餘姚黃宗羲太沖撰
永曆皇帝諱由榔，端王常瀛第二（四？）子也；神宗之孫。崇禎十七年甲申十一月，端王薨。隆武元年乙酉，封上為桂王；其詔有『天下者王之天下』語。
福京不守，兩廣總督丁魁楚、廣西巡撫瞿式耜以二年丙戌十月初九日，奉上監國於肇慶府。十八日，即帝位；改明年為永曆元年。以府署為行在。追崇端王為端皇帝，上太妃王氏尊號曰孝正皇太后，馬氏曰慈寧皇太后；立妃王氏為皇后。加丁魁楚兵部尚書、東閣大學士，瞿式耜吏部尚書、東閣大學士；封潯梧總兵李明忠武靖伯。時紹武建號於廣州，遣兵爭三水。式耜署兵部事，出禦之；總督林佳鼎率舟師輕進，敗沒於峽口。報至肇慶，百官皆逃竄；上亦奔梧州。皇太后賢明通史書，固辭群臣，不欲令其子稱帝；至是，召科道李用楫、程源（江津人，癸未進士）等詰責之，諸臣皆伏地請罪。已知閣部師全奉上，再下肇慶；然地勢單弱、人心震動，乃遣靖江伯嚴雲縱扈三宮至桂林。
十二月十五日，北兵破廣州；二十五日，事聞，上駕小艇上西峽。
永曆元年丁亥正月癸卯朔，上駐蹕梧州。知州陸世廉為上集役夫，北濬府江。丁魁楚棄上走岑溪，大學士李永茂（永城人，丁丑進士）、晏日曙（新喻人，壬子舉人；原任承天副使）、太僕田芳等走博白，李用楫先差往交趾，瞿式耜妾媵眾多逗遛梧江；惟左都御史王化澄（金溪人，甲戌進士；原任廣東巡按）、戶部尚書吳炳、翰林方以智（桐城人，庚辰進士）、文選郎中吳貞毓（宜興人，癸未進士）、給事中唐鍼、御史程源、中書吳其靁、洪士彭、掌錦衣事馬吉翔扈蹕。
二月，上至桂林。以吳炳、方以智為東閣大學士。北帥李成棟盡銳而西，直抵平樂，桂林震動。有余龍者，故江上盜也；眾萬餘，出沒甘竹灘。廣州之陷，建義者多從之，其勢益張。是月，焚北船百餘於東莞，遂突廣州；北撫佟養甲堅壁不出，檄成棟還師擊之。
三月，瞿式耜自梧江至；議上幸武岡州，而自留守桂林。加式耜太保、中極殿大學士，封臨桂伯。方以智棄妻子入山為僧（以智為僧在庚寅冬，兩粵再破時也。法名宏智，字無可。此時入天雪山耳）。上發桂林，以王化澄、吳炳典閣務。兵部右侍郎張家玉（東莞人，癸未進士）、舉人韓如璜（字姬命，著有「皇明文茲」、「小韓文」，常在何喬遠、李孫宸署中）建義攻東莞，北令鄭霖開門以應。李成棟率水、陸師至，家玉棄城，以舟師屯杜榕村（村近新安）。北令走，家玉以諸生陳大赤領縣事。兵科給事中陳邦彥亦建義於高明，使其門人馬應房以舟師圍順德；李成棟敗余龍於黃連，應房戰死之。
四月，上至武岡州。以嚴起恆（紹興人，辛未進士；原任蘄州副使）為東閣大學士。河東、湖廣流寇曹志建、王朝俊等數十人來歸，悉賜五等爵。晉何騰蛟（貴州人，天啟辛酉舉人；湖南巡撫）總制，世襲定興侯，駐衡州；巡撫堵允錫（宜興人，丁丑進士）駐長沙，聲勢稍振。張家玉使張元榮、陳瑞圖拜表於上，進家玉兵部尚書、提督嶺東軍務、右副都御史。北兵破杜榕村，韓如璜死之。家玉引兵入新安，李成棟圍新安；家玉間道走博羅。
七月，大學士陳子壯（南海人，萬曆己未探花）建義於九江村，與陳邦彥攻廣州，不克。先是，邦彥結降北廣州衛指揮楊可觀、楊景燁為內應，又收花山盜三千人偽降北以守東門，約以是月之七日三鼓，內外並起；而子壯先期以五日薄城，謀洩，佟養甲捕楊可觀等誅之，並誅花山盜之守東門者。時城內兵力單弱，養甲登城，見旌旗蔽江，嘆曰：『其死於是乎』？左右曰：『與坐而死，無寧戰死』！養甲奮勇出戰，發巨砲以擊陳舟，舟遂退；北風大作，養甲乘風追之，子壯大敗於白鵝潭。李成棟亦自新安至，子壯退保九江村。又棄九江至高明，與監軍道麥而炫，知縣朱實蓮嬰城固守。邦彥亦退；會清遠指揮白曹燦反正迎邦彥，邦彥率師赴之。張家玉破博羅。
八月十四日，北兵逼行在。先是，楚鎮劉承允用迎鑾功，封安國公；與中人王坤交關，迫脅主上、皇太后刺血寫詔，召駐紮古泥商邱伯侯性（性以總兵銜駐劄古泥口，上自武岡踉蹌過古泥，宮眷衣食皆乏絕；性往來迎駕，奉上及三宮服御，下至宮人衣被，俱飭辦。三宮德之，乃口授商邱伯）入衛。性遣部將謝復榮以五百人至。至是，承允降北為前導。十八日，馬吉翔、謝復榮等奉上及三宮斬關出；承允引兵追躡，相距三里。復榮請上疾馳，而身自斷後；抵死力戰，與其卒五百人俱死王家堡。上徒步三十里，體重足疲不能前；危在頃刻，會侯性率兵奄至，請上御小轎先發，性陣峽口。承允引去，上已兩日夜不食；夜宿羅家店。越五日，抵古泥；晉性祥符侯。李成棟用四姓賊鄭昌等為導，至高明城外；發砲破其城，殺朱實蓮於南門樓，陳子壯、麥而炫被執。二十七日，李成棟圍博羅。穴城，置砲轟發之；雞鳴城陷。張家玉走增城，圍之。
九月十日，李成棟救增城。家玉劄三營於城外，成棟令杜永和、閻可義分攻之；城內亦突圍出戰。將士死者數千人，無降者；火藥盡，家玉乃與諸將痛飲，夜投濠水而死。成棟又以水、陸二萬爭清遠。城破，陳邦彥猶率兵巷戰；力屈赴水，北兵出之，檻送廣州。陳子壯至廣州，臨刑罵不絕口；麥而炫從死。是日，佟養甲命何吾騶、黃士俊、李覺斯、葉延祚、王應華、伍瑞隆、關捷先、陳世傑等觀之；養甲問：『諸公畏否』？皆鞠躬曰：『畏』；亦有改容詫曰：『真忠臣！真忠臣』！又數日，而陳邦彥及總兵曹天奇至，亦大罵而死。陳子壯、張家玉、陳邦彥事雖不成，然牽制李成棟使不得西上，而翠華得以苟安桂林、武岡之間者，三人力也。
十一月，上至象州。欲幸南寧，為新興伯焦璉亂兵所阻，復返桂林；百官幾欲散去。大學士王化澄、吏部左侍郎吳貞毓以間道扈三宮，入南寧。
十二月三日，上至桂林；靖（江）王亨歅迎上而泣。瞿式耜、嚴起恒同相。賊將郝搖旗降於督師何騰蛟，封永城伯，賜名永忠；避北師，從衡州奔桂林，欲入城；瞿式耜拒之。
永曆二年戊子正月丁酉朔，上在桂林。
二月二十三日夜，郝永忠斬關而入。劫上於寢，裸體置之城外；綑縛百官，掠其財物而去。馬吉翔為上具袍服，襆被而行。
三月十日，上至南寧。扈蹕者，大學士嚴起恆、馬吉翔、兵部尚書蕭琦、給事中吳其靁、洪上彭、許兆進、尹三聘七八人耳。柳、潯二府為慶國公陳邦傅所據，不貢賦稅，行朝資用乏絕。大學士嚴起恒乃署吏部，開選于邕城；二十四土州檳榔、鹽客、樂戶，皆列官籍。
四月乙未朔，皇子生。
十日，李成棟以廣東反正；遣洪天擢（歙縣人，丁丑進士；原任湖廣驛傳道）、潘曾緯（漢陽人，辛未進士）、李琦三人齎表奏請駕幸肇慶。成棟在北有大功，而受佟養甲節制，心不能平；故所收兩廣印信不下五千顆，獨取總督印藏之。一愛妾揣知其意，勸之舉事；成棟撫几曰：『如松江百口何』！成棟嘗帥松江，其拏帑皆在焉。妾曰：『我敢獨富貴乎？請先死君前，以成君子之志』；遂自刎。成棟哭曰：『我乃不及一婦人』！密與布政使袁彭年、僉事張調鼎圖之；輦金十萬賂要人，以取妻拏之在松江者。事將發，而金聲桓以南昌反正。聲桓逆流以攻贛州，贛帥高進庫，故興平伯高傑兄子也；求援於粵，佟養甲命成棟往牒布政司移餉八萬兩，成棟日逼餉，彭年故不發，由是得以為辭。時歲大旱，群盜滿山，成棟陰結其渠魁；謂養甲曰：『贛旦暮亡，粵又寇深如此，嶺外斷不可保，彼聲言「復衣冠」三字耳，盍姑許之以靖亂乎』？養甲計猶豫，未有所決；成棟故令群盜逼城下，呼聲動天以怵之。養甲出示安民，成棟請權停「順治」年號，養甲乃於榜尾但書「戊子」；成棟既得此榜，而己所出示直書「永曆二年」。養甲見之愕然，業已無可如何。兩司官諷養甲以印授成棟，成棟下令兵民解辮；而以所藏總督印印表文上之。詔封養甲為襄平伯、兵工二部尚書，成棟惠國公，袁彭年左都御史。金聲桓藏表佛經中，亦遣使至。聲桓故左良玉部曲，隨良玉子夢庚降附，俾守江西；督、撫以其降將輕之，從之取賂不得。聲桓私居，嘗改胡服；督、撫因言『凡前朝舊將，皆不可用』。聲桓使人竄之中途，得其書；置酒召巡撫，以書示之，即於坐間斬巡撫而反正。詔封豫國公兼兵部尚書。遣吳貞毓以吏部侍郎兼左副都御史使成棟。
自兩省反正，士人輻輳而至。王化澄復相，朱天麟（崑山人，戊辰進士）為東閣大學士，晏清（黃岡人，己未進士；原任廣東水利僉事）為吏部尚書，張鳳翼兵科兼翰林院，張佐辰文選司郎中，黃雲袞行人，潘駿觀兵部主事，龐天壽司禮監。曾經出仕，僉曰迎鑾；遊手白丁，詭稱原任：六曹閒署，數日間添注幾滿。此外，更有白劄、部劄、欽劄。欽劄者，皇帝用寶劄官，不涉吏、兵二部；下廣之費，大略出此。
八月癸巳朔，上至肇慶；李成棟迎於百里外，儲黃金千兩、白金十萬兩、綵紵萬端以備賞賚。政無巨細，受成於成棟。詔贈陳子壯東閣大學士兼吏部尚書、番禺侯，謚文忠；張家玉少保、武英殿大學士兼吏部尚書、增城侯，謚文烈；陳邦彥兵部尚書，謚忠愍。
十月十日，遣佟養甲代祭興陵（端皇帝陵）；上令李元允磔之江中。養甲密表於北，成棟搜得之。
十二月，李成棟率師出南安。面奏：『南雄以下事，諸臣任之；庾關以外事，臣獨任之』。當是時，朝臣各有黨與：自廣東來者，吏部侍郎洪天擢、大理寺卿潘曾緯、學道李琦（三人皆李成棟親信）、兵部尚書曹燁（歙縣人，辛未進士）、工部尚書耿獻忠、通政司毛毓祥（武進人，丁丑進士）為一黨；自廣西來者，嚴起恒、王化澄、朱天麟三輔臣、吏部尚書晏清、吏部侍郎吳貞毓、給事中吳其靁、洪士彭、雷得復、尹三聘、許兆進、張起為一黨；自各路來者，左副都御史劉湘客（錢謙益薦舉）、禮部尚書吳憬、吏科都給事中丁時魁、兵科都給事中金堡、戶科都給事中蒙正發、禮科都給事中李用楫、吏部文選司郎中施以徵、光祿寺卿陸世廉、太僕寺卿馬光、禮部儀注司郎中徐世儀為一黨；翰林陳世傑、驗封司郎中吳以進、給事中李貞、御史高賚明、太僕寺少卿楊邦翰、職方司郎中唐元楫，以廣東人又為一黨。然行朝之權，盡歸於李元允。元允本姓賈，為成棟義兒；以守舍留肇慶；朝士爭趨其門，其尤甚者謂之五虎：袁彭年為虎頭、丁時魁為虎尾、蒙正發為虎腳、劉湘客為虎皮、金堡為虎牙。廣東一省、大小官員，非奉成棟咨，不得擅除。桂林、平樂，則瞿式耜為政，慶遠、柳州，則焦璉為政；潯南、思太，則陳邦傅為政。而通政司上疏陳乞職官者，猶日以千計；內閣票擬，只有「著議具奏」四字；選司掌銓，亦無出選之地，徒有空名而已。
永曆三年己丑正月庚申朔，上在肇慶。
十三日，大學士朱天麟罷。陳邦傅，故潯梧參將也；冒功封富川伯。又以迎駕，封思恩侯。李成棟反正，先疏入告，進爵至慶國公；官其子陳曾禹至右副都丑史。駕過潯州，邦傅挽留月餘；求守潯州，如瞿閣部故事。上不許；許以居潯、梧。而致賄於誥敕中書張孟光，使以守字易「居」字，為言者追改；然邦傅進疏，則直稱「世守」。當成棟未反正時，邦傅潛通降啟，以故為成棟所輕，兵科給事中金堡承風指劾之；邦傅疏辨：『皇上蒙塵兩年，並無一位兩衙門；何今日紛紛若是？以臣為無兵、無將，請即遣金堡為臣監軍，以觀臣十萬鐵騎』！天麟票擬：『金堡從來，朕亦未悉；所請監紀，著即會議』！丁時魁，堡之黨人也；怒曰：『堡論邦傅，請即監紀；堡又論郝永忠，若請其頭，亦與之耶』？率科道官十六人直入丹墀，大聲疾呼，繳印於內閣。上方燕語，聞變震驚，翻茶沾服；急諭『諸臣照舊供職，天麟即日罷相』。然天麟但言「會議」，固未嘗出金堡於邦傅也；第金堡往日知臨清受官於李賊，發其從來，是所深忌耳。二十八日起，舊輔黃士俊、何吾騶入直。
三月七日。李成棟、何騰蛟敗問至。當金聲桓之反正，南都震動；乘流而下，鮮不克矣。乃為聲桓謀者，以寧庶人失策於一往，使新建伯得制其後；故聲桓兵先贛州。贛帥高進庫謂之曰：『吾不動以待汝；汝得南都，則吾以贛下』。聲桓不聽，急攻之。久而，各省援師集於南昌；李成棟方欲夾攻贛州，聲桓之攻贛者首尾牽顧，失利而退。高進庫以方勝之師還而拒成棟，成棟退走信豐，潰不可制；成棟斷後，策馬渡河，馬不勝甲而沈。兵部尚書張調鼎、監軍道姚生文俱死於亂兵；成棟死，而聲桓亦亡。何騰蛟開府於長沙之湘潭縣，湖南、北列十三鎮，多以降將為之；時叛時服。騰蛟仁愛有餘，而雄斷不足；諸將跋扈不用命。北兵至，湘潭不守；遂見執，被害於大步橋下。贈騰蛟中湘王、李成棟寧夏王，進李元允車騎將軍，封南陽伯。
四月，孫可望遣龔鼎（永昌人，癸未庶吉士）獻南金名馬，移書求親王名號。初，張獻忠伏誅，其勁旅尚有四部：曰孫可望、李定國、劉文秀、艾能奇；皆去獻忠偽號，自稱將軍：可望平東、定國安西、文秀撫南、能奇定北，而奉黔國公沐天波以討定諸彝。可望年差長，又稍知文墨，故位第一；定國以能次之，文秀、能奇又次之，然實等夷無統屬。已而能奇死，其將馮雙禮主其營事。可望籠之以術；既兼兩部，浸浸欲自大。當諸軍之從貴陽入滇也，貴州不置一守；有皮熊者，以其軍入之，報稱恢復黔省，進爵貴國公，駐平越。大學士王應熊還自京師，開幕府於遵義；有王祥者為所委任，應熊死而祥據遵義，亦進爵至忠國公。各疏告行在，言『今之入滇者為張賊餘孽，名雖向正，事豈革心；朝廷毋為所愚』！然兩帥接壞，時相構釁，亦不能有所效力。及滇使至，朝議以為不可不行封賞。金堡言祖制無異姓封王者；於是，遣武康伯胡執恭以侯爵往封。執恭者，紹興人，私計滇兵強甚，且欲自結於孫可望，謂『春秋之義，大夫出境，有可以安社稷、利國家者，專之可也』；乃矯詔封可望為秦王。可望亦知其偽，具疏辭；金堡、蒙正發皆劾執恭罔上，朝議大譁然，不可。但已乃改封荊郡王，賜之國姓曰朱朝宗；定國曰李如靖，文秀曰劉若琦。而可望終冀秦王，言『臣惟一意辦賊；成功之後，始敢議及封爵耳』；定國、文秀亦辭賜名。可望雖不受爵，然已張皇其稱；土司之懾服軍威者，進修貢獻，已倣親王禮行事。而沐天波亦謙讓，不敢以公爵均敵。滇土略定，而北師下沅。張先璧、侯天錫退師黔境，可望遣許世臣詣行在請出師，陳義慷慨；有為上言曰：『不若賜之璽書，直云皇帝致書秦王；則前此葛藤斬斷，方可使之盡瘁也』。上從之，可望即具疏謝恩。
五月四日，慈寧皇太后垂簾；召何吾騶、金堡為之解釋。先是正月，（堡參）吾騶謂：『與司禮監夏國祥此呼彼應，有若桴鼓』；皇太后恐吾騶不安其位，故解之。
六月，左都御史袁彭年去位。彭年生母死，不肯丁憂；慈寧皇太后以祖制所無，不許。
七月，楚降將李赤心等兵敗入廣。初，李賊部曲之降於何騰蛟也，李過（一名錦）賜名赤心，封興國公；高必正封鄖國公，營名忠貞。騰蛟死，為大學士堵允錫所撫。湖南、北既失，赤心等由郴桂竟趨梧州，欲入廣東；尤錫力主其議。李元允曰：『我輩做韃子時，公不來復廣東；今反正後，乃來爭廣東乎？皇上在此，他來何為』？允錫語塞而止。
八月，黃士俊、何吾騶罷。時台諫橫甚，金堡等以李元允為東援、瞿式耜為西援、嚴起恒為內援、焦璉為外援，朝政一手握定，動輒白簡；政府惴惴充位。疏未上，先商票擬，政府置底簿以待之，任其改削。二輔入直以來，彈章盈篋；至是，告歸。
九月，嚴起恒獨相。是年，封朱成功為延平王；閩海始用永曆年號。
永曆四年庚寅正月乙卯朔，上在肇慶。北兵破南雄；七日報至，百官爭竄，家丁沿途殺人。九日，上登舟；十三日。解維。李元允留守肇慶。
二月甲申朔，上至梧州，駐蹕水殿。戶部尚書吳貞毓、詹事府禮部右侍郎郭之奇、兵部左侍郎程源、右侍郎萬翱、禮科都給事中李用楫、戶科右給事中張孝起、吏科給事中朱士鯤、戶科給事中李日緯、御史朱統■〈金筒〉、王命來、陳光允、彭佺合疏，論袁彭年、金堡、丁時魁、蒙正發、劉湘客罪；奉旨：『彭年反正有功，免議；餘下錦衣獄（以五顯廟權之），掌衛事張鳴岡鞫之』。嚴起恆請對於水殿，不得入；復率諸臣伏沙灘求免刑。程源立舟側揚言曰：『金堡即「昌宗之寵方新，仁傑之袍何在」兩語，便當萬死』！其聲達慈寧舟中。蓋堡嘗駁御史呂爾璵奉旨疏有云：『臣何人也，爾璵何人也？以仁傑之袍賭昌宗之裘，志士猶為怏怏』！顧肆言無忌也。獄具，堡與時魁各杖八十；堡邊遠、時魁附近，各終身充軍。湘客、正發徒三年；各贖。上登位三年，至是始見聲色。上憂東事急，調鄖國公高必正赴援。
五月十三日，高必正與興平侯黨守素率兵自梧州來朝，李元允亦自肇慶來。時嚴起恒已去，三帥請手敕往平浪追還。慈寧皇太后垂簾，召三帥賜對。元允伏地請死曰：『金堡等非臣私人，果有罪，皇上何不處之於端州？今若此，是臣與堡等為黨也。向以封疆急，不敢請罪；今事稍定，請正臣罪』！上慰勉再三曰：『卿大忠大孝，朕不疑卿』。
元允曰：『皇上既不疑臣，何故以處四臣之故賜臣冊書，令臣安心辦事乎』？皇太后曰：『卿莫認金堡等為好人；卿如此忠義，他卻謗卿謀反』。元允曰：『說臣謀反，還是有本、還是面奏、還是傳言』？上不答。必正曰：『皇上重處堡等是也。但處堡等之人，不如堡等；處堡等之後，亦無勝於堡等之事』。皇太后曰：『只滇封一事，豈非金堡誤國』？諸臣皆不敢對。
孫可望自賜璽書之後，儼然親藩體統。凡諸軍悉曰「行營」，設立護衛曰「駕前軍」，自稱曰「孤」、曰「不榖」，文書下行曰「秦王令旨」，各官上書曰「啟」，稱李定國、劉文秀曰「弟安西李」、「弟撫南劉」；其下稱之，皆曰「國主」。皮熊在黔畏其相逼，遣官李之華通好請盟；可望致書云：『貴爵坐擁貔貅，戰則可以摧堅銳，守則可以資保障。獨是不肖有司，罔知邦本；征派日煩，民生日蹙。黔中乃出兵之途，寧無救災卹鄰之念，以為假道長發之舉？若滇、若黔，總屬朝廷封疆；留守、留兵，無非綢繆糧糗。惟欲與行在聲息相通，何可有一毫私意於其間！若祇以一盟了局，為燕雀處堂之計，非不榖所望於君子矣』。熊得書，愈懼；避之苗寨。黔中院司道官，會請前軍都督白文選入省；可望下教安定之，遂下平越。收其軍令所屬文武呈繳濫紮；武職加授總制、參、遊，文職加授監軍、督餉。部卿僉憲，概行裁革。王祥烏合六、七萬，分為三十六鎮；與滇兵一戰於烏江河而大潰。祥避死真州，遂下遵義。
九月，北師孔有德攻桂林；諸將望風而遁。城陷，大學士瞿式耜、兵部侍郎張同敞不屈，死之。
十一月，瞿式耜遺表至。云『本月五日開國公趙印選傳塘報至，知嚴關已陷，在城衛國公胡一清、寧遠伯王永祚、綏寧伯蒲纓、武陵侯楊國棟、寧武伯馬養麟俱遁，城中一空。酉刻，督臣張同敞從江東泅水過江至臣寓；臣謂：「子無留守之責，可以去」。同敞曰：「死則俱死耳」。即於是夜，明燈正襟而坐。六日辰刻，噪聲始至靖江府前；再一刻，直至臣寓。臣與同敞危坐中堂不動，忽數騎持弓矢突至，執臣與同敞而去。時大雨如注，臣與同敞從泥淖中行。至則孔有德已坐王府，靖江父子亦以守國未曾出城，業已移至別室。臣等見有德不拜，有德亦不強；以溫言諭臣等降。臣與同敞曰：「吾二人已辦一死於爾兵未至前，正以死於一室，不若死於大庭耳」』。明日，被害。當被執之時，式耜欲入與妾訣；同敞牽臂止之曰：『徒亂人意耳』；遂行。廣東亦先四日為北帥尚可喜所破。十一日，上登舟幸潯；而陳邦傅叛。上初過潯，邦傅留之月餘，欲挾以自重；至是，乃謀劫駕。十二日，上舟衝雨而過，不及發。百官鹵簿之舟在後者，邦傅劫之；文武墜水死者，董英、許玉鳳、潘駿觀。邦傅以上鹵簿，僭陳營中。十六日，上幸潯州；戶部侍郎陳圭來迎。十八日，駐蹕南寧。
永曆五年辛卯正月乙酉朔，上在南寧，升殿受朝賀。十日，祀太廟。詔東閣大學士兼吏、兵二部尚書文安之督師經略楚、豫，賜上方劍便宜行事。
二月，孫可望遣滅虜將軍賀九儀、總兵朱養恩、張明志、張勝等入衛。楚雄道、楊畏知自滇中來朝，詔進東閣大學士，入直辦事。張勝殺嚴起恒，以吳貞毓為大學士。
三月，三宮上田州。二十五日，賀九儀修理行宮，為上駐蹕。
四月朔，祀太廟。十二日，慈寧皇太后馬氏崩於田州。十四日，訃聞；十七日，成服；二十三日，奉安靈輿於慈寧宮。喪禮以日易月。
五月十八日，敕鴻臚寺：『頃以大行慈寧莊翼康聖皇太后喪，憂戚中不遑視事；令值服除，當面與大臣商決政事，兼行日講』。該寺即傳工部修中極殿翰林院，舉堪任日講記注員名；以二十七日舉行。
六月，上患足疾。
七月朔，祀太廟。十五日中元，遙祭祖陵。十八日，葬慈寧皇太后於兩江之宋村山。二十五日，陳邦傅引兵入寇。上欲移蹕，群臣以兩江黃茅瘴癘秋甚於夏，宜俟霜降後；允之。賀九儀等出師柳慶。
九月，梧州、來賓、遷江告急。二十八日，上登舟。十月初七日，幸新寧。
十一月，李元允等迎駕請幸防城；不允。
十二月，北兵至遷江，逼賓州。五日，幸瀨灘。七日，南寧陷；太僕寺少卿丁元相、戶部員外郎楊禹甸死之。上登陸，焚舟楫；踉蹌失次，扈蹕官員相失。將至鎮安，會孫可望遣師討皈朝叛彝，總兵高文貴、黑邦俊、狄三品等相率扈蹕。
永曆六年壬辰正月癸酉朔，上野次。三日，至皈朝。十一日，發皈朝；十二日，次富川；十三日，次沙斗；十四日，次西洋江；十五日，次寶月關；十六日，至廣南。孫可望遣總兵王愛秀迎駕上言：『臣以行在孤處僻粵，再次迎請，未奉允行；然預慮聖駕必有移幸之日，所以先遣各營兵馬肅清彝氛，道路無礙。廣南雖云內地，然界鄰交趾，尚恐彝情叵測。臣再四思維，惟安隆所（隸貴州普安州）滇、黔、粵三省會區，城郭堅固，行宮修葺；一切糧儲，可以朝發夕至，莫此為宜』！上是之。蓋可望兩、三年內既定滇中，又復經營黔土，至此已有成緒。二十五日，上發廣南，次童卜；二十六日，次晒利；二十七日，次鼎貴；二十八日，次加浦；二十九日，次那羊；三十日，次侄堂；二月癸卯朔，次呼馬；二日，次扁牙；三日，次板屯；四日，次板橋；五日，次峒沙；六日，至安隆所；詔改安隆所為安龍府。九日，遣太常寺少卿吳之俊賫璽書至滇。
五月，孫可望分道出師：李定國下楚，征虜將軍馮雙禮副之；劉文秀入蜀，討虜將軍王復臣副之。以楚地攻戰尤急，故選兵俱隸定國。
七月四日，定國率諸軍克桂林。北帥定南王孔有德赴火死，俘其子庭訓及叛將陳邦傅及其子陳師禹（可望戮邦傅等，剝其皮；其殺人剝皮者甚眾』。初，定國駐軍武岡、馮雙禮駐軍寶慶。沅、靖屢捷，沈酋敗遁，大師可乘勝南下，而虞有德之躡其後。於是令武岡諸營出新寧，寶慶諸營出祁陽，合趨全州；分遣西勝營張勝、鐵騎右營郭有名率精兵由西延大埠頭便道趨嚴關。嚴關者，所由入桂林要道也。馮雙禮率前軍都督高存恩、鐵騎前營王會、武安營陳國能、天威營高文貴、坐營靳統武合兵八萬先進兵至驛湖，猝遇北兵萬餘；南師迎戰，靳其饒將李四，北兵遂奔；南師遂薄全州。定國統右軍都督王之邦、金吾營劉之講、左協營吳子聖、武英營廖魚標、鐵騎左營卜寧合兵十萬繼進，聞驛湖捷報，傳令全州傅城者毋急攻；懼其奔逸，併力於桂林也。令未至，而全州已下。定國軍過全州，令急過毋入；雙禮諸軍亦出城合進。時張勝、郭有名已至嚴關，與大軍相距十里；約曰：『敵至，則舉砲傳警，毋下關；須大軍至，始戰』。薄暮聞砲，諸軍擬赴之；定國曰：『無庸』。俟之寂然。蓋有德驛湖之敗，遣眾數萬馳救全州；不意南師已營關上；會日暮，退去。明日，北師至關；張勝等傳砲，大軍蓐食而前，戰於關下。北師銳甚，象僨歸；定國斬馭象者，諸軍奮勇前進，象亦突陣。北帥大崩，斬戮不可勝計。天大雷雨，橫尸遍野，追及於大榕江。有德急入桂林，閉城而守；大軍三日而至城下，守陴者皆潰，大軍援梯畢登，定國下令屯城上。有德奔入府中，悵然無一言；久之，曰：『已矣』！其妻曰：『毋慮我不死』！乃囑一嫗攜其幼子出避；曰：『苟得脫，度為沙彌；毋效乃父作賊，一生下場乃有今日耳』。自縊；妾亦縊。有德遂放火自刎，投火中。方捷書之發自桂林也，其人窮日夜易馬而奔。既至貴陽，直入殿墀，下馬而息僅續，臥地不能起；探其懷中捷書，灌以湯藥，久之乃甦。於是大宴三日，疏請封典。始議犒師銀八萬兩，已損之六萬，已又損之四萬。蓋數軍之入楚與蜀也，獨駕前軍（可望護衛軍，稱駕前軍）不發；駕前軍固選鋒，聞桂林之捷，皆生妒心，曰：『北兵本易殺，我輩獨未得一當耳』。數日後，定國上鹵獲；惟孔有德金印、金冊、人參數捆，所報官庫財物估價僅盈萬。遂有媒孽其市恩諸軍者；往來使命不絕，又多增飾喜怒其間。冊封之事，行之稍緩。而北帥敬謹親王入衡州，號兵十萬。定國計分其師：遣前將軍張虎取辰州，北人分兵往救；定國身當衡州，遇之湖上。始戰少卻，北兵乘勝追奔，南人奇兵間道以搗中堅，遂蹶名王。十一月二十三日，則又傳是日之戰，斬敵如屠犬豕，手不暇耳。駕前軍聞之，益輕言北兵不足滅；遂議明年春，秦王親出師云。
劉文秀之入蜀也，善撫卹軍士。蜀人聞大軍至，多響應；於是重慶、敘州諸府、縣次第皆復。吳三桂迎戰輒敗，斂軍以奔，趨保保寧；南師追躡其後，惟恐失敵。討虜將軍王復臣曰：『不可！我師驕矣，而彼方致死；以驕兵當死寇，能無失乎』？諸軍多不然之。至保寧，復臣又曰：『毋圍城；圍則師分而弱』。不聽。張先璧軍其西南；先璧號張黑神，軍容耀日，然未經大敵。三桂登城望之曰：『獨是軍可襲』。乃開門出精騎犯其壘，果驚潰；轉戰而南，值討虜將軍營。討虜為潰兵所擾，又間以水，勢不復支。北人乘勝奮擊，復臣手斬數人，環之者益眾；乃曰：『大丈夫不能生擒名王，豈可為敵所辱』！遂引刀自剄。北兵皆驚嘆，以為烈士。文秀徹圍而退，三桂不敢追；曰：『生平未嘗見如此勁敵；特欠一著耳』！蓋如復臣所云也。報至，帝下詔曰：『不聽謀，損大將，劉撫南罪當誅；念有復城功，罷職閑住』！文秀歸雲南；諸軍分守蜀隘、或調征楚省，所從者不過百餘人而已。
是年，李元允往海南招集散亡；至欽州，為士兵王勝堂所劫；械送廣州，不屈而死；投屍江中。
永曆七年癸巳正月戊辰朔，上在安龍府。先是，孫可望題請封李定國為西寧郡王兼行軍都招討，封馮雙禮為興國侯；奉旨：『所請封爵事宜，俱依議行』。於是造設儀衛，遣檢討方于宣、中書楊惺光齎敕往，賞軍萬金，行有日矣。而是時訛言繁興：有傳李定國滋不悅者曰：『奈何受郡王封，當亦如國主』；有傳諸營偶語者曰：『秦王下長沙，即改年號、受禪讓』；而以廢處劉文秀太過，咸曰：『大功未行厚賞，偶敗則膺嚴罰；吾等如何苦捐身命』！又以殺楊畏知、立儀注、駕前乏奉令出使者多恣睢不法，而言之者多獲禍。從此，內外文武咸怨，軍心漸渙，不樂為可望用者眾矣。楊畏知者，陝人，官楚雄道；好言王霸之略，故為可望所重。及朝行在於南寧，上以孫氏故，相之；而可望反疑其二心於己。歸黔以後，所言多不從。畏知乃佯狂，以示不為孫氏用；又時時醉罵其駕前人。可望欲脅之以令，改命從軍法，逆知必有諫者；迨諫者入，而駕前人已提其頭至矣。可望恨曰：『楊公死，我桓、文事不成矣』！儀注者，武爵隆殺體統，可望欲以自大；其故時等夷者多怨之曰：『天下尚未定，奈何為此』！李定國出奔。是月，孫可望出師，慨然有經略中原之志。其封李定國者詔使已出黔境，復追還之；曰：『孤今出師入楚，當面會安西大慶宴，親奉上敕書以光寵之』。而眾益交相論嘆，以為此真項羽之刓刻吝封賞也。至有為定國慮者，曰：『此偽遊雲夢計耳』。定國因涕泣謂其下曰：『不幸少陷軍中，備嘗窮險；思欲立尺寸功，匡扶王室，垂名不朽。今甫得斬名王、奏大捷，而猜忌四起。且我與撫南弟同起雲南，戰功具在。一旦詿誤，輒遭廢棄；於我忌害，當必尤甚。我妻子俱在雲南，我豈得已而奔哉』？諸營聞之，有引軍從者；其不能從者，亦咨嗟太息不已。李定國又為書以謝可望；可望不意其奔也，悵然久之。欲止軍東下，然業已督師在道；又信駕前言，敵殊易殺，欲親履行間，立大功以服眾心耳。諜知敵屯四路口，遂欲襲擊破之；令於軍中曰：『凡獲敵馬者悉給之』。時方四月，陰雨連綿。行三日，至四路口，敵驚欲潰；南軍殊易之，甫斬數人，便掠其馬。敵睨陣亂，還而搏戰；南軍已不成列，退保峒口。可望亦念定國既去，諸軍有乘是圖之者；既不敢嚴督諸軍前戰，諸軍亦以駕前軍奮欲立功，不願與併力。凡長沙所已復之州、縣給印諸官悉撤回；楚事大變矣。
八月，始有言招還李定國者；南寧鎮朱養恩言之尤切。可望終忌定國，乃與其下謀起劉文秀。文秀聞之，單騎入黔，私見於可望；言己無才，不願圖富貴。可望強之，疏請為大招討，仍密遣之還滇。
永曆八年甲午正月壬辰朔，上在安龍府。改雲南省為雲興，辰州為沅興府，沅州為黔興府。詔以劉文秀為大招討，都督諸軍，出師東伐。
三月二十六日，孫可望殺大學士吳貞毓以下一十八人（內武臣一人、內侍二人）。上以久不得出，與貞毓等謀，私以手敕通李定國，令之來。時左右前後，莫非為可望耳目者；馬吉翔發其事，窮治撰文何人、用寶何人、奉使何人？上亦震驚者累日（閩人林日宣著「安龍紀事」一卷，序馬吉翔陷大學士吳貞毓等十八人之曲折甚悉。惜其已佚，世少抄本；附記於此）。
四月，劉文秀至黔。可望祭旗纛畢，執爵授文秀；文秀言：『某伏願皇上洪福，國主威略，諸將士智勇，庶幾一日克敵，恢復中原。若某下劣，試恐不勝』。
五月七目，孫可望以單騎出按沅、靖諸營；遍觀險隘，勞卹軍吏。十日而畢。
七月，擇吉出師；由平越進屯於天柱。
永曆九年乙未正月丙戌朔，上在安龍府。封李定國為晉王、劉文秀為蜀王。
永曆十年丙申正月庚辰朔，上在安龍府。孫可望將謀劫駕出降；李定國舉兵敗之。奉上駐蹕雲南；改為滇都。
永曆十一年丁酉正月甲辰朔，上在滇都。議開緬甸為省，以元江土府為總督；不果。
永曆十二年戊戌正月戊戌朔，上在滇都。遣使賫璽書由安南出海至延平王朱成功營；授張煌言兵部左侍郎兼翰林院學士，其餘除授有差。徐孚遠隨使入覲，由交趾入安龍；交趾要其行禮不聽，不得過，孚遠遂返廈門。
十月，雲南屬府告急。
十二月十五日，上發滇都。時李定國出禦北師，請上隨路避兵。
永曆十三年己亥正月癸巳朔，上野次；四日，駐蹕永昌。
閏正月十五日，上發永昌，將入緬；時文武官尚四百人、兵士數千人。十八日，次騰越。二十日，發騰越。二十四日，遙傳兵至，百官急竄，宮嬪被掠。二十八日，次蠻莫；緬人不容兵器入關。三十日，發蠻莫。
二月壬辰朔，次河口。水陸分行：自上以外，從舟者六百四十六人、從陸者馬九百四十餘匹。十八日，上次井梗；緬人止之，不聽前進。二十四日，緬王請大臣問故；上遣馬雄飛、鄔昌琦賫敕書往。緬王發神宗敕書對校不同，疑其為偽；及見沐國公印，信之。蓋緬國自萬曆二十二年請救不許，遂絕朝貢，故所知，惟神宗故事也。當是時，李定國已遣白文選率兵迎駕。至■〈煙，口代火〉哇城下，距駐蹕五、六十里，為緬人隔絕，不相聞；文選亦遂拔營而去。
三月十七日，自河口分路。陸行者至■〈煙，口代火〉哇對河，離城五、六里下營。緬人疑其奪國，率兵出戰·殺傷多人；餘乃散居村落，通政司朱蘊金、中軍姜承德自縊死。
五月四日，緬王具龍舟鼓樂，遣人迎上。五日，上發井梗；七日，至■〈煙，口代火〉哇城下，次於對河。八日，駐蹕者梗（距城五、六里）。草殿數十間，編竹為城；宿衛百餘人。各官自架竹木以居。
八月十三日，緬王請黔國公沐天波往；緬人以八月十五日諸蠻來貢，使黔國以臣禮見，誇耀於諸蠻。
九月十九日，緬人貢新榖。
十月戊子朔，頒曆於緬。
永曆十四年庚子正月丁巳朔，上在緬甸。上日欲出緬幸李定國營。定國恐以兵來，則緬人致難於上；而在上左右者，則又皆偷安無智之徒：以此音塵不屬。
九月，定國迎駕於近地；奏云：『前後三十餘本，不知曾到與否？今與緬王約何地交割』？上以答敕付緬人；而定國候久無消息，復拔營去。是時，士君子皆散亡；所從惟闒冗一、二輩。馬吉翔為大學士，與司禮監李國泰相為唇齒。惟恐定國之至，於是牢籠文武，凡欲某職、某銜者，俱稱門生。吉翔、國泰合奏：『大臣三日不能舉火』；上怒，以皇帝之璽擲之，吉翔、國泰即椎碎分給。御史任國璽請東宮開講，進「宋末賢奸利害書」；上覽一日，國泰惡而碎之。
永曆十五年辛丑正月辛酉朔，上在緬甸。
二月二十八日，鞏昌王白文選密遣緬人賫本至；云『不敢速進者，恐有害；必要緬王送出為上策』。數日後，距行在六、七十里架浮橋，將渡；已而不果。
三月，有欲殺馬吉翔、李國泰奉東宮而出者。事覺，被害。
五月，馬吉翔、李國泰進宮講書；御史任國璽言：『上年請開講，則遷延不行；今日勢如累卵、禍急燃眉，不思出險而託言講貫。夫日講經筵，必須科道侍班；議軍務，則有皇親沐國。豈翔、泰二人之私事哉』？奉旨：『著任國璽獻出險策』；國璽言『能主人緬，必能主出緬；今日事勢如此，乃卸屑於建言之人乎』？太常寺博士鄧居詔、禮部主客司主事王祖望各劾翔、泰，不省。又傳禮部侍郎楊在講書，賜坐；在以東宮典璽李崇貴侍立，不敢就坐，上並賜崇貴坐。崇貴曰：『雖在亂亡，不敢廢禮；今日雖蒙上賜，後日將謂臣欺幼主』。每講，崇貴出外；講畢而入。一日，東宮問哀公何名？在不能答。
二十三日，緬酋弟莽猛白弒兄自立；遣人求賀，上不許。
七月十九日，緬人請吃呪水（即盟誓也）；馬吉翔、李國泰挽百官同往，緬人盡殺之，松茲王某、黔國公沐天波、綏寧伯蒲纓、皇親王惟恭、吏部尚害鄧士廉以下共四十二人。緬人又發兵數千圍行在，上幾自縊；被殺者甚眾。吉王同妃縊死，宮人命婦縊者不下百人。盡劫所有而去。二十一日，緬人復修理草殿，奉上居之；曰：『此事非關吾國，因汝各營在外殺害地方，犯眾怒耳』。
十一月十八日，上召都督同知鄧凱入宮；謂之曰：『太后病矣，未知骸骨得歸故里否？』又曰：『白文選未封親王、馬寶未封郡王，吾負之；滇、黔百姓，因我師在彼苦了多年，今又不知作何狀』？
十二月十三日，緬人請上移蹕；皇太后、皇后、皇太子同行。二更渡河，乃知其為北人也。明年壬寅二月十三日，至滇城。蒙塵之後，事秘；不知崩日、崩所。或曰：北人扈至某驛，夜半聞上怒罵，即殂落之辰也（鈕琇記：吳三桂縊之貴陽。或白：同太子絞死雲南城。「錢曾詩箋」：辛丑之冬，天兵逼緬；緬人執帝獻於師，挾至雲南省城外草萍驛，吳三桂夜殺之，兩宮、世子皆不免。時李定國尚駐安龍，聞之，大怒；與白文選揀精騎一萬，兩晝夜馳入緬甸，屠畿，緬人幾盡；仰天大呼，力竭自刎。白文選亦死。遺兵尚二十餘萬，多入蠻洞中及散竄安南國。三桂以功，晉封平西親王，即永曆故宮名五華者，攘為王府；今改作五華書院）。
史臣曰：越、閩之事，方安國以累敗之餘，鄭芝龍以黿鼉魚鼇之眾，而欲使新造之唐、魯，以力征經營天下，此必不得之數也。惟帝當李成棟、金聲桓之反正，向非高進庫梗之於贛州（陸世儀「江右紀變」稱楊與柯，非高進庫也），則其勢必合；合則江左偏安之勢成矣。逮夫李定國桂林、衡州之戰，兩蹶名王，天下震動；此萬曆戊午以來全盛之天下所不能有。功垂成而物敗之，可望之肉其足食乎？屈原所以呵壁而問天也！
永曆皇帝諱由榔，端王常瀛第二（四？）子也；神宗之孫。崇禎十七年甲申十一月，端王薨。隆武元年乙酉，封上為桂王；其詔有『天下者王之天下』語。
福京不守，兩廣總督丁魁楚、廣西巡撫瞿式耜以二年丙戌十月初九日，奉上監國於肇慶府。十八日，即帝位；改明年為永曆元年。以府署為行在。追崇端王為端皇帝，上太妃王氏尊號曰孝正皇太后，馬氏曰慈寧皇太后；立妃王氏為皇后。加丁魁楚兵部尚書、東閣大學士，瞿式耜吏部尚書、東閣大學士；封潯梧總兵李明忠武靖伯。時紹武建號於廣州，遣兵爭三水。式耜署兵部事，出禦之；總督林佳鼎率舟師輕進，敗沒於峽口。報至肇慶，百官皆逃竄；上亦奔梧州。皇太后賢明通史書，固辭群臣，不欲令其子稱帝；至是，召科道李用楫、程源（江津人，癸未進士）等詰責之，諸臣皆伏地請罪。已知閣部師全奉上，再下肇慶；然地勢單弱、人心震動，乃遣靖江伯嚴雲縱扈三宮至桂林。
十二月十五日，北兵破廣州；二十五日，事聞，上駕小艇上西峽。
永曆元年丁亥正月癸卯朔，上駐蹕梧州。知州陸世廉為上集役夫，北濬府江。丁魁楚棄上走岑溪，大學士李永茂（永城人，丁丑進士）、晏日曙（新喻人，壬子舉人；原任承天副使）、太僕田芳等走博白，李用楫先差往交趾，瞿式耜妾媵眾多逗遛梧江；惟左都御史王化澄（金溪人，甲戌進士；原任廣東巡按）、戶部尚書吳炳、翰林方以智（桐城人，庚辰進士）、文選郎中吳貞毓（宜興人，癸未進士）、給事中唐鍼、御史程源、中書吳其靁、洪士彭、掌錦衣事馬吉翔扈蹕。
二月，上至桂林。以吳炳、方以智為東閣大學士。北帥李成棟盡銳而西，直抵平樂，桂林震動。有余龍者，故江上盜也；眾萬餘，出沒甘竹灘。廣州之陷，建義者多從之，其勢益張。是月，焚北船百餘於東莞，遂突廣州；北撫佟養甲堅壁不出，檄成棟還師擊之。
三月，瞿式耜自梧江至；議上幸武岡州，而自留守桂林。加式耜太保、中極殿大學士，封臨桂伯。方以智棄妻子入山為僧（以智為僧在庚寅冬，兩粵再破時也。法名宏智，字無可。此時入天雪山耳）。上發桂林，以王化澄、吳炳典閣務。兵部右侍郎張家玉（東莞人，癸未進士）、舉人韓如璜（字姬命，著有「皇明文茲」、「小韓文」，常在何喬遠、李孫宸署中）建義攻東莞，北令鄭霖開門以應。李成棟率水、陸師至，家玉棄城，以舟師屯杜榕村（村近新安）。北令走，家玉以諸生陳大赤領縣事。兵科給事中陳邦彥亦建義於高明，使其門人馬應房以舟師圍順德；李成棟敗余龍於黃連，應房戰死之。
四月，上至武岡州。以嚴起恆（紹興人，辛未進士；原任蘄州副使）為東閣大學士。河東、湖廣流寇曹志建、王朝俊等數十人來歸，悉賜五等爵。晉何騰蛟（貴州人，天啟辛酉舉人；湖南巡撫）總制，世襲定興侯，駐衡州；巡撫堵允錫（宜興人，丁丑進士）駐長沙，聲勢稍振。張家玉使張元榮、陳瑞圖拜表於上，進家玉兵部尚書、提督嶺東軍務、右副都御史。北兵破杜榕村，韓如璜死之。家玉引兵入新安，李成棟圍新安；家玉間道走博羅。
七月，大學士陳子壯（南海人，萬曆己未探花）建義於九江村，與陳邦彥攻廣州，不克。先是，邦彥結降北廣州衛指揮楊可觀、楊景燁為內應，又收花山盜三千人偽降北以守東門，約以是月之七日三鼓，內外並起；而子壯先期以五日薄城，謀洩，佟養甲捕楊可觀等誅之，並誅花山盜之守東門者。時城內兵力單弱，養甲登城，見旌旗蔽江，嘆曰：『其死於是乎』？左右曰：『與坐而死，無寧戰死』！養甲奮勇出戰，發巨砲以擊陳舟，舟遂退；北風大作，養甲乘風追之，子壯大敗於白鵝潭。李成棟亦自新安至，子壯退保九江村。又棄九江至高明，與監軍道麥而炫，知縣朱實蓮嬰城固守。邦彥亦退；會清遠指揮白曹燦反正迎邦彥，邦彥率師赴之。張家玉破博羅。
八月十四日，北兵逼行在。先是，楚鎮劉承允用迎鑾功，封安國公；與中人王坤交關，迫脅主上、皇太后刺血寫詔，召駐紮古泥商邱伯侯性（性以總兵銜駐劄古泥口，上自武岡踉蹌過古泥，宮眷衣食皆乏絕；性往來迎駕，奉上及三宮服御，下至宮人衣被，俱飭辦。三宮德之，乃口授商邱伯）入衛。性遣部將謝復榮以五百人至。至是，承允降北為前導。十八日，馬吉翔、謝復榮等奉上及三宮斬關出；承允引兵追躡，相距三里。復榮請上疾馳，而身自斷後；抵死力戰，與其卒五百人俱死王家堡。上徒步三十里，體重足疲不能前；危在頃刻，會侯性率兵奄至，請上御小轎先發，性陣峽口。承允引去，上已兩日夜不食；夜宿羅家店。越五日，抵古泥；晉性祥符侯。李成棟用四姓賊鄭昌等為導，至高明城外；發砲破其城，殺朱實蓮於南門樓，陳子壯、麥而炫被執。二十七日，李成棟圍博羅。穴城，置砲轟發之；雞鳴城陷。張家玉走增城，圍之。
九月十日，李成棟救增城。家玉劄三營於城外，成棟令杜永和、閻可義分攻之；城內亦突圍出戰。將士死者數千人，無降者；火藥盡，家玉乃與諸將痛飲，夜投濠水而死。成棟又以水、陸二萬爭清遠。城破，陳邦彥猶率兵巷戰；力屈赴水，北兵出之，檻送廣州。陳子壯至廣州，臨刑罵不絕口；麥而炫從死。是日，佟養甲命何吾騶、黃士俊、李覺斯、葉延祚、王應華、伍瑞隆、關捷先、陳世傑等觀之；養甲問：『諸公畏否』？皆鞠躬曰：『畏』；亦有改容詫曰：『真忠臣！真忠臣』！又數日，而陳邦彥及總兵曹天奇至，亦大罵而死。陳子壯、張家玉、陳邦彥事雖不成，然牽制李成棟使不得西上，而翠華得以苟安桂林、武岡之間者，三人力也。
十一月，上至象州。欲幸南寧，為新興伯焦璉亂兵所阻，復返桂林；百官幾欲散去。大學士王化澄、吏部左侍郎吳貞毓以間道扈三宮，入南寧。
十二月三日，上至桂林；靖（江）王亨歅迎上而泣。瞿式耜、嚴起恒同相。賊將郝搖旗降於督師何騰蛟，封永城伯，賜名永忠；避北師，從衡州奔桂林，欲入城；瞿式耜拒之。
永曆二年戊子正月丁酉朔，上在桂林。
二月二十三日夜，郝永忠斬關而入。劫上於寢，裸體置之城外；綑縛百官，掠其財物而去。馬吉翔為上具袍服，襆被而行。
三月十日，上至南寧。扈蹕者，大學士嚴起恆、馬吉翔、兵部尚書蕭琦、給事中吳其靁、洪上彭、許兆進、尹三聘七八人耳。柳、潯二府為慶國公陳邦傅所據，不貢賦稅，行朝資用乏絕。大學士嚴起恒乃署吏部，開選于邕城；二十四土州檳榔、鹽客、樂戶，皆列官籍。
四月乙未朔，皇子生。
十日，李成棟以廣東反正；遣洪天擢（歙縣人，丁丑進士；原任湖廣驛傳道）、潘曾緯（漢陽人，辛未進士）、李琦三人齎表奏請駕幸肇慶。成棟在北有大功，而受佟養甲節制，心不能平；故所收兩廣印信不下五千顆，獨取總督印藏之。一愛妾揣知其意，勸之舉事；成棟撫几曰：『如松江百口何』！成棟嘗帥松江，其拏帑皆在焉。妾曰：『我敢獨富貴乎？請先死君前，以成君子之志』；遂自刎。成棟哭曰：『我乃不及一婦人』！密與布政使袁彭年、僉事張調鼎圖之；輦金十萬賂要人，以取妻拏之在松江者。事將發，而金聲桓以南昌反正。聲桓逆流以攻贛州，贛帥高進庫，故興平伯高傑兄子也；求援於粵，佟養甲命成棟往牒布政司移餉八萬兩，成棟日逼餉，彭年故不發，由是得以為辭。時歲大旱，群盜滿山，成棟陰結其渠魁；謂養甲曰：『贛旦暮亡，粵又寇深如此，嶺外斷不可保，彼聲言「復衣冠」三字耳，盍姑許之以靖亂乎』？養甲計猶豫，未有所決；成棟故令群盜逼城下，呼聲動天以怵之。養甲出示安民，成棟請權停「順治」年號，養甲乃於榜尾但書「戊子」；成棟既得此榜，而己所出示直書「永曆二年」。養甲見之愕然，業已無可如何。兩司官諷養甲以印授成棟，成棟下令兵民解辮；而以所藏總督印印表文上之。詔封養甲為襄平伯、兵工二部尚書，成棟惠國公，袁彭年左都御史。金聲桓藏表佛經中，亦遣使至。聲桓故左良玉部曲，隨良玉子夢庚降附，俾守江西；督、撫以其降將輕之，從之取賂不得。聲桓私居，嘗改胡服；督、撫因言『凡前朝舊將，皆不可用』。聲桓使人竄之中途，得其書；置酒召巡撫，以書示之，即於坐間斬巡撫而反正。詔封豫國公兼兵部尚書。遣吳貞毓以吏部侍郎兼左副都御史使成棟。
自兩省反正，士人輻輳而至。王化澄復相，朱天麟（崑山人，戊辰進士）為東閣大學士，晏清（黃岡人，己未進士；原任廣東水利僉事）為吏部尚書，張鳳翼兵科兼翰林院，張佐辰文選司郎中，黃雲袞行人，潘駿觀兵部主事，龐天壽司禮監。曾經出仕，僉曰迎鑾；遊手白丁，詭稱原任：六曹閒署，數日間添注幾滿。此外，更有白劄、部劄、欽劄。欽劄者，皇帝用寶劄官，不涉吏、兵二部；下廣之費，大略出此。
八月癸巳朔，上至肇慶；李成棟迎於百里外，儲黃金千兩、白金十萬兩、綵紵萬端以備賞賚。政無巨細，受成於成棟。詔贈陳子壯東閣大學士兼吏部尚書、番禺侯，謚文忠；張家玉少保、武英殿大學士兼吏部尚書、增城侯，謚文烈；陳邦彥兵部尚書，謚忠愍。
十月十日，遣佟養甲代祭興陵（端皇帝陵）；上令李元允磔之江中。養甲密表於北，成棟搜得之。
十二月，李成棟率師出南安。面奏：『南雄以下事，諸臣任之；庾關以外事，臣獨任之』。當是時，朝臣各有黨與：自廣東來者，吏部侍郎洪天擢、大理寺卿潘曾緯、學道李琦（三人皆李成棟親信）、兵部尚書曹燁（歙縣人，辛未進士）、工部尚書耿獻忠、通政司毛毓祥（武進人，丁丑進士）為一黨；自廣西來者，嚴起恒、王化澄、朱天麟三輔臣、吏部尚書晏清、吏部侍郎吳貞毓、給事中吳其靁、洪士彭、雷得復、尹三聘、許兆進、張起為一黨；自各路來者，左副都御史劉湘客（錢謙益薦舉）、禮部尚書吳憬、吏科都給事中丁時魁、兵科都給事中金堡、戶科都給事中蒙正發、禮科都給事中李用楫、吏部文選司郎中施以徵、光祿寺卿陸世廉、太僕寺卿馬光、禮部儀注司郎中徐世儀為一黨；翰林陳世傑、驗封司郎中吳以進、給事中李貞、御史高賚明、太僕寺少卿楊邦翰、職方司郎中唐元楫，以廣東人又為一黨。然行朝之權，盡歸於李元允。元允本姓賈，為成棟義兒；以守舍留肇慶；朝士爭趨其門，其尤甚者謂之五虎：袁彭年為虎頭、丁時魁為虎尾、蒙正發為虎腳、劉湘客為虎皮、金堡為虎牙。廣東一省、大小官員，非奉成棟咨，不得擅除。桂林、平樂，則瞿式耜為政，慶遠、柳州，則焦璉為政；潯南、思太，則陳邦傅為政。而通政司上疏陳乞職官者，猶日以千計；內閣票擬，只有「著議具奏」四字；選司掌銓，亦無出選之地，徒有空名而已。
永曆三年己丑正月庚申朔，上在肇慶。
十三日，大學士朱天麟罷。陳邦傅，故潯梧參將也；冒功封富川伯。又以迎駕，封思恩侯。李成棟反正，先疏入告，進爵至慶國公；官其子陳曾禹至右副都丑史。駕過潯州，邦傅挽留月餘；求守潯州，如瞿閣部故事。上不許；許以居潯、梧。而致賄於誥敕中書張孟光，使以守字易「居」字，為言者追改；然邦傅進疏，則直稱「世守」。當成棟未反正時，邦傅潛通降啟，以故為成棟所輕，兵科給事中金堡承風指劾之；邦傅疏辨：『皇上蒙塵兩年，並無一位兩衙門；何今日紛紛若是？以臣為無兵、無將，請即遣金堡為臣監軍，以觀臣十萬鐵騎』！天麟票擬：『金堡從來，朕亦未悉；所請監紀，著即會議』！丁時魁，堡之黨人也；怒曰：『堡論邦傅，請即監紀；堡又論郝永忠，若請其頭，亦與之耶』？率科道官十六人直入丹墀，大聲疾呼，繳印於內閣。上方燕語，聞變震驚，翻茶沾服；急諭『諸臣照舊供職，天麟即日罷相』。然天麟但言「會議」，固未嘗出金堡於邦傅也；第金堡往日知臨清受官於李賊，發其從來，是所深忌耳。二十八日起，舊輔黃士俊、何吾騶入直。
三月七日。李成棟、何騰蛟敗問至。當金聲桓之反正，南都震動；乘流而下，鮮不克矣。乃為聲桓謀者，以寧庶人失策於一往，使新建伯得制其後；故聲桓兵先贛州。贛帥高進庫謂之曰：『吾不動以待汝；汝得南都，則吾以贛下』。聲桓不聽，急攻之。久而，各省援師集於南昌；李成棟方欲夾攻贛州，聲桓之攻贛者首尾牽顧，失利而退。高進庫以方勝之師還而拒成棟，成棟退走信豐，潰不可制；成棟斷後，策馬渡河，馬不勝甲而沈。兵部尚書張調鼎、監軍道姚生文俱死於亂兵；成棟死，而聲桓亦亡。何騰蛟開府於長沙之湘潭縣，湖南、北列十三鎮，多以降將為之；時叛時服。騰蛟仁愛有餘，而雄斷不足；諸將跋扈不用命。北兵至，湘潭不守；遂見執，被害於大步橋下。贈騰蛟中湘王、李成棟寧夏王，進李元允車騎將軍，封南陽伯。
四月，孫可望遣龔鼎（永昌人，癸未庶吉士）獻南金名馬，移書求親王名號。初，張獻忠伏誅，其勁旅尚有四部：曰孫可望、李定國、劉文秀、艾能奇；皆去獻忠偽號，自稱將軍：可望平東、定國安西、文秀撫南、能奇定北，而奉黔國公沐天波以討定諸彝。可望年差長，又稍知文墨，故位第一；定國以能次之，文秀、能奇又次之，然實等夷無統屬。已而能奇死，其將馮雙禮主其營事。可望籠之以術；既兼兩部，浸浸欲自大。當諸軍之從貴陽入滇也，貴州不置一守；有皮熊者，以其軍入之，報稱恢復黔省，進爵貴國公，駐平越。大學士王應熊還自京師，開幕府於遵義；有王祥者為所委任，應熊死而祥據遵義，亦進爵至忠國公。各疏告行在，言『今之入滇者為張賊餘孽，名雖向正，事豈革心；朝廷毋為所愚』！然兩帥接壞，時相構釁，亦不能有所效力。及滇使至，朝議以為不可不行封賞。金堡言祖制無異姓封王者；於是，遣武康伯胡執恭以侯爵往封。執恭者，紹興人，私計滇兵強甚，且欲自結於孫可望，謂『春秋之義，大夫出境，有可以安社稷、利國家者，專之可也』；乃矯詔封可望為秦王。可望亦知其偽，具疏辭；金堡、蒙正發皆劾執恭罔上，朝議大譁然，不可。但已乃改封荊郡王，賜之國姓曰朱朝宗；定國曰李如靖，文秀曰劉若琦。而可望終冀秦王，言『臣惟一意辦賊；成功之後，始敢議及封爵耳』；定國、文秀亦辭賜名。可望雖不受爵，然已張皇其稱；土司之懾服軍威者，進修貢獻，已倣親王禮行事。而沐天波亦謙讓，不敢以公爵均敵。滇土略定，而北師下沅。張先璧、侯天錫退師黔境，可望遣許世臣詣行在請出師，陳義慷慨；有為上言曰：『不若賜之璽書，直云皇帝致書秦王；則前此葛藤斬斷，方可使之盡瘁也』。上從之，可望即具疏謝恩。
五月四日，慈寧皇太后垂簾；召何吾騶、金堡為之解釋。先是正月，（堡參）吾騶謂：『與司禮監夏國祥此呼彼應，有若桴鼓』；皇太后恐吾騶不安其位，故解之。
六月，左都御史袁彭年去位。彭年生母死，不肯丁憂；慈寧皇太后以祖制所無，不許。
七月，楚降將李赤心等兵敗入廣。初，李賊部曲之降於何騰蛟也，李過（一名錦）賜名赤心，封興國公；高必正封鄖國公，營名忠貞。騰蛟死，為大學士堵允錫所撫。湖南、北既失，赤心等由郴桂竟趨梧州，欲入廣東；尤錫力主其議。李元允曰：『我輩做韃子時，公不來復廣東；今反正後，乃來爭廣東乎？皇上在此，他來何為』？允錫語塞而止。
八月，黃士俊、何吾騶罷。時台諫橫甚，金堡等以李元允為東援、瞿式耜為西援、嚴起恒為內援、焦璉為外援，朝政一手握定，動輒白簡；政府惴惴充位。疏未上，先商票擬，政府置底簿以待之，任其改削。二輔入直以來，彈章盈篋；至是，告歸。
九月，嚴起恒獨相。是年，封朱成功為延平王；閩海始用永曆年號。
永曆四年庚寅正月乙卯朔，上在肇慶。北兵破南雄；七日報至，百官爭竄，家丁沿途殺人。九日，上登舟；十三日。解維。李元允留守肇慶。
二月甲申朔，上至梧州，駐蹕水殿。戶部尚書吳貞毓、詹事府禮部右侍郎郭之奇、兵部左侍郎程源、右侍郎萬翱、禮科都給事中李用楫、戶科右給事中張孝起、吏科給事中朱士鯤、戶科給事中李日緯、御史朱統■〈金筒〉、王命來、陳光允、彭佺合疏，論袁彭年、金堡、丁時魁、蒙正發、劉湘客罪；奉旨：『彭年反正有功，免議；餘下錦衣獄（以五顯廟權之），掌衛事張鳴岡鞫之』。嚴起恆請對於水殿，不得入；復率諸臣伏沙灘求免刑。程源立舟側揚言曰：『金堡即「昌宗之寵方新，仁傑之袍何在」兩語，便當萬死』！其聲達慈寧舟中。蓋堡嘗駁御史呂爾璵奉旨疏有云：『臣何人也，爾璵何人也？以仁傑之袍賭昌宗之裘，志士猶為怏怏』！顧肆言無忌也。獄具，堡與時魁各杖八十；堡邊遠、時魁附近，各終身充軍。湘客、正發徒三年；各贖。上登位三年，至是始見聲色。上憂東事急，調鄖國公高必正赴援。
五月十三日，高必正與興平侯黨守素率兵自梧州來朝，李元允亦自肇慶來。時嚴起恒已去，三帥請手敕往平浪追還。慈寧皇太后垂簾，召三帥賜對。元允伏地請死曰：『金堡等非臣私人，果有罪，皇上何不處之於端州？今若此，是臣與堡等為黨也。向以封疆急，不敢請罪；今事稍定，請正臣罪』！上慰勉再三曰：『卿大忠大孝，朕不疑卿』。
元允曰：『皇上既不疑臣，何故以處四臣之故賜臣冊書，令臣安心辦事乎』？皇太后曰：『卿莫認金堡等為好人；卿如此忠義，他卻謗卿謀反』。元允曰：『說臣謀反，還是有本、還是面奏、還是傳言』？上不答。必正曰：『皇上重處堡等是也。但處堡等之人，不如堡等；處堡等之後，亦無勝於堡等之事』。皇太后曰：『只滇封一事，豈非金堡誤國』？諸臣皆不敢對。
孫可望自賜璽書之後，儼然親藩體統。凡諸軍悉曰「行營」，設立護衛曰「駕前軍」，自稱曰「孤」、曰「不榖」，文書下行曰「秦王令旨」，各官上書曰「啟」，稱李定國、劉文秀曰「弟安西李」、「弟撫南劉」；其下稱之，皆曰「國主」。皮熊在黔畏其相逼，遣官李之華通好請盟；可望致書云：『貴爵坐擁貔貅，戰則可以摧堅銳，守則可以資保障。獨是不肖有司，罔知邦本；征派日煩，民生日蹙。黔中乃出兵之途，寧無救災卹鄰之念，以為假道長發之舉？若滇、若黔，總屬朝廷封疆；留守、留兵，無非綢繆糧糗。惟欲與行在聲息相通，何可有一毫私意於其間！若祇以一盟了局，為燕雀處堂之計，非不榖所望於君子矣』。熊得書，愈懼；避之苗寨。黔中院司道官，會請前軍都督白文選入省；可望下教安定之，遂下平越。收其軍令所屬文武呈繳濫紮；武職加授總制、參、遊，文職加授監軍、督餉。部卿僉憲，概行裁革。王祥烏合六、七萬，分為三十六鎮；與滇兵一戰於烏江河而大潰。祥避死真州，遂下遵義。
九月，北師孔有德攻桂林；諸將望風而遁。城陷，大學士瞿式耜、兵部侍郎張同敞不屈，死之。
十一月，瞿式耜遺表至。云『本月五日開國公趙印選傳塘報至，知嚴關已陷，在城衛國公胡一清、寧遠伯王永祚、綏寧伯蒲纓、武陵侯楊國棟、寧武伯馬養麟俱遁，城中一空。酉刻，督臣張同敞從江東泅水過江至臣寓；臣謂：「子無留守之責，可以去」。同敞曰：「死則俱死耳」。即於是夜，明燈正襟而坐。六日辰刻，噪聲始至靖江府前；再一刻，直至臣寓。臣與同敞危坐中堂不動，忽數騎持弓矢突至，執臣與同敞而去。時大雨如注，臣與同敞從泥淖中行。至則孔有德已坐王府，靖江父子亦以守國未曾出城，業已移至別室。臣等見有德不拜，有德亦不強；以溫言諭臣等降。臣與同敞曰：「吾二人已辦一死於爾兵未至前，正以死於一室，不若死於大庭耳」』。明日，被害。當被執之時，式耜欲入與妾訣；同敞牽臂止之曰：『徒亂人意耳』；遂行。廣東亦先四日為北帥尚可喜所破。十一日，上登舟幸潯；而陳邦傅叛。上初過潯，邦傅留之月餘，欲挾以自重；至是，乃謀劫駕。十二日，上舟衝雨而過，不及發。百官鹵簿之舟在後者，邦傅劫之；文武墜水死者，董英、許玉鳳、潘駿觀。邦傅以上鹵簿，僭陳營中。十六日，上幸潯州；戶部侍郎陳圭來迎。十八日，駐蹕南寧。
永曆五年辛卯正月乙酉朔，上在南寧，升殿受朝賀。十日，祀太廟。詔東閣大學士兼吏、兵二部尚書文安之督師經略楚、豫，賜上方劍便宜行事。
二月，孫可望遣滅虜將軍賀九儀、總兵朱養恩、張明志、張勝等入衛。楚雄道、楊畏知自滇中來朝，詔進東閣大學士，入直辦事。張勝殺嚴起恒，以吳貞毓為大學士。
三月，三宮上田州。二十五日，賀九儀修理行宮，為上駐蹕。
四月朔，祀太廟。十二日，慈寧皇太后馬氏崩於田州。十四日，訃聞；十七日，成服；二十三日，奉安靈輿於慈寧宮。喪禮以日易月。
五月十八日，敕鴻臚寺：『頃以大行慈寧莊翼康聖皇太后喪，憂戚中不遑視事；令值服除，當面與大臣商決政事，兼行日講』。該寺即傳工部修中極殿翰林院，舉堪任日講記注員名；以二十七日舉行。
六月，上患足疾。
七月朔，祀太廟。十五日中元，遙祭祖陵。十八日，葬慈寧皇太后於兩江之宋村山。二十五日，陳邦傅引兵入寇。上欲移蹕，群臣以兩江黃茅瘴癘秋甚於夏，宜俟霜降後；允之。賀九儀等出師柳慶。
九月，梧州、來賓、遷江告急。二十八日，上登舟。十月初七日，幸新寧。
十一月，李元允等迎駕請幸防城；不允。
十二月，北兵至遷江，逼賓州。五日，幸瀨灘。七日，南寧陷；太僕寺少卿丁元相、戶部員外郎楊禹甸死之。上登陸，焚舟楫；踉蹌失次，扈蹕官員相失。將至鎮安，會孫可望遣師討皈朝叛彝，總兵高文貴、黑邦俊、狄三品等相率扈蹕。
永曆六年壬辰正月癸酉朔，上野次。三日，至皈朝。十一日，發皈朝；十二日，次富川；十三日，次沙斗；十四日，次西洋江；十五日，次寶月關；十六日，至廣南。孫可望遣總兵王愛秀迎駕上言：『臣以行在孤處僻粵，再次迎請，未奉允行；然預慮聖駕必有移幸之日，所以先遣各營兵馬肅清彝氛，道路無礙。廣南雖云內地，然界鄰交趾，尚恐彝情叵測。臣再四思維，惟安隆所（隸貴州普安州）滇、黔、粵三省會區，城郭堅固，行宮修葺；一切糧儲，可以朝發夕至，莫此為宜』！上是之。蓋可望兩、三年內既定滇中，又復經營黔土，至此已有成緒。二十五日，上發廣南，次童卜；二十六日，次晒利；二十七日，次鼎貴；二十八日，次加浦；二十九日，次那羊；三十日，次侄堂；二月癸卯朔，次呼馬；二日，次扁牙；三日，次板屯；四日，次板橋；五日，次峒沙；六日，至安隆所；詔改安隆所為安龍府。九日，遣太常寺少卿吳之俊賫璽書至滇。
五月，孫可望分道出師：李定國下楚，征虜將軍馮雙禮副之；劉文秀入蜀，討虜將軍王復臣副之。以楚地攻戰尤急，故選兵俱隸定國。
七月四日，定國率諸軍克桂林。北帥定南王孔有德赴火死，俘其子庭訓及叛將陳邦傅及其子陳師禹（可望戮邦傅等，剝其皮；其殺人剝皮者甚眾』。初，定國駐軍武岡、馮雙禮駐軍寶慶。沅、靖屢捷，沈酋敗遁，大師可乘勝南下，而虞有德之躡其後。於是令武岡諸營出新寧，寶慶諸營出祁陽，合趨全州；分遣西勝營張勝、鐵騎右營郭有名率精兵由西延大埠頭便道趨嚴關。嚴關者，所由入桂林要道也。馮雙禮率前軍都督高存恩、鐵騎前營王會、武安營陳國能、天威營高文貴、坐營靳統武合兵八萬先進兵至驛湖，猝遇北兵萬餘；南師迎戰，靳其饒將李四，北兵遂奔；南師遂薄全州。定國統右軍都督王之邦、金吾營劉之講、左協營吳子聖、武英營廖魚標、鐵騎左營卜寧合兵十萬繼進，聞驛湖捷報，傳令全州傅城者毋急攻；懼其奔逸，併力於桂林也。令未至，而全州已下。定國軍過全州，令急過毋入；雙禮諸軍亦出城合進。時張勝、郭有名已至嚴關，與大軍相距十里；約曰：『敵至，則舉砲傳警，毋下關；須大軍至，始戰』。薄暮聞砲，諸軍擬赴之；定國曰：『無庸』。俟之寂然。蓋有德驛湖之敗，遣眾數萬馳救全州；不意南師已營關上；會日暮，退去。明日，北師至關；張勝等傳砲，大軍蓐食而前，戰於關下。北師銳甚，象僨歸；定國斬馭象者，諸軍奮勇前進，象亦突陣。北帥大崩，斬戮不可勝計。天大雷雨，橫尸遍野，追及於大榕江。有德急入桂林，閉城而守；大軍三日而至城下，守陴者皆潰，大軍援梯畢登，定國下令屯城上。有德奔入府中，悵然無一言；久之，曰：『已矣』！其妻曰：『毋慮我不死』！乃囑一嫗攜其幼子出避；曰：『苟得脫，度為沙彌；毋效乃父作賊，一生下場乃有今日耳』。自縊；妾亦縊。有德遂放火自刎，投火中。方捷書之發自桂林也，其人窮日夜易馬而奔。既至貴陽，直入殿墀，下馬而息僅續，臥地不能起；探其懷中捷書，灌以湯藥，久之乃甦。於是大宴三日，疏請封典。始議犒師銀八萬兩，已損之六萬，已又損之四萬。蓋數軍之入楚與蜀也，獨駕前軍（可望護衛軍，稱駕前軍）不發；駕前軍固選鋒，聞桂林之捷，皆生妒心，曰：『北兵本易殺，我輩獨未得一當耳』。數日後，定國上鹵獲；惟孔有德金印、金冊、人參數捆，所報官庫財物估價僅盈萬。遂有媒孽其市恩諸軍者；往來使命不絕，又多增飾喜怒其間。冊封之事，行之稍緩。而北帥敬謹親王入衡州，號兵十萬。定國計分其師：遣前將軍張虎取辰州，北人分兵往救；定國身當衡州，遇之湖上。始戰少卻，北兵乘勝追奔，南人奇兵間道以搗中堅，遂蹶名王。十一月二十三日，則又傳是日之戰，斬敵如屠犬豕，手不暇耳。駕前軍聞之，益輕言北兵不足滅；遂議明年春，秦王親出師云。
劉文秀之入蜀也，善撫卹軍士。蜀人聞大軍至，多響應；於是重慶、敘州諸府、縣次第皆復。吳三桂迎戰輒敗，斂軍以奔，趨保保寧；南師追躡其後，惟恐失敵。討虜將軍王復臣曰：『不可！我師驕矣，而彼方致死；以驕兵當死寇，能無失乎』？諸軍多不然之。至保寧，復臣又曰：『毋圍城；圍則師分而弱』。不聽。張先璧軍其西南；先璧號張黑神，軍容耀日，然未經大敵。三桂登城望之曰：『獨是軍可襲』。乃開門出精騎犯其壘，果驚潰；轉戰而南，值討虜將軍營。討虜為潰兵所擾，又間以水，勢不復支。北人乘勝奮擊，復臣手斬數人，環之者益眾；乃曰：『大丈夫不能生擒名王，豈可為敵所辱』！遂引刀自剄。北兵皆驚嘆，以為烈士。文秀徹圍而退，三桂不敢追；曰：『生平未嘗見如此勁敵；特欠一著耳』！蓋如復臣所云也。報至，帝下詔曰：『不聽謀，損大將，劉撫南罪當誅；念有復城功，罷職閑住』！文秀歸雲南；諸軍分守蜀隘、或調征楚省，所從者不過百餘人而已。
是年，李元允往海南招集散亡；至欽州，為士兵王勝堂所劫；械送廣州，不屈而死；投屍江中。
永曆七年癸巳正月戊辰朔，上在安龍府。先是，孫可望題請封李定國為西寧郡王兼行軍都招討，封馮雙禮為興國侯；奉旨：『所請封爵事宜，俱依議行』。於是造設儀衛，遣檢討方于宣、中書楊惺光齎敕往，賞軍萬金，行有日矣。而是時訛言繁興：有傳李定國滋不悅者曰：『奈何受郡王封，當亦如國主』；有傳諸營偶語者曰：『秦王下長沙，即改年號、受禪讓』；而以廢處劉文秀太過，咸曰：『大功未行厚賞，偶敗則膺嚴罰；吾等如何苦捐身命』！又以殺楊畏知、立儀注、駕前乏奉令出使者多恣睢不法，而言之者多獲禍。從此，內外文武咸怨，軍心漸渙，不樂為可望用者眾矣。楊畏知者，陝人，官楚雄道；好言王霸之略，故為可望所重。及朝行在於南寧，上以孫氏故，相之；而可望反疑其二心於己。歸黔以後，所言多不從。畏知乃佯狂，以示不為孫氏用；又時時醉罵其駕前人。可望欲脅之以令，改命從軍法，逆知必有諫者；迨諫者入，而駕前人已提其頭至矣。可望恨曰：『楊公死，我桓、文事不成矣』！儀注者，武爵隆殺體統，可望欲以自大；其故時等夷者多怨之曰：『天下尚未定，奈何為此』！李定國出奔。是月，孫可望出師，慨然有經略中原之志。其封李定國者詔使已出黔境，復追還之；曰：『孤今出師入楚，當面會安西大慶宴，親奉上敕書以光寵之』。而眾益交相論嘆，以為此真項羽之刓刻吝封賞也。至有為定國慮者，曰：『此偽遊雲夢計耳』。定國因涕泣謂其下曰：『不幸少陷軍中，備嘗窮險；思欲立尺寸功，匡扶王室，垂名不朽。今甫得斬名王、奏大捷，而猜忌四起。且我與撫南弟同起雲南，戰功具在。一旦詿誤，輒遭廢棄；於我忌害，當必尤甚。我妻子俱在雲南，我豈得已而奔哉』？諸營聞之，有引軍從者；其不能從者，亦咨嗟太息不已。李定國又為書以謝可望；可望不意其奔也，悵然久之。欲止軍東下，然業已督師在道；又信駕前言，敵殊易殺，欲親履行間，立大功以服眾心耳。諜知敵屯四路口，遂欲襲擊破之；令於軍中曰：『凡獲敵馬者悉給之』。時方四月，陰雨連綿。行三日，至四路口，敵驚欲潰；南軍殊易之，甫斬數人，便掠其馬。敵睨陣亂，還而搏戰；南軍已不成列，退保峒口。可望亦念定國既去，諸軍有乘是圖之者；既不敢嚴督諸軍前戰，諸軍亦以駕前軍奮欲立功，不願與併力。凡長沙所已復之州、縣給印諸官悉撤回；楚事大變矣。
八月，始有言招還李定國者；南寧鎮朱養恩言之尤切。可望終忌定國，乃與其下謀起劉文秀。文秀聞之，單騎入黔，私見於可望；言己無才，不願圖富貴。可望強之，疏請為大招討，仍密遣之還滇。
永曆八年甲午正月壬辰朔，上在安龍府。改雲南省為雲興，辰州為沅興府，沅州為黔興府。詔以劉文秀為大招討，都督諸軍，出師東伐。
三月二十六日，孫可望殺大學士吳貞毓以下一十八人（內武臣一人、內侍二人）。上以久不得出，與貞毓等謀，私以手敕通李定國，令之來。時左右前後，莫非為可望耳目者；馬吉翔發其事，窮治撰文何人、用寶何人、奉使何人？上亦震驚者累日（閩人林日宣著「安龍紀事」一卷，序馬吉翔陷大學士吳貞毓等十八人之曲折甚悉。惜其已佚，世少抄本；附記於此）。
四月，劉文秀至黔。可望祭旗纛畢，執爵授文秀；文秀言：『某伏願皇上洪福，國主威略，諸將士智勇，庶幾一日克敵，恢復中原。若某下劣，試恐不勝』。
五月七目，孫可望以單騎出按沅、靖諸營；遍觀險隘，勞卹軍吏。十日而畢。
七月，擇吉出師；由平越進屯於天柱。
永曆九年乙未正月丙戌朔，上在安龍府。封李定國為晉王、劉文秀為蜀王。
永曆十年丙申正月庚辰朔，上在安龍府。孫可望將謀劫駕出降；李定國舉兵敗之。奉上駐蹕雲南；改為滇都。
永曆十一年丁酉正月甲辰朔，上在滇都。議開緬甸為省，以元江土府為總督；不果。
永曆十二年戊戌正月戊戌朔，上在滇都。遣使賫璽書由安南出海至延平王朱成功營；授張煌言兵部左侍郎兼翰林院學士，其餘除授有差。徐孚遠隨使入覲，由交趾入安龍；交趾要其行禮不聽，不得過，孚遠遂返廈門。
十月，雲南屬府告急。
十二月十五日，上發滇都。時李定國出禦北師，請上隨路避兵。
永曆十三年己亥正月癸巳朔，上野次；四日，駐蹕永昌。
閏正月十五日，上發永昌，將入緬；時文武官尚四百人、兵士數千人。十八日，次騰越。二十日，發騰越。二十四日，遙傳兵至，百官急竄，宮嬪被掠。二十八日，次蠻莫；緬人不容兵器入關。三十日，發蠻莫。
二月壬辰朔，次河口。水陸分行：自上以外，從舟者六百四十六人、從陸者馬九百四十餘匹。十八日，上次井梗；緬人止之，不聽前進。二十四日，緬王請大臣問故；上遣馬雄飛、鄔昌琦賫敕書往。緬王發神宗敕書對校不同，疑其為偽；及見沐國公印，信之。蓋緬國自萬曆二十二年請救不許，遂絕朝貢，故所知，惟神宗故事也。當是時，李定國已遣白文選率兵迎駕。至■〈煙，口代火〉哇城下，距駐蹕五、六十里，為緬人隔絕，不相聞；文選亦遂拔營而去。
三月十七日，自河口分路。陸行者至■〈煙，口代火〉哇對河，離城五、六里下營。緬人疑其奪國，率兵出戰·殺傷多人；餘乃散居村落，通政司朱蘊金、中軍姜承德自縊死。
五月四日，緬王具龍舟鼓樂，遣人迎上。五日，上發井梗；七日，至■〈煙，口代火〉哇城下，次於對河。八日，駐蹕者梗（距城五、六里）。草殿數十間，編竹為城；宿衛百餘人。各官自架竹木以居。
八月十三日，緬王請黔國公沐天波往；緬人以八月十五日諸蠻來貢，使黔國以臣禮見，誇耀於諸蠻。
九月十九日，緬人貢新榖。
十月戊子朔，頒曆於緬。
永曆十四年庚子正月丁巳朔，上在緬甸。上日欲出緬幸李定國營。定國恐以兵來，則緬人致難於上；而在上左右者，則又皆偷安無智之徒：以此音塵不屬。
九月，定國迎駕於近地；奏云：『前後三十餘本，不知曾到與否？今與緬王約何地交割』？上以答敕付緬人；而定國候久無消息，復拔營去。是時，士君子皆散亡；所從惟闒冗一、二輩。馬吉翔為大學士，與司禮監李國泰相為唇齒。惟恐定國之至，於是牢籠文武，凡欲某職、某銜者，俱稱門生。吉翔、國泰合奏：『大臣三日不能舉火』；上怒，以皇帝之璽擲之，吉翔、國泰即椎碎分給。御史任國璽請東宮開講，進「宋末賢奸利害書」；上覽一日，國泰惡而碎之。
永曆十五年辛丑正月辛酉朔，上在緬甸。
二月二十八日，鞏昌王白文選密遣緬人賫本至；云『不敢速進者，恐有害；必要緬王送出為上策』。數日後，距行在六、七十里架浮橋，將渡；已而不果。
三月，有欲殺馬吉翔、李國泰奉東宮而出者。事覺，被害。
五月，馬吉翔、李國泰進宮講書；御史任國璽言：『上年請開講，則遷延不行；今日勢如累卵、禍急燃眉，不思出險而託言講貫。夫日講經筵，必須科道侍班；議軍務，則有皇親沐國。豈翔、泰二人之私事哉』？奉旨：『著任國璽獻出險策』；國璽言『能主人緬，必能主出緬；今日事勢如此，乃卸屑於建言之人乎』？太常寺博士鄧居詔、禮部主客司主事王祖望各劾翔、泰，不省。又傳禮部侍郎楊在講書，賜坐；在以東宮典璽李崇貴侍立，不敢就坐，上並賜崇貴坐。崇貴曰：『雖在亂亡，不敢廢禮；今日雖蒙上賜，後日將謂臣欺幼主』。每講，崇貴出外；講畢而入。一日，東宮問哀公何名？在不能答。
二十三日，緬酋弟莽猛白弒兄自立；遣人求賀，上不許。
七月十九日，緬人請吃呪水（即盟誓也）；馬吉翔、李國泰挽百官同往，緬人盡殺之，松茲王某、黔國公沐天波、綏寧伯蒲纓、皇親王惟恭、吏部尚害鄧士廉以下共四十二人。緬人又發兵數千圍行在，上幾自縊；被殺者甚眾。吉王同妃縊死，宮人命婦縊者不下百人。盡劫所有而去。二十一日，緬人復修理草殿，奉上居之；曰：『此事非關吾國，因汝各營在外殺害地方，犯眾怒耳』。
十一月十八日，上召都督同知鄧凱入宮；謂之曰：『太后病矣，未知骸骨得歸故里否？』又曰：『白文選未封親王、馬寶未封郡王，吾負之；滇、黔百姓，因我師在彼苦了多年，今又不知作何狀』？
十二月十三日，緬人請上移蹕；皇太后、皇后、皇太子同行。二更渡河，乃知其為北人也。明年壬寅二月十三日，至滇城。蒙塵之後，事秘；不知崩日、崩所。或曰：北人扈至某驛，夜半聞上怒罵，即殂落之辰也（鈕琇記：吳三桂縊之貴陽。或白：同太子絞死雲南城。「錢曾詩箋」：辛丑之冬，天兵逼緬；緬人執帝獻於師，挾至雲南省城外草萍驛，吳三桂夜殺之，兩宮、世子皆不免。時李定國尚駐安龍，聞之，大怒；與白文選揀精騎一萬，兩晝夜馳入緬甸，屠畿，緬人幾盡；仰天大呼，力竭自刎。白文選亦死。遺兵尚二十餘萬，多入蠻洞中及散竄安南國。三桂以功，晉封平西親王，即永曆故宮名五華者，攘為王府；今改作五華書院）。
史臣曰：越、閩之事，方安國以累敗之餘，鄭芝龍以黿鼉魚鼇之眾，而欲使新造之唐、魯，以力征經營天下，此必不得之數也。惟帝當李成棟、金聲桓之反正，向非高進庫梗之於贛州（陸世儀「江右紀變」稱楊與柯，非高進庫也），則其勢必合；合則江左偏安之勢成矣。逮夫李定國桂林、衡州之戰，兩蹶名王，天下震動；此萬曆戊午以來全盛之天下所不能有。功垂成而物敗之，可望之肉其足食乎？屈原所以呵壁而問天也！
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