当时马衡亲力亲为监督文物装箱工作，非常仔细，每件文物都要登记，哪里有损坏也要注明，全部清点好了，封条贴上。1933 年2 月5 日夜间，第一批文物用小推车悄悄推到前门火车站，装了18 车皮。文物最先运送到上海租界。1934 年1月，马衡正式主持工作，他上任同时开始清点平、沪文物，编印了“存沪文物点查清册”，确保没有疏漏。

1937 年，“七七”事变爆发，抗战全面开始，马衡意识到上海也将很快遭到侵略，这么多文物落入日寇手中，后果不堪设想，国宝面临着再次西迁的任务。故宫博物院的文物几经周折，分批西迁，八年来国宝没一件遗失，无一被盗和损坏，全部安然无恙。

抗战胜利后，存放于西南各地的文物重聚重庆，然后运往南京。在战火纷飞、烽烟遍地之际，马衡带领着故宫博物院的同仁在艰难辗转中竭尽全力保护故宫博物院的文物，可谓劳苦功高，功勋至伟。

在解放战争胜利前夕，国民党看大势已去，便开始筹划迁台事宜，故宫博物院的文物自然在重点计划之列。国民党当局将存放于南京分院还未及北运的故宫文物运往台湾后，又命令马衡将故宫博物院的文物南迁。马衡以种种理由搪塞拒绝，最终使得故宫博物院的文物得以留在大陆。

故宫博物院现任院长郑欣淼在评价马衡时说：

马衡先生在故宫博物院服务了27年，其中19 年担任院长之职。这19年中，又多值战争年代，烽烟遍地，故宫文物南迁、西运，以及新旧政权的交替等。马衡先生终生以保护故宫文物为职志，他为保护中华民族珍贵的文化遗产的劳苦与功绩，永载青史。马衡又是著名的学者，金石学大师，中国近代考古学和博物馆事业的开拓者。古人云：“太上有立德，其次有立功，其次有立言。”此乃人生之“三不朽”。人生在世求之其一已属不易，而马衡先生在德行、功业、著书立说三个方面都有所“立”，都令我们永远感念。

新中国成立后，马衡继续担任故宫博物院院长一职。1951 年，故宫对建院以来的旧体制改革，工作相当繁重，马衡的精神却很足，并且开始收购大量珍宝，其中著名的“三希堂法帖”中的“中秋”和“伯远”二帖，就是马衡和王冶秋一起去香港鉴定收回的。

然而，就是这样一位名留青史的文物专家，虔诚的故宫守护者，也未能躲开“三反”“五反”运动的浩劫。1952 年，“三反”运动把马衡和故宫一批干部打下台，开始了没完没了的审查交代。在那些不懂得文物文化的工作队员眼中，马衡在故宫30多年，守着如此巨大的宝藏库，不会没有贪污盗窃的隐情。

他们却不明白，在这些挚爱文物的文化人眼中，对千年文物的崇敬以及对学术之路的探究都远远超越了对财富的占有。

王世襄作为马衡的得力助手，理所当然地成为“打虎英雄”们重点突破对象，他们妄图从王世襄的嘴里套出有关院长马衡的盗宝证据。王世襄无可奉告，这又让那些工作队员们恼羞成怒，变本加厉地开始折磨王世襄。

工作队在王世襄这里找不到任何突破口，便对其他人施以重刑，期望能从中得到一些关于“马衡院长贪污偷盗故宫”的罪行，当时有的干部甚至被吊起来殴打。终于有人受不了，乱说一气，马衡因此被解职，调任北京文物委员会任主任委员。几年后，马衡患肝癌郁郁而终，可以说，他的死与遭受到的冤屈不无关系。

王世襄以及故宫博物院的工作人员在东岳庙被关了四个多月之后，宣布解散。

大多数人都返回故宫博物院工作，包括有偷盗行为的，承认了会被视为坦白从宽的典范，继续留在故宫工作，当然，也有一些屈打成招，明明没有偷盗，却不得不承认的。只有王世襄一件也交代不出来。王世襄预感情况不妙，却不曾想会遭遇牢狱之灾。

从东岳庙回家两天后，派出所来人将王世襄带走，刚进派出所便被戴上手铐，押送前门内路东公安局，开始了铁窗生涯。