土地增值税的税基是增值额，因此，要计算增值额，必须先确定扣除项目。房地产开发企业办理土地增值税清算时计算与清算项目有关的扣除项目金额，应根据土地增值税暂行条例第六条及其实施细则第七条的规定执行。除另有规定外，扣除取得土地使用权所支付的金额、房地产开发成本、费用及与转让房地产有关税金，须提供合法有效凭证；不能提供合法有效凭证的，不予扣除。

税法准予纳税人从转让收入额减除的扣除项目包括如下几项：

（一）取得土地使用权所支付的金额

取得土地使用权所支付的金额包括两方面的内容：

（1）纳税人为取得土地使用权所支付的地价款。

1）以协议、招标、拍卖等出让方式取得土地使用权的，地价款为纳税人所支付的土地出让金。

2）以行政划拨方式取得土地使用权的，地价款为按照国家有关规定补交的土地出让金。

3）以转让方式取得土地使用权的，地价款为向原土地使用权人实际支付的地价款。

（2）纳税人在取得土地使用权时按国家统一规定缴纳的有关费用，即指纳税人在取得土地使用权过程中为办理有关手续，按国家统一规定缴纳的有关登记、过户手续费、契税等。

（二）房地产开发成本

房地产开发成本是指纳税人房地产开发项目实际发生的成本，包括土地的征用及拆迁补偿费、前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、公共配套设施费、开发间接费用等。

（1）土地征用及拆迁补偿费。土地征用及拆迁补偿费包括土地征用费，耕地占用税，劳动力安置费及有关地上、地下附着物拆迁补偿的净支出，安置动迁用房支出等。

（2）前期工程费。前期工程费包括规划、设计、项目可行性研究和水文、地质、勘察、测绘、“三通一平”等支出。

（3）建筑安装工程费。建筑安装工程费是指以出包方式支付给承包单位的建筑安装工程费，以自营方式发生的材料费、建筑安装工程费。房地产开发企业销售已装修的房屋，其装修费用可以计入房地产开发成本。房地产开发企业的预提费用，除另有规定外，不得扣除。

属于多个房地产项目共同的成本费用，应按清算项目可售建筑面积占多个项目可售总建筑面积的比例或其他合理的方法，计算确定清算项目的扣除金额。

清算项目可扣除金额=（多个项目共同成本费用÷多个项目可售总面积）×清算项目可售面积

（4）基础设施费。基础设施费包括开发小区内道路、供水、供电、供气、排污、排洪、通信、照明、环卫、绿化等工程发生的支出。

（5）公共配套设施费。公共配套设施费包括不能有偿转让的、开发小区内公共配套设施发生的支出。

房地产开发企业开发建造的与清算项目配套的居委会和派出所用房、会所、停车场（库）、物业管理场所、变电站、热力站、水厂、文体场馆、学校、幼儿园、托儿所、医院、邮电通信等公共设施，按以下原则处理：

1）建成后产权属于全体业主所有的，其成本、费用可以扣除。

2）建成后无偿移交给政府、公用事业单位，用于非营利性社会公共事业的，其成本、费用可以扣除。

3）建成后有偿转让的，应计算收入，并准予扣除成本、费用。

（6）开发间接费用。开发间接费用是指直接组织、管理开发项目发生的费用，包括工资、职工福利费、折旧费、修理费、办公费、水电费、劳动保护费、周转房摊销等。