因而，在劝说无效的情况下，傅斯年火气大发，索性将鲁迅晾在一边。同时傅斯年说服朱家骅和顾孟余并得到支持，于1927年3月不顾鲁迅的强烈反对，硬是把顾颉刚请进了中山大学校园。鲁迅一看这情形，顿觉失了面子，同时深感自己在中山大学真的是大势已去，于是立即向校方提出辞职并移居白云楼以示要挟。傅斯年一看鲁迅果真以大腕的姿态摆起谱来，甚为恼怒，心想人人言说江南多才子，但不要忘记天下所有的才子都是孔家老二的徒子徒孙，自己不但“尚是中原人物”，还是齐鲁人氏，当是正宗的圣人之后。面对江南才子或曰“绍兴师爷”如此撒娇施横，身为圣人之后的梁山好汉又何惧哉？于是，傅斯年也“以其人之道”当场向朱家骅提出撂挑子甩手走人，中大的事从此不再过问。顾颉刚面对这般险恶的局势，自然不能不有所表示，同样宣布辞职走人，不再于这堆烂泥里插杠子搅和。校方见事情纷乱，左右为难，索性来个和稀泥的办法，让学生开会自行选择，哪一位该走该留，全由学生决断。想不到学生们开会后认为三人均是不可多得的重量级学界大腕儿，一个都不能少。眼见和稀泥的策略落空，主持校务的朱家骅只好硬着头皮出面调停并表示“挽留”，同时想出调和的办法，委派顾颉刚到江浙一带为学校图书馆购置图书以示让步。鲁迅仍然火气十足，不依不饶，声言鲁、顾决不两立，非此即彼，无半点调和的余地。在写给友人的信中，鲁迅愤愤地道：“我到此只三月，竟做了一个大傀儡傅斯年我初见，先前竟想不到是这样的人，当红鼻到此时，我便走了；而傅大写其信给我，说他已有补救法，即使鼻赴京买书，不在校现在他们还在挽留我，当然无效，我是不走回头路的。”【16】

双方经过一番混战，鲁迅去意已决，于1927年4月21日辞职离校，携恋人许广平赴上海开始了公开同居生活。

鲁迅满含悲愤地走了，顾颉刚最终留了下来。

1927年10月，顾氏结束了出外购书的工作重返中山大学，出任历史系教授、主任，兼任图书馆中文部主任，主持整理他新近购回的12万册图书，一时大有虎啸山林，龙潜深渊之感。顾氏“念鲁迅攻击我时他们帮助我的好意”【17】，与朱家骅、傅斯年配合默契，一面教学一面继续做自己的研究，同时开辟了民俗学研究等新领域。不久，傅斯年与顾颉刚在中山大学共同创建语言历史研究所，出版研究所《周刊》，购置图书资料，招收研究生，确定了研究宗旨。按傅斯年的说法，现代的历史学、语言学与传统的学术有根本的区别，如果使用新方法，研究新材料，就可以把语言历史学建设得如同生物学、地质学一样，成为一门新的学科。

在此前的5月9日，国民党中央政治会议决定设立中央研究院筹备处，隶属于中华民国大学院。其时蔡元培已从欧洲考察归国，正式辞去北大校长职（蒋梦麟继任），出任国民政府大学院院长。在蔡氏和中央研究院筹备处总干事杨杏佛的筹划下，聘请了筹备委员30余人，傅斯年、顾颉刚均在其内。但这时的中央研究院只设了与国计民生有直接、紧迫关系的理化实业、社会科学、地质、观象等四个研究所。聘请的筹备委员有胡适（社科）、李济（地质）、傅斯年（心理学）等，当时既无历史学、语言学或考古学的研究所，更无“历史语言研究所”的立项打算。但霸气十足，“目空天下士”的傅斯年经过一番权衡认为，既然是中央研究院，就应该有文史方面的学科加入，否则将有失偏颇，于是开始召集“一部分热心文史学的先进”，以“历史语言研究的特别重要，现代的历史学与语言学科是科学”等说词，凭着北大时代与蔡元培校长结下的良好关系，对蔡氏与杨杏佛等几位决策人物展开游说攻势，【18】声称可“借用在广州语言历史研究所已成就及将建设者，以成中央研究院之语言历史研究所”云云。【19】傅斯年毕竟是傅斯年，以他特殊的魅力和超人的智能加霸气，终于迫使蔡元培与杨杏佛就范，“无中生有”【20】地又繁衍出一个社会科学方面的研究所。正如傅自己所言：“这一努力显然是很快地成功了。”【21】

1928年3月底，中央研究院筹备委员会一致通过，“因历史语言研究之重要，决设历史语言研究所于广州，委任傅斯年与顾颉刚、杨振声为常务筹备委员”【22】，以傅斯年为掌门人。如此顺利地取得成功，令神通广大的胡适都感到有些意外，因而戏称傅氏“狡兔二窟”。【23】

1928年4月，国民政府决定改中华民国大学院中央研究院为国立中央研究院，成一独立研究机关，任命蔡元培为中央研究院院长，杨杏佛任总干事。下设各研究所及首任所长如下：地质所李四光，天文所高鲁，气象所竺可桢，物理所丁燮林（后改为丁西林），化学所王进，工程所周仁，社会科学所杨端六。

1928年10月14日，中央研究院历史语言研究所正式宣告成立，所址设在广州东山柏园。与此同时，傅斯年辞去中山大学教职，应聘出任历史语言研究所所长，从此迎来了“开辟史学新天地”的伟大时代。

也就在这个时候，傅斯年与顾颉刚的缘分已尽，二人关系开始出现裂痕与冲突。