五月二十六日，明智光秀返回自己的居城丹波龟山城，两天后，明智光秀前往爱宕山的神社祈祷战争胜利，然后在寺中和连歌师里村绍巴等连歌唱和，明智光秀写出了一句意味深长的话：“ときは今 天が下知る 五月哉。”这个可以翻译为：五月的天下着蒙蒙的雨。然而，这里的第一二个字“とき”正好是“土岐”的发音，“知”与“治”也同音。明智光秀据说出身美浓土岐氏，因此，该句如果不看文字，也可以理解为：“土岐は今 天（あめ）が下（した）治る（しる） 五月哉”（“土岐氏就在现在的五月间夺取天下！”）。在整个连歌中，光秀神思凝重，若有所思，甚至把粽子连粽叶囫囵吞了下去。第二天，即二十九日，信长从安土城出发前往京都，德川家康也离开安土前往日本的商业中心--。六月一日，信长抵达京都，在本能寺居住。

本能寺位于今天京都府的中京区，是一座法华宗寺庙。这座建于1415年的古老庙宇并不大，也没有什么壕沟等防御设施。不过在京都，信长的确可以放心地住在庙宇里。信长兴致颇好，还招来了本因坊算砂和鹿塩利玄下围棋。明治三十七年（1904）初版的《坐隐谈丛》这样记述这场棋局：“棋势变幻，妙手迭出，最后出现了‘三劫’”。所谓“三劫局”又叫“三劫连环”，在围棋对局中同时存在三个有关胜负的劫争，如果双方互不相让，只好握手言和。据说当时，满座皆惊，认为这肯定是不祥之兆。

同日下午，明智光秀召集家臣和士兵，要求家臣订立誓约。然后宣布：信长要在京都检阅明智家的军队。于是，明智家的军队秘密赶往京都，许多士兵甚至认为他们的目标是正在织田家访问的德川家康。他们人衔枚马裹足，分三路偷偷靠近京都。到达京都附近的桂川时，明智光秀终于下达了他此行的目的：“殿下即将成为天下人！”他用嘹亮的声音喊出了一句惊天动地改变历史的口号：“敌在本能寺！”

六月二日凌晨，本能寺响起了枪声，信长被喧闹声吵醒，下令小姓森兰丸查看是何人作乱。森兰丸的回报让信长大为惊异：“橘梗旗，是惟任日向守的军队。”信长的小姓出战，全部阵亡。信长和亲信森兰丸、森力丸等人随后出现，信长先用弓箭，然后用枪抵抗，但寡不敌众，手腕中弹，被迫退回室内。据说信长在室内切腹并放火烧寺，由于火势太大，信长的尸体也下落不明。

身处不远处妙觉寺中的信长继承人织田信忠闻讯立刻退进二条御所，和村井贞胜组织抵抗。信忠给明智军造成了很大的麻烦，但也因为寡不敌众而被迫自杀，村井贞胜父子也一并殉难。

对于这场改变日本史的政变，历来猜测颇多，有人认为，朝廷曾经请信长在太政大臣、关白和大将军三个职务中挑选一个，但信长拒绝了。疑虑重重的朝廷摸不清信长的意图，认为他可能有篡位的企望，于是暗中指派光秀发动了本能寺之变。也有人把这个屎盆子扣到了本能寺之变以后行踪诡异的羽柴秀吉和德川家康头上。羽柴秀吉在事变前把信长请了出来，直接导致事变的结局，在事变后又以匪夷所思的速度回到京都，所以就有人认为秀吉早知道事变的结果，才会有这样的举动；后者则在事变后绕路逃回三河，很快抢了织田的地盘，让人对他所扮演的角色颇多怀疑。当然，还有人认为幕后黑手是千利休、织田家臣团等等。人人都提出自己的观点，然而，事变的主人公明智光秀却在事变以后不到半个月内就下落不明，本能寺之变的背后故事，也只能付之阙如了。

笔者云：信长盖世英雄，于日本近世之军制、政制、兵法、经济等多有所创见。其于领地之中，推行“乐市乐坐”，取消通行税，鼓励商业，亦于西方文明多有引进。日本经战国之乱。得有信长将乱世之成果总结发扬，后经丰臣、德川，遂定日本近世之基础。信长实为日本统一之奠基人物，影响之大，为同时期之人所不及。