根据毛泽东的意见，财政部和税务总局派出若干个小组分赴各大中城市进行检查，并对新税制中出现的较大问题采取了补救措施。1953年2月10日，财政部吴波、商业部姚依林和粮食部陈希云联名写信给毛泽东和党中央，就修正税制的目的、新税制对物价的影响和在执行过程中发生的问题等作了说明。此后，吴波又向毛泽东和政治局汇报了修正税制的内容、出现的问题和解决的办法等。但毛泽东的这次批评更为严厉，认为“‘公私一律平等’违背了七届二中全会的决议；修正税制事先没有报告中央，可是找资本家商量了，把资本家看得比党中央还重；这个新税制得到资本家的叫好，是‘右倾机会主义’的错误”。毛泽东的这次批评比1月15日信中的语气更重，并且把修正税制提到了路线错误的高度，这就使薄一波等人“不免感到震惊”。

对修正税制的批评到此并没有结束。在1953年夏季召开的全国财经会议上，讨论和批评新税制，实际上成为了会议的中心问题。7月13日下午，在扩大的第15次领导小组会议上，薄一波做了第一次检讨。但是，会议气氛立刻紧张起来，薄一波也就成为“桌面上斗争”的集中目标。此后，从7月14日到25日，连续召开了八次扩大领导小组会议，对薄一波进行批评。8月1日，薄一波又作了第二次检讨，承认修正税制违反了七届二中全会的决议，是对资本主义经济限制和反限制的“原则性错误”，并且“没有经过政治局讨论，是分散主义”，“在组织上也是错误的”。但在当时的会议气氛下，这次检讨仍然没有过关。

为了缓解会议的紧张气氛，尽快把结论定下来，毛泽东出主意把在外地修养的陈云和邓小平请回来参加会议。8月6日，在第29次扩大的领导小组会议上，陈云对薄一波和修正税制作了发言。陈云明确指出：“解放以后，到去年为止，加工订货、代购代销的比重逐渐增加。这样一来，就相对地减少了买卖关系，税收也随之减少，需要想办法来补救。在这种情况下提出新税制是有理由的。但是采取什么办法应该考虑。新的税制对税收减少缺乏分析，因此提出的补救办法是错误的。新税制的错误，其结果是很明显的：不利于社会主义经济，有利于资本主义经济”。