傅、顾二人的矛盾表面上没有特殊的标志性事件供后人评断，据顾颉刚的女儿顾潮说，主要原因是两人的性格、志向不同。顾与傅在北大同窗时，谈及各人的理想与志向，顾谓最强者乃知识欲，傅谓最强者乃政治欲。两人都有刚强的性格，傅斯年博学多才，极具办事才干，甚欲在学术界成为领袖人物，做出一番轰轰烈烈的大事业。但他脾气暴躁，霸气十足，在各个方面想把顾氏压服，听命自己的调遣。而顾颉刚则倾心自己的学问，生性倔犟，不吃傅斯年那一套，曾声言“只能做自己愿意做的事情而不能听从任何人的指挥的”【24】。于是二人关系越来越僵，终于酿成了不能合作之局。按台湾学者杜正胜的说法，傅与顾的最终决裂，可能有个性因素，可能也有“瑜亮情结”，但更重要的恐怕还是两人对学术发展方向的歧异。【25】傅斯年之所以在柏林留学的最后阶段决定“弄史学”，就是深受顾颉刚搞《古史辨》并暴得大名的刺激。此前罗家伦、姚从吾曾对傅戏言道：“以他（南按：指顾颉刚）所据的地位在中央的原故，终不能不臣于他。”【26】正是傅不愿向顾“称臣”，遂下决心要跳出“顾氏王国”的阴影，“动手动脚找材料”，以新的科学研究方法“开辟史学的新天地”。这个想法早在他乘船归国，于大洋中漂行时便形成了。对此，顾颉刚也有些察觉，并谓：“傅在欧久，甚欲步法国汉学之后尘，且与之角胜，故其旨在提高。”【27】顾氏的感觉是符合傅斯年当时的内心和实际情形的。

当傅氏从欧洲归国时，他自许自己的学术境界已超越了顾颉刚，对于传统学术更不在话下。此时的傅斯年心中只有一个目标要克服和超越，那就是欧洲的“汉学”。正如1928年傅给胡适信中报告史语所“业已筹备”时所说：“实斯年等实现理想之奋斗，为中国而豪外国，必黾勉匍匐以赴之。现在不吹，我等自信两年之后，必有可观。”【28】如此高远的理想与志向，自然就注定了傅斯年与顾颉刚的联合是暂时的，而决裂与开打才是二人不可避免的宿命。

1928年春，心情郁闷的顾颉刚正好收到了燕京大学的聘书，便以学问做不下去，想换个环境为由，向中山大学校方提出辞职，要到别处去寻找一个“把所有的时间供我从容地研究” 【29】的地方。傅斯年一看这番阵势，认为顾颉刚不识抬举，故意拆自己的台，给自己难看，盛怒之下竟扬起自己特有的“大炮”性格，责备顾颉刚“忘恩负义”【30】，放出了“你若脱离中大，我便到处毁坏你，使得你无处去”【31】之类失态和伤感情的话语炮弹。顾颉刚闻听，既愤怒又伤心，心想你傅斯年虽是一学界大鳄，具有呼风唤雨的超凡天才，但霸气再大，能力再强，毕竟不能一手遮天，傅氏不是如来佛，自己也不是孙悟空，你越叫喊着让我无处可去，我偏一个跟头跳出你的手掌心，找个去处给你看看。顾颉刚想到此处，遂坚定了离去的决心，并深信“如果能够成我理想中之作品，一定抵得过种种毁坏的损失”【32】。恰在此时，顾收到了中央研究院寄来的聘书，请他与傅斯年、杨振声共同筹备历史语言研究所。顾认为在研究所可做些自己乐意做的学问，乃辞掉燕大之聘，暂时留下以观后效。但这时的顾颉刚产生了一个错觉，他认为既然自己成为筹备中央研究院历史语言研究所三名委员之一，或许能控制该所的方向与命运，一旦自己掌控了这个研究所的前途，自然是不屑与傅斯年这个“二杆子”式人物共事的，但看在傅氏为此奔波忙碌，整日拖着肥胖的身子气喘吁吁、大汗淋漓的分儿上，索性划一块地盘让其独自经营，以示报答，而作为史语所的大本营则由自己，另外再拉上一个胡适共同掌控。

胡适自从1926年7月以英庚款委员会委员的身份赴欧洲考察后，于第二年5月方从美国、日本转道回上海定居，直到三年半之后，即1930年11月28日才重返北伐成功后的北平，重执北大教鞭。