开始时，犹太人在帝国人很受欢迎，和其他民族一样享受着相同的宽容政策。公元前161年左右，在遭到叙利亚国王安泰阿克斯四世的猛烈攻击时，犹太人转向罗马人寻求帮助。罗马帝国非常渴望削弱叙利亚的实力，于是皇室便发表声明与犹太人交好。在以后的几个世纪中，双方的关系进一步得以巩固。尤利乌斯?凯撒允许犹太人崇拜自己的神灵，并给予他们法律自治权。为了表示感谢，犹太人为凯撒提供军事支持。在凯撒被暗杀后，罗马犹太人一次又一次地到他的火葬焚化地哀悼。
　　
　　恺撒的继任者奥古斯丁也给予了犹太人优惠政策，甚至破例指示罗马政府的征粮和税赋分配不得干扰犹太人的安息日活动。亚历山大港的犹太哲学家斐洛（Philo）曾经非常热烈地赞扬奥古斯丁的宽容政策：
　　
　　奥古斯塔斯知道，台伯河一侧的罗马城地区居住着大量的犹太人。很多人是自由民，现在已经成了罗马公民……他没有因为犹太人坚持自己的犹太人身份而禁止犹太人进入罗马或者剥夺他们的罗马公民身份。他没有强迫他们抛弃自己的礼拜之所，或者阻止他们集会或者接受法律帮助……他非常真诚地尊重我们的利益，在几乎全部王室的支持下，为我们修复神庙提供了极大帮助。他还许诺，自己出资每天向最高神供奉更多全牲燔祭。
　　
　　但是，在这件事上，其他皇帝远远没有奥古斯塔斯做得这样好。哈德良禁止他们实行割礼，禁止实行犹太法律。卡里古拉（Caligula）强迫亚历山大港的犹太人吃猪肉。这些挑衅行为和长期的关于耶路撒冷的冲突引发了犹太人三次大的起义。第一次发生在公元66年至73年，提图斯皇帝（Titus）捣毁了耶路撒冷的犹太寺庙，然后在公元115年和131年，由于犹太人抵抗压迫性法律，并有大量希腊人和其他民族的人涌入他们的聚居区，便再次发生了同样的事情。这些起义导致了罗马和犹太人双方大规模的流血悲剧。
　　
　　有些历史学家认为，罗马人和犹太人之间的冲突在本质上主要出于政治原因。还有一些人认为是宗教和文化因素。无论如何，犹太人的运气发生了巨大变化，常常与在位皇帝的政策发生冲突。
　　
　　基督教也对罗马的宽容政策造成了挑战。和犹太人一样，基督徒拒绝接受罗马的各种神灵，拒绝发誓效忠皇帝。但是，当犹太人被罗马军团征服时他们的“古老宗教”得到了认可，所以以上这些要求不适用于犹太人。但是，基督教则是一个“新宗教”，而且信众在整个帝国范围内不断增加，它也没有犹太人享有的特权，所以如果他们违抗了罗马人的权威，罗马人就会对他们的宗教下手。
　　
　　结果，在早期的基督教徒和本地罗马官员之间时有冲突。基督徒也遭到了犹太人的仇视，他们认为基督徒是异教徒。但是，从实际情况来看，鼎盛帝国时期的基督徒基本上没有受到什么伤害。正如吉本所说：“由于某些王子的漠视和纵容，基督教虽然没有获得完全合法的地位，但是基本上获得了公众的认可，也被他们信奉的宗教所包容。”