巴塔哥尼亚对本地的小型环保力量的偏好始于20世纪70年代，拯救文图拉河栖息地——曾经是虹鳟、大麻哈鱼的主要产卵场所——退化的生态系统的行动，在员工们帮助下最终取得了胜利。文图拉河发展计划被枪毙后，清洁项目开始启动，原本认为已经“死亡”的河流竟神奇地恢复了生命力。虹鳟等野生动物重新出现并在那里繁衍生息。

乔伊纳德认识到，必须有一群专注且精力充沛的人才能取得这样的重大成果，于是他将资源投入到大量小团体身上，支持他们同全球几百个甚至几千个环保问题作斗争。他说，一开始思考问题的角度还只是限于本地，不久你就会意识到“地球并不大，我们应该拯救整个地球。”

巴塔哥尼亚的一次大手笔是重建加利福尼亚州加的夫海边的圣埃利荷泻湖（San Elijo Lagoon），2006年1月，公司在圣埃利荷泻湖开张了第一个主营冲浪装备和服装的商店。和巴塔哥尼亚一贯的主张一样，这个店从建设商店本身的材料、回收木材、循环使用的钢支架和易挥发的免漆有机化合物，到商店出售服装的纤维和染料，一律都做到了对地球友好。

巴塔哥尼亚早就意识到，向环保积极分子提供支持只是一方面，还需要降低企业自身对环境的污染。为了实现这个目的，巴塔哥尼亚禁止在办公室使用纸杯和塑料垃圾袋，印制产品目录使用再生纸，建筑物使用可循环使用的木材、钢筋和地毯，羽绒服装生产线使用回收的再生塑料。它又一次站在了行业的风口浪尖上，成为领跑者，甚至循环使用一些旧纤维制作新服装。

随着语出惊人的广告词“我们想要你的内衣”的打出，巴塔哥尼亚启动了化纤收回项目，回收顾客的旧的长化纤内衣（最好是洗过的），用来生产新的化纤内衣。除了给超负荷运转的垃圾填埋腾地方之外，巴塔哥尼亚预计，相比生产新的化纤，回收旧化纤使得能源消耗降低76％，二氧化碳排放量减少71％。

为了提高能源效率，公司还翻新现有店面的照明系统，通过安装辐射供暖和太阳能跟踪式天窗，最大限度地捕获太阳光，使得雷诺、内华达的配送中心的能耗降低60％。公司食堂的泔水变成堆肥，托儿所的尿布台上铺着用过的计算机打印纸。

10年前，巴塔哥尼亚就淘汰了对环境造成剧毒的成分制成的面料配色，大约在同时，它开始从事一项长期的运动，促使耐克和盖普等大型服装生产商重新思考对原料的使用。经过研究表明，按照常规方式长出的“天然”棉花令人发指，不但含有大量的有毒杀虫剂，而且污染了土壤和水，于是1996年巴塔哥尼亚决定全部改为使用经过检验的100％的有机棉花。