11月23日和25日，张冲受命约博古等谈三五九旅回陕一事，表示蒋介石对此十分关注，要求部队撤回。同时张冲称：国共两党关系要根本解决，“最好划定一定区域，使部队不致犬牙交错，引起双方之疑忌，酿成冲突”。张冲认为，“政治上实行宪政，地区上有适当划分，为最好巩固团结方法”，希望中共考虑，他并提出了划河北、察哈尔、热河及东北给中共的意见。博古对此表示与中共中央商量，但怀疑国民党多数领导人是否同意。张冲则确信关键在蒋介石，并表示他可以对蒋去说。《中共南方局致中共中央书记处电》，1939年11月25日。但12月山西阎军与新军爆发大规模军事冲突，特别是12月中旬原为双重政权的甘肃宁县、镇原被国民党九十七师袭占，国共冲突达到高潮，因此两党谈判再度受到影响。朱德虽接连提出抗议，蒋介石却以为其不过“虚声恫嚇，有意捣乱”，“甚恐我军进剿也”。古屋奎二编，《蒋总统秘录》(第十二册)，台北：中央日报，1974年，第91页。事实上，蒋介石又一次错估了共产党。因为共产党绝不是什么“虚声恫嚇”，他此时不仅开始以武力援助山西新军，而且明确决定在西北、华北、华中及长江流域八路军新四军占优势的地方采取攻势，而不是守势。这样一来，国民党在西北虽能占到一些便宜，在华北敌后地区却因军事上处于劣势而不免吃亏了。

1940年1月4日，何应钦约叶剑英谈话，称“所谓边区，委座从未承认”，且林祖涵在前一年2月12日致行政院函亦只说到十八县，今忽要求二十三县，未免矛盾甚多。他的意见不如干脆将边区划成一个专员区，取一折中办法，并使军政分离。何应钦同时特别提到三五九旅事，称阎锡山、卫立煌均有电报说明事前并未下令该旅西渡，故请照委座令将该旅撤回。至于陇东冲突?何说，迭据报告，均说明系十八集团军部队先行进攻，现已电肖劲光转饬停止军事行动，并派大员前往调查。叶剑英答复称：关于边区名称等，早有行政院三三三次会议予以通过，当时只因人选问题未能求得一致，以致未能实行。至三五九旅事，须向延安报告，但该旅开回，一因巩固河防，二则因要确保延安与晋冀间之联络线，闻中央有将高桂滋军开驻陕北之意，如此问题将更加复杂。对于陇东事，叶则要求双方派遣代表前去调查。