如果说观念创新是晋商致富的源泉，那么制度创新则是其兴盛数个世纪的保证。晋商在商务往来中，以“道行、道德、道义”文化底蕴创新出了一系列先进实用的管理体制。其组织结构全系因事用人，决不因人设事，保证了管理层次和管理幅度适宜以及责权对等；类似西方资本主义企业子母公司的联号制，大大拓展了其在商业舞台上资本运营的空间；经理负责制，理顺了股东与股东、东家与掌柜、掌柜与伙计之间的职权关系；人身顶股制，“以人为本”，极大地调动了商号上至经理下至伙计学徒的工作热情和奋发进取心；严格的号规，加上凝聚人心的商业文化、团体精神，还有共存共荣的商业理念，无不蕴涵着大企业的精神。