1906年 2月 1日，二十四岁的宋教仁入早稻田大学预科学习。在此期间，他翻译了《日本宪法》、《英国制度要览》、《德国官制》、《美国制度概要》、《万国社会党大会略史》、《各国警察制度》、《国际私法讲义》等十多部有关国家制度和法律的著作，著译增进了他对资本主义各国政治制度和宪法的了解，使他成为中国人中研究近代政治制度方面屈指可数的理论家，被视为宪法的化身。
　　
　　这个年轻的理论家开拓了一片属于自己的园地，但他在革命实践领域同样当仁不让。当孙中山、黄兴策动东南沿海会党起义的时候，宋教仁则看到东北地区的“马侠”也可加利用。1907年 3月，他把同盟会代理庶务之职移交给刘揆一，随后回国到辽宁安东（今丹东）县，与大孤山“马侠”首领李逢春等人取得联系，并联络在东北的革命党人建立了同盟会辽东支部，作为领导东北地区活动的领导核心。
　　
　　在此期间，中日之间为“间岛”发生争议。“间岛”是图们江口与朝鲜接壤的中国领土，后日本于该地驻兵，交涉初起，清廷与民间苦于无法击破日本的阴谋。对历史地理学烂熟于心的宋教仁先后到汉城图书馆和日本帝国大学图书馆查阅了大量资料，于1908年写成长达六万多字的《间岛问题》一书，综合各种资料证明“间岛”乃中国领土，论据坚强不可破。书中引用日、韩方面的资料尤其丰富。书稿为日本人所知，重金购买不得；宋教仁将书稿交由清驻日公使誊正转交清外务部，在中日交涉中起了重要作用。袁世凯电令驻日公使，特致意宋教仁来京予以擢用，宋教仁说：“我是通缉有案的人，怎能归国？”袁世凯得公使馆报告后复电，允请西太后取消通缉，并赏四品京堂官衔，遭到宋的拒绝。袁世凯通知驻日公使馈赠酬金两千元，宋教仁不接受，驻日公使坚持要给，宋教仁就把这些钱散发给留学生中的困乏者。后来，当俄国企图派兵驻守撒拉时美时，宋教仁旁征博引，作《承化寺说》，以翔实的史料考证撒拉时美即中国古代之承化寺，各国舆论为之折服。连素以高傲古怪著称的章太炎也对他敬服不已，称“遁初有总理之才”。
　　
　　革命党人在东南沿海起义的多次失败，使身在日本的宋教仁、谭人凤等人深感忧虑，他们征得赵声的同意，数次召集在东京的部分革命党人开会，讨论革命进行方略。宋教仁提出了著名的“革命三策”，即在边地进行为下策，在长江流域进行为中策，在首都和北方进行为上策。开始时，大家以为“下策不济事”，“上策太不容易”，应以中策为宜，后来与会同志“咸主激进”，最后通过了由谭人凤提出的“事权统一，责任分担，不限时期为原则”的修正方案。
　　
　　这一时期，东京同盟会本部经济异常拮据，宋教仁负债累累，一筹莫展。他于 1910年 12月 31日离开东京，启程回沪。适值于右任正在上海办报，便请宋教仁担任《民立报》主笔。他以“渔父”的笔名，发表了大量文章，抨击清政府的内外政策，宣传“三民主义”等民主革命思想，在社会上引起强烈反响。
　　
　　1911年 4月，黄花岗起义以失败告终，革命的精英损失惨重，同盟会的军心受到极大动摇。宋教仁对军事行动进行反思，与陈其美等人再推他的革命三策：效仿法国大革命，直接占领北京，号令全国，实行中央革命，此为上策；在长江流域，各树潜力，同时并举，创立政府，然后北伐，此为中策；在边陲各省起义，此为下策。经过分析，大家一致认为中策可行。7月 31日，宋教仁和谭人凤、陈其美等各省代表二十九人，齐集上海北四川路湖北小学校，召开中国同盟会中部总会（简称中部同盟会）正式成立大会，作为领导中部起义的指挥中心。中部同盟会根据宋教仁谋“长江革命”的方略，决定首先在武昌发难，并在湖北、湖南、安徽、四川等省设立分会，以便届时组织响应。三个月后武昌起义的胜利，证明了这个战略决策的成功，尽管武昌起义的胜利也极为偶然。