张治中向中共方面表示，定于24日回南京“复命”。周恩来对张治中说：“代表团不管回到上海或者广州，国民党的特务是会不利于你们的，西安事变时，我们已经对不起一个姓张的朋友，今天再不能对不起你们了。”
张治中和南京代表团听从了周恩来的劝告留了下来，白崇禧派飞机到北平来接代表，代表们一个也没有回去。周恩来还通知上海地下党组织秘密将张治中的夫人和家属9人，乘来接代表的飞机到了北京。
是时，李宗仁、白崇禧一致认为要让国民党政权苟延下去，蒋、李二人必有一人主政，否则互相牵制，必得同归于尽下场。蒋介石此时得知李宗仁拒绝《协定》，约李宗仁、何应钦、白崇禧同赴杭州会商大计。于是，蒋、李、白、何在杭州笕桥航校聚合。
蒋问李：对于和谈，还有什么打算？
“我准备再派人去北平商谈一次。”
蒋说：“不用了，不必再谈了。过去共党因为在军事上没有部署好，所以同意和谈，现在他们已经渡江，再没有谈判的余地了。”
李宗仁表示：和谈使命既终，求去之心已决。蒋介石知道眼下自己复职并不适时，便假意慰勉，为李打气，要李“继续领导下去，我支持你到底，不必灰心”。蒋又反守为攻，乘机提出成立“非常委员会”，作为国民党最高决策机构，其委员会主席自然由蒋担任，李宗仁为副。李宗仁无法反对，只好默认。会议还作出3项决定：
（1）政治上，宣告和谈破裂，政府今后惟有继续作战，党内不许再倡和谈。
（2）军事上，由行政院长何应钦兼任国防部长，统一海陆空军的指挥权力，参谋长直接向国防部长负责。
（3）采取紧急有效步骤，以加强中国国民党之团结及党与政府的联系。
同时决定：总统府和行政院从南京迁往广州。
国民党在发动“和平攻势”的同时，蒋介石和何应钦等人便策划凭借长江天险，增强布防，阻挡解放军南下。长江防线调集了陆军115个师，海军舰艇120艘，空军飞机600架，共75万兵力，在宜昌到上海1800公里沿江线上，分设两个战区：湖口以西，由白崇禧指挥15个军约25万人防守，其中有13个军守备沿江地带和武汉，两个军配置在长沙、南昌等地，作为机动部队。湖口以东由汤恩伯指挥25个军，约45万人防守，其中18个军守备沿江地区，7个军配置在浙赣路及浙东等战略纵深地区。
蒋介石的作战方针是：以长江防线为外围，以京沪杭地区为重点，以淞沪为核心，进行持久防御，以待国际事变。但此时的国民党军队已成惊弓之鸟，哪里抵挡得住解放军的攻击。
中共中央任命第二野战军刘伯承、邓小平，第三野战军陈毅、粟裕、谭震林组成总前委，制定《京沪作战实施纲要》，纲要决定以第三野战军陈士榘、袁仲贤第八兵团和叶飞、韦国清第十兵团共8个军35万人组成东路军，由粟裕、张震指挥，在江苏江阴至马鞍山段渡江；以第三野战军王建安、谭启龙第七兵团，宋时轮、郭化若第九兵团共7个军30万人组成中路军，由谭震林指挥，在裕溪口至棕阳镇渡江；以第二野战军陈锡联、谢富治的第三兵团、陈赓的第四兵团、杨勇、苏振华的第五兵团共9个军35万人组成西路军，由刘伯承、张际春、李达指挥，在棕阳镇到湖口段渡江；第四野战军先遣兵团及中原军区部队由西路第二野战军指挥，在武汉正面牵制白崇禧集团，配合主力作战。中共中央军委批准了《京沪作战实施纲要》。各部队立即作好了渡江的准备工作。
4月21日，中共中央军委主席毛泽东、解放军总司令朱德发布了《向全国进军的命令》，要求解放军指战员：
（1）奋勇前进，坚决、彻底、干净、全部地歼灭中国境内的一切敢于抵抗的国民党反动派，解放全国人民，保卫中国领土主权的独立和完整。
（2）奋勇前进，逮捕一切怙恶不悛的战争罪犯。不管他们逃至何处，均须缉拿归案，依法惩办。特别注意缉拿匪首蒋介石。
（3）向任何国民党地方政府和地方军队集团宣布《国内和平协定》的最后修定案。对于凡愿停止战争，用和平方法解决问题者，你们即可照此最后修正案的大意和他们签订地方性的协定。
（4）在人民解放军包围南京之后，如果南京李宗仁政府尚未逃散，并愿意在《国内和平协定》上签字，我们愿意再一次给该政府以签字的机会。
解放军各路大军以排山倒海之势，发起强大的渡江战役。4月20日夜，谭震林指挥的中路军第七、九兵团，在当涂到贵池段首先发起多路强渡，撕开了200多里的大缺口，不到24小时，30万解放军突破敌阵，占领长江南岸，随之向繁昌、铜陵、青阳、获港、鲁港进击。汤恩伯急忙赶往芜湖，派兵堵击突破口，然而军无斗志，纷纷溃退。蒋介石视为“固若金汤”的防线被突破。
西路大军驰向长江彼岸。陈赓的第四兵团在九江以东，从彭泽到东流沿线突破蒋军江防。西路大军所向披靡，占领了马当、彭泽、贵池等地。东路大军在江阴的长山、申港以及杨中等地渡江成功。江阴要塞官兵，在炮台总队长、共产党员唐秉琳带领下宣布起义，要塞司令戴戎光被共军俘虏；海防第二舰队司令林遵，带领25艘舰艇在南京江面起义，加入解放军的行列。
南京的国民党政府原定4月23日晨2时，开始撤往广州，由于南京城内已听到解放军炮声，立即陷入一片仓皇败逃的惨淡景象中，人群夺路南逃，道路堵塞，直到早晨6时才挤出城去。李宗仁怅然乘专机南逃，途中改变航向，转飞桂林，他对蒋介石成立“非常委员会”非常反感，认为是蒋介石由幕后走向前台的先兆，用心至为阴险。李宗仁思前顾后，认为有两途可循，一即决心引退下野，一即与蒋介石公开摊牌，要他保证绝不再干预政治、军事、财政和人事。李宗仁在机上召集同机幕僚程思远、李汉魂、邱昌渭等谈了自己的设想。并决定派程等分头去汉口、广州找白崇禧、张发奎等洽商，他表示决不糜烂广西，绝不下广州。
23日，解放军35军渡江直取南京。是时，南京几乎成了一座空城。南京解放，中共中央发出贺电说：“南京迅速解放，国民党反动统治从此宣告灭亡，江南千百万人民迅即重见天日，全国欢腾，环球鼓舞。”毛泽东心潮澎湃，欣然提笔，作七律一首：
钟山风雨起苍黄，百万雄师过大江。
虎踞龙盘今胜昔，天翻地覆慨而慷。
宜将剩勇追穷寇，不可沽名学霸王。
天若有情天亦老，人间正道是沧桑。
解放军胜利渡江之后，迅速调整部署。东路军、中路军在粟裕指挥下，不顾疲劳，不为小股敌军钳制，分别神速南下，切断宁杭公路，完成战役合围，歼灭镇江、南京、芜湖地区南逃之敌；以中路军和西路军一部迅速向苏州、杭州和浙赣进击，追歼逃敌，控制浙赣线，切断汤恩伯部和白崇禧部的联系。
4月27日，解放军东、中路军占领了苏州、吴兴，并将芜湖、南京、镇江地区南窜之敌第4、28、45、51、66军包围在郎溪、广德山区。经2日激战，将8万余敌人全部歼灭。
5月3日，王建安、谭启龙的第七兵团占领杭州。5月4日，陈赓第四兵团占领浙赣线的上饶、贵溪、横峰；陈锡联、谢富治的第三兵团占领了金华；杨勇、苏振华的第五兵团占领了衢县。在上述追击中先后歼敌第68、88、106、73军各一部，残敌向福建、浙东逃窜。
第四野战军先遣兵团和中原军区部队，先后占领了孝感、黄陂，逼进武汉。
4月25日，中央军委毛泽东、总司令朱德发布《中国人民解放军布告》，宣布约法8章，要求全国人民和解放军共同遵守：
（1）保护全体人民的生命财产。如有反革命分子或其他破坏分子乘机捣乱、抢劫或破坏者，定予严办。
（2）保护民族工商农牧业。私人经营的工厂、商店、银行、仓库、船舶、码头、农场、牧场等，一律保护，日常生产或营业，不受侵犯。
（3）没收官僚资本。凡属国民党反动政府和大官僚分子经营的工商企业、银行等，均由人民政府接管。
（4）保护一切公私学校、医院、文化教育机关、体育场所和其他一切公益事业，不受侵犯。
（5）除怙恶不悛的战争罪犯和罪大恶极的反革命分子外，国民党的党政大小官员，凡不持枪抵抗、不阴谋破坏者，不俘虏、不逮捕、不侮辱。听候人民解放军和人民政府的接收处理。旧职人员有一技之长而无严重的反动行为或严重劣迹者，予以分别录用。如果乘机破坏、偷盗、舞弊、携带公款、公物、档案潜逃，或拒不交代者，则予以惩办。
（6）一切散兵游勇自动投诚报到，上交武器者，概不追究。其有抗不报到，或隐藏武器者，即予逮捕查究。窝藏不报者，须受相当的处分。
（7）有准备有步骤地废除农村中的封建土地所有权制度。农民群众应组织起来，协助人民解放军进行初步的土地改革工作。
（8）保护外国侨民生命财产的安全。一切外国侨民必须遵守解放军和人民政府的法令，不得进行间谍活动。否则受法律制裁。
解放军纪律严明，公买公卖，不妄取民间一针一线。
第三野战军王建安、谭启龙第七兵团继续向浙东、浙南地区进军，解放浙江全省；陈士榘、袁仲贤第八兵团一部兵力继续担任南京、镇江地区的警备任务，并肃清苏浙皖边境溃散之敌；集中宋时轮、郭化若第九兵团和叶飞、韦国清第十兵团及第八兵团的一部共8个军攻取上海，令第二军主力在浙赣路金华、东乡段休整待命。中央军委指示林彪、罗荣桓第四野战军，以先遣兵团伺机渡江，占领武汉三镇。
中共中央军委决定由第三野战军部队单独经营东南地区。渡红战役前夕，三野司令员陈毅曾向中央提出：二野部队自挺进大别山后搞得很苦，是否在渡江后由二野占领并经营富庶的江浙和整个东南地区，三野部队在完成渡江战役后再担负进军大西南的任务。毛泽东不但没有同意，还曾个别征求过陈毅的意见：你还要担任上海市市长，如何？
毛泽东考虑到三野前身大部分是由红军江南游击队改编成的新四军，对江南水乡地带作战比较熟悉，而二野前身则由红四方面军改编成八路军第129师，过去长期活动在川陕、晋冀鲁豫和中原地区，而二野司令员刘伯承、政委邓小平都是四川人，去大西南作战相宜。
蒋介石在下野之前，曾召见资源委员会委员长孙越崎，要求将南京的5大厂（电照厂、有线电厂、无线电厂、高压电瓷厂、马鞍山机器厂）拆搬台湾。孙几次婉言拒绝，蒋则紧追不放，最后孙托词拆迁费无着落，蒋又手令发给5个厂132亿元的拆迁费。孙不得已，只好掉了一部分装船，蒋介石下野。孙又将拆掉的部分卸船运回。但蒋介石在溪口仍派人催孙越崎尽快拆迁。孙找了李宗仁才把拆迁的事压下来，气得蒋介石大骂：“娘希匹的孙越崎撒烂污，他不迁厂，又骗了我的钱。”
蒋介石派蒋经国去上海，督促中央银行总裁俞鸿钧将国民党政府库存的所有黄金、白银、外汇悉数运去台湾。从上海抢运出大量金银、机器设备、车辆、纸张、棉纱、布匹。通过海运的就有1500只船的耗资。一直到了5月22日，蒋介石还要蒋经国到上海抢运物资。这样，既掐断了李宗仁政权的经济命脉，又对日后稳定台湾经济发生重大影响。
蒋介石从国库运走多少黄金？台湾官方一直没有公布过准确数字。有几种说法：
——当年为海关总税务司的李度说，用海关缉私舰装运了80多吨黄金与120吨白银到台湾。
——国民党文人陈孝威说，黄金50万两。
——曾担任转运工作的詹特芳说，美金8000万元，黄金92．4万两、银元3000万元。
——李宗仁的秘书梁升俊称：国库尚存黄金280万两，美钞5000余万元，经合署的棉花纱布出售总值不下美金1500万元。还有价值巨大的有价证券，合计约美金2亿余元。
4月25日，蒋介石和蒋经国悄然离开溪口，乘轿车前往象山港，从那里登上“泰康号”军舰，驶往上海，途经宁波时，停泊3天，并发表了《和平绝望，奋斗到底的谈话》，表示反共到底，无论何时何地，必将始终不二。
4月30日，蒋介石抵达上海，在龙华机场召开军事会议，汤恩伯和上海警备司令陈大庆、上海防守司令石觉、上海战区空军司令毛瀛初等参加了会议。蒋介石对淞沪防务作了周密部署。守卫上海的国民党军队有9个军又2个师、海军第一舰队30多艘舰艇、空军4个大队130多架飞机、炮兵、装甲兵、工兵、通讯十几个团，以及交通警察、保安警察、宪兵等，合计约20万人。蒋介石、汤恩伯将上海分为3个守备区，即沪西北、沪西南、浦东，整个守备阵地由外围阵地、主阵地带及市区核心阵地构成。外围阵地：浦西方面为浏河、嘉定、南翔、华曹镇、七堡镇、华泾镇一线；浦东方面为川沙、北蔡镇一线。主阵地前沿一般距市区3——6公里，在纵深内布钢筋水泥子母堡群，有永久性和半永久性碉堡1．4万个，各主要碉堡间战壕相通，壕沟内还可行驶吉普车，电网、鹿砦，层层叠叠。所有飞机场、车站、学校、工厂等重要处所及坚固建筑物，都构成抵抗重点。市区核心阵地，是由高大坚固建筑结合街道碉堡工事构成，并以国际饭店和百老汇大厦分别作为苏州河南北两个指挥中心。汤恩伯吹嘘上海防御体系是攻不破、摧不毁的“钢铁阵地”，中央社誉为“固若金汤”。阎锡山视察了阵地，认为至少可以守上一年。蒋经国将它比作“东方的斯大林格勒”。蒋介石要求汤恩伯最低在上海打上6个月，以待二线兵团建立和美国大规模介入。
5月1日下午，蒋介石到汤恩伯司令部，召集团长以上的军官训话，声言他要在上海亲自指挥，“要和官兵共艰苦，要和上海共存亡”。政工方面由蒋经国负责，他本人管军事指挥，并命令装甲兵副司令兼参谋长蒋纬国把装甲车部队调到上海。蒋家父子这回要以死相拚守上海。
陈毅、粟裕、谭震林命部队首先把上海外围的敌人肃清，把上海的出口封死，造成关门打狗势。5月12日夜，肃清上海外围敌人的战斗打响。宋时轮、郭化若第九兵团从沪西南、浦东向敌人发起钳形攻击；叶飞、韦国清第十兵团从沪西北、沪西向淞沪进击。
5月16日，蒋军上海外围阵地丢失。两军战斗异常激烈，至5月20日，蒋军高桥等一带主阵地全部丢失。解放军为避免战火对城市的摧毁和对上海市民的伤害，采用“快速跃进，勇猛穿插，迂回包围”战术，整团整营的敌人，一个个被解放军解决，呆呆的作了俘虏。
中共上海地下党组织不仅提供了军事情报，还组织工人、店员、学生以及公教人员，成立了工人纠察队、人民保安队、人民团体联合会等工人阶级武装和群众团体，配合解放军行动，进行护厂、护校斗争。
21日上午，上海对外航空联络中断。汤恩伯仓促地把司令部搬到长江口的军舰上去。上海市内，蒋军军长找不到司令，师长找不到军长，团长找不到师长。各部队开始寻路撤退。
解放军宋时轮、郭化若第九兵团于24日攻占浦东市区和虹桥、徐家汇车站；叶飞、韦国清第十兵团直插吴淞，宝山。敌人一面继续调集兵团增强月浦方面的防御，一面向吴淞收缩，准备从海上逃跑。蒋介石下令上海总撤退。
26日，宋时轮、郭化若兵团攻占上海市区。国民党淞沪警备副司令刘昌义率第21、123军向解放军投降。叶飞、韦国清兵团相继攻占大场、吴淞等地。
26日深夜，上海战役胜利结束，除汤恩伯率第54军等部约5万人登舰逃跑外，其余15万人全部被歼。
蒋介石在5月25日见大势已去，便在蒋经国、蒋纬国的搀扶下，登上“江静号”军舰离开上海向台湾方向驶去。过舟山群岛时，见从上海、江苏和浙江等地撤到舟山群岛的蒋军约15万人，还有大批的政府行政人员及家眷。残兵败将和政府官员、家眷拥入舟山群岛，其状十分混乱。
蒋介石于6月1日抵达台湾高雄。他草拟了一个“建设台湾、闽粤，控制两广，开辟川滇”的计划，并设想建立一个北连青岛、长山列岛，中段为舟山群岛，南到台湾、海南岛的海上锁链来封锁、包围大陆，以作将来反攻大陆的基地。蒋介石又专门召集国民党在台高级官员研究了在台湾整军、防务、军政等问题。
陈毅、粟裕在上海战役刚结束，就命叶飞、韦国清的第十兵团未担任警备任务各军于战斗结束后撤至市郊休息。第十兵团全部进行入闽准备；命令王建安、谭启龙的第七兵团准备攻取舟山群岛；命令陈士榘、袁仲贤的第八兵团警备宁沪杭地区并进行剿匪；命令宋时轮、郭化若的第九兵团在苏南休整训练，准备渡海攻台。
陈毅、粟裕考虑到福建的国民党都是残兵败将，计划以叶飞、韦国清兵团两个军入闽。叶飞提出两个军入闽，兵力不足，于是便决定第十兵团第28、29、31军共10万余人全部入闽作战。
7月2日，叶飞、韦国清率第十兵团从苏州、常熟、嘉兴等休整地出发，冒酷暑南进，乘国民党军处于欲守无心、欲逃不准的尴尬境地，向福州发起大迂回进攻。
蒋介石对福建放心不下：长江防线各路败兵退入福建，俱无斗志，且溃军过处，借粮征草，拉夫派工，骚扰百姓，闹得鸡犬不宁，民怨鼎沸，福州绥靖总署主任朱绍良是老资格，对蒋介石并非俯首听命。蒋曾三番五次电告朱绍良在福州附近构筑一个半永久性的防御工事，朱绍良阳奉阴违。朱绍良受解甲寓居的两个闽籍上将萨镇冰和陈绍宽的影响，不肯让自己的部队在福州决战，以免在炮火中毁于一旦；朱绍良认为大上海的钢筋水泥纵深防线还守不住，福州南临闽江、东面大海、背水之阵，何能固守？！福州市市长何震也说：“福州太穷，征工征料十分艰难。”他对死守福州，毫无信心。
张治中和南京代表团听从了周恩来的劝告留了下来，白崇禧派飞机到北平来接代表，代表们一个也没有回去。周恩来还通知上海地下党组织秘密将张治中的夫人和家属9人，乘来接代表的飞机到了北京。
是时，李宗仁、白崇禧一致认为要让国民党政权苟延下去，蒋、李二人必有一人主政，否则互相牵制，必得同归于尽下场。蒋介石此时得知李宗仁拒绝《协定》，约李宗仁、何应钦、白崇禧同赴杭州会商大计。于是，蒋、李、白、何在杭州笕桥航校聚合。
蒋问李：对于和谈，还有什么打算？
“我准备再派人去北平商谈一次。”
蒋说：“不用了，不必再谈了。过去共党因为在军事上没有部署好，所以同意和谈，现在他们已经渡江，再没有谈判的余地了。”
李宗仁表示：和谈使命既终，求去之心已决。蒋介石知道眼下自己复职并不适时，便假意慰勉，为李打气，要李“继续领导下去，我支持你到底，不必灰心”。蒋又反守为攻，乘机提出成立“非常委员会”，作为国民党最高决策机构，其委员会主席自然由蒋担任，李宗仁为副。李宗仁无法反对，只好默认。会议还作出3项决定：
（1）政治上，宣告和谈破裂，政府今后惟有继续作战，党内不许再倡和谈。
（2）军事上，由行政院长何应钦兼任国防部长，统一海陆空军的指挥权力，参谋长直接向国防部长负责。
（3）采取紧急有效步骤，以加强中国国民党之团结及党与政府的联系。
同时决定：总统府和行政院从南京迁往广州。
国民党在发动“和平攻势”的同时，蒋介石和何应钦等人便策划凭借长江天险，增强布防，阻挡解放军南下。长江防线调集了陆军115个师，海军舰艇120艘，空军飞机600架，共75万兵力，在宜昌到上海1800公里沿江线上，分设两个战区：湖口以西，由白崇禧指挥15个军约25万人防守，其中有13个军守备沿江地带和武汉，两个军配置在长沙、南昌等地，作为机动部队。湖口以东由汤恩伯指挥25个军，约45万人防守，其中18个军守备沿江地区，7个军配置在浙赣路及浙东等战略纵深地区。
蒋介石的作战方针是：以长江防线为外围，以京沪杭地区为重点，以淞沪为核心，进行持久防御，以待国际事变。但此时的国民党军队已成惊弓之鸟，哪里抵挡得住解放军的攻击。
中共中央任命第二野战军刘伯承、邓小平，第三野战军陈毅、粟裕、谭震林组成总前委，制定《京沪作战实施纲要》，纲要决定以第三野战军陈士榘、袁仲贤第八兵团和叶飞、韦国清第十兵团共8个军35万人组成东路军，由粟裕、张震指挥，在江苏江阴至马鞍山段渡江；以第三野战军王建安、谭启龙第七兵团，宋时轮、郭化若第九兵团共7个军30万人组成中路军，由谭震林指挥，在裕溪口至棕阳镇渡江；以第二野战军陈锡联、谢富治的第三兵团、陈赓的第四兵团、杨勇、苏振华的第五兵团共9个军35万人组成西路军，由刘伯承、张际春、李达指挥，在棕阳镇到湖口段渡江；第四野战军先遣兵团及中原军区部队由西路第二野战军指挥，在武汉正面牵制白崇禧集团，配合主力作战。中共中央军委批准了《京沪作战实施纲要》。各部队立即作好了渡江的准备工作。
4月21日，中共中央军委主席毛泽东、解放军总司令朱德发布了《向全国进军的命令》，要求解放军指战员：
（1）奋勇前进，坚决、彻底、干净、全部地歼灭中国境内的一切敢于抵抗的国民党反动派，解放全国人民，保卫中国领土主权的独立和完整。
（2）奋勇前进，逮捕一切怙恶不悛的战争罪犯。不管他们逃至何处，均须缉拿归案，依法惩办。特别注意缉拿匪首蒋介石。
（3）向任何国民党地方政府和地方军队集团宣布《国内和平协定》的最后修定案。对于凡愿停止战争，用和平方法解决问题者，你们即可照此最后修正案的大意和他们签订地方性的协定。
（4）在人民解放军包围南京之后，如果南京李宗仁政府尚未逃散，并愿意在《国内和平协定》上签字，我们愿意再一次给该政府以签字的机会。
解放军各路大军以排山倒海之势，发起强大的渡江战役。4月20日夜，谭震林指挥的中路军第七、九兵团，在当涂到贵池段首先发起多路强渡，撕开了200多里的大缺口，不到24小时，30万解放军突破敌阵，占领长江南岸，随之向繁昌、铜陵、青阳、获港、鲁港进击。汤恩伯急忙赶往芜湖，派兵堵击突破口，然而军无斗志，纷纷溃退。蒋介石视为“固若金汤”的防线被突破。
西路大军驰向长江彼岸。陈赓的第四兵团在九江以东，从彭泽到东流沿线突破蒋军江防。西路大军所向披靡，占领了马当、彭泽、贵池等地。东路大军在江阴的长山、申港以及杨中等地渡江成功。江阴要塞官兵，在炮台总队长、共产党员唐秉琳带领下宣布起义，要塞司令戴戎光被共军俘虏；海防第二舰队司令林遵，带领25艘舰艇在南京江面起义，加入解放军的行列。
南京的国民党政府原定4月23日晨2时，开始撤往广州，由于南京城内已听到解放军炮声，立即陷入一片仓皇败逃的惨淡景象中，人群夺路南逃，道路堵塞，直到早晨6时才挤出城去。李宗仁怅然乘专机南逃，途中改变航向，转飞桂林，他对蒋介石成立“非常委员会”非常反感，认为是蒋介石由幕后走向前台的先兆，用心至为阴险。李宗仁思前顾后，认为有两途可循，一即决心引退下野，一即与蒋介石公开摊牌，要他保证绝不再干预政治、军事、财政和人事。李宗仁在机上召集同机幕僚程思远、李汉魂、邱昌渭等谈了自己的设想。并决定派程等分头去汉口、广州找白崇禧、张发奎等洽商，他表示决不糜烂广西，绝不下广州。
23日，解放军35军渡江直取南京。是时，南京几乎成了一座空城。南京解放，中共中央发出贺电说：“南京迅速解放，国民党反动统治从此宣告灭亡，江南千百万人民迅即重见天日，全国欢腾，环球鼓舞。”毛泽东心潮澎湃，欣然提笔，作七律一首：
钟山风雨起苍黄，百万雄师过大江。
虎踞龙盘今胜昔，天翻地覆慨而慷。
宜将剩勇追穷寇，不可沽名学霸王。
天若有情天亦老，人间正道是沧桑。
解放军胜利渡江之后，迅速调整部署。东路军、中路军在粟裕指挥下，不顾疲劳，不为小股敌军钳制，分别神速南下，切断宁杭公路，完成战役合围，歼灭镇江、南京、芜湖地区南逃之敌；以中路军和西路军一部迅速向苏州、杭州和浙赣进击，追歼逃敌，控制浙赣线，切断汤恩伯部和白崇禧部的联系。
4月27日，解放军东、中路军占领了苏州、吴兴，并将芜湖、南京、镇江地区南窜之敌第4、28、45、51、66军包围在郎溪、广德山区。经2日激战，将8万余敌人全部歼灭。
5月3日，王建安、谭启龙的第七兵团占领杭州。5月4日，陈赓第四兵团占领浙赣线的上饶、贵溪、横峰；陈锡联、谢富治的第三兵团占领了金华；杨勇、苏振华的第五兵团占领了衢县。在上述追击中先后歼敌第68、88、106、73军各一部，残敌向福建、浙东逃窜。
第四野战军先遣兵团和中原军区部队，先后占领了孝感、黄陂，逼进武汉。
4月25日，中央军委毛泽东、总司令朱德发布《中国人民解放军布告》，宣布约法8章，要求全国人民和解放军共同遵守：
（1）保护全体人民的生命财产。如有反革命分子或其他破坏分子乘机捣乱、抢劫或破坏者，定予严办。
（2）保护民族工商农牧业。私人经营的工厂、商店、银行、仓库、船舶、码头、农场、牧场等，一律保护，日常生产或营业，不受侵犯。
（3）没收官僚资本。凡属国民党反动政府和大官僚分子经营的工商企业、银行等，均由人民政府接管。
（4）保护一切公私学校、医院、文化教育机关、体育场所和其他一切公益事业，不受侵犯。
（5）除怙恶不悛的战争罪犯和罪大恶极的反革命分子外，国民党的党政大小官员，凡不持枪抵抗、不阴谋破坏者，不俘虏、不逮捕、不侮辱。听候人民解放军和人民政府的接收处理。旧职人员有一技之长而无严重的反动行为或严重劣迹者，予以分别录用。如果乘机破坏、偷盗、舞弊、携带公款、公物、档案潜逃，或拒不交代者，则予以惩办。
（6）一切散兵游勇自动投诚报到，上交武器者，概不追究。其有抗不报到，或隐藏武器者，即予逮捕查究。窝藏不报者，须受相当的处分。
（7）有准备有步骤地废除农村中的封建土地所有权制度。农民群众应组织起来，协助人民解放军进行初步的土地改革工作。
（8）保护外国侨民生命财产的安全。一切外国侨民必须遵守解放军和人民政府的法令，不得进行间谍活动。否则受法律制裁。
解放军纪律严明，公买公卖，不妄取民间一针一线。
第三野战军王建安、谭启龙第七兵团继续向浙东、浙南地区进军，解放浙江全省；陈士榘、袁仲贤第八兵团一部兵力继续担任南京、镇江地区的警备任务，并肃清苏浙皖边境溃散之敌；集中宋时轮、郭化若第九兵团和叶飞、韦国清第十兵团及第八兵团的一部共8个军攻取上海，令第二军主力在浙赣路金华、东乡段休整待命。中央军委指示林彪、罗荣桓第四野战军，以先遣兵团伺机渡江，占领武汉三镇。
中共中央军委决定由第三野战军部队单独经营东南地区。渡红战役前夕，三野司令员陈毅曾向中央提出：二野部队自挺进大别山后搞得很苦，是否在渡江后由二野占领并经营富庶的江浙和整个东南地区，三野部队在完成渡江战役后再担负进军大西南的任务。毛泽东不但没有同意，还曾个别征求过陈毅的意见：你还要担任上海市市长，如何？
毛泽东考虑到三野前身大部分是由红军江南游击队改编成的新四军，对江南水乡地带作战比较熟悉，而二野前身则由红四方面军改编成八路军第129师，过去长期活动在川陕、晋冀鲁豫和中原地区，而二野司令员刘伯承、政委邓小平都是四川人，去大西南作战相宜。
蒋介石在下野之前，曾召见资源委员会委员长孙越崎，要求将南京的5大厂（电照厂、有线电厂、无线电厂、高压电瓷厂、马鞍山机器厂）拆搬台湾。孙几次婉言拒绝，蒋则紧追不放，最后孙托词拆迁费无着落，蒋又手令发给5个厂132亿元的拆迁费。孙不得已，只好掉了一部分装船，蒋介石下野。孙又将拆掉的部分卸船运回。但蒋介石在溪口仍派人催孙越崎尽快拆迁。孙找了李宗仁才把拆迁的事压下来，气得蒋介石大骂：“娘希匹的孙越崎撒烂污，他不迁厂，又骗了我的钱。”
蒋介石派蒋经国去上海，督促中央银行总裁俞鸿钧将国民党政府库存的所有黄金、白银、外汇悉数运去台湾。从上海抢运出大量金银、机器设备、车辆、纸张、棉纱、布匹。通过海运的就有1500只船的耗资。一直到了5月22日，蒋介石还要蒋经国到上海抢运物资。这样，既掐断了李宗仁政权的经济命脉，又对日后稳定台湾经济发生重大影响。
蒋介石从国库运走多少黄金？台湾官方一直没有公布过准确数字。有几种说法：
——当年为海关总税务司的李度说，用海关缉私舰装运了80多吨黄金与120吨白银到台湾。
——国民党文人陈孝威说，黄金50万两。
——曾担任转运工作的詹特芳说，美金8000万元，黄金92．4万两、银元3000万元。
——李宗仁的秘书梁升俊称：国库尚存黄金280万两，美钞5000余万元，经合署的棉花纱布出售总值不下美金1500万元。还有价值巨大的有价证券，合计约美金2亿余元。
4月25日，蒋介石和蒋经国悄然离开溪口，乘轿车前往象山港，从那里登上“泰康号”军舰，驶往上海，途经宁波时，停泊3天，并发表了《和平绝望，奋斗到底的谈话》，表示反共到底，无论何时何地，必将始终不二。
4月30日，蒋介石抵达上海，在龙华机场召开军事会议，汤恩伯和上海警备司令陈大庆、上海防守司令石觉、上海战区空军司令毛瀛初等参加了会议。蒋介石对淞沪防务作了周密部署。守卫上海的国民党军队有9个军又2个师、海军第一舰队30多艘舰艇、空军4个大队130多架飞机、炮兵、装甲兵、工兵、通讯十几个团，以及交通警察、保安警察、宪兵等，合计约20万人。蒋介石、汤恩伯将上海分为3个守备区，即沪西北、沪西南、浦东，整个守备阵地由外围阵地、主阵地带及市区核心阵地构成。外围阵地：浦西方面为浏河、嘉定、南翔、华曹镇、七堡镇、华泾镇一线；浦东方面为川沙、北蔡镇一线。主阵地前沿一般距市区3——6公里，在纵深内布钢筋水泥子母堡群，有永久性和半永久性碉堡1．4万个，各主要碉堡间战壕相通，壕沟内还可行驶吉普车，电网、鹿砦，层层叠叠。所有飞机场、车站、学校、工厂等重要处所及坚固建筑物，都构成抵抗重点。市区核心阵地，是由高大坚固建筑结合街道碉堡工事构成，并以国际饭店和百老汇大厦分别作为苏州河南北两个指挥中心。汤恩伯吹嘘上海防御体系是攻不破、摧不毁的“钢铁阵地”，中央社誉为“固若金汤”。阎锡山视察了阵地，认为至少可以守上一年。蒋经国将它比作“东方的斯大林格勒”。蒋介石要求汤恩伯最低在上海打上6个月，以待二线兵团建立和美国大规模介入。
5月1日下午，蒋介石到汤恩伯司令部，召集团长以上的军官训话，声言他要在上海亲自指挥，“要和官兵共艰苦，要和上海共存亡”。政工方面由蒋经国负责，他本人管军事指挥，并命令装甲兵副司令兼参谋长蒋纬国把装甲车部队调到上海。蒋家父子这回要以死相拚守上海。
陈毅、粟裕、谭震林命部队首先把上海外围的敌人肃清，把上海的出口封死，造成关门打狗势。5月12日夜，肃清上海外围敌人的战斗打响。宋时轮、郭化若第九兵团从沪西南、浦东向敌人发起钳形攻击；叶飞、韦国清第十兵团从沪西北、沪西向淞沪进击。
5月16日，蒋军上海外围阵地丢失。两军战斗异常激烈，至5月20日，蒋军高桥等一带主阵地全部丢失。解放军为避免战火对城市的摧毁和对上海市民的伤害，采用“快速跃进，勇猛穿插，迂回包围”战术，整团整营的敌人，一个个被解放军解决，呆呆的作了俘虏。
中共上海地下党组织不仅提供了军事情报，还组织工人、店员、学生以及公教人员，成立了工人纠察队、人民保安队、人民团体联合会等工人阶级武装和群众团体，配合解放军行动，进行护厂、护校斗争。
21日上午，上海对外航空联络中断。汤恩伯仓促地把司令部搬到长江口的军舰上去。上海市内，蒋军军长找不到司令，师长找不到军长，团长找不到师长。各部队开始寻路撤退。
解放军宋时轮、郭化若第九兵团于24日攻占浦东市区和虹桥、徐家汇车站；叶飞、韦国清第十兵团直插吴淞，宝山。敌人一面继续调集兵团增强月浦方面的防御，一面向吴淞收缩，准备从海上逃跑。蒋介石下令上海总撤退。
26日，宋时轮、郭化若兵团攻占上海市区。国民党淞沪警备副司令刘昌义率第21、123军向解放军投降。叶飞、韦国清兵团相继攻占大场、吴淞等地。
26日深夜，上海战役胜利结束，除汤恩伯率第54军等部约5万人登舰逃跑外，其余15万人全部被歼。
蒋介石在5月25日见大势已去，便在蒋经国、蒋纬国的搀扶下，登上“江静号”军舰离开上海向台湾方向驶去。过舟山群岛时，见从上海、江苏和浙江等地撤到舟山群岛的蒋军约15万人，还有大批的政府行政人员及家眷。残兵败将和政府官员、家眷拥入舟山群岛，其状十分混乱。
蒋介石于6月1日抵达台湾高雄。他草拟了一个“建设台湾、闽粤，控制两广，开辟川滇”的计划，并设想建立一个北连青岛、长山列岛，中段为舟山群岛，南到台湾、海南岛的海上锁链来封锁、包围大陆，以作将来反攻大陆的基地。蒋介石又专门召集国民党在台高级官员研究了在台湾整军、防务、军政等问题。
陈毅、粟裕在上海战役刚结束，就命叶飞、韦国清的第十兵团未担任警备任务各军于战斗结束后撤至市郊休息。第十兵团全部进行入闽准备；命令王建安、谭启龙的第七兵团准备攻取舟山群岛；命令陈士榘、袁仲贤的第八兵团警备宁沪杭地区并进行剿匪；命令宋时轮、郭化若的第九兵团在苏南休整训练，准备渡海攻台。
陈毅、粟裕考虑到福建的国民党都是残兵败将，计划以叶飞、韦国清兵团两个军入闽。叶飞提出两个军入闽，兵力不足，于是便决定第十兵团第28、29、31军共10万余人全部入闽作战。
7月2日，叶飞、韦国清率第十兵团从苏州、常熟、嘉兴等休整地出发，冒酷暑南进，乘国民党军处于欲守无心、欲逃不准的尴尬境地，向福州发起大迂回进攻。
蒋介石对福建放心不下：长江防线各路败兵退入福建，俱无斗志，且溃军过处，借粮征草，拉夫派工，骚扰百姓，闹得鸡犬不宁，民怨鼎沸，福州绥靖总署主任朱绍良是老资格，对蒋介石并非俯首听命。蒋曾三番五次电告朱绍良在福州附近构筑一个半永久性的防御工事，朱绍良阳奉阴违。朱绍良受解甲寓居的两个闽籍上将萨镇冰和陈绍宽的影响，不肯让自己的部队在福州决战，以免在炮火中毁于一旦；朱绍良认为大上海的钢筋水泥纵深防线还守不住，福州南临闽江、东面大海、背水之阵，何能固守？！福州市市长何震也说：“福州太穷，征工征料十分艰难。”他对死守福州，毫无信心。
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