此时，杨振声因感到与傅的性格和顾颉刚的做学问理念有异，同时又觉得两姑之间难为妇，已弃广州到清华任教。傅信中“其词若有憾”，显然是有道歉之意，二人后来一直作为朋友相处。但后面所说的怕“为人吞了”，当是指顾颉刚无疑。所谓“满着”等语，自然包括顾给胡适密信中所说的要在北平办所之隐情，可见傅对顾的忌恨之心一直萦绕于心头。既然双方都有了如此之异心，只有分道扬镳的结局。顾决定退出史语所，把挑子扔给傅斯年。当中研院史语所正式宣告成立时，顾颉刚没有出席成立大会。这次事件，宣告了傅、顾之间同窗之谊与十几年密友关系的破裂。

1929年2月，顾颉刚趁戴季陶、朱家骅不在校之机，携眷悄然离开广州返回北平。同年7月28日，顾分别致信戴、朱二人，正式辞却中山大学教职，谓：“在薪金上，在地位上，我在燕大所居都比中大为低，但是我本不计较这些，我所计较者只在生活上安静与学问进步。燕大既在北平乡间，甚为僻静，又一星期只有三小时功课，不担任事务，我可以依我六年前所定的计划，将应读的书读着，应研究的学问研究者。我无所爱于燕京大学，我所爱的是自己的学业。”【41】同年9月，顾终于应燕京大学之聘，出任历史系教授、国学研究所导师及学术会议委员。10月31日，顾颉刚致书中山大学文史两系同学，表达其恋恋不舍之情。同时对广东人“有信仰、肯干、肯吃苦”的精神给予了高度赞扬，认为：“这是无论做什么事情的基本条件，而不幸长江黄河两流域的人都缺少了它，使得具有这种精神的我在这敷衍因循的社会中成了一个特殊的人，旁人都笑我，而我则以之自傲。但到了广东以后，我就觉得此道不孤，我明白广东人的势力所以远被的缘故，我祝颂广东能成为将来的文化中心。”信中，顾颉刚对自己离开广东另择燕大作了诚挚的解释：“这个学校固然是教会立的，但因设在北平，吸着文化中心的空气，故思想比较自由。他们与哈佛大学合办的国学研究所，经费更为稳固。又有前辈先生主持，用不着我去担负事务的责任。”【42】自此，顾颉刚彻底脱离了中大，中大失去了顾颉刚。而傅、顾二人天南地北，时聚时散，却是咫尺天涯，互不提携，终生再也没有一起共事。后来，傅斯年接替胡适在北大办文科研究所，曾想与顾颉刚重续旧缘，聘顾氏为北大研究所教授，但顾表示坚决不重做冯妇，再为傅氏驱使，以免遭到压迫与征服的耻辱。傅斯年因失了面子甚觉恼火，再度暴跳起来，并写信挖苦顾颉刚：“燕京有何可恋，岂先为亡国之准备乎？”顾颉刚阅信后则漠然置之，在日记上反讽曰：“我入燕京为功为罪，百年之后自有公评，不必辩也。中国学校聘外国教员亦多，岂此外国教员亦为作亡国之准备乎？”【43】

顾颉刚出走后，作为中央研究院史语所所长的傅斯年，开始以他的霸气与超人的办事才能，四处网罗人才，并把目光投向了清华国学研究院陈寅恪、赵元任两位导师身上。