这就是他“思想自由，兼容并包”办学方针的最佳体现。叶曙明说蔡元培的“兼容并包”方针源之于“安那其”（无政府主义）思想；蒋梦麟则说是源于儒家的“道并行而不相悖，万物并育而不相害”。都有一定道理。尽管蔡元培是较坚定的无政府主义者，却并不妨碍他对儒家思想中某些成分的“兼容”，而他对儒家或一思想的“兼容”也不会动摇他的“反孔”立场。

梁漱溟没有上过大学，仅凭一篇说佛的妙文被蔡元培看中就执意要请他到北大任教授，教《东西文化及其哲学》。他将切身体会升华到哲理层次来看蔡元培的“兼容并包”，他说：

蔡先生除了他意识到办大学需要如此之外，更要紧的乃在他天性上具有多方面的爱好，极广博的兴趣。意识到此一需要，而后兼容并包,不免是人为的(伪的)；天性上喜欢如此,方是自然的(真的)。有意的兼容并包是可学的，出于性情之自然是不可学的。有意兼容并包,不一定兼容并包的了；唯出于真爱好,而后人家乃乐于为他所包容，而后尽管复杂却维系得住。--这方是真器局，真度量。梁漱溟：《纪念蔡元培先生》，《忆往谈旧录》第89页，北京：中国文史出版社1987年版。

1915年就进北大哲学门学习的冯友兰，从学生角度将蔡元培长北大的魅力概括为两端：

一个是春风化雨，一个是兼容并包。依我的经验，兼容并包并不算难，春风化雨可真是太难了。春风化雨是从教育者本人的精神境界发出来的作用。

冯氏进而说：“春风化雨”乃不言之教，“不言之教比什么言都有效”。1918年他因一份证明书，直接去找过蔡校长。目睹“蔡先生以校长之尊，不要校长排场，也不摆校长架子。他一个人坐在校长室里，仍然是一介寒儒，书生本色，办事从容不迫，虽在事务之中，而有超乎事务，萧然物外的气象，这是一种很高的精神境界。蔡先生在几分钟不但解决了我的问题，也把我引到了这个境界的大门口。”冯友兰：《我所认识的蔡孑民先生》，见陈平原、郑勇编《追忆蔡元培》第168页，北京：中国广播电视出版社1997年版。

梁、冯二位更多着眼于蔡元培的人格魅力，而作为一校之长的蔡元培无疑还有制度层面上的建树，令他治下的北大有章可循。梁漱溟说蔡元培好比汉高祖，不必亲自出征却有群雄与之共图大业。去掉皇权意识，庶几近之。叶曙明说，蔡元培在北大实行的是“虚君共和”制。叶曙明：《重返五四现场》第86页。如果“君”仅比拟为学校最高行政首脑，亦庶几近之。

实行“虚君共和”制，关键在“虚君”，即限制与削弱“君”的权力。蔡元培在北大组织了个“进德会”。“进德会”有戒律：

甲种会员：不嫖、不赌、不娶妾。

乙种会员：于前三戒外，加不作官吏，不作议员二戒。

丙种会员：于前五戒外，又加不吸烟、不饮酒、不食肉三戒。

进德会“不咎既往”，“惟入会以后，于所认定之戒律有犯者，罚之”，“并举纠察员若干人执行之”。

“进德会”不是由蔡元培原创，而是由吴稚晖、李石曾、汪精卫等于1912年率先在上海发起的。蔡元培曾在南洋公学同学会、译学馆校友会提议而未实行，今则“试之于此二千人之社会”。蔡元培解释：“会中戒律，如嫖、赌、娶妾三事，无中外，无新旧，莫不认不德，悬为厉禁，谁曰不然。官吏、议员二戒，在普通社会或以为疑，而大学则当然有此（法科毕业生例外）。”蔡元培：《北大进德会旨趣书》，《北京大学日刊》第49号（1918年1月19日）。

蔡元培振臂一呼，应者云集。1918年5月28日，北大进德会成立，会员461人（其中教员70余人，职员90余人，学生300余人）。陈独秀、李大钊等甲种会员332人，蔡元培等乙种会员105人，丙种会员也有24人。蔡元培以212票、陈独秀152票、章士钊111票、王宠惠81票、沈尹默和刘师培31票被选为进德会评议员；李大钊以61票被选为进德会纠察员。蔡元培为会长。

蔡元培在北大试行此近似宗教组织形式的进德会，旨在扭转老北大腐败空气。但律人者先律己，蔡元培甲种戒律不在话下，因而他自觉充当乙种会员，不作官吏，不作议员。他以前清翰林、前民国教育总长的身份来当北大校长，却从不将此“校长”视为官吏，因而他“不要校长排场，也不摆校长架子”，“仍然是一介寒儒，书生本色”，始终未成为“教育官僚”。试问今日域中还能找到这等模样的大学校长么？

有“虚君”的前提，才能实行“共和”。蔡元培时代北大的“共和”制，就是他建立“教授合议制”--教授评议会。

评议会是校内的“立法机构”，地位与“国会”相类似（叶曙明语）。1918年颁布的《国立北京大学评议会规则》规定，评议会的职权范围：甲、各学科之设立与废止；乙、讲座之种类；丙、大学内部规则；丁、关于学生风纪事项；戊、审查大学生成绩及请授学位者之合格与否；己、教育总长及校长咨询事件；庚、凡关于高等教育事项将建议于教育总长者，皆由评议会讨论决定。

评议会是北大首创的。“凡是学校的大事，都得经过评议会”，哲学系教授马叙伦说，“尤其是聘任教授和预算两项。聘任教授有一个聘任委员会，经过委员会审查，评议会通过，校长也无法干涉。教授治校的精神就在这里。表面看来，校长只有‘无为而治’，什么权力好像都被剥削了，但是，北大在连续几年风波动荡里面，能够不被吞没，全靠了他，后来北京师大也仿行。”马叙伦：《我在六十岁以前》，生活书店1947年版。

每个学科又设有教授会。所有教员，无论其为研究科、本科、预科的教授、讲师、外国教员，都为会员。本部教授会负责讨论议决关于改善本部教授方法、本部教科书之采择事宜。本部学科之增设及废止、应用书籍及仪器之添置，亦须由本部教授会参与讨论决定。

至于评议会是出于胡适的建议还是沈尹默的建议，或兼而有之，则留待史家另作考证。而在胡适看来评议会能良性运转，还在于“蔡氏法宝”：无为而治，用人不疑。他说：

我与蔡孑民先生共事多年，觉得蔡先生有一种长处……能充分信用他手下的人，每委人一事，他即付以全权，不再过问；遇有困难时，他却挺身负其全责；若有成功，他每啧啧归功于主任的人，然而外人每归功于他老人家。因此，人每乐为之用，又乐为尽力。迹近无为，而实则尽人之才，此是做领袖的绝大本领。胡适：《致罗隆基》（1935年7月26日），《胡适书信集》中册第654页。