2005年2月，国内最大第三方电子支付服务提供商支付宝公司又推出了“全额赔付”制度，对于使用支付宝而受骗遭受损失的用户，支付宝公司将全部赔偿其损失。支付宝公司又将全额赔付制扩展至阿里巴巴B2B，以及所有采用支付宝支付工具的电子商务公司。这种主动全额赔付以保障用户利益的做法，在国内电子商务网站尚属首例。这一制度一方面显示了阿里巴巴解决电子商务支付问题的决心，另一方面也表现出阿里巴巴对“支付宝”产品的绝对信心。

　　截至2007年3月底，使用支付宝的用户已经超过3600万家，支持使用支付宝交易服务的商家已经超过30万家，涵盖了虚拟游戏、数码通讯、商业服务、机票等行业。

　　支付宝是一个最活跃的平台，因为马云要从这里解决物流和资金流的问题，因而，他对这个现在还只有90多人的公司投入的精力和财力是最大的。同时，支付宝公司也是阿里巴巴公司中最为活跃的一个子公司，它的谈判对象都是资金流与物流方面特别优秀的银行和企业。它甚至还吸引了阿里巴巴对手的客户。

　　马云表示：

　　当今社会，资金流是最困难的事情，如果不解决资金流，不解决电子商务的支付问题，电子商务就不知道下一步会走到哪儿。支付宝要成为中国最健康的支付平台。

　　我们未来几年全力投入产业建设，这个环境建立起来，这个生态链建立起来，这才能起来。感谢这两年银行的加入，特别是各个银行充分意识到电子商务的重要性，才产生支付宝这样的工具。现在支付宝已经拥有五千万的用户，最终将超过三千万的信用卡用户，我觉得这个是在银行充分意识到需求的情况下发展起来的。

　　挺进物流行业

　　在当今社会，由于生活、工作节奏的加快，人们对于简单、快捷的需求日益突出，因而出现了许多行业分工，物流就是其中之一。

　　物流是指产品实体从供应者向需求者流动的过程。电子商务时代，由于企业销售范围的扩大，企业和商业销售方式及最终消费者购买方式的转变，使得送货上门等业务成为一项极为重要的服务业务，从而推动了物流行业的发展。

　　物流涉及多个领域，主要包括仓储企业、运输企业、装卸搬运、配送企业、流通加工业等。信息化、全球化、多功能化和一流的服务水平，已成为电子商务下的物流企业追求的目标。

　　在解决了信息流和资金流等问题之后，阿里巴巴不排除会挺进物流行业的可能性，因为物流在电子商务产业链中将会扮演越来越重要的角色。要想让天下没有难做的生意，马云走这一步是必然的。

　　2006年11月22日，阿里巴巴跟中国邮政签订合作协定。中国邮政的EMS成为支付宝的推荐物流服务商，作为交换，中国邮政的绿卡和网上支付汇款业务将与支付宝挂钩。双方合作之后，阿里巴巴和淘宝以及外部千余家网店用户可轻松选用EMS标准服务（简称E标准）和e邮宝作为物流形式。其中，e邮宝是中国邮政速递公司(EMS）针对个人电子商务用户量身定做特别推出的经济型物流形式。e邮宝的价格较EMS标准服务有较大幅度下降，例如EMS标准服务国内起重资费为首重500克20元，而e邮宝的省际起重资费为首重500克15元。这将为网上卖家节约成本，使得更多用户参与到电子商务中来。同时，用户在网上交寄之后，EMS主动反馈实际接收情况和投递信息给支付宝，支付宝实时提供给用户，免除掉了用户去邮局投递和电话叫EMS的环节。

　　阿里巴巴和国家邮政局的合作，除了上述物流方面，还将在资金流方面展开。网上购物用户将突破以银行卡为基础进行网上支付的限制，邮政绿卡用户可以开通网上支付业务通过支付宝进行网上购物，非邮政绿卡用户也可以直接在邮政柜台交付现金生成电子商务汇款单，并在柜台预留密码，凭借汇款单汇兑号以及预留密码给支付宝账户充值，参与网上购物。用户选择支付宝作为支付工具在网上购物之后，可以实现在线向EMS下单，而EMS根据支付宝传送的信息提供上门收件服务，无须电话联系，大大方便了普通个人用户。