣布包荒！退補過而進盡忠，豈僅將於事大之小；生捐軀而死結草，期少圖於贖罪之勳』！啟進，世子封芳度為德化公，授前提督，漳屬錢糧聽其徵給。芳度終不自安，遣人間道賫密疏入京，請援。秋、七月，潮州總兵劉進忠以城來降。
進忠先以潮州降耿，封為寧粵將軍。至是，為安達公尚之信所圍；精忠以泉、漳之變不能援，進忠乃以潮來降。世子遣援勦後鎮金漢臣率舟師援之，以進忠為右提督，封定魯伯。九月，上將軍耿精忠遣都尉王進攻泉州，世子命右武衛劉國軒督諸軍禦之。
王進自泉州奔回，精忠令鎮興化，發兵從上游入漳浦會劉炎協攻泉州。進鼓行至惠安，肆行焚掠；世子乃命劉國軒督軍禦之。冬、十月，右武衛劉國軒破耿都尉王進於塗嶺，追至興化而還。
王進，號老虎，素輕南兵；泉州之役，以眾寡不敵為辭。至是，請攻泉州自效；精忠益以步騎二萬，直抵惠安，兵勢甚盛。劉國軒嚴陣待之，對壘逾旬，進不能前；退屯楓亭，列營二十餘里。國軒率輕騎覘之，猝遇於塗嶺，進引兵出戰；自辰至巳，兩軍殊死穽。進潰走，國軒追至興化郭外，宿三日而還。十一月，周遣禮曹員外周文驥來聘。
平西王吳三桂既舉兵，國號周；遣使賫帛書入東寧會師，世子遣推官陳克岐、副將陳文煥報之。三桂復遣禮曹錢點通問；值鄭、耿搆兵，點回報。三桂乃遣文驥來和解，大意以「同室操戈，貽笑敵國」為言。招討大將軍世子遣興明伯趙得勝、侍衛馮錫範督諸軍復漳浦。
漳州既約降，諸邑皆下，獨劉炎附耿據守漳浦。精忠遣兵援之，至平和，黃芳度守將擊卻之；精忠復遣其親軍都尉徐鴻弼從間道入漳浦。世子令錫范、得勝由海澄攻之，鴻弼、炎會雲霄鎮劉成龍迎戰於羅山嶺。左虎衛何祐揮軍邀擊，鴻弼等大敗，退入城；錫范、得勝督兵環攻，以紅夷衝天砲擊之。劉炎懼，與鴻弼、成龍俱出降。招討大將軍世子設六官。
以洪磊為吏宜、楊英戶官、鄭斌禮官、柯平刑官、楊賢工官，各名曰協理；不設兵官，以陳繩武為贊畫兵部；仍置六科都事、都吏及察言、承宣二司、中書舍人本科等官。初，賜姓雖承制設六官，文書僅稱卑職；至世子中年，文武官具啟始稱臣。軍國事宜，皆主決於贊畫陳繩武、侍衛馮錫范。以鄭省英為宣慰使。
初，世子率師西來，兵餉皆取給於東寧。及得泉、漳，兵將日多，轉運不給；乃議徵餉：百姓年十六歲以上、六十歲以下每人月納銀五分，名曰「毛丁」；船計丈尺納餉，名曰「樑頭」。以省英為宣慰使，總理各郡錢糧；各縣令以齊六科都事為之。又設鹽運司，分管鹽場；以陳廷章為泉州鹽政、馮錫珪為漳州鹽政、李景為潮州鹽政。每石鹽價二錢，徵餉四錢。又設餉司科雜稅，以給兵食。以鄭得瀟為中書科。
得瀟，明諸生；博洽群書，方正澹雅，與陳永華交厚。世子至思明時，永華以書聘得瀟與其姪兵部繩武同計事，以老辭；已而，世子徵為從事，則又辭；乃以為中書科，供筆札、掌箋奏，一時推為文辭巨手。
乙卯、明朔永曆二十九年春、正月，上將軍耿精忠遣少卿張文韜來聘；世子遣禮官鄭斌報之。
精忠以董一奇、王世瑜議和未成，再遣張文韜來賀元旦，且送船五只以踐前約；世子許之，命鄭斌報聘，以楓亭為界，各不侵犯。自是，鄭、耿交好。二月，左虎衛何祐大破粵兵於饒平，清續順公沈瑞降。
沈瑞駐饒平，劉進忠攻之不克。廣兵來援，何祐遇之於百子橋，破走之；瑞出降，世子封為懷安侯。三月，流清經略洪承疇眷屬及前進士楊明琅於狼嶠。
清祀洪承疇於學宮。世子毀祀破主，改祀故相黃道周、忠毅蔡道憲；流其胞姪洪士昌、士倫及家屬於東寧極邊之狼嶠。並責楊明琅「甲申之變過崇禎梓宮不下馬、且斥為真亡國之君」，亦流之於狼嶠。後皆死於竄所。禮送清南安縣知縣劉祐北歸。
先是，將修南安縣志，鄉紳以賜姓與承疇二家為請；劉祐曰：『洪不可太褒、鄭亦不可太貶』！世子聞其語而感之。精忠之變，祐逃匿山谷。至是，世子遣人致聘，將欲官之；辭曰：『吾向者所言，乃公義在人不容泯爾，豈為今日地耶？吾官受之本朝，城破不能死，已有餘罪；何忍苟降以貪生』！世子義之，遣兵護送北歸，禮之甚厚。夏、五月，招討大將軍世子帥師次海澄。
黃芳度雖受封，其志未嘗忘清。饒平之捷，劉進忠請世子南征，許之；乃自泉率師次澄，實欲圖漳。芳度不敢出謁，乃遣鄭斌入漳慰諭：『或率兵從征，或束身入覲』；芳度終不受命。耿精忠移檄召之，亦以疾辭；世子始定計攻之。左虎衛何祐大破安達公尚之信於鱟母山。
劉國軒自塗嶺捷後，率諸鎮入潮，同劉進忠規取屬縣之未附者。安達公尚之信調兵十餘萬盡銳來攻；相持日久，國軒等食盡，退至鱟母山。之信率兵來追，何祐奮勇衝擊直貫，驍騎出其左右；國軒繼之，之信大敗，奔回。是役也，以飢卒數千破勁敵數萬；自是，何祐名振粵東，廣兵望見旗幟皆遁。六月，招討大將軍世子攻漳州。
世子師次萬松關，芳度令其將俱削髮據守；遣其兄芳泰入粵請援。世子進攻不利，乃築長垣圍之；調何祐從潮州先攻平和縣，芳度守將賴陞降，諸屬縣悉下。英圭黎及暹羅國貢方物，乞互市；許之。
先是，廈門為諸洋利藪；癸卯破後，番舶不至。至是，英圭黎、萬丹、暹羅、安南等國貢方物，求互市；島上人煙輻輳如前。
冬、十月，招討大將軍世子克漳州，夷黃芳度家。
自六月圍漳，芳度悉力拒守；世子數攻不下，列營而困之。初六日，芳度標將吳淑獻城降、芳度方登北門巡視，聞變，踉蹌投開元寺井而死。獲其將黃翼、蔡龍、朱武、張濟、戴麟、陳驥、黃琯等，斬之。剖黃梧棺，戮屍，梟芳度首以徇；梧親屬無少長，皆肆諸市：報發塚之仇也。有請欲毀梧祖墳者，世子曰：『罪止其身，與其祖何與』！不許。時芳泰往廣求援，會其兄芳世率廣兵由汀州入，亦以是日破永定縣；聞漳城陷，乃大掠而遁。初，吳淑自海上投誠，撥歸梧標，梧待之厚；將死，呼淑託曰：『吾兒年少，君可善輔之』！及漳圍日久，淑謂弟潛曰：『梧雖待我厚，顧負先藩實深。今世藩恩待芳度有加，反圖逆命；吾其以私恩廢公義也』？遂決計約降；世子封為平魯將軍、後提督，潛為戎旗鎮。招討大將軍世子禮葬清殉難巡海道忠烈陳啟泰。
啟泰，字大來（遼東人）；為政豪敢有威。甲寅之變，會海澄公黃梧疽發背，漳兵亂，啟泰先令闔家二十餘口自縊；親為排列，從容引僚屬入視，皆相顧失色；啟泰談笑自若，乃朝服望闕再拜，自經以死。至是，世子入漳，高其節，以盛禮葬於漳之阪。十一月，遣龔淳取回日本銀。
故戶官鄭泰所寄也。泰先事芝龍，隆武立，加宮傅；賜姓起兵，以為居守戶官。有心計，善理財，積貲至百萬餘；別以四十萬寄日本國，以備不虞。癸卯泰死，弟鳴駿歸清，遣人往取；適世子亦遣刑官蔡政至，力爭之；倭酋居奇，乃兩不聽載還。至是，世子入泉，而泰原委寄銀之人龔淳持獻勘合，乃遣淳往取；倭人混開支銷，僅得二十六萬而回。丙辰、明朔永曆三十年春、正月，世子遣右虎衛許耀、前衝鎮洪羽徇廣東州郡。
世子駐漳，念廣東州郡未下，乃遣許耀、洪羽等率師會在潮諸軍分道進取。二月，右武衛將軍劉國軒入惠州。
平南王尚可喜昏病日久，會周師克肇慶、韶州等府，廣州人人自危。乙卯除夕，駐潮兵燒營遁回，劉國軒、何祐等分道而進。碣石鎮苗之秀軍程鄉，其妻在汛，遣人迎師，之秀不得已，遂降；世子封為滅魯將軍，命仍鎮碣石。國軒圍惠州，分攻博羅，不利；尋下長樂、新安等縣。安達公尚之信勢蹙，遂降周；吳三桂封為輔德公，令退讓惠州與世子。之信檄提督嚴自明撤惠州兵回廣，遣使通好，餽弓馬幣帛。乃以劉國軒鎮惠州。時東莞守將張國勳亦降，封為征鹵將軍。自是，與周分界而守。以中書舍人許明廷提督泉、漳學政。
時考拔武生隨軍，有「考武不考文」之謠；乃命明廷提督泉、漳學政，考校生童。夏、五月，世子遣後提督吳淑襲汀州。
時劉應麟為清副將，守汀州；耿精忠反，封為懷遠將軍。至是檄其出關，應麟不從，密來獻款。世子遣吳淑督兵觀變，馳書精忠：言欲假道汀州以出江右；精忠遣兵防城，應麟懼見圖，率所部掠瑞金、石城。吳淑兵至，見汀州有備，欲回；應麟勸淑攻之，一鼓而下，汀屬邑皆降。報至，世子以應麟為前提督，封奉明伯。秋、九月，總統兵馬上將軍耿精忠降清，遣原提督王進功回泉州。
初，精忠來脩好，實欲以全力出圖江、浙。至是，師老無功，大勢已潰；復聞失汀州，益憂內顧。諸將遂密謀歸清，引康親王入閩。精忠聞變，知為王進等所謀，乃收進並范承謨、蕭震等，皆縊殺之。欲乘船奔海，為都尉徐文耀等所脅，不得出；遣王進功回泉取救兵，密囑曰：『吾忍死以待也』！進功至，世子授為中提督、匡明伯，竟不發兵。清師遂入延、建，精忠勢困，不得已於九月十九日削髮待罪，迎康親王入福州。耿精忠興化守將馬成龍以城來歸。
精忠既投清，馬成龍以興化城來降；世子令許耀率兵赴之，以成龍為援勦左都督，封殄魯伯。冬、十月，右虎衛許耀與清師戰於烏龍江，敗績。
耀入興化，遂督諸軍進取福州，駐師烏龍江；狃於塗嶺之捷，驕縱嬉戲，諸將不服。清兵渡江，或請半渡擊之；不聽。既濟成列，耀倉皇出戰；前鋒少卻，耀即引兵先遁，委棄輜仗不可勝計。世子乃調趙得勝、何祐代守興化，勩耀罪，使將兵自效。奇兵鎮黃應督水師敗耿舟師於定海。
耿精忠檄曾養性等自溫州航海回閩，黃應等邀擊之，獲巨艦數十號；餘船且戰且走，逸入福州。十一月，耿精忠邵武守將楊德以城來歸。
楊德守邵武，精忠所署將軍也。聞耿精忠降清，獻款於世子；時吳淑駐汀，疾馳赴之，遂入其城。十二月，後提督吳淑敗績，棄邵武。
清兵來攻邵武，吳淑督兵禦之；時大雪嚴寒，諸軍涉溪拒戰，皆凍不能支，遂潰。淑棄邵武，退屯汀州。左武衛薛進思棄汀州，奔回。
初，吳淑以汀屬閩、贛要地，請重師彈壓；世子遣進思守之。及清兵復邵武，進至建寧縣，距汀數程；進思聞之，倉皇失措。劉應麟願傾家貲餉軍固守，進思猜疑不從，棄城宵遁。應麟奔潮州，依劉進忠，發憤病死。安達公尚之信遣使報訃，并請其妹回粵；許之。
清平南王尚可喜於九月病故，之信遣使訃聞，并請其妹奔喪（妹即續順公沈瑞叔母也）；世子許之，仍遣使吊喪。時周主吳三桂封之信為輔德親王。
丁巳、明朔永曆三十一年春、正月，清兵入興化，何祐棄城奔泉州；左提督興明伯趙得勝死之。
烏龍江之敗，諸軍銳氣已喪。祐又與得勝不睦，清兵至，縱反間，祐疑得勝貳於清；得勝拔劍指天自誓，祐猶不信。戰之日，祐擁兵坐視，得勝力戰死之；祐奔回泉州。二月，清兵入泉州；世子棄漳州，遁入島。
興化既失，兵心渙散。清師至泉，守將林定無備。初九黎明，清兵攻城，一鼓而下，標將林孟、參宿營謝貴死之；定素與民相安，削髮為僧，脫走。世子駐漳州，報至，倉皇登舟，至海澄，棄而不守，遂遁入廈門，欲回東寧；百姓號泣遮留，角宿營吳桂斂兵拒守，眾賴以安。繼而諸將稍集，調水師防衛，分汛而守，賞逃回各將。祭趙得勝，世子親臨哭之；以女妻其子。世子誅薛進思，杖許耀，釋吳淑、何祐，責令圖功贖罪。
各處失守，進思與耀同系，諸將為之力請圖功贖罪；不許。於是數進思不戰而逃，罪浮於耀，斬之；杖耀百，釋吳淑，溯何祐前功，奪其所佩將軍印，各令戴罪自效。不數日，耀病痢死。論曰；自甲寅渡海而西，奄有泉、漳、惠、潮，連和吳、耿，聲勢豈不赫哉！及襲汀州，兵端一起，北騎隨至。許耀挫衂於峽山，吳淑繼敗於邵武，趙得勝戰死興化，何祐棄城而遁；土崩瓦解，莫可如何！薛進思親信宿將，專制汀郡，曾未一矢相加，踉蹌逃遁；眾心一搖，棄興、泉、漳如敝屣，伊誰之咎歟？使早明許耀之罰，進思未必敢棄汀州；速正進思之典，何祐必不敢棄興化。入島處分，惜哉！至許耀之罪，不死法而死病，人猶以為憾。移北將家眷入東寧；劉炎奔碣石衛。
令王進功、沈瑞、張學堯等各搬眷住東寧，陸續起程；劉炎以母老病，至外洋勒兵劫船，乘風下碣石衛，依苗之秀。三月，分水陸汛守。
時諸將退集廈門，兵餉不給；乃分汛南北地方措餉、召募。布置周密，人始有固志。
夏、六月，右提督定魯伯劉進忠據潮州叛；降清。
進忠素悍，性叵測。乙卯世子破漳，進忠來謁，世子坦率迎之，禮意甚厚；及回，意望甚奢。比各郡失守，輒擁兵觀望。世子遣官至潮徵餉，不應；遣舟買運，又閉糴；遂獻款於吳三桂。至是歸清，封為征逆將軍；後逮入京，殛死。右武衛將軍劉國軒自惠州引還。
國軒，武平人，清漳州千總。甲午漳州破，歸賜姓；累遷至右武衛將軍。入潮，屢有戰功；鎮惠州，粵人畏之。諸郡失守，進忠據潮，尚氏據廣，國軒一軍攝其間，布置安閒，兩家俱不敢逼。未幾，之信、進忠相繼歸清，聲問隔絕；世子遣舟迎之，乃率所部從容航海而歸。
冬、十二月，清和碩康親王遣興化知府卞永譽、泉州知府張仲舉來議撫；世子弗從。
初，慕天顏之入東寧也，議照朝鮮例，稱臣納貢；不成。至是，康親王遣興、泉二府同鄉紳黃至美、吳公鴻等再申前議，世子弗從；亦無報使。
戊午、明朔永曆三十二年春、二月，招討大將軍世子以右武衛劉國軒為中提督，總督諸軍；後提督吳淑副之。率師徇海澄。
自七郡之失，世子頓兵島上。清總督郎廷相、海澄公黃芳世、副都統胡兔按兵漳州，黃藍鎮海澄，分防玉洲、石碼等堡。初十日，國軒督諸軍至海澄，克玉洲、三叉河、福滸；尋取江東橋，守將王重祿、呂韜奔潰。適漳、泉兵至，國軒分兵迎擊。是日，三戰三捷，軍聲大振。廿三夜，取石碼，獲守將劉符、楊朝宗，遂軍於祖山頭，以逼海澄。滿州副都統孟安等自潮來援，國軒退屯石碼，浚濠築垣拒守；遂分兵屯漳州郭外。是役也，國軒部將蘇爵戰卻，立斬以徇，諸將股慄；又能身先士卒，有被傷者輒出己貲賞之，故眾心悅服。三月，周主吳三桂僣號於衡州；遣使來聘。
三桂在衡州，以三月初二日僣稱帝，改元昭武。適世子遣官賫書至，三桂乃遣使來致書，署曰「大周皇帝致書鄭世子殿下」。中提督劉國軒大破清海澄公水師提督黃芳世於水頭。
自江東橋之斷，漳、泉隔絕。清提督段應舉自泉州來，寧海將軍喇哈達自福州來，平南將軍賴塔自潮州來，先後率兵應援。國軒倏水、倏陸，滿、漢兵疲於奔命。初二日，國軒列陣漳郡東赤嶺，清兵背城迎戰，互有勝負。時朱寅率兵扎天寶山，以牽清兵之勢；黃芳世擊走之，乃移屯水頭灣腰樹及鎮門，以斷海兵往來水路。國軒偵知，偽焚營壘、撤兵為遁狀；少頃，舉帆直抵水頭，登岸鏖戰。芳世素不知兵，又以天寶驟勝而驕，與滿將不相下；一戰而潰，驚惶墜馬。奔回漳郡，抱病數月而死。國軒兵勢，由是日盛。中提督劉國軒大破清提督段應舉於祖山頭，遂圍海澄。
應舉及滿州將軍兵數萬列營祖山頭，十八日，國軒兵至，應學揮兵迎戰；何祐少卻，江勝、吳淑等繞出左山之背，國軒督勁卒衝滿州營，滿兵敗走，眾遂潰。又以疑兵截漳州大路，滿、漢兵望見，棄輜仗自相踐踏。應舉等率殘兵奔入海澄，國軒追至城下，連夜鑿塹引江水環城圍之；外又鑿溝數重，沿堤兩岸安銃守之。由是，內外阻絕。別遣昂宿營張雄乘間取平和，副將黃瑞鑣取漳平，皆下之。夏、五月，清兵援海澄，中提督劉國軒擊敗之。
時清總督郎廷相入京，以布政姚啟聖代之；勒巡撫楊熙致仕，以按察使吳興祚代之；尋調江南提督楊捷代段應舉，援兵四集，屯筆架山，以救海澄。劉國軒以山南燈火寨下臨大溪，順流可通海澄，恐清兵據之；問誰敢扼守？吳淑請往，乘夜率兵進寨。初十酉刻，清營發砲攻擊，連夜不絕；淑令軍士穴地藏身，無一傷者。馳報國軒，以為乘夜發炮，意不在寨；當別防之。信至，清滿、漢兵已齊抵祖山岳嶺，破林彪、張鳳二營；鳳戰死，進攻林陞營。適國軒援兵至，發火砲齊擊之，死者無數，滿騎多填於塹；遂退走，海澄援絕。六月，中提督劉國軒破海澄，清提督段應舉死之。
海澄素無蓄積，被圍八十三日，滿甲二千、馬八千餘匹、合各鎮兵計三萬人，至是食盡，屍骸枕藉。劉國軒初十日進攻，眾力不支，城遂破；段應舉從容自縊於敵樓，穆伯希佛自焚死，黃藍戰歿，獲孟安、魏赫、田香五等，滿、漢兵將無一遺者。國軒入城厚殮應舉，付其家人舁還。所獲諸將，世子皆釋之，授銜給俸；滿兵千餘，遷之東寧。
招討大將軍世子晉中提督劉國軒為武平伯征北將軍、吳淑定西伯平北將軍、其餘鎮營各陞賞有差。
世子以恢復海澄，或戮力行間、或著績守禦，水陸諸將咸有功次。既晉正、副總督劉國軒、吳淑，仍升左虎衛何祐為左武衛將軍、前虎衛林升為右武衛將軍，俱授左都督；鎮營各加級有差。朱寅率眾來歸，世子封為蕩魯將軍。
丁巳之敗，漳浦人蔡寅挾左道惑眾，詭稱朱三太子，聚集海上殘兵。於三月十九日夜襲泉州，攀堞而入；率二百餘人從西門至開元寺街，鳴鼓揚旗；守泉兵昏夜出不意，以為海師復至，多驚竄。至雙門前砲發，寅乃抽兵出城；清兵來追，按軍徐退，無一死者。自此，人益以為神，歸附日眾，屢戰皆捷，蔓延於泉、漳屬縣，聚眾至萬人，頭裹白布為號，時人謂之「白頭賊」，海上亦藉壯其聲勢。至是，率眾來歸，世子封為蕩魯將軍，改名蔡明義。歲餘，病死，其黨猶以為屍解云。中提督劉國軒率兵攻泉州，屬縣皆下。
海澄之破，閩省震動。諸援兵皆退守漳州，國軒議乘虛擣泉州；吳淑分兵復長泰縣，國軒自率諸軍取同安。時都統雅大里自浙調援海澄，至同安而澄破；聞國軒至，棄城走保泉州；國軒督水陸並進，遂圍泉州。遣左虎衛江勝攻南安，克之。於是，惠安、安溪、永春、德化諸縣守兵皆相繼棄城遁。秋、八月，清舟師攻定海，樓船中鎮蕭琛敗績，水師五鎮章元勳死之。
泉州圍急，清以林賢、黃鎬等督舟師出閩安鎮，遙為聲援。蕭琛守定海，不及設備，以舟寡且小，欲據上流牽制之；元勳欲先發制人，率所部十舟進戰。林賢等擊之，元勳眾寡不敵，一軍盡沒；蕭琛大潰，退泊海山。召中提督劉國軒旋師，所復諸縣皆棄。
國軒攻泉州，閱兩月不下，援兵四至。七月，清寧海將軍喇哈達間道出安溪，學士李光地練鄉壯為嚮導出同安，巡撫吳興祚由仙遊出永春，提督楊捷由興化下惠安；國軒對壘相持，援兵皆未敢前。會蕭琛失定海，妄報福州水師大至；世子恐廈門有失，檄國軒解圍退守。二十四日，國軒退兵下船，清兵不敢追；越三日，城中兵始敢出。國軒既退，所得諸縣皆失。世子召回蕭琛，斬之；以援勦左鎮陳諒、後鎮陳起明、樓船左鎮朱天貴等督水軍防禦北船。偽周主吳三桂殂，孫世璠立。
三桂病死衡州，其孫世璠立；年甫十二，改元洪化。姪應奇守岳州，驕而貪；清兵攻之，棄城遁回。於是，湖南、雲、貴皆不守，馴至于亡。九月，中提督劉國軒與清師戰於漳州龍虎山，敗績。
國軒自泉州退師，復率諸鎮入漳，軍于溪西。滿、漢兵盡銳來攻，力戰擊敗之；乘勝長驅，衝至耿精忠營。精忠故仇海上，揮兵迎擊；親自督戰，大呼馳驟。諸軍繼進，國軒奔潰，遂棄長泰，出江東，退屯觀音山。冬、十月，清總督姚啟聖遣中書張雄入思明州議和；弗從。
時漳、泉屬邑皆為清所復，獨海澄未下；啟聖等難於復命，乃遣漳州進士張雄賫公書來議和。略云：『昔令先王震動天南，亦不忍父老怨嗟，靜處臺灣；今貴藩誠能體會先志，念井里瘡痍，翻然解甲息兵，天和人順，榮華世世！數月來徒勞士卒，塗炭生靈，亦何益於貴藩哉？即從貴藩下遊者，恐今昔人心不同，事變難測；能不顧念及此！近悉貴藩大有惻隱桑梓之念，故修章佈悃，惟望息心畢論，並遣使偕臨』！世子弗從，禮遣雄歸；復書云：『頃承明教，以生民為念；不佞亦正以生靈塗炭，不忍坐視，故修矛整甲相與周旋，億萬生靈所共亮也。天心厭亂，殺運將回；苟可休息，罔不如命。禮應遣員奉教，但貴使之纜未解，而諸將之戈已揮。彼此差池，未及如願』。雄回，清督、撫復遣泉州鄉紳黃志美賫書來議：終以必得海澄，乃可通好。世子竟不從。十二月，清再遷界。
甲寅之變，閩省居民遷入內地者，悉還故土。丙辰冬，八閩歸清，復議遷界；康親王奏言遷界累民，罷之。至是，督、撫請再遷，報可。值破海澄、圍泉州，事暫停；及泉圍解，遂行遷界之令。上自福寧、下至詔安，沿海築寨、置兵守之；仍築界墻，以截內外。濱海數千里，無復人煙。己未、明朔永曆三十三年春、二月，援勦左鎮陳諒督水師敗清舟師於定海。
自定海失守，世子調樓船左鎮朱天貴守海壇；以陳諒為水師總督，進泊定海。清遣戰船百餘號出五虎門迎戰，朱天貴及陳起明率熕船衝■〈舟宗〉而入，清船望風披靡，擊破十餘舟，獲大鳥船一隻。值大風暴起，清船逃入五虎門，海船收泊海壇。報至，世子加諒、天貴統領；餘各陞賞有差。三月，以李景知思明州。
時軍需浩大，議派殷戶，富民、洋商炤上、中、下派取；以知州李景任其事。令未下，樊門寡婦辛氏先輸銀三百兩；世子嘉其尚義，賜金花、綵緞旌獎。景任事苛刻，島民怨之。中提督劉國軒辭俸自餉其兵。
自丁巳之變，島民月輸米一斗佐軍；久之，多藉力廕免。乃命鑾儀衛陳慶清查漏口，每月加米二斗。國軒請停文武官月俸，自餉轄兵三月；從之。夏、四月，參軍御史陳永華請以世孫克■〈臧上土下〉監國；許之。
甲寅世子西征，留總制陳永華守東寧。至是，以世孫克■〈臧上土下〉長成，請循「君行則守」之例，立為監國；從之，鑄印曰「監國世孫之章」。克■〈臧上土下〉，永華之婿；時年十六。秋、七月，中提督劉國軒築潯尾寨。
潯尾，與廈門高崎咫尺一水，癸卯清兵從此入島。國軒請築寨預防之，一夜而成；同安守將率兵來爭，擊卻之。復築■〈氵丙〉州城。由是，同安八槳船不敢窺伺廈門，西北藉以無虞。清康親王命中書蘇礦來議和，世子遣賓客司傅為霖報之。
前後議和不就，蘇礦致書再申前議；康親王復遣礦至廈門，請遣官修好。世子乃命傅為霖入省，沿途府縣迎送供應，巡撫、布政各遣官至興化接待。至省，見康親王，面議海澄及往來之禮；為霖曰：『區區海澄，議成之後為彼此公所。若親王在閩，藩主並行往來；親王在京，各設官往來』。總督姚啟聖以非出己意，力阻其事；遂止。冬、十月，中提督劉國軒大破清兵於坂尾寨。
時國軒離漳州五里列營，清援漳滿、漢兵共十餘萬，營壘咫尺相望；國軒僅萬餘人，指揮自如，清兵畏之如虎。以果堂扼要重地，就其後坂尾再築一寨。工未就，清提鎮將軍及耿精忠率兵數萬來爭，鋒銳不可當；國軒與吳淑、何祐、林升、江勝等兵不滿二千，奮勇死穽。自午至申，衝擊數次，國軒依寨，且戰且守；每砲發，無不披靡，陣斬章京巴石兔等。清兵死傷數千，始引回。自是氣奪，兵不敢出。國軒恆遣卒數百持鹿銃、鳥槍，渡河衝擊；身登士阜，據胡床張蓋而觀之。滿、漢兵遇之，皆摧破。又善用間諜，敵人情狀纖悉必知。十一月，後提督定西伯吳淑卒於軍。
淑守坂尾寨，清兵築壘環攻，砲聲日夜不絕；淑處之晏如，身被傷，復染病，不以為意。值陰雨，新築壘墻多壞，揮左右避之；自據床而臥，墻崩壓死。舁至廈門，世子親臨哭之；以其子吳天駟為建威右鎮，統其兵。十二月，世子遣右武衛林升督舟師北上。
清督、撫姚啟聖、吳興祚大集舟師攻廈門。世子乃調文武官私船及洋船配兵北上，以右武衛林升為總督、左虎衛江勝、樓船左鎮朱天貴為左右副總督，率諸軍往禦；臨行宴之。禮遣清死節巡海道陳啟泰子汝器北歸。
汝器，故巡海道啟泰子。丁巳夏，自京來運父骸，為東石守將所執；羈於東寧，命水師鎮林亮監之。亮以其忠臣之子，待之甚厚。至是，清督、撫以萬金來贖；世子憫啟泰忠烈，卻其金，禮遣汝器回（汝器至京，授右通政；尋擢安徽巡撫）。庚申、明朔永曆三十四年春、正月，清水師提督萬正色入海壇。
正色督舟師出閩安鎮，巡撫吳興祚率兵沿海援之；林升等退泊泉之崇武，正色入海壇。二月，右武衛林升與清提督萬正色戰於崇武。
正色至圍頭，朱天貴以七舟衝其■〈舟宗〉，所向無前。偶海風大作，正色船收於泉州港；吳興祚督陸師沿海濱放砲，林升等船無所取水，乃退之金門。報至，思明驚皇，以為戰敗；各思逃竄，眾心遂搖。世子召中提督劉國軒退守思明州，遂棄海澄。
二月二十二日，世子聞林升退屯金門，以為戰敗，急馳諭令國軒回；有云：『思明既失，海澄何用』？國軒不知，以為實然，遂棄澄入廈。比至，見林升啟事，嘆曰：『右武衛戰勝，若此驚怖；苟敗，何所逃生！壞誤大事，貽笑千古矣』。招討大將軍世子棄思明州，遁回東寧。
時劉國軒全師引回，猶欲據守廈門；然兵心已變，不可收拾。諸文臣如楊英、洪磊等已先攜眷登舟，諸軍乘間擄掠；國軒禁止不得。世子懼為人所圖，焚演武亭行宮，輜重、寶玩悉毀於火；踉蹌下船，遁回東寧（時為二月二十六日）。廿九次于澎湖，諸文武士民俱接踵而至；總制陳永華啟請回國，許之。清兵入廈門。
世子既遁，海兵乘機劫掠；協理五軍吳桂調兵禁戢，民賴以安。尋渡江請師；廿八日，清總督姚啟聖、巡撫吳興祚、水師提督萬正色率兵入島，秋毫無犯，百姓歡呼。三月，世子至東寧。
世子於十二日至東寧；董太妃召責之曰：『若輩不才，莫如勿往；今觀此舉，徒累梓桑、苦生靈，何益』？夏、五月，東寧雨雹。
東寧地鳴，聲如驢；尋雨雹，大如雞子。清總督姚啟聖招降樓船左鎮正統領朱天貴。
廈門之棄，朱天貴率所部全軍屯南澳；船凡百餘只，軍容甚盛，進退未決。姚啟聖累遣官致書招之，乃進泊銅山，於五月率眾入海澄投誠。總制陳永華辭解勇衛軍，許之。
永華留守東寧，兼領勇衛軍。侍衛馮錫范知思明之棄，眾咸歸咎於己；非握重兵，不足以壓服。及至東寧，察諸鎮兵，惟勇衛軍最驍壯；詭謂永華曰：『自慚護駕西征無效，擬欲辭職』。永華私念曰：『彼武夫也，尚能謙退；吾儕文士，豈可久戀重權』！即具啟乞解兵柄，並辭總制；錫范密贊世子許之，以其軍歸劉國軒，而己仍任侍衛如故。籍民兵自衛。
甲寅耿變，世子頃國西征。至是，棄思明東歸，兵將多叛去，隨回僅有千餘；恐清師乘虛來攻，乃籍文武官田甲與百姓丁壯，每十人抽一名，訓練自衛。秋、七月，諮議參軍右都御史陳永華卒。
永華，字復甫；明諸生，孝廉陳鼎子。鼎為同安教諭，死節；賜姓憐永華為忠臣之後，延與世子伴讀。及世子嗣位，授為參軍，甚見親信。甲寅西征，擢總制，留守東寧；戢兵撫民，供給軍需，具有成規；尤愛惜士類。為政佐以儒雅，東寧賴以又安；為世子文臣第一。至是，卒；而大權盡歸馮錫範矣。
冬、十月，遣右武衛林升率兵墮雞籠城。
雞籠在東寧之北，居淡水上游，其澳堪泊數百舟。先是，呂宋夷竊建此城，與土番貿易；因遠餽不給，棄去。後紅夷及賜姓據臺灣，皆不守其地。癸卯，清總督李率泰約紅夷攻兩島，許併力取東寧歸之，後僅許其就省交易；紅夷知為所紿，于乙巳年重修雞籠城，謀復東寧。丙午年，世子命勇衛黃安督水陸諸軍攻之，親隨鎮林鳳戰死；紅夷無外援，遁還。至是，傳清師欲從此飛渡；恐被其據為老營，乃命林升督兵北巡，並毀其城。世子委政於監國世孫克■〈臧上土下〉。
世子素不親政，在東寧則委於參軍陳永華，西征時則委於贊畫陳繩武、侍衛馮錫範；至是，乃委監國克■〈臧上土下〉。凡文武啟章裁決呈覽，咸稱世子意。其賦性剛方果決，頗有賜姓遺風；諸公子及馮錫範深忌之。
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