因为最高领导人新老交替在即，作为即将接任最高领导人职位的人的老师，高拱进入内阁，势所必然。徐阶稍微提前一点行动，自然可以示恩于高拱。
　　
　　但是，徐阶的如意算盘落空了。高拱并未因徐阶有举荐之恩就甘心当他的马仔儿，于是，不久他和徐阶的矛盾就公开爆发，仅仅一年时间，高拱被徐阶用计驱逐。
　　
　　又过了近三年，在张居正的斡旋下，高拱复出。隆庆五年，李春芳下台，高拱接任首相。
　　
　　实际上高拱在内阁的时间，还不到四年，担任首相也才仅仅一年。但是，他初步开创了一个新局面，如果有机会，说不定他会带领我们这个古老的帝国，不期然迈出实质性的一步！
　　
　　为什么这么说呢？用大历史的视角分析一下就知道了。
　　
　　高拱是主张思想解放，与时俱进的。一位叫牟钟鉴的学者研究了高拱的大量著作后说：“高拱不仅是一位能干的有谋略的政治家，而且也是一位博学精虑的思想家，这是徐阶和张居正都不及的。”研究张居正并对他评价甚高的专家韦先生由衷地说，他对牟先生的“此一论断，深有同感。”
　　
　　那么，作为思想家的高拱，他的主张是什么呢？韦先生说，高拱“对宋明理学采取旗帜鲜明的批判立场”。要知道，宋明理学，是当时的官方也是主流意识形态，就其地位言，差不多相当于我们今天所说的马克思主义毛泽东思想。所以他的理论勇气和思想解放程度，由此可见一斑了。
　　
　　高拱有一句话，最能够反映他的与时俱进思想：“法以时迁，则更法以趋时”！
　　
　　高拱是主张改革的。韦先生概括说，高拱“主张变制，坚持通过变法以求治。”而他的改革思想，就其内涵或者说走向来说，清末以前的传统社会的所有改革家都达不到，这就是“公开性”和制度建设。
　　
　　就以干部制度来说，在他短暂的任内，对干部制度改革的力度是很大的。而其主导思想就是“公开”。 高拱认为“至公”是真理，“公”才立得住，经得起历史检验。而要“公”，就要“开”，即不能暗箱操作。比如，过去，吏部任用干部，只是部长和司长私下研究敲定，十分隐秘。高拱说，这样做，“不过欲行其私耳。吾改其是。”于是，每当需要任命干部，就命人当众打开所有名单，大家发表意见，就是部长本人“欲有所私而不能”。 而且，凡是职位空缺的，都要在机关外面公告之，使大家都看到，以广泛推荐并监督补缺人选。
　　
　　高拱还特别注重制度化，在他主政的吏部，短时间内便出台了一系列的制度。
　　
　　高拱是主张开放的。在高拱主政的短暂时期里，就打破了禁海政策，造船只、开海运。这是很不容易的。 因为，开海运，就和闭关锁国的基本国策相抵触了。保守派、既得利益者和理想主义者，都对高拱的主张予以抵制。他们说开海运风险太大，如果海运能够搞，祖宗都是傻瓜吗，他们为什么不搞？
　　
　　张居正就是其中的代表人物之一。针对高拱强力推行开海运的做法，他给朋友写信说，“仆犹虑（我还担心）海禁一驰，他日更有可忧者”。张居正忧什么呢？那就是担忧闭关锁国的国策被打破！
　　
　　这不是杞人忧天。
　　
　　高拱实际上有这样的主张。不仅要开海运，还要开国门，实行海外贸易！他清楚地说过，东南沿海倭寇之患，实际上真正的日本人不多，绝大多数的所谓倭寇都是中国的海商，被海禁政策所逼迫，只能“连结远夷，向导以入”。如果允许商人自由开展对外贸易，那么一方面繁荣工商，另一方面也是肃清倭患的治本之策。
　　
　　专家韦先生也认为，按照开海运的政策运行下去，必然带来对外贸易的繁荣，那整个局面都有可能焕然一新。
　　
　　想想看，要是高拱的这个主张得以贯彻，会是什么局面？
　　
　　据历史学家的研究，正是15－16世纪（恰就包含了高拱、张居正时代）西方的航海活动，拉开了现代历史的大幕！正是海运的大开，最终促使西方封建主义向资本主义的转化！而当时的中国，造船的技术、造船业的发达、航海技术和实践，都是西欧所难以比拟的。
　　
　　不仅如此，中国沿海的民间航海、贸易的积极性很高，其机制也与同时代西欧有相似之处。唯一的差别就是当局的政策。高拱就是要打破这个政策。
　　
　　不过，张居正执政后，立即又推翻了这个政策。
　　
　　除此之外，包括结束与当时北方的异族长达百余年的战争状态，实现“互市”即双方贸易往来，也是高拱冒着很大的政治风险，极力促成的。
　　
　　这两点，都是在当时条件下，高拱开放思想和政策的具体体现。