面对拥蒋的强大势力，作为一介书生，胡适的诤谏显得孤掌难鸣。“行政院院长”陈诚希望胡适放弃自己的意见，另一政治要人王世杰也劝胡适不要与蒋介石“公开决裂”。
　　
　　和此事相关的还有《自由中国》呼吁反对党降生的组党事件。雷震和他的战友均一致认为：要成立反对党，党魁非胡适莫属。只要他答应，在野人士必然集合在他的旗帜之下。可老谋深算的胡适不赞成雷震把负责监督的在野党弄成完全与政权对抗的反对党，更不赞成他去碰“反攻大陆”这根敏感的神经；重要的是他怕下海后打湿衣领，一再推托不当反对党的党魁。
　　
　　果然不出所料，成立反对党一事遭官方弹压，雷震被“台湾警备司令部”拘捕判刑十年。作为雷震的老友，胡适不能见死不救，由此开始一连串的营救活动。他在与陈诚多次来往的电文中，均表示希望对于雷震免予处罚和治罪。可当局除掉雷震的决心已无法改变。胡适也不让步。他不惧怕当局杀鸡儆猴的伎俩，仍“不谙世故”，“大放厥词”。1961年1月18日上午，当胡适在张群陪同下拜谒蒋介石时，胡适警告蒋介石对雷震采用专政措施会在岛外造成极坏影响。这种坏影响，当局难于负起严重后果。蒋介石答道：“我对雷震能十分容忍。如果他背面没有匪谍，我决不会办他……我也晓得这案子会在国外发生不利的反响，但一个国家有它的自由，有它的自主权，我们不能不照法律办。”胡适针锋相对地说：“关于雷案与匪谍的关系，是法庭的问题。我所以很早就盼望此案能够交司法审判，正是为了全世界无人肯信军法审判的结果。这个案子的量刑十四年加十二年，加五年，总共三十一年徒刑，是一件很重的案子。军法审判的日子（10月3日）是10月1日才宣告的，被告律师只有一天半的时间可以查卷，可以调查事实材料。10月3日开庭，这样重大的案子，只开了八个半钟点的庭，就宣告终结了，就定8日宣判了，这是什么审判？我在国外，实在见不得人，实在抬不起头来。所以8日宣判，9日国外见报，10日是双十节，我不敢到任何酒会去，我躲到普林斯顿去过双十节，因为我抬不起头来见人。”
　　
　　胡适对雷震因提倡自由民主而完全失去自由一事，抱恨在身，一直郁郁不乐，就像老了二十岁。1961年7月26日，在雷震六十五寿辰之际，病中的胡适仍手抄南宋诗人杨万里的《桂源铺》纪念雷震：
　　
　　万山不许一溪奔，
　　
　　拦得溪声日夜喧。
　　
　　到得前头山脚尽，
　　
　　堂堂溪水出前村。
　　
　　当雷震关押十年提前释放后，他再也见不到胡适，因胡适已长眠地下八年了。
　　
　　为振兴学术四处奔波
　　
　　胡适回台还有一个重要因素，是他读中国公学时的老师王云五力劝其归台任“中央研究院”院长。
　　
　　胡适对“中央研究院”情有独钟。还在大陆时期，胡适就是研究院历史语言研究所的通讯研究员。流亡海外后，胡适受朱家骅之托，为研究院争来一笔可观的资助金。他还于50年代中期，在纽约主持召开过研究院海外院士会议。正因为胡适对“中央研究院”建树良多，故当1956年12月台湾在“炮轰”胡适时，“中央研究院”却反其道而行之，出版《庆祝胡适先生六十五岁论文集》，为其大唱赞歌。
　　
　　1958年4月10日，胡适正式就任“中央研究院”院长。本来，这时的胡适已过了退休年龄一年半，理应享受老人应有的权利，静下心来著书立说，做自己喜欢做的事情。但他为了公众的学术事业，还是舍弃了个人利益。
　　
　　在简朴的就职典礼上，胡适还和前来祝贺的蒋介石产生了小小的摩擦。蒋介石在祝词中除希望“中央研究院”配合政府的“反共抗俄”使命外，大加赞扬胡适“个人之高尚品德”。胡适听后不以为然，直陈道：“‘总统’夸奖我的话是错误的。我被共产党清算，并不是清算个人的所谓道德。他们清算我，是我在大陆上，在中国青年的思想上、脑筋里留下许多‘毒素’。我们在年青的时候，受到了新学问、新文化、新思想、新思潮、新的思想方法的影响……”胡适敢于藐视最高统治者，一直坚持实话实说的原则，这体现了一个知识分子的独立人格。
　　
　　胡适在就职致辞中，还对大陆的批胡运动作出回应。他说，“共产党要清算胡适，便是胡适在几十年来提倡科学方法”，这个科学方法的要点是“拿出证据来”，即“什么东西都要拿证据”。据胡适的解释，大陆最怕的是他这个科学方法，清算他的目的就是要消除这个方法所造成的“流毒”。因为长期以来，胡适总是对学生说，他考证《红楼梦》、《水浒传》，就是要借这种人人掌握的小说材料提倡一种科学方法，教年轻人掌握这种方法，等于孙行者身上有三根救命毫毛，保证他们不受任何人欺骗。什么东西都要拿证据来，大胆地假设，小心地求证。这种方法可以打倒一切教条主义、盲从主义，不被人“牵着鼻子走”。胡适这里强调什么都要讲究证据，是正确的。大陆在批判他时，连这一点都加以否认，这正是教条主义和盲从主义的表现。
　　
　　对蒋介石要胡适把“中央研究院”办成“反共抗俄”的阵地一事，他也委婉地作出回应：“我个人认为，我们学术界和‘中央研究院’挑起‘反共复国’的任务，我们做的工作还是在学术上，我们要提倡学术。”胡适郑重声明：“我的话并不是反驳‘总统’，‘总统’对我个人颇有偏私，说的话我实在不敢当。我觉得我们的任务，还是应该走学术的路。”暗指不走蒋介石所指定的政治之路。胡适不愿意政治主宰学术，把众多院士捆绑在国民党的政治战车上，一再强调独立发展学术，建立独立的学术环境，表现了他作为最高学术机构一院之长的学术良心。
　　
　　胡适不仅自己在学术上独树一帜，而且在做学术领导工作方面，也显出很高的才能。他痛感人才流失严重：出去深造的学生中，百分之九十五不愿回来服务。在中国香港、新加坡各地大学，也争相向台湾各大专院校高价竞聘教授。为了改变这种状况，胡适草拟了十一条措施加以补救，其中有拨专款、设立“研究补助费”、所有研究机构的学术刊物经费由政府承担等项。几经力争，“行政院”在核准这笔预算时，还是压缩了一大半。
　　
　　无论是学术威望还是领导才能，胡适均有巨大的号召力。台湾文化界在胡适所标举的科技振兴工程的感召下，个个雄心勃勃。胡适也果然不负众望，他在海内外积极搜罗各种人才，并为年轻一代新任院士耗尽心血。举凡申请经费乃至会务安排，他都要亲自过问。他最大的目标是把“中央研究院”办成普林斯顿研究院那样有国际声望的学术机构。
　　
　　为了实现这一计划，胡适从上到下、从内到外，对“中央研究院”实行了一系列改革。他从小事做起，以身作则作出示范：按照傅斯年在研究院留下的好习惯，不准研究人员在研究院宿舍打麻将，并把喜爱打麻将的胡夫人安排在别的地方打。他对研究院发的充满官腔官调的文件很不满。他说：“这班院士是我的老朋友，我想在稿子上添上‘吾兄’两字，却无法添入。他们都是学术界的人士，也看不惯这样的公文。这样的公文连一点人情味也没有，而且我们的‘中央研究院’不是机关，应尽量避免用公文。”在胡适的指示下，院部文件多用私函发出，并由他亲自签署。他还提醒下属凡用他的名字签发的普通回信，不要用衙门气十足的“胡院长”，而改称“胡适之先生”。他这种不是党办院而是同仁办院和自由主义思想办院的作风，体现了一种在学术面前人人平等的精神，有利于防止政治入侵学术和沟通上下级之间的关系，使学术研究不受任何外界干扰得到健康发展。
　　
　　作为一位自由主义者，胡适的用人标准不是政治第一，而是学问第一。研究院数学研究所有一位出类拔萃的研究人员刘登胜，1960年赴美深造时，因其父反对现政权而被国民党镇压，“台湾警备司令部”不许这位有问题的儿子出境。胡适得知这一消息后，亲自向陈诚写信，要求实行“罪人不孥”的法意，“不可因为父亲犯罪而剥夺他的儿子出国进修的难得机会”。另有一青年数学家项武忠获美国普林斯顿大学研究所每年三百美元的奖学金，另有两千四百美元的银行存款作保证金，可美方认为此人财力不足，不能赴美。胡适闻此消息后，亲自为其作担保，使项武忠顺利实现赴美深造的美梦。胡适如此爱惜人才和提拔后进，不怕花自己的时间为他人作嫁衣，使台湾学术界许多人都称赞他办事秉公和不拘一格降人才的作风。